Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  293  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90894259--90894295
14
2.6
14
91
0
56
45
32
2
18
1.64
90894269--90894321
21
2.5
21
78
6
63
49
32
0
18
1.48
90894405--90894463
14
4.1
14
78
6
55
37
38
0
23
1.55
90894684--90894730
14
3.5
13
82
2
58
48
29
0
21
1.50
90895566--90895670
54
1.9
54
86
0
147
29
21
25
22
1.99
90895690--90895767
40
2.0
40
86
0
111
28
23
16
32
1.96
90899340--90899421
36
2.2
37
82
8
96
56
2
2
39
1.26
90899922--90899960
11
3.5
11
92
0
69
66
0
5
28
1.12
90899913--90899960
22
2.2
22
96
0
87
66
0
6
27
1.15
90901681--90901822
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
90901720--90901848
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
90909711--90909852
40
3.5
40
83
1
124
27
23
26
22
1.99
90909750--90909878
40
3.2
39
84
6
152
24
22
27
25
2.00
90923076--90923238
39
4.2
39
89
0
245
25
33
19
22
1.97
90929246--90929308
17
3.8
17
71
12
58
49
1
3
46
1.27
90933586--90933617
15
2.1
15
94
0
55
15
6
9
68
1.36
90938493--90938567
4
19.0
4
74
17
59
74
0
25
0
0.82
90938499--90938556
6
9.2
6
79
20
57
77
0
22
0
0.77
90938495--90938560
10
6.1
10
80
19
71
77
0
22
0
0.77
90938495--90938568
29
2.7
29
93
6
127
74
0
25
0
0.82
90938907--90938944
20
1.9
20
84
10
51
60
0
10
28
1.30
90940252--90940309
3
19.3
3
100
0
116
67
0
0
32
0.91
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
90942508--90942905
44
9.0
44
78
4
316
27
20
17
33
1.96
90942505--90942904
89
4.5
88
78
3
390
28
20
17
33
1.95
90942515--90942905
133
2.9
134
80
5
443
28
20
17
33
1.96
90952688--90952904
46
4.7
46
76
6
172
24
29
18
27
1.98
90955606--90955665
28
2.1
28
96
0
111
41
11
8
38
1.72
90958611--90958654
12
3.7
12
84
9
54
61
4
6
27
1.41
90970845--90971143
39
7.7
39
85
7
276
26
27
20
26
1.99
90970845--90971143
79
3.8
78
86
8
376
26
27
20
26
1.99
90979002--90979326
40
8.1
40
85
4
381
25
26
21
26
2.00
90986311--90986351
20
2.0
20
86
9
57
51
29
0
19
1.47
90992052--90992105
21
2.6
21
77
16
58
44
1
1
51
1.22
90994800--90994858
32
1.9
30
86
6
82
59
3
3
33
1.31
91003809--91003841
12
2.8
12
90
4
50
90
0
9
0
0.44
91015719--91015818
47
2.1
47
94
0
173
28
15
17
40
1.89
91019814--91019873
25
2.4
25
85
0
84
30
15
28
26
1.96
91019995--91020051
26
2.2
26
87
0
78
42
19
22
15
1.89
91020002--91020052
26
2.0
26
92
0
84
39
21
21
17
1.93
91020512--91020555
5
8.6
5
85
5
61
40
18
0
40
1.50
91028959--91029228
136
2.0
135
89
5
420
40
13
11
34
1.81
91029418--91029448
7
4.6
7
92
8
55
58
0
0
41
0.98
91029418--91029448
13
2.3
13
94
5
53
58
0
0
41
0.98
91035428--91035474
16
2.9
16
83
0
58
46
21
21
10
1.81
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91037050--91037151
29
3.6
29
87
2
143
26
15
33
24
1.95
91044900--91045002
29
3.6
29
87
0
143
26
15
33
25
1.95
91047706--91047768
25
2.5
26
84
7
85
25
19
23
31
1.98
91048309--91048335
13
2.1
13
100
0
54
48
22
14
14
1.81
91069374--91069417
23
2.0
21
91
8
70
22
2
0
75
0.92
91070804--91070843
21
1.9
21
100
0
80
42
12
20
25
1.86
91071248--91071280
17
1.9
18
88
11
52
45
0
12
42
1.41
91072207--91072241
16
2.2
16
100
0
70
37
5
20
37
1.76
91074557--91074602
18
2.5
18
82
3
56
54
8
0
36
1.32
91092907--91093115
44
4.8
44
81
0
175
31
16
19
33
1.94
91094848--91094886
20
2.0
20
100
0
78
20
35
17
25
1.95
91100734--91100796
30
2.1
29
91
8
99
36
19
12
31
1.89
91102700--91103042
44
7.5
44
70
11
206
32
18
20
28
1.97
91103475--91103500
13
2.0
13
100
0
52
46
15
23
15
1.83
91105640--91105757
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
91105608--91105771
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
91113215--91113332
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
91113183--91113346
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
91114739--91114775
8
4.6
8
100
0
74
24
0
0
75
0.80
91121907--91122063
65
2.4
65
96
0
287
19
22
23
34
1.96
91123704--91123841
44
3.2
42
82
9
161
34
22
16
26
1.95
91125758--91125797
20
2.0
21
90
5
64
47
10
5
37
1.59
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91126824--91126856
10
3.3
10
100
0
66
51
9
0
39
1.34
91126869--91126919
3
17.0
3
95
0
93
64
0
0
35
0.94
91127605--91127646
17
2.5
17
84
0
57
57
7
0
35
1.26
91127813--91127859
20
2.4
19
80
16
51
72
8
4
14
1.24
91128380--91128422
18
2.1
22
84
16
58
27
0
2
69
1.00
91128380--91128422
10
4.3
10
88
11
54
27
0
2
69
1.00
91129062--91129119
29
2.0
29
96
0
107
31
29
20
18
1.97
91129658--91129800
73
1.9
74
88
5
218
33
23
17
25
1.96
91129980--91130012
15
2.2
15
94
0
57
69
0
9
21
1.15
91129728--91130364
87
7.1
87
75
11
457
36
19
17
27
1.94
91130153--91130188
14
2.6
14
95
0
63
52
5
19
22
1.66
91130064--91130291
103
2.2
103
96
0
411
37
16
19
26
1.93
91130256--91130291
14
2.6
14
90
0
54
50
8
19
22
1.74
91130167--91130364
89
2.2
89
88
1
301
37
17
18
26
1.93
91129988--91130345
192
1.9
191
90
1
574
35
19
18
27
1.95
91130280--91130418
73
1.9
73
93
0
242
33
22
17
27
1.96
91139959--91139995
18
2.1
18
100
0
74
10
32
21
35
1.88
91141852--91141891
20
2.0
21
90
5
64
47
10
5
37
1.59
91142445--91142479
2
17.5
2
100
0
70
51
0
0
48
1.00
91142933--91142957
10
2.5
10
100
0
50
52
8
0
40
1.31
91142943--91143010
6
10.4
7
93
6
69
61
2
0
35
1.11
91142955--91143011
3
19.3
3
92
3
98
64
1
0
33
1.04
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91143675--91143739
8
8.0
8
74
14
53
61
6
0
32
1.21
91143698--91143739
17
2.5
17
84
0
57
57
7
0
35
1.26
91144464--91144496
16
2.0
17
88
5
50
24
0
0
75
0.80
91146800--91146902
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
91154597--91154699
29
3.6
28
81
5
116
21
16
33
29
1.95
91158440--91158487
24
2.0
24
95
0
87
29
2
16
52
1.56
91158458--91158495
17
2.2
17
90
0
58
26
0
15
57
1.38
91159231--91159268
19
2.0
19
100
0
76
21
21
15
42
1.89
91169749--91169774
11
2.4
11
100
0
52
57
0
34
7
1.27
91171415--91171517
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
91178600--91178702
29
3.6
27
81
5
98
29
33
16
21
1.95
91187858--91188073
40
5.4
40
91
2
314
25
22
26
25
2.00
91191242--91191302
26
2.5
24
75
21
63
26
18
22
32
1.97
91195583--91195786
44
4.6
45
78
8
197
33
17
19
29
1.95
91195489--91195723
89
2.7
86
79
9
217
31
17
21
30
1.96
91197359--91197401
4
11.0
4
85
5
61
23
4
0
72
1.04
91199252--91199341
10
10.0
9
67
17
53
55
4
2
37
1.32
91199293--91199327
18
1.9
18
88
0
52
51
5
5
37
1.50
91199357--91199432
19
4.0
18
71
11
55
65
3
2
27
1.23
91232627--91232673
20
2.3
20
92
7
78
36
10
19
34
1.86
91232721--91232828
25
4.4
24
88
5
137
27
22
22
27
1.99
91240634--91240681
25
1.9
25
86
0
69
35
22
14
27
1.93
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
91240717--91240763
20
2.3
20
92
7
78
36
10
19
34
1.86
91240811--91240918
25
4.4
24
84
5
119
27
22
21
28
1.99
91241127--91241186
31
1.9
31
89
0
93
35
18
20
26
1.95
91244974--91245133
29
5.5
29
82
4
180
25
31
16
26
1.97
91250311--91250477
40
4.2
40
77
6
151
26
22
26
24
2.00
91258182--91258312
40
3.3
40
78
6
149
25
22
26
25
2.00
91264448--91264538
28
3.2
28
76
6
96
32
14
20
31
1.93
91266608--91266724
62
1.9
61
86
5
166
50
4
3
41
1.38
91268456--91268603
40
3.7
40
86
5
174
22
27
22
26
2.00
91276449--91276612
40
4.1
40
83
3
195
25
27
21
25
2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425