genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  267  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82056971--82057016	24	1.9	24	86	0	65	34	28	8	28	1.87
82065724--82065758	18	1.9	18	88	11	54	40	17	0	42	1.49
82066314--82066612	148	2.0	148	98	0	571	30	14	14	40	1.86
82068991--82069329	50	6.9	50	85	6	415	28	18	29	23	1.98
82068991--82069374	145	2.6	145	83	7	429	28	18	29	23	1.98
82068991--82069374	50	7.9	50	80	11	370	28	18	29	23	1.98
82069637--82069771	66	2.0	66	100	0	270	40	14	18	26	1.90
82071792--82071828	15	2.5	15	91	8	58	5	13	43	37	1.67
82079436--82079492	25	2.3	25	82	8	64	63	1	31	3	1.22
82080173--82080209	15	2.5	15	100	0	74	10	27	27	35	1.90
82085996--82087754	878	2.0	878	92	0	2928	35	17	15	31	1.91
82087944--82088001	30	1.9	30	82	6	73	18	27	29	24	1.98
82092118--82092174	26	2.2	26	96	0	105	19	17	38	24	1.93
82092818--82092857	20	2.0	21	90	5	64	57	0	40	2	1.12
82094492--82094652	45	3.6	44	77	5	146	45	13	16	25	1.83
82097527--82097680	40	3.9	39	79	10	161	24	29	23	23	1.99
82099832--82100049	46	4.7	46	86	1	276	21	22	15	41	1.90
82102125--82102173	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
82102131--82102169	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
82102132--82102173	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
82102143--82102218	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
82103803--82103900	25	3.9	25	94	0	169	37	13	23	25	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82105144--82105371	46	5.0	46	86	1	296	21	22	15	40	1.91
82107452--82107479	11	2.5	11	100	0	56	71	0	0	28	0.86
82107469--82107516	20	2.5	20	89	3	71	56	6	0	37	1.25
82111914--82111986	25	2.9	25	81	0	83	35	21	19	23	1.96
82116144--82116181	19	2.0	19	94	0	67	39	10	28	21	1.86
82119005--82119036	5	6.2	5	96	3	55	0	18	0	81	0.70
82130272--82130452	48	3.8	48	90	1	274	28	26	18	27	1.98
82130432--82130514	37	2.2	37	91	4	132	27	25	18	28	1.98
82132612--82132810	60	3.3	61	90	5	314	54	8	21	15	1.67
82132727--82132761	13	2.8	13	91	4	54	82	0	17	0	0.66
82134056--82134277	120	1.9	120	86	5	324	21	22	28	27	1.99
82134056--82134277	40	5.6	40	86	0	282	21	22	28	27	1.99
82134056--82134311	40	6.5	39	83	6	207	22	21	28	26	1.99
82140875--82140909	13	2.8	13	91	4	54	82	0	17	0	0.66
82140843--82141018	60	2.9	60	97	0	334	52	9	20	17	1.72
82140935--82140969	13	2.8	13	91	4	54	82	0	17	0	0.66
82142259--82142435	40	4.5	40	86	2	234	23	22	28	25	1.99
82142259--82142435	80	2.2	79	89	4	259	23	22	28	25	1.99
82146471--82146625	43	3.7	42	83	5	197	30	12	24	32	1.93
82154033--82154439	55	7.7	54	74	9	318	23	23	16	37	1.94
82154056--82154501	209	2.1	208	90	0	694	24	22	15	37	1.93
82156668--82156699	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82158814--82158849	2	18.5	2	94	5	65	47	0	0	52	1.00
82161255--82161377	65	1.9	65	94	0	219	32	6	25	35	1.82
82162246--82162316	16	4.4	16	89	0	106	32	26	5	35	1.80
82169352--82169384	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
82172192--82172281	44	2.0	44	84	0	117	45	5	10	38	1.61
82172248--82172282	18	2.0	18	88	5	54	57	5	2	34	1.37
82172990--82173019	12	2.4	13	94	5	53	30	0	0	70	0.88
82175180--82175248	28	2.5	28	92	2	113	43	26	10	20	1.83
82179282--82179430	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
82179323--82179430	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
82182661--82182846	40	4.7	40	86	7	220	25	21	26	25	1.99
82182714--82182865	40	3.8	40	87	6	116	26	21	26	25	1.99
82182695--82182865	80	2.1	81	81	10	201	28	21	25	25	1.99
82189233--82189335	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
82197646--82197830	40	4.7	40	77	7	182	24	21	27	26	1.99
82197699--82197863	79	2.1	79	84	6	210	26	21	27	25	1.99
82205676--82205860	40	4.7	40	81	7	209	24	22	27	25	2.00
82205676--82205893	79	2.7	78	82	10	239	25	22	27	25	2.00
82210587--82210628	20	2.1	20	90	0	66	30	14	21	33	1.93
82212630--82212671	18	2.3	18	100	0	84	14	38	28	19	1.90
82227736--82227827	42	2.2	42	90	0	139	34	20	14	30	1.92
82227962--82228045	25	3.4	24	76	12	82	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82228844--82228908	27	2.4	27	79	5	69	23	24	16	35	1.95
82228962--82229070	27	3.9	27	74	15	87	33	9	17	40	1.81
82228966--82229122	54	2.8	55	80	7	158	30	9	19	40	1.83
82229026--82229122	27	3.6	26	78	10	90	25	8	22	43	1.81
82229144--82229259	27	4.4	25	81	11	108	36	6	22	34	1.81
82229154--82229245	27	3.4	27	89	5	141	39	5	25	30	1.78
82229144--82229272	54	2.4	53	78	11	136	35	6	24	33	1.82
82232974--82233128	43	3.6	43	77	5	143	27	16	25	30	1.96
82241824--82241865	18	2.1	21	87	12	63	11	4	26	57	1.54
82246132--82246277	43	3.4	43	77	7	118	26	17	26	29	1.97
82250452--82250496	20	2.3	20	96	3	83	62	8	11	17	1.53
82251340--82251501	43	3.8	42	79	11	159	24	19	24	30	1.98
82254414--82254444	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
82254411--82254450	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
82254695--82254880	55	3.4	53	81	7	187	22	25	18	33	1.96
82259677--82259794	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82259645--82259808	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82266786--82266903	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
82266754--82266917	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
82268463--82268487	13	1.9	13	100	0	50	24	0	16	60	1.36
82271085--82271238	43	3.6	42	78	5	130	23	16	25	33	1.96
82271075--82271215	43	3.3	43	74	13	137	21	14	26	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82275955--82276104	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
82275979--82276162	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
82277242--82277272	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
82289159--82289326	40	4.2	40	80	12	184	23	22	28	26	1.99
82289159--82289326	80	2.1	79	87	4	239	23	22	28	26	1.99
82297042--82297329	40	7.2	40	78	12	279	24	21	27	26	1.99
82297042--82297329	80	3.6	78	80	10	314	24	21	27	26	1.99
82297042--82297306	120	2.2	120	95	0	485	26	21	26	25	2.00
82298914--82298980	33	2.0	33	82	5	82	37	22	7	32	1.82
82304348--82304523	46	3.8	46	78	12	198	20	21	29	28	1.98
82304345--82304515	93	1.8	93	92	0	288	20	21	29	28	1.98
82307045--82307262	46	4.8	45	78	6	190	25	21	31	22	1.98
82314578--82314709	29	4.6	29	91	0	201	25	32	15	26	1.95
82319006--82319081	37	2.1	37	100	0	152	31	25	10	32	1.89
82328497--82328534	19	2.0	19	90	10	60	71	0	7	21	1.11
82340591--82340769	81	2.2	84	81	8	206	29	15	21	34	1.93
82340591--82340768	41	4.3	41	80	8	166	28	15	21	34	1.93
82344612--82344675	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
82344883--82345034	24	6.4	24	90	3	236	26	21	22	29	1.99
82344883--82345034	71	2.1	71	93	1	259	26	21	22	29	1.99
82344883--82345034	47	3.2	48	90	3	236	26	21	22	29	1.99
82345084--82345144	20	3.0	20	90	0	95	32	21	13	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82352545--82352600	29	1.9	29	92	0	94	23	25	17	33	1.96
82352793--82352956	23	7.0	24	90	6	239	28	21	21	28	1.99
82360485--82360547	30	2.1	31	90	3	101	23	23	15	36	1.94
82360739--82360903	23	7.0	24	90	6	248	27	21	21	28	1.99
82360739--82360903	70	2.3	71	91	4	262	27	21	21	28	1.99
82360739--82360903	47	3.5	48	89	6	248	27	21	21	28	1.99
82360952--82360992	20	2.0	20	100	0	82	36	19	9	34	1.85
82360996--82361043	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
82366867--82367037	46	3.7	46	75	14	183	22	20	27	29	1.99
82368350--82368396	24	2.0	23	87	8	67	44	17	10	27	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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