genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.369.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113793961--113794012	24	2.2	24	86	6	70	34	3	7	53	1.48
113797075--113797114	11	3.6	11	82	0	53	20	10	10	60	1.57
113804128--113804152	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
113805395--113805453	29	2.0	29	90	6	93	52	0	6	40	1.28
113805498--113805595	45	2.2	44	80	10	110	57	3	10	29	1.47
113805613--113805813	26	7.5	27	71	8	119	58	3	6	31	1.40
113805613--113805817	52	3.9	51	71	12	155	59	3	6	31	1.39
113806481--113806527	8	6.0	8	85	5	69	82	0	2	14	0.75
113806481--113806527	23	2.0	23	91	0	76	82	0	2	14	0.75
113809510--113809571	28	2.2	28	91	0	97	32	6	30	30	1.83
113813843--113813878	12	3.0	12	87	0	54	13	55	25	5	1.60
113814925--113814986	28	2.2	28	91	0	97	32	6	30	30	1.83
113819971--113820056	40	2.2	40	97	0	163	22	23	29	25	1.99
113819971--113820083	40	2.8	40	90	4	158	23	23	28	23	2.00
113821792--113821904	25	4.6	25	76	5	97	32	20	23	23	1.98
113824304--113824593	132	2.2	132	83	3	370	27	19	18	33	1.96
113824315--113824805	132	3.7	132	75	8	347	28	19	18	33	1.96
113836351--113836919	132	4.3	130	89	3	791	29	19	23	26	1.98
113839753--113840241	131	3.7	130	77	5	437	26	20	19	33	1.96
113843191--113843308	58	2.0	58	100	0	236	26	10	11	51	1.70
113848426--113848464	2	21.0	2	85	15	57	51	0	0	48	1.00
113855899--113856049	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113863415--113863565	53	2.8	53	89	4	214	25	16	27	29	1.97
113866056--113866105	6	8.2	6	86	4	73	50	14	18	18	1.79
113866085--113866195	45	2.5	45	88	2	152	41	18	18	22	1.90
113866535--113866639	53	2.0	53	96	1	194	42	20	0	36	1.53
113867290--113867357	22	3.0	23	77	10	61	10	13	5	70	1.32
113867540--113867568	7	4.3	7	95	4	51	68	0	0	31	0.89
113873715--113873813	45	2.2	45	83	3	119	40	17	19	23	1.91
113874019--113874105	40	2.2	40	81	8	106	39	19	8	33	1.81
113875103--113875131	7	4.3	7	95	4	51	68	0	0	31	0.89
113884775--113884801	12	2.2	12	100	0	54	7	7	40	44	1.60
113890065--113890133	30	2.3	30	84	0	84	26	27	23	23	2.00
113892472--113892513	19	2.2	19	83	8	50	78	2	14	4	1.01
113900624--113900682	30	2.0	30	100	0	118	33	22	16	27	1.95
113901566--113901628	31	2.0	31	90	0	99	31	14	12	41	1.83
113901794--113901848	26	2.1	26	100	0	110	41	23	7	27	1.80
113906679--113906703	6	4.2	6	100	0	50	16	0	16	68	1.22
113914779--113914812	13	2.7	13	95	4	61	0	11	0	88	0.52
113914779--113914812	18	1.9	18	94	5	61	0	11	0	88	0.52
113915537--113915705	61	2.8	59	75	7	137	24	12	17	46	1.82
113918578--113918616	19	2.0	20	90	5	62	33	7	0	58	1.26
113924211--113924382	75	2.4	75	83	8	205	32	11	23	33	1.90
113924214--113924380	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113924310--113924380	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
113925550--113925658	37	2.9	37	81	6	112	30	13	41	14	1.85
113925926--113926302	165	2.3	165	80	8	426	29	16	22	31	1.96
113926933--113927121	41	4.6	41	90	3	283	22	19	22	34	1.96
113929888--113930055	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
113929883--113930055	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
113931890--113931957	35	1.9	35	85	5	93	29	16	16	38	1.90
113940066--113940152	27	3.3	27	77	6	79	32	25	13	28	1.94
113941662--113941687	11	2.4	11	100	0	52	19	26	7	46	1.77
113942625--113943091	132	3.6	129	78	5	456	28	19	18	33	1.95
113945640--113945675	18	1.9	19	88	5	56	38	13	13	33	1.85
113946973--113947011	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
113948796--113948831	15	2.3	17	81	18	51	0	30	0	69	0.89
113953684--113953812	50	2.5	51	92	2	215	34	17	23	24	1.95
113953788--113953936	31	4.8	31	89	0	226	26	19	28	26	1.99
113954005--113954129	49	2.6	48	83	6	157	28	15	27	29	1.96
113954098--113954218	40	2.9	42	75	9	131	33	13	27	25	1.93
113957076--113957135	30	2.0	30	93	0	102	58	13	3	25	1.50
113957168--113957210	22	2.0	22	85	0	59	55	9	13	20	1.66
113957176--113957223	22	2.2	22	81	7	53	58	6	18	16	1.59
113958746--113958896	74	2.0	75	85	3	207	32	21	11	34	1.90
113958904--113958928	12	2.1	12	100	0	50	68	0	0	32	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113961754--113961797	20	2.0	23	87	12	67	47	0	9	43	1.35
113961770--113961820	25	2.0	25	88	0	75	50	0	5	43	1.26
113966166--113966256	44	2.1	44	100	0	182	29	26	20	23	1.99
113993956--113994094	69	2.0	69	97	0	260	26	13	32	27	1.94
114012306--114012341	17	2.3	15	90	9	54	41	0	0	58	0.98
114013130--114013383	3	83.0	3	76	9	129	0	44	0	55	1.02
114013733--114013770	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
114015242--114015356	42	2.7	42	89	4	169	27	26	14	30	1.95
114015364--114015496	47	2.8	47	95	0	230	30	23	14	31	1.94
114015522--114015670	31	4.8	31	89	3	228	24	26	20	28	1.99
114015646--114015773	49	2.5	51	88	3	197	25	21	16	35	1.94
114015977--114016018	21	2.0	21	100	0	84	42	9	9	38	1.70
114018011--114018046	17	2.3	15	90	9	54	41	0	0	58	0.98
114018834--114019095	3	86.0	3	72	11	77	1	41	0	56	1.14
114018986--114019044	28	2.1	27	96	3	109	0	49	3	47	1.18
114022194--114022291	40	2.5	40	78	4	103	30	26	16	26	1.97
114023216--114023284	11	6.6	10	71	14	50	2	23	2	71	1.14
114027804--114027828	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
114041768--114041834	25	2.7	25	76	17	75	26	32	13	26	1.94
114053766--114053855	44	2.0	44	100	0	180	47	15	13	23	1.80
114055145--114055275	3	43.7	3	74	8	97	60	2	9	28	1.40
114056376--114056444	33	2.1	33	88	0	102	15	17	50	15	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114057216--114057631	87	4.8	87	86	1	568	19	22	21	36	1.95
114057216--114057631	173	2.4	173	93	1	699	19	22	21	36	1.95
114057173--114057804	43	14.7	43	68	11	308	20	21	21	35	1.96
114057877--114058004	64	2.0	64	93	0	220	37	14	17	30	1.90
114059082--114059111	4	7.8	4	92	7	53	0	23	0	76	0.78
114059679--114059704	7	3.7	7	100	0	52	0	11	0	88	0.52
114064536--114064566	15	2.1	15	100	0	62	61	0	6	32	1.21
114064609--114064651	23	1.9	23	90	4	70	65	0	9	25	1.22
114064632--114064680	13	3.7	14	78	10	50	69	0	4	26	1.06
114064659--114064687	6	4.8	6	100	0	58	82	0	0	17	0.66
114065081--114065188	26	4.2	26	92	0	180	31	7	25	36	1.83
114067946--114068091	3	48.7	3	78	8	145	60	2	6	30	1.34
114068002--114068105	12	8.1	13	84	12	110	62	0	4	31	1.22
114069920--114069945	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
114070431--114070477	13	3.6	13	77	11	60	51	8	6	34	1.58
114071491--114071529	19	2.1	19	100	0	78	43	15	0	41	1.46
114072875--114072971	37	2.6	37	85	3	124	39	18	11	30	1.86
114077561--114077640	40	2.0	40	100	0	160	37	20	2	40	1.66
114077658--114077695	19	2.0	19	89	0	58	34	18	7	39	1.80
114085033--114085111	37	2.1	37	97	0	149	40	12	20	26	1.88
114086662--114086696	14	2.5	14	95	0	61	40	2	22	34	1.69
114087235--114087271	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114087285--114087334	16	3.2	16	70	18	52	52	0	0	48	1.00
114089663--114090145	241	2.0	241	96	0	894	42	19	13	24	1.88
114093224--114093262	18	2.2	18	86	9	53	53	2	0	43	1.14
114093242--114093288	23	2.1	22	88	7	69	59	4	0	36	1.17
114102389--114102441	21	2.5	22	76	11	56	32	18	7	41	1.79
114105167--114105258	27	3.4	27	84	0	121	11	23	18	45	1.83
114105845--114105892	17	2.8	18	78	9	55	72	4	6	16	1.20
114107180--114107236	21	2.6	22	80	2	71	26	28	15	29	1.96
114109540--114109653	43	2.7	43	85	0	156	29	21	19	29	1.97
114114726--114114792	21	3.2	20	74	4	53	16	23	37	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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