genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  62  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17160286--17160338	26	2.0	26	85	3	70	41	7	13	37	1.72
17171725--17171922	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17171791--17171908	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17171759--17171922	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17179293--17179490	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
17179359--17179476	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
17179327--17179490	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
17190820--17190856	16	2.1	18	85	14	51	51	2	0	45	1.15
17191784--17191852	26	2.7	25	75	6	66	18	8	8	63	1.48
17191791--17191852	26	2.4	26	81	10	81	19	8	6	66	1.40
17201220--17201293	37	2.0	36	82	7	87	47	1	1	50	1.18
17202170--17202209	13	3.1	13	96	0	71	40	27	7	25	1.82
17203811--17203840	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
17204763--17204787	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
17226276--17226313	15	2.5	16	87	12	62	39	0	10	50	1.37
17241562--17241664	29	3.6	27	81	5	98	29	33	16	21	1.95
17245588--17245741	40	3.8	40	79	6	141	42	12	6	38	1.69
17245611--17245742	20	6.6	20	69	16	85	40	13	6	39	1.71
17245611--17245742	40	3.3	40	81	8	160	40	13	6	39	1.71
17245575--17245780	20	9.9	20	64	20	68	41	12	6	39	1.68
17245743--17245849	20	5.4	19	74	12	92	38	9	4	47	1.57
17245611--17245857	61	4.0	60	73	14	173	38	11	6	42	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17245745--17245847	39	2.6	38	77	19	104	38	9	4	46	1.58
17245755--17245879	60	2.1	59	80	4	135	37	12	5	44	1.65
17245921--17245988	21	3.2	21	77	10	75	51	13	5	29	1.64
17246164--17246218	20	2.8	20	77	0	74	34	18	7	40	1.78
17246280--17246375	20	4.8	20	75	5	86	38	16	7	37	1.77
17246251--17246401	40	3.8	40	79	5	162	38	15	7	39	1.75
17246290--17246405	20	5.8	20	72	6	83	37	16	6	38	1.75
17246467--17246508	21	2.0	21	86	4	59	47	4	7	40	1.52
17246689--17246755	20	3.3	20	80	0	80	43	14	7	34	1.74
17246765--17246826	30	2.1	30	84	0	79	45	12	6	35	1.68
17248676--17248911	118	2.0	118	86	1	330	30	9	21	38	1.86
17254101--17254226	34	3.6	34	76	9	121	39	0	15	44	1.52
17254325--17254869	125	4.4	126	85	3	681	38	16	16	29	1.90
17254325--17254862	126	4.3	123	83	4	630	38	15	16	28	1.90
17258444--17258479	18	2.0	18	94	0	63	38	8	27	25	1.84
17259943--17259995	26	2.1	24	82	6	61	69	1	1	26	1.09
17259942--17260014	30	2.3	32	77	11	80	67	2	2	27	1.18
17263877--17263944	24	2.8	24	79	18	79	39	1	2	55	1.24
17265138--17265177	17	2.4	16	83	4	53	5	15	2	77	1.04
17266815--17266853	21	1.9	20	89	5	60	28	0	25	46	1.53
17267400--17267501	48	2.1	48	94	0	177	15	19	31	33	1.93
17267511--17267758	48	5.2	48	91	0	397	16	20	27	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17268364--17268419	27	2.2	25	83	6	67	17	0	32	50	1.47
17271685--17271896	49	4.6	46	79	11	161	29	26	14	29	1.95
17271729--17271896	47	3.6	46	84	3	192	29	26	14	28	1.95
17271925--17272134	31	6.8	31	88	0	296	24	27	20	27	1.99
17275407--17275483	29	2.6	29	87	4	100	49	12	11	25	1.75
17275617--17275666	19	2.5	20	84	9	59	30	4	2	64	1.23
17275669--17275704	7	4.9	8	86	13	51	22	0	0	77	0.76
17275670--17275703	15	2.3	15	90	10	52	17	0	0	82	0.67
17276021--17276058	15	2.5	15	84	12	51	68	0	0	31	0.90
17276941--17277013	35	2.1	35	100	0	146	47	0	5	46	1.25
17276941--17277031	35	2.7	33	86	11	116	47	1	5	46	1.33
17277609--17277657	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
17287668--17287697	14	2.1	14	93	0	51	40	3	6	50	1.45
17298774--17298934	71	2.4	68	81	8	186	52	11	4	30	1.59
17299360--17299531	5	35.2	5	67	23	66	65	0	2	31	1.12
17299382--17299533	12	13.4	12	70	22	82	63	0	3	32	1.16
17299376--17299615	55	4.5	54	71	19	184	62	0	2	34	1.16
17299446--17299515	23	3.0	23	79	16	72	64	1	2	31	1.17
17299391--17299610	80	2.7	80	80	10	211	60	0	3	35	1.19
17299520--17299558	21	2.0	21	85	10	55	46	2	2	48	1.29
17299573--17299612	9	4.2	9	81	12	53	67	0	0	32	0.91
17299565--17299621	29	2.0	29	89	0	87	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17299573--17299612	20	2.1	19	86	9	55	67	0	0	32	0.91
17299779--17299836	30	1.9	30	82	6	73	56	6	13	22	1.61
17302353--17302536	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
17302393--17302581	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
17310472--17310655	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
17310512--17310700	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
17315315--17315790	47	10.1	47	89	5	642	31	11	30	26	1.91
17315426--17315500	24	3.2	24	63	14	66	28	13	33	25	1.93
17315315--17315790	143	3.4	141	85	9	635	31	11	30	26	1.91
17315315--17315790	96	5.0	94	88	6	633	31	11	30	26	1.91
17315764--17315852	44	2.0	46	88	4	137	33	7	31	26	1.85
17315998--17316140	37	3.9	36	92	2	232	24	19	31	24	1.98
17315998--17316140	73	2.0	73	92	0	241	24	19	31	24	1.98
17317407--17317836	40	10.8	40	93	0	702	23	22	29	25	1.99
17317407--17317836	199	2.2	200	92	0	711	23	22	29	25	1.99
17325586--17325636	25	2.0	25	96	0	93	23	13	11	50	1.74
17334469--17334532	30	2.1	30	97	0	119	31	17	14	37	1.89
17335133--17335157	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
17335130--17335202	29	2.5	31	78	13	82	60	4	0	35	1.16
17335137--17335208	31	2.4	30	73	22	71	61	2	0	36	1.11
17336086--17336128	5	8.6	5	100	0	86	39	0	0	60	0.97
17337432--17337470	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17337710--17337844	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
17337967--17338006	19	2.2	17	86	8	53	47	0	22	30	1.52
17342489--17342532	5	9.0	5	95	5	81	40	0	0	59	0.98
17343837--17343875	18	2.1	19	90	4	62	41	0	10	48	1.37
17344115--17344249	39	3.4	39	74	6	112	23	20	28	28	1.99
17344372--17344412	19	2.2	19	87	12	59	46	0	24	29	1.53
17346052--17346249	46	4.2	46	80	10	145	26	20	30	22	1.98
17347961--17348000	20	2.0	21	85	5	55	45	12	12	30	1.79
17350361--17350394	13	2.6	13	100	0	68	11	29	41	17	1.85
17351505--17351542	19	2.0	19	85	10	51	18	10	2	68	1.30
17353985--17354100	57	2.0	57	100	0	232	21	28	15	34	1.94
17354010--17354102	30	3.2	30	61	25	72	20	27	12	38	1.89
17376649--17376706	25	2.3	25	81	0	71	29	22	18	29	1.98
17381027--17381056	13	2.3	13	94	0	51	30	3	26	40	1.72
17384449--17384511	19	3.3	19	80	14	76	57	1	0	41	1.08
17384457--17384514	27	2.1	27	84	6	73	53	1	0	44	1.10
17386441--17386497	24	2.4	24	88	8	82	38	5	7	49	1.53
17387215--17387258	18	2.5	18	92	3	72	15	2	20	61	1.45
17388072--17388142	17	4.2	17	76	7	74	35	7	14	43	1.72
17388072--17388159	33	2.6	34	78	10	83	35	7	12	44	1.72
17403574--17403787	39	5.5	39	82	5	254	29	19	25	25	1.98
17403574--17403787	77	2.8	78	84	3	279	29	19	25	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17409650--17409680	7	4.4	7	95	0	53	16	41	9	32	1.80
17413900--17413958	22	2.7	22	94	0	100	13	13	27	45	1.81
17414059--17414240	43	4.2	43	87	0	238	24	28	21	25	1.99
17415775--17415967	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
17415805--17415967	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
17418561--17418970	138	3.0	138	97	0	750	48	14	10	26	1.75
17420526--17420640	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
17420526--17420659	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
17423065--17423090	12	2.2	12	100	0	52	61	0	30	7	1.24
17423382--17423423	15	2.9	14	85	7	57	19	0	2	78	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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