genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.61.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  61  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16751649--16751689	6	6.8	6	88	0	64	46	14	19	19	1.84
16752673--16752709	19	1.9	19	94	0	65	0	29	0	70	0.88
16752793--16752849	2	29.0	2	85	3	80	49	3	1	45	1.29
16752983--16753030	21	2.3	22	79	17	57	52	2	0	45	1.12
16753583--16753706	52	2.4	52	88	0	185	21	29	25	22	1.99
16757030--16757067	19	2.0	19	100	0	76	52	26	5	15	1.64
16759953--16759989	17	2.2	17	95	0	65	24	13	24	37	1.91
16767060--16767138	33	2.4	33	82	6	97	24	12	49	13	1.77
16773424--16773488	25	2.5	26	78	14	73	0	26	0	73	0.83
16773424--16773488	22	2.8	22	81	13	69	0	26	0	73	0.83
16773787--16773843	26	2.2	26	78	12	64	66	1	0	31	1.02
16782413--16782483	37	2.1	31	82	17	88	45	1	0	53	1.09
16782415--16782483	32	2.0	32	86	13	93	43	1	0	55	1.08
16782708--16782750	22	2.0	22	100	0	86	55	9	16	18	1.67
16798066--16798145	25	3.2	24	76	11	81	22	27	21	28	1.99
16798078--16798157	25	3.2	24	76	15	65	22	27	18	31	1.97
16798050--16798144	50	1.9	50	81	12	115	25	27	18	28	1.98
16813399--16813489	47	1.9	47	100	0	182	28	26	3	41	1.71
16821706--16821749	23	1.9	24	90	9	74	54	0	20	25	1.45
16837767--16838338	135	4.3	135	85	1	756	29	18	23	28	1.98
16847535--16847587	25	2.1	26	85	3	72	52	24	9	13	1.69
16851495--16851552	29	2.0	29	86	10	82	62	3	1	32	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16852420--16852450	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
16859260--16859358	30	3.2	30	69	16	83	48	1	7	43	1.37
16862989--16863058	27	2.5	28	88	2	106	61	5	0	32	1.20
16863208--16863239	14	2.3	14	100	0	64	65	12	0	21	1.25
16863264--16863306	22	2.0	22	86	9	61	72	11	11	4	1.27
16864316--16864357	23	1.9	23	85	9	61	35	2	0	61	1.09
16864340--16864384	18	2.5	19	82	10	60	24	4	2	68	1.19
16867811--16867918	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
16870733--16870774	16	2.6	16	88	7	59	28	2	0	69	1.01
16870809--16870857	26	1.9	25	84	12	64	28	2	4	65	1.22
16870855--16870895	21	1.9	22	85	5	57	34	2	4	58	1.32
16872660--16872730	27	2.6	27	75	4	72	36	26	7	29	1.83
16872714--16872837	27	4.6	27	83	2	160	42	19	7	30	1.78
16872698--16872809	54	2.1	53	81	8	136	40	22	6	31	1.79
16872714--16872837	54	2.3	54	91	0	194	42	19	7	30	1.78
16872820--16872881	27	2.3	27	91	0	97	40	16	16	27	1.89
16872714--16872863	54	2.8	54	84	4	151	42	18	9	30	1.82
16872714--16872866	81	1.9	81	85	5	211	41	18	9	30	1.82
16873502--16873598	28	3.5	28	90	4	144	46	25	7	20	1.76
16874948--16874989	15	2.7	16	77	3	50	16	9	26	47	1.77
16874952--16875034	39	2.1	39	100	0	166	15	7	25	51	1.69
16877020--16877195	46	3.8	45	78	10	194	21	21	28	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16877016--16877187	93	1.8	93	92	0	290	21	22	29	26	1.99
16887172--16887210	19	2.1	19	100	0	78	38	10	10	41	1.73
16898659--16898723	19	3.6	19	66	19	57	35	18	3	43	1.66
16898653--16898723	35	2.0	35	100	0	142	36	19	2	40	1.67
16899071--16899113	21	2.2	19	83	8	50	37	16	0	46	1.47
16900575--16900621	5	9.4	5	100	0	94	59	0	0	40	0.97
16902952--16902982	16	1.9	16	93	0	53	77	12	3	6	1.08
16903965--16904018	27	2.0	27	100	0	108	22	29	11	37	1.89
16905529--16905562	7	4.9	7	92	0	59	55	0	11	32	1.36
16912210--16912269	30	2.0	30	90	0	93	40	10	18	31	1.84
16912313--16912337	5	5.0	5	100	0	50	20	40	0	40	1.52
16917442--16917519	39	2.0	39	97	0	147	25	5	24	44	1.74
16919896--16919924	2	14.5	2	100	0	58	48	0	51	0	1.00
16920142--16920195	28	2.0	27	85	10	74	33	11	9	46	1.71
16920318--16920399	27	3.0	28	83	15	100	53	2	1	42	1.21
16925385--16925529	71	2.0	71	98	0	281	20	18	11	49	1.77
16934195--16934329	46	2.9	47	83	4	166	34	20	14	29	1.93
16934826--16934865	21	2.0	20	90	5	62	52	17	0	30	1.45
16945879--16945966	40	2.2	41	77	2	97	35	23	15	25	1.95
16947724--16947779	21	2.7	20	83	8	76	10	30	37	21	1.87
16951647--16951743	50	1.9	50	89	4	151	38	19	12	29	1.88
16952284--16952324	21	2.0	21	85	4	57	51	19	0	29	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16959351--16959391	16	2.3	19	76	24	61	56	4	34	4	1.42
16959355--16959387	16	2.1	16	100	0	66	57	6	30	6	1.47
16961984--16962397	48	8.6	48	75	3	341	30	18	27	23	1.98
16961971--16962401	144	3.0	142	80	4	470	30	18	26	23	1.98
16970229--16970258	14	2.1	14	93	0	51	20	46	0	33	1.51
16977469--16977515	7	6.9	7	83	11	62	29	0	4	65	1.11
16977469--16977536	14	5.1	13	79	12	75	29	1	5	63	1.27
16978104--16978149	24	1.9	24	100	0	92	23	4	2	69	1.17
16978082--16978151	24	2.6	27	78	19	83	21	2	5	70	1.22
16979341--16979455	61	1.9	61	94	0	203	26	14	19	39	1.90
16981268--16981304	13	2.8	14	88	8	51	45	0	0	54	1.00
16993158--16993241	37	2.2	38	89	2	125	41	17	17	22	1.90
17003543--17003580	20	1.9	20	84	10	51	42	2	0	55	1.14
17011114--17011279	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
17011109--17011279	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
17018607--17018773	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
17018602--17018773	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
17022821--17022986	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
17022816--17022986	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
17030312--17030477	35	4.6	35	84	8	192	33	24	10	31	1.90
17030307--17030477	74	2.4	73	83	9	217	33	23	11	31	1.90
17036382--17037506	374	3.0	374	96	0	2045	38	24	10	27	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17038036--17038237	40	5.0	40	87	2	280	21	20	7	49	1.74
17041268--17041310	18	2.4	18	88	0	59	37	18	9	34	1.83
17043224--17043287	29	2.2	29	83	5	76	50	0	6	43	1.27
17043659--17043786	60	2.1	60	85	2	168	24	18	12	44	1.84
17044305--17044372	32	2.2	32	83	2	84	42	11	20	25	1.86
17044316--17044422	32	3.5	32	74	13	89	48	8	17	25	1.75
17045028--17045054	13	2.1	13	100	0	54	37	7	11	44	1.68
17054679--17054770	44	2.1	44	85	4	123	33	23	21	20	1.97
17063037--17063152	40	2.9	41	89	3	173	38	15	10	35	1.82
17071836--17071894	28	2.1	28	100	0	118	30	22	20	27	1.98
17075995--17076028	17	2.0	17	94	0	59	26	29	8	35	1.87
17077975--17078135	43	3.8	43	76	9	159	25	14	25	34	1.94
17099182--17099236	22	2.5	22	84	0	74	30	10	18	40	1.85
17101217--17101314	3	32.7	3	100	0	196	32	0	0	67	0.91
17105142--17105184	13	3.3	12	87	9	50	41	0	6	51	1.29
17114525--17114576	27	1.9	27	88	0	77	34	28	13	23	1.92
17114742--17114784	22	2.0	22	85	0	59	32	20	18	27	1.96
17115279--17115311	14	2.4	14	90	5	50	36	0	6	57	1.23
17120104--17120161	26	2.2	26	84	3	71	41	15	15	27	1.87
17120413--17120603	50	3.8	49	84	5	204	18	15	27	38	1.91
17120413--17120578	75	2.2	75	83	2	199	18	15	28	37	1.92
17120413--17120603	25	7.6	25	82	1	177	18	15	27	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17133494--17133595	30	3.4	30	88	0	141	18	28	28	24	1.98
17140585--17140620	16	2.2	17	90	5	56	33	5	0	61	1.19
17142876--17142930	23	2.3	24	81	6	67	38	0	3	58	1.16
17147795--17147884	20	4.6	20	91	1	128	27	23	37	11	1.89
17151493--17151517	4	6.2	4	100	0	50	0	24	0	76	0.80
17152463--17152514	11	4.5	11	77	15	52	75	3	3	17	1.11
17152483--17152514	16	1.9	16	93	6	55	78	3	0	18	0.89
17154162--17154202	17	2.4	17	88	12	57	73	2	2	21	1.07
17155245--17155319	6	12.5	6	100	0	150	16	0	0	84	0.63
17157202--17157266	30	2.2	30	91	0	103	18	33	33	13	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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