genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.240.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  240  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73452135--73452196	29	2.1	30	84	6	81	24	25	12	37	1.91
73452388--73452506	24	5.0	24	87	9	163	25	21	23	30	1.99
73452556--73452616	20	3.0	20	92	0	104	32	21	11	34	1.89
73452659--73452706	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
73453944--73454316	27	13.8	27	87	3	448	41	9	21	27	1.84
73454267--73454543	27	10.3	27	84	3	242	31	8	21	38	1.83
73454323--73454386	26	2.4	27	86	2	94	32	12	17	37	1.87
73454312--73454543	81	2.9	80	81	7	272	30	7	21	40	1.81
73454393--73454560	27	6.3	26	86	2	165	31	6	20	41	1.78
73455229--73455400	85	2.0	85	98	0	335	34	30	7	27	1.85
73457374--73457437	31	2.1	31	90	0	101	23	25	15	35	1.94
73457770--73457941	85	2.0	85	97	0	326	33	29	8	27	1.87
73460785--73460988	40	5.1	40	84	1	248	28	28	20	23	1.98
73460781--73460988	80	2.6	78	87	5	290	28	27	20	23	1.99
73464945--73464999	27	2.0	27	100	0	110	25	0	18	56	1.42
73466997--73467033	16	2.3	16	100	0	74	27	10	18	43	1.83
73469517--73469667	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73469554--73469683	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
73474547--73474697	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73474584--73474713	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
73476479--73476517	9	4.2	9	86	3	51	38	15	12	33	1.85
73476460--73476517	18	3.4	18	68	20	52	37	15	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73476604--73476628	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
73494937--73494972	18	2.0	18	89	10	56	22	2	0	75	0.94
73495119--73495351	49	4.7	50	83	2	281	25	18	26	29	1.98
73495122--73495363	100	2.4	98	84	2	295	25	19	25	29	1.98
73497250--73497278	12	2.4	12	100	0	58	58	24	10	6	1.55
73498372--73498526	42	3.7	42	82	10	172	29	24	16	29	1.97
73501369--73501531	39	4.2	39	91	0	263	22	20	33	23	1.97
73501369--73501562	39	4.9	39	89	0	253	22	21	32	23	1.98
73509288--73509448	39	4.1	39	91	0	259	22	20	32	23	1.98
73509288--73509479	39	4.9	39	88	0	249	22	21	32	22	1.98
73515620--73515680	30	2.0	30	83	0	77	40	6	21	31	1.78
73515911--73515958	23	2.1	23	100	0	96	39	0	20	39	1.53
73516414--73516563	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
73516438--73516621	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
73519770--73519796	13	2.1	13	100	0	54	14	40	29	14	1.86
73522903--73522939	3	12.0	3	94	5	65	67	0	0	32	0.91
73538502--73538616	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
73538502--73538635	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
73544643--73544757	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
73544643--73544776	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
73550777--73550891	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
73550777--73550910	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73558328--73558513	93	2.0	93	100	0	372	41	26	2	29	1.67
73560369--73560600	49	4.7	49	82	4	277	29	27	17	25	1.97
73560369--73560600	100	2.3	99	84	4	297	29	27	17	25	1.97
73560847--73560900	27	2.0	27	85	0	72	38	14	5	40	1.70
73562687--73562712	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
73564152--73564209	29	2.0	29	93	0	98	43	5	18	32	1.73
73575942--73575984	21	2.0	21	86	0	59	34	11	0	53	1.37
73579638--73579688	26	2.0	26	84	7	68	0	25	3	70	1.04
73579688--73579741	21	2.5	22	84	9	65	22	1	3	72	1.10
73584062--73584244	39	4.6	39	90	0	267	23	21	31	22	1.98
73588741--73588770	15	1.9	16	93	6	53	30	23	0	46	1.52
73589381--73589444	4	16.2	4	74	9	60	0	31	1	67	1.00
73589371--73589425	12	4.8	12	78	10	62	0	32	0	67	0.91
73589387--73589443	20	2.9	20	89	7	82	0	33	1	64	1.04
73589493--73589525	8	4.1	8	92	0	57	39	0	0	60	0.97
73589485--73589527	13	3.1	13	78	18	50	37	0	2	60	1.10
73603592--73603736	43	3.4	44	75	12	115	33	26	17	23	1.96
73611229--73611384	43	3.6	43	78	10	140	30	24	18	26	1.98
73613277--73613331	21	2.6	21	81	13	60	18	40	23	18	1.91
73613666--73613696	14	2.2	14	94	0	53	35	25	6	32	1.82
73616928--73616992	21	3.1	21	93	0	103	13	32	27	26	1.94
73616943--73617005	21	3.0	21	86	9	76	12	31	30	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73621356--73621541	40	4.7	40	89	3	270	23	21	29	25	1.99
73621352--73621561	79	2.7	79	88	1	314	23	20	28	27	1.99
73623599--73623633	17	2.1	17	100	0	70	42	5	17	34	1.73
73629435--73629638	40	5.1	40	86	3	268	22	20	29	27	1.98
73633431--73633482	25	2.0	25	81	3	59	30	17	15	36	1.91
73638534--73638784	75	3.3	75	87	9	318	23	21	28	25	1.99
73638534--73638786	40	6.7	38	81	11	288	23	21	28	26	1.99
73646719--73646836	40	3.0	40	82	7	143	24	22	27	26	2.00
73646772--73646936	86	1.9	85	82	12	205	25	20	27	26	1.99
73652389--73652539	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
73652426--73652555	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
73653916--73653967	14	3.7	14	92	0	86	32	30	7	28	1.85
73657495--73657589	8	11.4	8	71	17	52	21	3	1	74	1.01
73657495--73657589	13	6.8	13	69	24	61	21	3	1	74	1.01
73657497--73657582	29	3.1	28	73	15	81	22	3	1	73	1.05
73657496--73657588	20	4.4	21	68	21	54	21	3	1	74	1.03
73661441--73661570	40	3.3	39	81	6	154	23	23	28	24	2.00
73669166--73669295	40	3.2	40	81	8	167	22	23	29	24	1.99
73672859--73672893	6	5.8	6	100	0	70	17	0	0	82	0.66
73673976--73674025	18	2.7	19	81	6	57	14	12	8	66	1.45
73674651--73674727	33	2.3	33	82	10	86	35	22	16	25	1.95
73675060--73675118	28	2.1	28	84	9	77	30	11	23	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73678035--73678137	37	2.8	37	88	5	138	27	15	27	30	1.96
73678106--73678327	48	4.6	48	91	0	345	27	19	26	27	1.99
73678136--73678369	48	5.1	42	73	18	150	28	18	25	27	1.98
73678280--73678372	42	2.2	42	84	7	118	29	17	24	29	1.97
73682083--73682121	13	3.1	13	92	7	71	48	0	7	43	1.31
73690165--73690367	40	5.1	40	89	3	295	26	27	22	23	1.99
73700542--73700727	40	4.7	40	89	5	261	26	27	21	24	1.99
73703837--73703982	27	5.4	27	87	0	193	35	21	20	22	1.96
73706034--73706103	27	2.6	27	97	2	131	31	27	12	28	1.93
73713708--73713808	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
73721630--73721730	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
73724221--73724396	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
73724218--73724389	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
73730516--73730663	42	3.5	42	81	8	167	17	20	16	45	1.86
73730529--73730658	21	6.2	21	67	3	73	17	20	17	44	1.87
73735308--73735377	29	2.5	28	86	6	90	28	25	14	31	1.95
73737975--73738008	10	3.3	10	84	8	50	79	8	2	8	1.03
73740291--73740370	35	2.3	35	97	0	151	38	13	13	33	1.85
73742948--73743072	28	4.4	28	95	4	209	33	26	11	28	1.91
73742948--73743072	57	2.2	56	92	7	209	33	26	11	28	1.91
73744157--73744194	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
73748554--73748695	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73748593--73748721	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
73756555--73756696	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	22	1.99
73756594--73756722	40	3.2	39	84	6	152	24	22	27	25	2.00
73766926--73766995	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
73774851--73774920	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
73777219--73777266	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
73777310--73777368	20	3.0	20	94	0	100	37	10	22	30	1.87
73777419--73777518	24	4.2	24	89	2	157	30	20	22	28	1.98
73777419--73777518	47	2.1	48	90	1	157	30	20	22	28	1.98
73777729--73777823	31	3.1	31	98	0	181	38	15	22	23	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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