genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.263.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  263  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80907215--80907272	15	3.8	15	88	2	89	51	12	0	36	1.39
80907594--80907650	5	11.0	5	90	5	87	59	0	0	40	0.97
80908191--80908241	19	2.6	19	77	20	52	31	1	3	62	1.24
80908400--80908436	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
80909358--80909397	20	2.0	20	90	0	62	47	10	0	42	1.37
80909674--80909720	21	2.3	21	81	3	60	38	12	2	46	1.54
80909681--80909719	21	1.9	21	89	5	62	41	15	2	41	1.61
80919949--80919994	14	3.3	14	81	9	58	52	0	0	47	1.00
80919953--80919993	7	6.0	7	88	5	57	48	0	0	51	1.00
80922095--80922147	3	17.7	3	100	0	106	33	0	0	66	0.92
80922247--80922452	23	8.3	23	73	19	143	33	4	5	56	1.42
80922259--80922454	24	7.8	25	75	15	138	33	4	5	57	1.40
80922258--80922452	50	3.9	49	72	15	161	33	4	5	56	1.41
80923437--80923490	22	2.5	22	84	0	81	59	20	14	5	1.55
80923989--80924027	19	2.1	19	100	0	78	38	5	10	46	1.60
80923993--80924036	19	2.3	19	84	7	54	38	6	13	40	1.71
80937342--80938134	44	17.9	44	74	6	451	33	16	21	29	1.95
80937349--80938125	133	5.8	133	80	4	735	33	16	20	29	1.95
80937313--80938139	89	9.3	88	75	5	590	33	15	21	29	1.95
80937700--80938103	223	1.8	223	81	4	510	33	16	20	29	1.95
80939514--80939555	15	2.6	16	81	7	50	26	0	4	69	1.08
80939484--80939675	69	2.9	64	81	9	201	29	6	2	62	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80945309--80945822	258	2.0	258	98	0	992	21	17	19	40	1.91
80950581--80950639	23	2.6	23	78	5	66	66	0	0	33	0.92
80950596--80950659	32	2.0	33	84	9	87	62	0	0	37	0.95
80950603--80950668	18	3.8	17	69	16	55	62	0	0	37	0.96
80950647--80950770	61	2.0	62	90	1	196	52	3	4	40	1.36
80950785--80950872	11	7.9	11	76	2	68	63	0	1	35	1.02
80950701--80950869	89	1.9	88	81	6	207	57	2	2	36	1.26
80950789--80950861	33	2.2	34	80	2	85	60	0	1	38	1.06
80950947--80951007	6	10.2	6	83	0	68	22	40	16	19	1.90
80950949--80951001	18	2.9	18	88	0	79	22	41	15	20	1.89
80954565--80954667	37	2.8	37	95	0	179	23	32	21	23	1.98
80954837--80955133	48	6.5	48	85	9	431	29	27	8	33	1.87
80954838--80955104	84	3.0	89	83	10	348	30	27	8	33	1.87
80954933--80955142	95	2.2	95	94	1	368	30	28	7	33	1.85
80958686--80958818	29	4.7	29	80	6	146	32	31	15	21	1.94
80958686--80958818	57	2.3	57	83	5	144	32	31	15	21	1.94
80958824--80959092	40	6.8	40	90	3	384	26	30	22	20	1.98
80958824--80959092	118	2.3	119	88	2	380	26	30	22	20	1.98
80960382--80960484	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
80960668--80960816	76	2.0	76	97	0	280	32	27	4	35	1.78
80960744--80961038	47	6.2	47	98	0	554	31	28	6	33	1.82
80962355--80962489	71	1.9	70	98	1	261	41	15	5	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80964659--80964791	29	4.7	29	80	6	146	32	30	15	21	1.94
80964659--80964791	57	2.3	57	83	5	144	32	30	15	21	1.94
80964796--80965064	40	6.8	40	94	3	429	25	31	22	20	1.98
80964796--80965064	79	3.4	80	92	3	438	25	31	22	20	1.98
80966354--80966455	37	2.8	37	93	0	168	25	30	19	24	1.98
80966685--80966741	30	1.9	30	100	0	114	33	24	7	35	1.82
80966637--80966789	78	2.0	78	96	0	279	30	26	7	34	1.85
80966715--80967014	48	6.2	48	98	0	555	30	28	7	33	1.84
80969367--80969642	46	6.0	46	94	0	399	22	23	14	39	1.91
80973831--80974012	40	4.6	40	84	6	228	25	27	21	24	2.00
80973831--80974012	79	2.3	82	86	7	259	25	27	21	24	2.00
80977022--80977061	21	1.9	21	84	0	53	40	10	7	42	1.67
80988681--80988726	24	2.0	23	83	12	58	41	0	19	39	1.52
80991842--80991889	24	2.0	23	84	11	62	29	0	4	66	1.10
80995759--80995899	50	2.9	50	85	3	171	24	21	27	26	1.99
80999235--80999522	47	6.1	47	94	0	495	35	11	28	25	1.91
81000762--81000856	32	2.9	32	79	6	111	30	26	16	26	1.97
81005010--81005124	55	2.1	55	98	0	221	38	14	8	38	1.77
81005283--81005329	7	6.1	7	81	18	58	82	0	2	14	0.75
81005285--81005339	17	3.2	17	90	10	78	83	0	1	14	0.73
81005283--81005339	25	2.2	26	93	3	98	82	0	1	15	0.75
81005795--81005828	15	2.3	15	89	0	50	44	5	26	23	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81006231--81006292	24	2.6	24	89	0	88	32	27	4	35	1.78
81007906--81008062	45	3.7	43	72	14	146	23	17	29	29	1.97
81007906--81008068	41	3.8	41	75	11	125	23	17	29	30	1.97
81013015--81013120	20	5.3	20	70	4	88	12	28	17	41	1.86
81012999--81013234	40	5.9	40	87	1	285	14	27	18	39	1.90
81013162--81013223	20	3.1	20	78	0	61	14	30	17	37	1.90
81013185--81013230	20	2.3	20	80	0	56	15	34	15	34	1.89
81013635--81013667	17	1.9	17	93	0	57	36	6	15	42	1.71
81019932--81020099	39	4.3	39	86	4	155	27	28	20	23	1.99
81019975--81020122	77	1.9	77	95	0	269	27	30	20	22	1.98
81019965--81020126	39	4.2	39	91	1	254	27	29	20	22	1.98
81022519--81022560	18	2.3	18	95	0	75	30	33	0	35	1.58
81027150--81027311	39	4.2	39	92	1	263	27	29	20	22	1.99
81027163--81027305	77	1.9	77	96	0	268	27	30	20	20	1.98
81029091--81029133	2	21.5	2	100	0	86	51	48	0	0	1.00
81032902--81033064	39	4.2	39	88	0	245	24	32	19	23	1.98
81040433--81040595	39	4.2	39	88	0	245	23	32	20	23	1.98
81045095--81045255	42	3.9	40	73	11	117	29	13	26	30	1.93
81048212--81048269	17	3.5	17	77	13	50	72	5	3	18	1.18
81049568--81049630	31	2.0	31	100	0	126	34	12	9	42	1.76
81049735--81049788	17	2.9	18	81	10	65	77	0	7	14	0.97
81050232--81050280	17	2.8	17	80	20	57	65	4	0	30	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81052663--81052732	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
81052663--81052744	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
81059671--81059698	5	5.6	5	100	0	56	78	0	0	21	0.75
81060370--81060409	18	2.4	16	91	8	62	65	2	7	25	1.32
81063490--81063603	28	3.9	27	72	19	79	25	27	21	26	1.99
81063467--81063611	61	2.3	60	85	8	177	27	26	19	26	1.99
81063632--81063687	20	2.8	20	83	2	69	33	23	16	26	1.95
81065822--81065865	19	2.4	19	85	7	56	50	2	9	38	1.47
81067660--81067725	28	2.4	28	92	2	107	43	25	9	21	1.81
81074277--81074366	27	3.3	28	84	4	112	34	23	24	17	1.96
81074781--81074812	16	2.1	15	94	5	55	3	18	28	50	1.62
81077864--81077889	13	2.0	13	100	0	52	61	30	0	7	1.24
81084425--81084535	59	1.9	58	84	1	150	31	15	27	26	1.96
81084420--81084559	29	4.9	29	82	4	142	30	15	29	25	1.95
81084456--81084565	56	1.9	59	83	9	147	30	16	30	23	1.96
81086383--81086694	46	6.7	47	73	15	247	22	18	28	30	1.97
81086383--81086694	139	2.2	139	89	2	457	22	18	28	30	1.97
81090554--81090742	55	3.5	54	80	5	204	21	25	17	34	1.95
81092074--81092244	93	1.8	93	91	0	279	28	28	21	22	1.99
81092071--81092239	46	3.7	45	75	15	157	28	27	21	22	1.99
81093563--81093743	55	3.4	54	84	2	238	22	24	17	35	1.95
81100841--81100913	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81102197--81102244	25	2.0	23	84	8	60	8	16	0	75	1.04
81113960--81114167	79	2.6	80	76	6	181	24	29	23	22	1.99
81114060--81114167	40	2.7	40	86	0	135	21	30	25	23	1.99
81127215--81127274	19	3.1	20	73	7	54	53	5	1	40	1.33
81130078--81130245	40	4.2	40	80	1	176	25	26	22	25	2.00
81132994--81133038	22	2.0	22	100	0	90	44	13	13	28	1.81
81134066--81134097	2	16.0	2	93	0	55	53	0	46	0	1.00
81137009--81137123	43	2.7	42	78	2	140	31	25	17	26	1.97
81157827--81157892	27	2.4	27	87	0	87	30	18	15	36	1.91
81157845--81158293	27	16.6	27	80	8	398	32	10	19	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425