genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  291  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90242619--90242721	29	3.6	29	87	0	143	24	33	14	28	1.94
90246270--90246294	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
90246383--90246417	14	2.5	14	100	0	70	57	0	0	42	0.99
90257220--90257250	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
90264602--90264634	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
90266534--90266569	10	3.6	10	100	0	72	36	11	0	52	1.37
90268449--90268495	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
90268901--90269074	50	3.5	50	76	10	185	27	16	24	32	1.96
90268889--90269074	100	1.9	100	88	2	284	27	16	24	32	1.96
90272560--90272603	15	2.9	16	86	6	56	15	20	11	52	1.74
90275164--90275210	19	2.3	20	82	10	60	36	0	14	48	1.44
90275608--90275794	50	3.7	50	76	9	166	26	18	24	30	1.98
90275613--90275801	101	1.9	100	85	6	265	26	19	24	30	1.98
90280612--90280691	6	13.2	6	70	17	58	48	13	17	20	1.80
90280612--90280721	31	3.5	31	86	3	132	49	13	17	20	1.80
90280858--90280959	54	1.9	53	81	2	123	37	20	22	19	1.95
90280858--90280959	27	3.8	27	83	5	107	37	20	22	19	1.95
90281118--90281182	22	3.0	22	84	8	87	33	24	23	18	1.96
90281609--90281856	27	9.3	27	85	5	294	25	20	20	34	1.96
90281637--90281846	106	2.0	108	85	5	293	25	19	20	34	1.96
90281912--90282004	27	3.4	27	80	2	107	32	10	19	37	1.86
90281983--90282349	54	6.8	54	92	0	601	30	7	21	41	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90281957--90282349	27	14.6	27	85	0	518	30	7	20	40	1.81
90284553--90284665	49	2.3	49	80	7	122	34	18	24	22	1.96
90289077--90289111	16	2.2	16	90	10	54	65	0	0	34	0.93
90289150--90289203	19	2.9	17	75	19	63	51	1	0	46	1.11
90298900--90298960	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
90313393--90313497	43	2.5	42	79	6	113	30	26	16	26	1.96
90314996--90315027	16	1.9	17	93	6	57	31	9	15	43	1.78
90321592--90321751	29	5.5	29	82	4	171	26	31	16	25	1.97
90329749--90329876	29	4.4	29	77	5	116	25	31	17	25	1.97
90331178--90331348	43	3.8	44	77	14	188	28	28	22	20	1.98
90331185--90331353	93	1.8	91	92	3	286	27	29	22	20	1.98
90333690--90333778	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
90333690--90333769	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
90333701--90333778	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
90339900--90340107	40	5.2	40	82	2	231	26	26	20	25	1.99
90342815--90342900	37	2.3	37	93	0	154	22	33	19	24	1.97
90343001--90343267	49	5.5	49	92	3	400	29	30	8	30	1.88
90348175--90348302	45	2.8	46	93	2	222	29	28	21	19	1.98
90355956--90355988	16	2.1	16	100	0	66	48	27	6	18	1.71
90362655--90362787	50	2.8	46	82	8	137	33	21	15	29	1.95
90366608--90366649	3	14.0	3	94	0	75	33	2	0	64	1.07
90368150--90368325	46	3.8	46	78	11	198	21	19	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90368149--90368317	93	1.8	93	90	2	277	21	20	28	29	1.98
90371572--90371705	61	2.2	60	79	9	148	29	17	23	29	1.97
90371650--90371731	33	2.4	34	90	6	123	25	19	25	29	1.99
90378971--90379001	14	2.2	14	100	0	62	35	16	22	25	1.94
90384987--90385137	40	3.8	39	76	10	119	23	26	23	27	2.00
90384987--90385136	80	1.9	80	82	8	189	22	26	23	27	2.00
90397020--90397235	40	5.4	40	90	4	289	24	23	26	25	2.00
90400436--90400756	27	12.0	27	81	2	342	25	13	21	39	1.90
90401068--90401157	18	5.1	18	80	8	103	23	18	12	45	1.83
90402785--90402860	40	1.9	40	86	5	109	30	22	14	32	1.94
90409565--90409725	29	5.6	29	85	0	169	27	14	32	25	1.95
90417377--90417508	29	4.6	29	86	3	167	29	15	30	25	1.95
90418996--90419071	26	2.9	26	74	0	80	19	21	21	38	1.94
90426569--90426620	27	1.9	27	84	7	70	28	19	19	32	1.96
90428111--90428180	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
90436043--90436140	28	3.5	28	86	5	119	30	27	14	27	1.95
90437763--90437821	26	2.2	26	84	3	73	20	25	18	35	1.95
90437775--90437824	26	1.9	26	91	0	82	18	24	22	36	1.95
90439879--90439911	14	2.4	14	90	10	50	39	0	0	60	0.97
90443705--90443765	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
90446377--90446426	20	2.5	20	80	12	57	34	24	6	36	1.80
90446620--90446787	84	2.0	84	80	9	191	33	23	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90455938--90456086	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90455979--90456086	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90464057--90464205	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
90464098--90464205	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
90477718--90477761	23	1.9	23	82	17	56	47	0	22	29	1.51
90477869--90477901	14	2.4	14	94	0	57	24	9	0	66	1.20
90481936--90482118	24	7.6	24	94	0	312	35	25	18	20	1.95
90483546--90483625	40	2.0	40	100	0	160	32	20	12	35	1.90
90486371--90486403	16	2.1	16	100	0	66	30	12	30	27	1.92
90492423--90492459	19	1.9	19	100	0	74	27	10	37	24	1.88
90496448--90496645	50	4.0	50	76	5	177	25	19	25	29	1.99
90505406--90505627	40	5.6	40	90	1	340	26	26	22	23	2.00
90513407--90513588	40	4.6	40	86	2	260	24	26	24	24	2.00
90516091--90516162	29	2.5	29	91	6	112	29	13	27	29	1.95
90523901--90524001	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
90523930--90524001	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
90529281--90529380	46	2.2	46	87	0	137	32	21	15	32	1.94
90537104--90537133	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
90540074--90540281	40	5.2	40	87	2	294	25	24	28	22	1.99
90548196--90548341	40	3.7	40	100	0	292	26	23	29	21	1.99
90550277--90550491	76	2.7	79	83	5	256	26	23	26	23	2.00
90550277--90550491	40	5.4	40	83	6	242	26	23	26	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90550434--90550517	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
90550357--90550531	80	2.2	78	78	5	179	27	23	26	22	2.00
90558391--90558607	78	2.7	80	84	3	267	26	23	26	23	2.00
90558391--90558607	40	5.4	40	86	3	260	26	23	26	23	2.00
90558550--90558633	40	2.1	40	82	4	98	26	27	26	20	1.99
90558458--90558647	80	2.4	78	79	4	182	28	23	25	22	1.99
90564893--90565117	40	5.6	39	84	8	274	25	26	23	24	2.00
90564893--90565117	83	2.8	82	87	4	325	25	26	23	24	2.00
90572152--90572335	99	1.9	94	86	7	262	26	18	30	24	1.98
90572065--90572335	49	5.7	50	71	18	170	26	19	29	23	1.98
90574781--90574973	39	4.9	39	89	0	260	24	31	20	23	1.98
90577289--90577422	56	2.4	56	94	0	232	26	16	26	30	1.97
90580864--90580946	40	2.1	40	95	0	148	21	22	21	33	1.97
90584717--90584850	56	2.4	56	88	0	205	28	15	24	31	1.96
90584748--90584877	56	2.3	56	86	5	174	28	16	24	30	1.97
90594507--90594629	47	2.6	47	92	0	201	31	30	17	21	1.96
90609263--90609301	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
90610387--90610569	63	2.8	64	78	9	194	23	30	16	29	1.97
90611038--90611099	32	1.9	32	100	0	124	29	12	8	50	1.69
90611334--90611394	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
90612823--90612978	46	3.4	45	79	8	170	29	18	28	23	1.98
90615812--90615879	31	2.2	30	80	10	75	63	4	1	30	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90617395--90617570	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90617392--90617563	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90624934--90625109	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
90624931--90625102	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
90628802--90628853	20	2.5	21	87	6	79	53	7	0	38	1.30
90629373--90629409	11	3.2	12	88	11	60	45	0	54	0	1.00
90629371--90629420	11	4.5	11	82	9	57	44	0	56	0	0.99
90629683--90629715	13	2.4	14	95	5	59	18	6	15	60	1.54
90629682--90629716	14	2.5	15	86	13	56	17	5	14	62	1.49
90629680--90629752	33	2.3	31	82	13	94	12	5	17	64	1.45

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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