genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.172.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  172  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52119286--52119461	46	3.8	45	77	11	176	30	28	19	21	1.98
52119294--52119480	46	4.0	45	71	19	125	29	28	19	21	1.98
52121290--52121391	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
52121379--52121479	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
52129212--52129313	29	3.5	29	83	2	125	25	16	33	24	1.96
52129301--52129400	28	3.5	28	86	6	112	30	14	26	30	1.94
52141696--52141740	23	2.0	23	82	8	56	31	4	13	51	1.61
52147556--52148084	27	19.6	27	86	3	672	27	22	9	40	1.84
52149409--52149465	9	5.9	9	73	15	51	35	8	21	35	1.84
52149407--52149489	20	4.2	20	93	0	139	34	14	19	31	1.92
52149418--52149476	11	5.7	11	71	15	54	35	13	20	30	1.91
52149543--52149731	24	8.0	24	89	4	269	29	22	21	26	1.99
52149543--52149710	47	3.6	47	91	3	284	29	22	20	26	1.99
52149923--52149986	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
52152787--52153312	27	19.6	27	86	3	679	27	22	9	40	1.85
52154638--52154691	9	5.9	9	75	12	56	35	7	20	37	1.81
52154636--52154715	20	4.2	20	84	9	112	35	12	20	32	1.90
52154643--52154713	37	1.9	37	94	0	124	33	11	21	33	1.89
52154769--52154955	23	8.0	23	84	9	222	30	21	20	26	1.98
52154769--52154954	47	4.0	46	86	8	234	30	22	20	26	1.98
52154769--52154954	70	2.7	69	87	5	259	30	22	20	26	1.98
52155148--52155210	30	2.1	31	87	3	92	36	14	23	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52163467--52163625	68	2.3	71	79	8	175	36	15	27	20	1.93
52170931--52171040	27	4.1	26	83	8	130	37	22	23	16	1.94
52170931--52171040	54	2.0	54	85	3	150	37	22	23	16	1.94
52172932--52172992	30	2.0	30	100	0	122	26	22	13	37	1.91
52181658--52181927	133	2.0	133	89	0	414	37	3	21	36	1.72
52189945--52190018	37	2.0	37	94	0	130	41	9	14	33	1.79
52193263--52193560	49	6.2	48	94	1	467	32	8	29	28	1.87
52196284--52196334	23	2.2	23	86	6	68	27	23	23	25	2.00
52206165--52206217	26	2.0	25	86	13	72	35	1	16	45	1.59
52207362--52207542	37	4.9	37	97	0	308	26	30	18	23	1.98
52207690--52208018	48	6.8	48	93	2	570	31	26	6	36	1.81
52207989--52208134	47	3.1	47	89	0	193	27	29	10	32	1.90
52207690--52208070	144	2.6	142	85	7	511	30	26	7	35	1.84
52212036--52212387	40	8.8	40	92	0	533	25	27	21	25	2.00
52213656--52213836	37	4.9	37	97	0	308	25	30	18	24	1.98
52213984--52214360	48	7.8	48	95	1	675	31	26	6	36	1.82
52214331--52214476	47	3.1	47	89	0	193	27	29	10	32	1.90
52213985--52214454	144	3.3	142	88	5	533	29	26	7	35	1.85
52221668--52221706	20	2.0	20	84	0	51	38	0	2	58	1.12
52221663--52221723	31	1.9	32	83	9	81	36	1	3	59	1.24
52221678--52221721	21	2.2	20	87	4	61	31	2	4	61	1.28
52221676--52221723	20	2.4	19	80	10	60	35	2	4	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52226831--52226886	28	2.0	28	100	0	112	28	21	21	28	1.99
52229894--52230077	44	4.2	43	83	4	226	22	20	31	26	1.98
52229831--52230083	43	5.8	43	77	2	227	22	22	28	26	1.99
52229917--52230100	86	2.1	88	86	2	255	23	21	27	27	1.99
52230151--52230231	31	2.5	31	80	4	81	61	18	3	16	1.48
52231931--52231955	13	1.9	13	100	0	50	96	4	0	0	0.24
52233195--52233386	40	4.8	40	83	3	194	27	23	26	22	2.00
52233232--52233402	40	4.3	41	84	5	208	25	23	26	23	2.00
52239435--52239683	9	27.6	9	74	11	152	38	0	13	47	1.48
52239435--52239682	18	13.7	18	76	10	168	38	0	12	47	1.48
52239488--52239683	27	7.2	27	76	13	168	38	1	13	46	1.51
52239549--52239598	26	2.0	25	88	4	73	38	2	12	48	1.52
52239411--52239628	114	1.9	114	83	7	286	38	0	12	47	1.48
52239787--52239841	14	3.8	15	77	18	71	52	0	0	47	1.00
52241435--52241474	21	1.9	21	94	0	71	47	12	10	30	1.74
52243528--52243774	134	1.9	129	93	4	422	51	18	10	20	1.74
52249758--52249906	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
52249799--52249906	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
52256800--52257106	49	6.5	49	76	10	223	25	28	18	27	1.98
52263488--52263543	28	2.0	28	82	10	69	19	35	19	25	1.95
52275397--52275423	11	2.5	11	100	0	54	33	0	0	66	0.92
52275870--52275922	26	2.0	26	100	0	106	22	18	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52281705--52281743	20	2.0	20	89	0	60	48	2	12	35	1.55
52284234--52284294	30	2.0	30	83	0	77	32	22	6	37	1.80
52289961--52290014	13	4.5	13	71	17	53	46	1	18	33	1.60
52289945--52290016	35	2.1	35	100	0	144	43	2	19	34	1.66
52294521--52294656	41	3.3	42	76	14	131	38	22	18	21	1.94
52294636--52294736	50	2.0	50	92	3	168	26	18	25	28	1.98
52294686--52294805	41	2.9	41	91	0	195	25	17	28	29	1.97
52295371--52295409	7	5.6	7	87	0	51	15	2	20	61	1.45
52295532--52295582	14	3.6	14	89	0	84	11	0	31	56	1.35
52295525--52295592	28	2.4	28	80	4	93	10	1	26	61	1.36
52295759--52295798	20	2.0	20	85	0	53	27	0	27	45	1.54
52296007--52296043	18	2.1	18	90	5	58	45	0	2	51	1.15
52296006--52296046	17	2.3	18	83	12	57	46	0	2	51	1.14
52300802--52301019	40	5.5	40	88	1	305	23	22	27	26	2.00
52303352--52303519	40	4.2	40	80	4	169	26	22	26	24	2.00
52306428--52306457	15	2.0	15	100	0	60	26	6	13	53	1.64
52307271--52307304	11	3.1	11	91	8	52	44	0	8	47	1.34
52308970--52308994	12	2.1	12	100	0	50	40	8	0	52	1.31
52319893--52319948	28	2.1	26	90	6	85	21	12	33	32	1.91
52329526--52329585	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
52333031--52333066	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
52333240--52333276	20	1.9	20	94	5	67	32	2	0	64	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52334521--52334562	20	2.0	22	86	13	61	30	4	16	47	1.67
52336854--52336924	24	2.9	24	79	4	79	16	25	19	38	1.93
52338761--52338901	39	3.6	39	91	1	212	45	19	4	29	1.72
52340098--52340144	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
52341562--52341673	27	4.2	26	83	7	134	16	23	23	37	1.93
52341562--52341673	54	2.1	54	88	3	163	16	23	23	37	1.93
52345691--52345790	51	2.0	51	85	0	137	33	26	16	25	1.96
52345699--52345802	51	2.0	51	83	0	127	32	27	14	25	1.94
52354331--52354355	12	2.1	12	100	0	50	36	16	24	24	1.94
52358755--52358832	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
52366604--52366680	29	2.7	29	83	2	102	25	18	33	22	1.96
52370267--52370486	40	5.5	40	87	6	277	30	27	18	24	1.98
52370267--52370452	79	2.3	79	88	3	284	30	28	17	24	1.97
52370274--52370492	119	1.8	120	83	6	293	29	26	17	25	1.98
52370257--52370502	40	6.2	40	88	3	160	29	26	18	24	1.98
52377740--52377960	40	5.5	40	87	5	277	30	27	18	23	1.97
52377730--52377976	40	6.2	40	88	2	153	29	26	18	24	1.98
52381176--52381313	37	3.5	40	75	6	129	36	23	15	24	1.94
52381686--52381752	16	4.6	14	75	15	57	2	20	2	73	1.10
52381698--52381757	32	1.9	31	83	10	77	3	18	3	75	1.09
52381690--52381749	22	2.7	23	73	17	54	3	21	3	71	1.15
52382880--52382918	19	2.1	19	95	0	69	35	10	7	46	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52383882--52383940	28	2.1	28	100	0	118	33	25	16	23	1.96
52384714--52384779	33	2.0	33	91	5	107	34	24	4	36	1.76
52392028--52392219	40	4.8	40	81	7	205	25	21	27	26	2.00
52392029--52392235	79	2.6	79	77	12	219	25	21	26	26	2.00
52397401--52397476	38	2.0	38	89	5	118	28	11	19	39	1.87
52397829--52397876	5	9.4	5	82	13	62	16	6	0	77	0.97
52400712--52400752	21	1.9	22	90	5	66	24	26	21	26	2.00
52406160--52406232	21	3.5	21	86	3	103	39	5	9	45	1.60
52406167--52406220	9	5.2	11	72	20	53	42	1	11	44	1.50
52406157--52406292	20	6.6	21	70	15	104	41	5	11	41	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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