genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  242  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74149914--74149975	31	2.0	32	84	9	83	17	4	3	74	1.13
74149925--74150018	20	4.9	19	71	18	61	20	5	4	70	1.24
74156893--74156939	19	2.5	19	86	6	60	25	19	10	44	1.82
74167249--74167466	40	5.5	40	85	5	266	25	28	23	22	1.99
74169225--74169354	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
74172816--74173228	47	8.8	45	76	10	214	28	19	28	23	1.98
74173101--74173226	47	2.7	47	92	0	216	27	19	29	23	1.98
74174258--74174296	21	1.9	21	89	5	62	15	35	23	25	1.94
74174996--74175257	46	5.6	46	78	8	224	34	17	19	28	1.95
74174946--74175257	49	6.7	48	77	7	236	36	18	17	27	1.94
74177150--74177373	47	4.8	47	76	12	196	29	17	29	23	1.97
74177150--74177321	94	1.8	94	85	5	240	29	16	29	24	1.97
74178063--74178286	47	4.8	47	78	12	221	28	18	30	22	1.97
74178063--74178236	94	1.9	94	86	4	253	28	17	30	23	1.97
74176524--74178346	913	2.0	913	99	0	3574	33	12	23	30	1.92
74179790--74179821	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
74180506--74180564	3	19.7	3	100	0	118	32	0	0	67	0.91
74180764--74180842	35	2.4	32	78	13	81	18	3	6	70	1.24
74180789--74180848	20	2.9	20	79	18	61	18	5	5	71	1.23
74180772--74180860	42	2.1	41	82	12	101	19	4	5	70	1.24
74189361--74189402	18	2.5	17	79	20	52	19	4	0	76	0.96
74190855--74190917	31	2.0	31	100	0	126	39	6	22	31	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74192798--74192832	17	2.1	17	100	0	70	48	11	17	22	1.79
74195959--74196027	21	3.1	22	71	19	70	21	11	27	39	1.88
74195939--74196024	45	1.9	45	95	0	154	23	13	25	37	1.92
74195948--74196017	21	3.2	21	72	18	70	20	12	27	40	1.88
74213246--74213304	29	2.0	29	83	6	75	44	1	20	33	1.62
74213809--74213960	43	3.5	42	70	14	123	24	19	26	28	1.99
74216847--74216892	22	2.1	22	88	4	67	26	6	17	50	1.70
74218706--74218803	46	2.1	46	98	0	187	28	6	22	42	1.77
74222410--74222452	19	2.3	19	87	0	59	20	20	23	34	1.96
74225313--74225394	42	2.0	42	100	0	164	37	12	24	25	1.90
74227192--74227232	22	2.0	21	86	13	59	78	0	14	7	0.96
74228537--74228669	29	4.5	29	88	3	185	35	15	25	24	1.94
74228537--74228669	59	2.2	60	90	1	205	35	15	25	24	1.94
74235077--74235115	21	2.0	20	85	14	55	76	0	15	7	0.99
74236451--74236553	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
74236421--74236553	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
74242966--74243004	21	2.0	20	85	14	55	76	0	15	7	0.99
74244340--74244442	29	3.5	29	94	2	179	36	15	24	23	1.93
74244310--74244442	59	2.2	60	89	1	196	35	15	24	24	1.94
74245849--74245925	21	3.7	21	92	0	127	23	27	35	14	1.93
74247051--74247322	46	5.8	46	75	10	182	24	30	19	26	1.98
74257689--74258003	49	6.7	49	72	12	207	24	28	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74257741--74258003	140	1.9	141	82	10	333	24	28	17	29	1.97
74265715--74265777	24	2.6	24	97	0	117	22	17	25	34	1.95
74271303--74271336	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74275980--74276249	46	5.7	45	75	15	183	21	28	21	28	1.99
74276124--74276294	46	3.7	45	79	10	141	23	27	20	28	1.99
74278028--74278065	14	2.7	14	91	0	58	44	5	10	39	1.61
74278057--74278094	19	2.0	19	100	0	76	26	10	15	47	1.78
74278180--74278236	28	2.0	28	90	6	89	35	1	1	61	1.17
74278180--74278227	16	3.2	16	75	19	50	39	2	0	58	1.10
74279726--74279858	51	2.6	51	78	0	149	41	12	6	39	1.69
74280765--74280958	96	2.0	96	89	0	298	13	33	18	35	1.89
74283984--74284150	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
74291974--74292062	40	2.2	40	88	4	135	25	26	23	23	2.00
74292050--74292090	19	2.2	18	95	4	73	26	34	21	17	1.95
74293859--74293991	51	2.6	51	78	0	149	41	12	6	39	1.69
74302679--74302784	41	2.6	41	81	10	119	27	23	24	24	2.00
74309557--74309717	46	3.6	44	85	8	184	24	31	20	23	1.98
74309600--74309762	46	3.6	43	82	6	166	22	32	19	25	1.97
74316518--74316693	46	3.8	46	80	4	192	22	20	28	28	1.98
74316514--74316685	93	1.8	93	91	0	281	22	20	29	27	1.99
74321516--74321862	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
74321694--74322042	178	2.0	178	92	0	590	30	10	31	27	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74321792--74321947	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
74321872--74322121	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
74321743--74321996	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
74321656--74322091	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
74322170--74322256	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
74324119--74324418	40	7.6	40	82	5	270	23	21	28	26	1.99
74324236--74324418	79	2.3	79	91	1	296	24	22	28	25	1.99
74328262--74328608	49	7.1	49	92	0	550	32	9	29	28	1.89
74328440--74328788	178	2.0	178	92	0	590	30	10	31	27	1.90
74328538--74328693	80	2.0	80	100	0	312	30	10	32	26	1.90
74328618--74328867	49	5.1	49	94	0	392	29	9	32	28	1.89
74328489--74328742	129	2.0	129	96	0	463	30	10	31	27	1.90
74328402--74328837	227	1.9	227	92	0	737	30	9	30	28	1.89
74328916--74329002	37	2.3	36	94	5	147	20	19	33	26	1.97
74333572--74333692	39	3.1	39	96	0	224	25	31	23	19	1.98
74339422--74339581	39	4.1	39	96	0	293	23	31	25	20	1.98
74345175--74345334	39	4.1	39	95	0	284	24	31	24	20	1.98
74348634--74348861	48	4.9	48	72	8	200	28	25	20	26	1.99
74352656--74352825	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
74360752--74360961	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
74368609--74368792	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
74368649--74368837	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74372070--74372276	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
74372070--74372274	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
74380082--74380288	40	5.2	39	84	2	218	25	26	22	25	2.00
74380082--74380286	79	2.6	80	84	3	245	25	26	22	25	2.00
74385443--74385490	21	2.3	21	100	0	96	35	20	22	20	1.96
74385333--74385536	88	2.2	91	82	8	245	31	21	27	19	1.97
74387550--74387660	27	4.1	27	82	5	136	36	21	24	17	1.94
74387550--74387660	54	2.1	53	86	1	150	36	21	24	17	1.94
74387869--74387914	23	2.0	23	100	0	92	39	26	17	17	1.91
74388099--74388128	8	3.8	8	90	0	51	3	23	23	50	1.64
74402084--74402121	11	3.5	11	96	0	67	36	18	23	21	1.95
74409520--74409620	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
74413083--74413290	40	5.2	40	82	2	215	24	22	28	25	1.99
74413083--74413290	80	2.6	79	82	5	240	24	22	28	25	1.99
74415117--74415284	40	4.2	40	85	5	198	26	27	22	23	1.99
74415117--74415284	80	2.1	80	86	4	232	26	27	22	23	1.99
74433293--74433395	29	3.6	29	81	2	118	21	16	33	29	1.95
74473473--74473511	20	2.0	20	89	0	60	56	0	12	30	1.37
74482977--74483004	14	2.0	14	100	0	56	21	21	21	35	1.96
74490735--74490858	29	4.3	29	79	7	137	31	30	13	24	1.94
74495104--74495303	40	5.1	40	86	4	266	23	20	29	27	1.99
74495100--74495307	78	2.7	78	87	5	305	24	20	27	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74503194--74503378	39	4.7	40	89	4	270	23	21	29	24	1.99
74512553--74512754	40	5.1	39	83	6	246	23	20	29	26	1.99
74512549--74512758	79	2.7	80	86	3	309	24	20	28	26	1.99
74521873--74522057	79	2.3	82	83	7	229	24	24	27	23	2.00
74521874--74522065	40	4.8	40	79	7	151	24	24	28	22	2.00
74521873--74522090	79	2.7	79	79	6	183	24	23	27	24	2.00
74526692--74526875	40	4.6	40	83	2	244	25	25	23	25	2.00
74526656--74526875	80	2.8	79	84	4	257	25	25	23	25	2.00
74531493--74531673	40	4.5	41	80	4	192	15	29	16	38	1.90
74532054--74532086	17	1.9	17	93	0	57	36	3	15	45	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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