genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  39  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10109421--10109608	21	9.0	21	78	3	182	19	20	15	45	1.86
10131983--10132425	224	2.0	224	92	0	735	40	22	11	25	1.87
10138281--10138306	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
10143490--10143625	26	5.2	26	97	0	236	36	24	5	33	1.78
10145035--10145072	18	2.1	18	95	0	67	52	10	5	31	1.58
10157426--10157463	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
10164740--10164878	62	2.2	63	88	5	201	24	23	12	39	1.89
10164892--10165183	48	6.1	46	76	7	217	30	19	14	35	1.92
10164904--10165183	144	1.9	144	82	1	346	31	20	14	33	1.92
10164890--10165184	96	3.1	95	75	4	313	30	19	14	35	1.91
10165389--10165653	137	1.9	135	83	10	326	35	15	15	32	1.90
10168845--10168882	20	1.9	20	88	0	58	44	2	0	52	1.14
10169135--10169180	19	2.3	20	82	14	60	58	2	2	36	1.22
10170583--10170612	6	5.0	6	100	0	60	0	0	66	33	0.92
10174842--10174895	28	1.9	28	92	0	90	20	22	12	44	1.85
10175541--10175585	24	1.9	23	90	4	72	20	24	22	33	1.97
10188387--10188456	31	2.3	31	80	9	81	38	10	12	38	1.77
10200637--10200686	19	2.5	19	83	9	55	32	4	14	50	1.61
10202524--10202549	12	2.2	12	100	0	52	53	0	0	46	1.00
10202773--10202806	15	2.2	16	89	5	52	14	8	0	76	1.01
10215101--10215420	46	7.0	46	88	2	410	23	23	14	39	1.91
10217233--10217291	11	5.2	11	84	8	73	64	1	0	33	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10219883--10219970	30	2.9	30	78	6	88	29	25	17	28	1.97
10220767--10220815	20	2.3	20	82	10	53	32	8	14	44	1.74
10221871--10221929	11	5.2	11	84	8	73	64	1	0	33	1.04
10232810--10232968	35	4.6	35	86	2	205	32	24	11	31	1.91
10233240--10233270	16	1.9	16	100	0	62	6	19	16	58	1.59
10237689--10237726	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
10237862--10237894	14	2.4	14	94	0	57	0	12	0	87	0.53
10238352--10238379	7	4.0	7	100	0	56	85	0	14	0	0.59
10245952--10246011	24	2.5	24	74	15	61	70	0	25	5	1.08
10245970--10246028	31	1.9	31	83	13	77	67	0	27	5	1.11
10245999--10246065	34	2.0	34	82	11	84	64	0	34	1	1.03
10259617--10259649	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
10265395--10265441	19	2.3	21	79	13	55	44	4	12	38	1.62
10265750--10265793	5	8.6	5	85	5	61	38	0	4	56	1.20
10265824--10265886	29	2.1	30	82	8	76	61	6	31	0	1.21
10266890--10266946	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
10267331--10267426	21	4.5	21	89	2	129	13	22	27	36	1.92
10267318--10267426	42	2.5	42	85	2	137	15	22	25	35	1.94
10270132--10270322	103	1.9	103	82	4	242	23	13	28	35	1.92
10274450--10274503	20	2.7	20	77	11	65	7	25	24	42	1.80
10287988--10288012	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
10292782--10292826	19	2.3	19	85	14	56	35	0	2	62	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10296436--10296465	16	1.9	15	93	6	51	26	6	20	46	1.75
10298264--10298296	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
10298330--10298387	21	2.7	22	83	2	73	24	31	3	41	1.71
10298339--10298380	11	3.9	11	90	9	61	28	28	0	42	1.56
10300168--10300210	18	2.4	18	92	0	68	20	27	9	41	1.83
10300365--10300409	24	2.0	23	86	8	65	31	28	20	20	1.97
10300468--10300507	21	1.9	21	84	0	53	32	35	20	12	1.90
10310187--10310234	24	2.0	24	87	0	69	56	8	2	33	1.41
10312221--10312305	41	2.1	41	88	0	125	16	18	29	35	1.93
10312242--10312337	42	2.3	41	83	5	113	18	23	27	30	1.98
10314413--10314467	26	2.1	26	83	6	67	27	16	0	56	1.40
10314526--10314685	18	8.9	18	82	13	104	37	10	15	36	1.82
10314533--10314685	35	4.3	35	88	5	227	37	11	14	36	1.82
10314525--10314685	70	2.2	72	92	4	272	37	10	14	36	1.81
10320527--10320586	28	2.2	27	85	8	77	56	0	1	41	1.09
10334022--10334085	33	1.9	33	87	0	92	28	15	20	35	1.93
10338211--10338237	13	2.1	13	100	0	54	7	7	0	85	0.75
10340014--10340043	15	2.0	15	93	0	51	60	13	3	23	1.48
10344071--10344096	12	2.2	12	100	0	52	65	15	0	19	1.27
10344599--10344636	19	2.0	19	85	10	51	42	0	15	42	1.47
10344900--10344971	33	2.2	32	85	11	94	40	0	5	54	1.24
10345024--10345067	23	1.9	23	85	0	61	36	4	11	47	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10353760--10353805	19	2.3	20	78	14	51	41	0	19	39	1.52
10354066--10354137	33	2.2	32	88	11	103	40	0	6	52	1.28
10360062--10360161	28	3.6	27	85	9	114	31	15	26	28	1.95
10362461--10362515	2	27.5	2	100	0	110	50	0	0	49	1.00
10370054--10370108	18	2.9	19	89	5	94	34	10	18	36	1.86
10370398--10370434	18	2.0	19	89	5	58	32	0	0	67	0.91
10373912--10374123	26	8.2	26	89	0	334	36	23	6	33	1.80
10373912--10374123	52	4.1	52	98	0	397	36	23	6	33	1.80
10381570--10381679	26	4.2	26	94	2	177	34	4	24	36	1.76
10383121--10383195	26	2.8	26	81	4	78	36	21	12	30	1.90
10383299--10383411	27	4.2	27	82	3	120	17	23	22	36	1.95
10383297--10383411	54	2.1	54	87	3	160	17	23	22	36	1.95
10385520--10385573	15	3.4	16	78	12	58	62	0	16	20	1.32
10391788--10391818	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91
10393391--10393473	34	2.5	34	84	5	98	28	18	24	28	1.98
10395529--10395591	33	1.9	33	86	0	90	19	11	42	26	1.84
10399889--10399934	19	2.4	19	96	0	83	23	32	30	13	1.93
10403940--10403985	20	2.3	20	88	0	65	54	0	0	45	0.99
10403923--10403985	9	6.4	10	74	15	51	57	0	1	41	1.08
10403981--10404066	19	4.3	19	67	14	57	63	4	2	29	1.26
10403955--10404055	51	2.0	50	81	11	116	61	1	0	35	1.14
10403983--10404055	19	3.7	19	71	10	67	65	2	1	30	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10404351--10404386	12	3.0	12	87	0	54	25	2	0	72	0.98
10421056--10421138	3	27.3	3	73	20	59	65	1	3	30	1.17
10421054--10421135	12	6.5	12	76	17	69	64	1	3	30	1.18
10421056--10421138	18	4.6	18	78	14	73	65	1	3	30	1.17
10421054--10421139	27	3.3	27	72	18	74	65	1	3	30	1.17
10421463--10421513	21	2.3	23	86	10	79	62	29	0	7	1.23
10421469--10421536	21	3.2	20	83	12	66	58	29	1	10	1.40
10422055--10422783	44	16.6	44	74	9	560	25	23	19	31	1.98
10421999--10422842	132	6.4	132	96	0	1519	25	23	19	31	1.98
10422895--10423093	68	2.9	68	89	2	294	26	22	24	27	1.99
10423165--10424057	87	10.2	88	72	10	433	20	21	22	36	1.96
10423198--10424069	132	6.6	132	85	5	1115	19	21	22	36	1.95
10423198--10424068	261	3.3	261	91	2	1311	19	21	22	36	1.95
10423111--10424057	43	21.7	43	73	9	546	20	21	21	35	1.96
10424121--10424248	67	1.9	66	95	1	229	35	11	19	33	1.88
10425438--10425478	6	7.0	6	94	5	75	0	34	14	51	1.43
10425442--10425475	17	2.0	17	100	0	68	0	35	11	52	1.38
10429392--10429434	12	3.5	12	83	3	50	58	4	0	37	1.19
10429667--10429747	3	26.3	3	74	18	62	65	1	3	29	1.17
10429667--10429747	18	4.4	18	79	13	76	65	1	3	29	1.17
10429681--10429746	27	2.3	29	82	14	77	65	1	4	28	1.21
10430074--10430124	21	2.3	23	86	10	79	62	29	0	7	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10430080--10430147	21	3.2	20	83	12	66	58	29	1	10	1.40
10433431--10433467	2	18.5	2	94	0	65	45	0	2	51	1.15
10448036--10448081	16	2.9	15	80	6	56	36	0	26	36	1.57
10458282--10458323	19	2.2	19	83	8	50	64	2	4	28	1.26
10458483--10458523	17	2.3	18	83	8	57	65	2	0	31	1.05
10458783--10458815	11	2.8	12	86	13	50	60	0	0	39	0.97
10475566--10475624	29	2.0	29	93	6	102	37	0	11	50	1.39
10476081--10476127	21	2.3	21	96	3	87	51	4	12	31	1.59
10478305--10478331	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
10480441--10480590	81	1.9	81	81	5	187	34	12	2	50	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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