genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.32.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  32  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8113460--8113525	25	2.7	24	76	4	78	13	25	18	42	1.87
8114111--8114162	26	2.0	26	100	0	104	26	3	19	50	1.65
8138437--8138462	12	2.2	12	100	0	52	23	50	7	19	1.73
8142538--8142579	21	2.0	21	100	0	84	28	19	23	28	1.98
8154103--8154172	35	2.0	34	100	0	104	37	8	28	25	1.85
8155699--8155733	12	2.9	12	95	0	61	45	0	0	54	0.99
8160249--8160392	46	3.1	47	88	4	206	20	22	16	40	1.91
8160361--8160513	38	4.0	38	76	17	172	24	24	18	32	1.98
8160338--8160524	77	2.3	79	90	8	299	25	24	17	33	1.96
8163997--8164136	27	5.2	28	86	7	166	36	21	23	18	1.95
8165755--8165838	26	3.2	26	94	0	141	35	23	4	35	1.76
8167427--8167453	9	3.0	9	100	0	54	22	11	33	33	1.89
8168439--8168485	25	2.0	25	83	8	62	27	14	4	53	1.60
8168746--8169010	46	6.0	46	83	8	316	21	25	15	37	1.92
8168746--8169009	91	3.0	91	85	6	294	21	25	14	37	1.92
8168924--8168999	38	2.0	38	97	0	143	23	27	18	30	1.98
8175842--8175869	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
8178093--8178219	41	3.1	40	86	3	155	36	18	20	24	1.95
8179127--8179195	7	9.4	8	84	12	87	65	0	0	34	0.93
8179122--8179195	36	2.1	36	92	5	123	67	0	0	32	0.91
8179129--8179195	15	4.6	15	81	7	93	65	0	0	34	0.93
8179294--8179378	41	2.1	41	80	10	95	44	12	16	25	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8185411--8185451	19	2.2	19	86	4	57	21	2	4	70	1.18
8185440--8185486	19	2.4	20	73	20	53	25	2	6	65	1.27
8185442--8185484	20	2.2	20	83	8	52	23	2	4	69	1.18
8192092--8192164	38	1.9	38	91	0	119	24	5	10	58	1.53
8193616--8193657	20	2.1	20	86	8	59	64	0	4	30	1.14
8197663--8197834	41	4.2	41	82	5	188	34	20	23	21	1.97
8197625--8197834	82	2.6	82	80	10	225	35	20	22	21	1.96
8197874--8197947	37	2.0	37	89	0	112	47	32	1	18	1.58
8198392--8198470	29	2.8	28	78	16	81	17	1	43	37	1.58
8198392--8198470	14	5.5	14	67	16	54	17	1	43	37	1.58
8198572--8198641	16	4.2	16	73	12	61	45	5	2	45	1.41
8198750--8198784	16	2.1	17	94	5	63	25	0	5	68	1.11
8198971--8199164	97	2.0	98	91	3	320	28	15	24	30	1.96
8201554--8201600	20	2.4	20	85	3	60	55	0	6	38	1.26
8202226--8202445	43	5.0	43	93	2	368	53	13	0	32	1.44
8202329--8202505	9	20.0	9	66	17	59	48	16	1	33	1.54
8202297--8202362	34	1.9	34	82	11	82	53	13	0	33	1.41
8207386--8207420	18	1.9	18	88	11	54	40	0	0	60	0.97
8208007--8208054	21	2.3	21	85	0	69	31	18	50	0	1.48
8208022--8208061	21	1.9	21	84	0	53	35	20	45	0	1.51
8209987--8210022	3	12.0	3	93	0	63	30	0	2	66	1.06
8212018--8212055	14	2.7	14	95	0	67	55	0	2	42	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8212520--8212571	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
8212665--8212730	22	2.8	23	79	9	71	46	0	1	51	1.10
8218879--8218961	39	2.1	40	81	4	96	66	10	1	21	1.30
8219006--8219050	23	2.0	23	86	0	63	64	0	2	33	1.06
8218982--8219024	6	7.0	6	97	2	77	67	0	0	32	0.91
8219298--8219330	17	2.0	17	88	5	50	15	3	6	75	1.11
8220380--8220415	18	2.0	18	100	0	72	38	22	11	27	1.88
8229948--8230176	46	5.0	46	87	3	307	39	15	24	20	1.91
8229953--8230176	93	2.4	92	85	3	297	39	15	25	20	1.91
8234263--8234320	31	1.9	31	85	3	82	22	15	17	44	1.86
8237614--8237711	33	3.0	32	70	18	85	47	0	1	51	1.07
8237589--8237719	21	6.0	21	70	20	76	47	0	0	51	1.11
8237670--8237719	24	2.1	23	85	3	64	44	0	2	54	1.11
8237775--8237815	22	2.0	19	86	13	55	53	0	0	46	1.00
8239100--8239141	22	1.9	22	90	0	66	38	21	11	28	1.89
8245784--8245824	21	2.0	21	85	4	57	48	19	0	31	1.49
8249562--8249743	35	5.2	35	81	7	181	30	12	22	35	1.90
8249563--8249743	70	2.6	70	79	10	206	30	12	22	34	1.91
8251226--8251284	30	1.9	31	86	3	84	47	1	22	28	1.61
8253417--8253618	46	4.4	46	83	5	230	45	13	21	19	1.85
8256764--8256926	87	1.9	86	89	1	254	25	15	21	36	1.93
8265397--8265428	12	2.8	12	95	4	57	18	9	21	50	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8265527--8265580	10	5.7	10	78	10	51	24	35	0	40	1.55
8265765--8265801	19	1.9	19	94	0	65	37	0	0	62	0.96
8269432--8269502	6	12.4	5	81	16	61	74	2	5	16	1.13
8269423--8269499	18	4.4	17	77	12	57	74	3	6	15	1.18
8269432--8269502	12	6.1	11	80	16	72	74	2	5	16	1.13
8280823--8280875	21	2.5	19	80	17	52	71	3	1	22	1.12
8288462--8288506	23	2.0	23	86	0	63	51	26	2	20	1.59
8292643--8292672	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
8300425--8300471	23	2.0	24	91	4	78	23	4	44	27	1.72
8300834--8300879	9	5.0	9	89	2	56	30	15	15	39	1.88
8304929--8305083	78	2.0	78	94	0	274	28	10	25	34	1.90
8305547--8305616	35	2.0	35	100	0	140	37	22	11	28	1.89
8312832--8312874	2	21.5	2	100	0	86	0	51	0	48	1.00
8313552--8313589	16	2.2	18	90	9	62	47	0	0	52	1.00
8317343--8317460	33	3.6	33	78	6	114	25	11	44	18	1.82
8317615--8317645	12	2.6	12	94	0	53	0	41	29	29	1.56
8319493--8319523	15	2.1	15	100	0	62	54	6	0	38	1.26
8319581--8320019	114	3.9	113	91	3	674	51	15	1	31	1.51
8319581--8320019	225	1.9	225	90	4	697	51	15	1	31	1.51
8320500--8320551	27	1.9	27	92	0	86	17	34	26	21	1.95
8323526--8323570	22	2.0	22	100	0	90	48	0	8	42	1.34
8323750--8323816	30	2.2	30	97	0	125	37	14	26	20	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8326976--8327004	13	2.1	14	93	6	51	51	3	0	44	1.18
8330737--8330785	24	2.0	24	100	0	98	16	42	16	24	1.87
8341126--8341252	47	2.7	46	77	16	136	24	30	17	27	1.97
8347579--8347615	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
8347667--8347699	9	3.7	9	91	0	57	39	24	12	24	1.89
8347667--8347701	18	1.9	18	100	0	70	37	22	11	28	1.89
8363126--8363291	30	5.5	30	80	0	188	39	12	25	22	1.88
8363128--8363291	90	1.8	90	87	0	247	39	12	26	22	1.89
8363128--8363321	90	2.2	90	83	2	239	38	12	26	22	1.90
8367221--8367252	15	2.0	17	88	11	50	43	31	0	25	1.55
8370799--8370862	28	2.6	23	71	21	56	20	4	31	43	1.72
8370772--8370855	28	3.0	28	87	1	123	20	3	29	46	1.67
8371081--8371141	21	3.0	21	80	2	79	14	24	26	34	1.94
8381205--8381282	30	2.6	30	76	9	79	42	12	20	24	1.87
8390406--8390514	54	2.0	54	98	0	209	37	18	11	32	1.87
8394652--8394756	51	2.0	52	85	5	142	42	8	4	43	1.56
8394758--8394862	48	2.2	48	83	11	135	41	13	0	43	1.50
8401295--8401478	90	2.0	91	82	3	219	32	19	21	26	1.97
8402096--8402158	25	2.5	24	75	7	63	49	4	0	46	1.23
8407077--8407164	44	2.0	44	100	0	176	34	15	18	31	1.92
8411471--8411530	11	5.2	11	75	16	50	60	3	3	33	1.30
8411470--8411529	25	2.5	24	76	15	68	60	3	3	33	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8415537--8415580	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
8415600--8415641	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
8415604--8415640	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
8415673--8415729	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
8416408--8416753	187	1.9	187	96	0	638	34	16	17	32	1.92
8419399--8419477	38	2.1	38	100	0	158	30	17	25	26	1.97
8420594--8420637	21	2.1	21	100	0	88	50	22	4	22	1.67
8426322--8426397	40	2.0	40	89	5	120	50	14	1	34	1.52
8429212--8429237	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8433102--8433155	25	2.1	26	83	10	67	31	20	29	18	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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