genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.96.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  96  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27828641--27828682	21	2.0	21	95	0	75	26	14	35	23	1.93
27840828--27840879	20	2.6	20	84	0	77	11	28	30	28	1.92
27845624--27845767	39	3.7	40	91	0	211	24	31	21	22	1.98
27853566--27853709	39	3.7	40	90	0	202	25	31	20	22	1.98
27869139--27869371	48	4.9	49	72	14	218	27	19	24	28	1.99
27872624--27872703	42	1.9	42	87	5	117	21	37	25	16	1.93
27875647--27875722	22	3.3	22	67	16	64	32	14	28	23	1.94
27875744--27875863	22	5.2	22	62	25	59	30	13	29	26	1.94
27875626--27875913	47	6.1	47	94	0	504	34	12	27	25	1.92
27875941--27876109	46	3.7	46	94	0	284	34	8	32	24	1.85
27881103--27881152	26	1.9	26	87	0	73	42	10	18	30	1.82
27881540--27881663	49	2.5	49	77	2	124	37	14	20	26	1.92
27883227--27883284	27	2.1	27	93	0	98	22	13	10	53	1.70
27884391--27884477	25	3.5	25	88	0	129	25	16	26	32	1.96
27884943--27884975	16	2.0	17	88	5	50	27	27	18	27	1.98
27890544--27890711	47	3.6	47	83	8	159	23	30	19	27	1.98
27890548--27890803	140	1.8	140	84	8	351	23	29	18	28	1.98
27891636--27891698	31	2.0	31	100	0	126	42	9	6	41	1.63
27904252--27904288	17	2.2	17	95	0	65	48	0	2	48	1.15
27904827--27904878	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
27904980--27905010	16	1.9	16	100	0	62	51	3	0	45	1.17
27905595--27905630	9	3.8	9	86	13	54	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27905590--27905632	10	4.3	10	85	14	54	37	0	0	62	0.95
27905760--27905803	17	2.4	19	81	7	56	63	0	9	27	1.24
27910175--27910218	17	2.8	15	83	16	54	54	2	2	40	1.25
27911870--27911954	42	2.0	42	97	0	161	9	25	16	48	1.76
27914006--27914045	2	20.0	2	94	0	71	47	0	2	50	1.14
27914120--27914189	3	23.3	3	94	0	104	27	0	5	67	1.13
27915358--27915423	29	2.2	29	84	7	80	48	24	4	22	1.69
27916333--27916359	13	2.1	13	100	0	54	55	22	0	22	1.44
27916432--27916810	12	28.8	13	70	19	155	56	18	2	22	1.53
27916483--27916666	49	3.6	49	75	14	153	59	17	1	21	1.46
27916500--27916801	25	11.5	26	73	17	193	57	18	1	22	1.51
27916478--27916813	65	5.1	65	80	11	268	57	18	2	22	1.51
27917992--27918034	22	2.0	22	100	0	86	32	4	4	58	1.39
27920274--27920429	43	3.7	41	77	10	154	23	19	26	30	1.98
27921515--27921572	30	1.9	30	85	0	80	41	6	20	31	1.79
27922037--27922289	68	3.9	64	79	10	246	31	16	27	24	1.97
27924173--27924336	41	4.0	40	83	3	175	35	20	21	22	1.96
27924173--27924336	81	2.0	82	82	3	197	35	20	21	22	1.96
27924513--27924559	7	6.7	7	80	0	58	27	0	25	46	1.53
27924508--27924559	14	3.7	14	84	0	68	28	0	23	48	1.51
27924598--27924732	7	19.0	7	69	10	60	23	0	37	38	1.61
27924635--27924695	21	2.9	20	80	9	68	26	1	34	37	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27924619--27924688	28	2.5	30	84	13	87	24	1	38	35	1.64
27931874--27931917	22	2.0	22	86	0	61	43	0	0	56	0.99
27935629--27935800	46	3.7	46	78	13	208	22	21	27	28	1.99
27935625--27935795	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.99
27936025--27936062	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
27938009--27938141	54	2.5	54	88	0	194	28	23	21	27	1.99
27942859--27942915	28	2.0	29	86	3	80	42	3	22	31	1.71
27942860--27942924	28	2.3	28	83	2	76	43	3	23	30	1.69
27945409--27945529	28	4.2	28	80	9	129	28	33	10	28	1.90
27945429--27945529	28	3.6	28	83	1	130	29	35	8	25	1.87
27947124--27947179	23	2.4	24	80	14	64	28	1	26	42	1.65
27951350--27951702	46	7.7	46	89	1	440	41	15	24	19	1.90
27951361--27951702	137	2.5	138	86	1	454	41	15	23	19	1.90
27951995--27952027	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
27954873--27954986	29	4.0	29	89	1	149	24	16	32	26	1.96
27957933--27958017	42	2.0	42	97	0	161	27	9	20	43	1.82
27960683--27960839	77	2.0	77	100	0	314	31	12	21	35	1.91
27965002--27965073	20	3.3	20	67	20	54	20	22	29	27	1.99
27965903--27965952	22	2.2	22	96	3	91	32	0	14	54	1.40
27968310--27968517	40	5.2	40	83	2	211	25	23	25	25	2.00
27968311--27968517	80	2.6	80	82	6	240	25	23	26	25	2.00
27973710--27973742	17	1.9	17	88	11	50	54	9	0	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27980894--27980962	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
27980885--27980972	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
27993400--27993506	26	4.2	26	92	1	180	36	23	7	32	1.83
28000417--28000524	26	4.2	26	91	0	180	36	23	7	33	1.83
28005287--28005374	46	1.9	46	95	0	158	26	20	28	25	1.99
28005435--28005544	49	2.2	49	80	3	123	29	20	30	20	1.98
28006624--28006682	31	1.9	31	96	0	109	11	35	16	35	1.86
28007557--28007608	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
28008800--28008939	6	22.8	6	71	15	99	46	14	18	20	1.84
28008852--28008962	31	3.5	31	88	1	159	48	12	18	20	1.80
28008784--28008939	37	4.4	37	77	11	148	47	14	17	20	1.82
28009100--28009172	27	2.7	27	80	2	85	41	19	21	17	1.91
28009343--28009395	22	2.4	22	72	12	54	37	18	22	20	1.94
28009822--28010043	27	8.3	27	89	0	302	24	19	20	35	1.96
28010028--28010368	27	12.6	27	79	6	278	31	9	19	39	1.84
28009850--28010073	81	2.8	81	84	5	213	25	17	20	35	1.95
28010147--28010368	27	8.2	27	83	0	282	31	8	18	41	1.81
28012323--28012361	21	1.9	21	89	5	62	12	35	28	23	1.91
28015135--28015934	266	3.0	266	88	0	1188	28	16	18	37	1.92
28016350--28016418	29	2.4	29	95	0	120	36	5	13	44	1.67
28021811--28021855	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
28025025--28025068	21	2.1	21	100	0	88	40	18	13	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28030080--28030130	20	2.5	20	93	0	84	37	9	15	37	1.81
28030189--28030307	24	5.0	24	91	5	188	29	21	21	28	1.98
28030189--28030288	47	2.1	47	96	1	182	31	20	20	29	1.97
28038000--28038047	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
28038083--28038127	20	2.2	20	96	0	81	33	11	22	33	1.89
28038179--28038272	23	4.0	24	83	9	122	29	20	21	28	1.98
28038405--28038469	31	2.1	32	88	2	96	36	15	24	23	1.93
28040384--28040531	40	3.8	38	77	12	149	26	23	27	22	1.99
28040383--28040547	78	2.1	78	81	7	192	26	23	27	23	2.00
28046649--28046799	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
28046686--28046815	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
28054255--28054305	25	2.0	25	88	0	75	29	23	19	27	1.98
28054346--28054384	10	3.8	10	93	6	69	33	17	17	30	1.94
28054345--28054384	21	1.9	21	100	0	80	35	17	17	30	1.93
28054431--28054497	25	2.7	25	88	0	98	25	25	22	26	2.00
28055608--28055760	35	4.4	35	79	1	164	28	8	17	45	1.77
28057965--28058116	39	3.8	40	85	0	164	24	32	21	21	1.98
28058001--28058124	39	3.2	39	88	1	185	24	33	20	22	1.97
28076126--28076227	29	3.5	28	88	5	141	29	16	25	28	1.97
28081691--28081717	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28089153--28089183	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
28093146--28093271	25	5.3	25	68	24	110	34	13	26	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28093136--28093255	22	5.2	22	66	25	77	34	15	28	21	1.94
28093103--28093296	94	2.1	94	90	0	298	34	12	28	24	1.92
28093128--28093296	47	3.6	47	96	0	302	34	14	28	22	1.93
28094892--28095069	40	4.4	40	92	2	284	26	17	26	29	1.97
28095101--28095257	28	5.6	27	77	8	143	21	18	29	30	1.97
28095129--28095257	29	4.5	28	78	8	118	21	17	30	31	1.96
28095097--28095285	57	3.3	57	86	2	247	22	17	30	29	1.97
28098585--28098703	22	5.1	22	65	25	66	33	12	28	25	1.92
28098593--28098759	23	7.2	22	63	27	69	33	11	28	25	1.92
28098560--28098840	141	2.0	141	86	4	388	33	10	29	26	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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