genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  109  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32025019--32025126	46	2.4	44	81	7	110	31	20	24	24	1.98
32029395--32029595	89	2.3	87	83	7	237	37	20	9	31	1.86
32029411--32029589	89	2.0	91	88	6	267	35	21	10	32	1.87
32031922--32031958	14	2.8	13	88	8	56	27	8	0	64	1.21
32031929--32031959	14	2.2	14	100	0	62	25	6	0	67	1.14
32033301--32033349	13	4.0	13	74	15	50	51	0	2	46	1.12
32036638--32036688	26	2.0	26	88	7	77	45	1	0	52	1.12
32039655--32039779	43	2.9	43	76	5	128	29	24	14	31	1.95
32045830--32045873	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
32050028--32050052	12	2.1	12	100	0	50	52	8	0	40	1.31
32050066--32050109	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
32060601--32060625	9	2.8	9	100	0	50	36	32	8	24	1.84
32074104--32074129	13	2.0	13	100	0	52	61	0	0	38	0.96
32076921--32077342	138	3.1	137	90	1	646	45	5	8	40	1.58
32077048--32077250	67	2.9	70	65	16	159	44	5	7	41	1.56
32078396--32078469	33	2.2	33	85	0	94	44	18	18	17	1.87
32078415--32078493	33	2.4	33	80	4	79	50	18	13	16	1.78
32080312--32080443	29	4.6	29	87	1	167	28	23	15	31	1.96
32080312--32080443	58	2.3	59	88	5	189	28	23	15	31	1.96
32088221--32088352	29	4.6	29	87	1	176	28	24	15	31	1.96
32088221--32088352	58	2.3	59	89	5	198	28	24	15	31	1.96
32093806--32093866	11	5.6	11	75	15	56	78	0	9	11	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32103169--32103239	26	2.7	27	88	4	108	22	7	28	42	1.79
32103533--32103605	28	2.6	29	88	2	112	30	34	13	21	1.92
32107564--32107601	18	2.1	19	90	5	60	39	15	2	42	1.61
32116736--32116998	46	5.7	46	72	16	186	23	28	17	30	1.97
32116736--32116948	93	2.3	94	83	8	258	23	28	18	30	1.98
32116736--32116992	140	1.8	139	82	8	335	23	28	17	30	1.97
32116982--32117559	288	2.0	288	99	0	1147	31	22	12	33	1.92
32123218--32123402	40	4.7	40	82	7	218	24	22	27	25	2.00
32123218--32123434	79	2.8	80	81	10	243	25	21	27	25	1.99
32127256--32127295	17	2.4	17	95	0	71	40	15	15	30	1.87
32128858--32128996	48	2.9	48	86	5	201	31	15	22	30	1.95
32128960--32129036	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
32131126--32131387	46	5.6	46	79	10	239	24	27	18	29	1.98
32131116--32131340	47	4.8	47	80	8	203	23	29	19	28	1.98
32133874--32134062	55	3.5	53	79	5	200	23	23	17	34	1.96
32133864--32134070	53	3.8	54	79	4	202	24	23	16	35	1.95
32141058--32141095	20	1.9	19	94	5	67	55	10	2	31	1.48
32155110--32155212	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
32163074--32163176	29	3.6	28	88	5	143	28	16	27	28	1.97
32175492--32175530	17	2.3	17	95	0	69	23	17	15	43	1.87
32176057--32176109	27	2.0	27	85	7	72	32	22	11	33	1.90
32187227--32187615	48	8.1	48	95	0	679	37	6	26	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32187762--32187906	37	3.9	37	94	0	245	24	18	31	26	1.98
32189977--32190147	93	1.8	93	88	0	261	28	26	21	23	1.99
32189972--32190141	46	3.7	45	72	13	139	29	25	20	24	1.99
32193753--32193800	15	3.2	15	80	11	62	58	14	14	12	1.64
32196756--32196926	93	1.8	93	94	0	306	28	28	21	22	1.99
32196751--32196923	46	3.7	46	77	13	201	28	27	21	22	1.99
32198306--32198428	44	2.8	42	83	10	149	27	30	21	20	1.98
32198299--32198424	45	2.8	45	81	11	161	29	29	21	19	1.98
32198304--32198441	44	3.1	43	76	12	145	28	28	21	20	1.98
32200808--32200884	15	5.2	15	80	9	79	57	14	16	11	1.66
32200798--32200884	29	3.0	29	81	9	106	57	14	17	10	1.64
32203764--32203938	45	3.9	43	81	12	199	28	29	21	20	1.98
32203765--32203942	46	3.9	47	81	7	186	28	29	21	20	1.98
32203772--32203942	93	1.8	92	92	3	290	27	29	22	20	1.98
32209819--32209943	29	4.3	29	91	2	189	24	14	32	28	1.94
32209822--32209936	59	2.0	57	91	3	185	24	15	33	26	1.95
32214658--32214741	34	2.5	34	88	3	116	22	25	26	26	2.00
32216719--32216757	11	3.5	11	82	0	51	30	5	0	64	1.15
32219316--32219340	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
32219503--32219621	6	19.3	6	70	17	84	47	13	19	20	1.83
32219535--32219618	19	4.8	19	75	19	83	44	14	22	19	1.86
32219523--32219593	31	2.3	31	95	0	124	45	14	22	18	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32219530--32219621	25	3.7	25	72	16	91	45	13	21	19	1.84
32219763--32219846	27	3.1	27	81	6	89	36	20	21	21	1.95
32220458--32220598	27	5.2	27	84	0	165	26	19	15	37	1.92
32221597--32221824	46	5.0	46	89	1	314	38	14	24	22	1.92
32226736--32226808	33	2.2	33	97	0	137	20	27	38	13	1.90
32227885--32227989	53	2.0	53	86	0	147	37	17	25	20	1.94
32233777--32233944	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
32241823--32241990	40	4.2	40	80	4	169	23	27	23	25	2.00
32245028--32245911	49	17.7	49	81	10	936	32	8	29	29	1.87
32245220--32245323	25	4.3	25	73	7	115	33	3	28	33	1.76
32245122--32245372	121	2.1	121	94	4	443	32	7	29	31	1.84
32245171--32245468	72	4.1	73	72	15	294	31	7	29	30	1.85
32245245--32245911	47	13.7	47	89	6	983	32	8	29	28	1.87
32245073--32245622	168	3.0	171	87	9	692	32	7	29	30	1.86
32245023--32245468	217	2.0	219	94	1	779	31	7	30	30	1.85
32245245--32245911	145	4.6	145	91	4	1058	32	8	29	28	1.87
32245415--32245490	22	3.3	22	64	10	62	28	10	31	28	1.90
32245533--32245622	27	3.3	26	69	27	78	34	4	27	33	1.77
32245272--32245859	299	2.0	295	95	1	1068	32	9	29	29	1.88
32250269--32250476	40	5.2	40	82	2	220	25	25	21	26	2.00
32253911--32253942	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
32254151--32254486	50	6.7	50	78	3	325	30	25	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32254145--32254480	151	2.2	151	94	0	591	30	24	18	26	1.98
32254153--32254489	101	3.4	99	76	6	318	30	24	18	27	1.98
32257986--32258181	109	1.8	109	85	3	279	37	19	21	21	1.95
32259889--32259942	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
32267684--32267737	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
32274561--32274614	27	2.0	27	82	7	65	29	18	22	29	1.97
32274902--32274986	32	2.7	32	83	0	116	27	18	25	28	1.98
32284057--32284134	32	2.5	31	80	4	84	21	19	28	30	1.97
32284109--32284162	26	2.0	27	85	3	74	24	16	31	27	1.96
32287992--32288182	39	4.9	39	91	3	303	21	30	22	24	1.99
32302775--32302832	23	2.4	24	80	11	64	20	20	15	43	1.88
32308120--32308275	43	3.6	43	76	5	154	30	16	21	31	1.95
32308549--32308590	21	2.0	21	100	0	84	28	9	19	42	1.82
32313944--32313975	16	2.0	16	100	0	64	18	18	31	31	1.95
32320268--32320474	80	2.6	80	81	6	222	27	21	25	25	2.00
32320267--32320474	40	5.2	40	81	4	186	27	21	25	25	1.99
32327893--32328097	40	5.2	40	81	5	200	26	21	26	24	2.00
32327892--32328097	80	2.6	78	82	5	225	26	21	26	25	2.00
32329851--32329888	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
32334286--32334670	27	14.2	27	81	2	333	41	20	7	30	1.80
32335096--32335149	22	2.5	22	84	6	65	18	25	24	31	1.97
32347215--32347651	217	2.0	217	95	0	775	35	11	18	34	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32347683--32347777	20	4.8	20	70	7	68	10	27	21	41	1.85
32360178--32360337	84	1.9	84	94	0	284	28	25	21	25	1.99
32360316--32360343	12	2.3	12	100	0	56	28	42	21	7	1.79
32364413--32364614	40	5.1	40	83	5	241	24	21	28	25	1.99
32366366--32366573	40	5.2	40	80	3	177	26	22	25	25	2.00
32366411--32366558	80	1.9	80	87	5	219	26	24	27	21	1.99
32366367--32366573	80	2.6	78	79	6	218	26	22	26	25	2.00
32369560--32369628	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
32373814--32373882	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83
32378070--32378138	28	2.5	28	92	2	113	20	10	26	43	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425