genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.181.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  181  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54854894--54854953	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
54854894--54854948	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
54858160--54858211	25	2.3	23	78	18	63	30	21	7	40	1.81
54863358--54863422	20	3.2	20	73	0	76	32	26	24	16	1.96
54863315--54863483	40	4.2	40	83	0	185	34	23	20	21	1.97
54865988--54866050	29	2.2	29	82	0	72	31	17	14	36	1.90
54866007--54866066	28	2.1	29	87	3	86	36	20	13	30	1.90
54868257--54868458	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
54868256--54868407	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
54876337--54876538	40	5.1	40	75	9	148	23	24	27	24	2.00
54876336--54876487	78	1.9	79	84	5	200	25	23	26	24	2.00
54880665--54880725	28	2.2	28	93	0	104	26	16	31	26	1.96
54884975--54885009	16	2.2	16	100	0	70	54	17	17	11	1.71
54885222--54885322	28	3.6	28	90	0	148	24	12	34	27	1.92
54887298--54887335	19	2.1	18	85	9	51	39	0	10	50	1.37
54889421--54889479	30	2.0	30	96	0	109	15	16	23	44	1.86
54890328--54890365	19	2.0	19	100	0	76	21	5	31	42	1.75
54894941--54895130	41	4.6	41	84	3	231	30	27	16	25	1.97
54910726--54910899	39	4.5	39	83	5	144	27	29	22	20	1.98
54910755--54910915	77	2.1	78	82	6	195	26	30	22	21	1.99
54910793--54910915	39	3.2	39	94	1	203	26	30	21	21	1.98
54912714--54912738	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54930930--54931136	53	3.8	53	74	6	157	22	22	16	37	1.94
54933661--54933720	30	2.0	29	93	3	102	38	23	13	25	1.91
54944627--54944664	18	2.1	18	100	0	76	39	10	10	39	1.74
54951009--54951057	26	1.9	25	84	12	64	48	24	4	22	1.67
54953989--54954023	8	4.4	8	92	0	61	54	20	22	2	1.58
54959782--54959835	24	2.2	24	84	12	67	29	37	16	16	1.91
54967475--54967576	29	3.5	29	90	0	150	27	15	33	23	1.95
54971875--54972041	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
54979876--54980003	40	3.2	39	81	6	141	24	26	21	27	1.99
54991078--54991151	34	2.2	34	87	0	103	35	28	10	25	1.90
54991206--54991269	27	2.4	27	86	2	85	21	26	12	39	1.89
54991333--54991537	31	6.5	31	87	2	277	27	27	16	28	1.97
54991558--54991642	33	2.6	33	84	1	118	24	18	12	43	1.86
54997157--54997187	15	2.0	16	93	6	55	70	6	9	12	1.31
55000481--55000651	43	4.0	43	84	1	218	23	31	19	25	1.98
55002507--55002599	41	2.3	41	83	5	109	27	26	20	24	1.99
55011404--55011667	40	6.7	40	84	7	299	23	23	28	24	2.00
55011403--55011624	120	1.9	120	90	0	354	24	23	27	24	2.00
55016867--55017038	46	3.7	45	78	10	186	22	19	28	29	1.98
55016861--55017030	93	1.8	92	89	3	270	21	21	28	28	1.99
55023521--55023683	41	4.1	39	75	13	143	26	27	22	23	1.99
55025134--55025268	70	1.9	70	92	0	225	36	20	12	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55031041--55031130	43	2.0	45	91	8	150	25	28	18	26	1.98
55030964--55031110	78	1.9	77	91	1	240	21	30	21	25	1.99
55031896--55032030	70	1.9	70	93	0	234	36	19	13	31	1.90
55033387--55033439	25	2.1	25	100	0	106	15	13	15	56	1.67
55038571--55038627	24	2.3	24	84	3	69	26	24	19	29	1.98
55038582--55038629	24	2.0	24	91	0	78	27	20	22	29	1.99
55038678--55038724	20	2.3	20	96	0	85	34	21	10	34	1.88
55038761--55038808	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
55045889--55045995	24	4.5	24	96	0	196	25	20	23	30	1.98
55059028--55059078	10	5.0	10	79	13	50	9	25	17	47	1.78
55059017--55059077	30	2.0	31	83	3	79	11	24	18	45	1.82
55059470--55059524	28	2.0	28	96	0	101	29	21	18	30	1.97
55062291--55062572	40	7.1	40	88	3	385	26	27	20	24	1.99
55062317--55062572	119	2.2	119	89	2	381	27	28	20	23	1.99
55062291--55062573	79	3.6	80	87	3	387	27	27	20	24	1.99
55071613--55071712	29	3.5	28	73	13	78	27	34	18	21	1.96
55073856--55074098	40	6.1	40	90	2	357	26	27	21	24	1.99
55076518--55076677	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
55076518--55076677	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
55084310--55084469	29	5.5	30	88	8	222	27	25	13	33	1.94
55084310--55084469	59	2.8	57	89	4	223	27	25	13	33	1.94
55087648--55087748	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55095588--55095688	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
55101125--55101185	16	3.8	17	73	16	58	34	0	0	65	0.93
55103690--55103729	21	2.0	21	90	5	64	20	27	40	12	1.88
55105666--55105913	40	6.2	39	83	3	237	25	22	27	25	2.00
55105668--55105897	80	2.9	81	84	3	272	25	23	27	23	2.00
55105666--55105913	120	2.1	119	82	6	304	25	22	27	25	2.00
55108190--55108315	49	2.6	49	81	6	130	23	25	20	30	1.98
55108330--55108549	46	4.7	47	79	6	205	24	27	19	28	1.98
55108327--55108549	94	2.4	93	81	5	252	24	27	19	28	1.98
55123841--55124070	50	4.6	48	75	5	183	31	25	17	25	1.97
55125821--55125857	18	2.1	18	89	0	56	40	13	0	45	1.43
55130041--55130227	50	3.8	48	82	5	221	28	26	19	25	1.98
55138708--55138937	50	4.6	50	80	4	250	29	25	19	25	1.98
55147947--55147981	18	1.9	18	88	0	52	40	2	0	57	1.14
55156672--55156763	42	2.2	42	92	0	148	34	21	14	29	1.93
55156914--55156980	25	2.7	26	90	4	102	20	25	28	25	1.99
55157790--55157866	27	2.9	27	77	11	77	22	20	19	37	1.94
55157907--55158013	27	3.9	26	76	17	83	31	9	16	42	1.80
55157969--55158092	27	4.7	26	80	8	126	28	8	20	42	1.80
55157969--55158092	54	2.3	52	84	4	149	28	8	20	42	1.80
55157996--55158132	27	5.1	27	73	5	98	27	10	21	40	1.86
55158124--55158215	27	3.4	26	83	5	112	44	8	20	26	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55161571--55161770	28	7.2	28	87	1	276	38	9	23	29	1.86
55164060--55164113	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
55164342--55164570	100	2.3	99	87	3	309	26	17	24	30	1.97
55164347--55164570	49	4.5	49	83	5	281	26	17	25	30	1.97
55168636--55168705	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
55176231--55176300	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
55189063--55189123	30	2.0	30	87	0	86	31	22	8	37	1.84
55190625--55190668	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
55198326--55198379	27	2.0	27	81	0	63	42	0	7	50	1.30
55203229--55203272	19	2.4	19	85	7	56	50	0	9	40	1.34
55203360--55203393	15	2.2	16	89	5	52	47	0	0	52	1.00
55204306--55204409	10	9.5	10	69	21	50	3	31	0	64	1.11
55204343--55204382	14	2.8	14	88	3	53	0	32	0	67	0.91
55207797--55207828	15	2.1	15	94	0	55	15	6	9	68	1.36
55209312--55209387	29	2.6	28	83	4	89	27	26	18	27	1.98
55213303--55213417	29	4.0	28	77	4	113	31	26	13	27	1.94
55213628--55213670	16	2.7	16	85	0	59	9	20	18	51	1.74
55216051--55216119	34	2.0	34	94	0	120	52	20	1	26	1.55
55216325--55216397	37	2.0	36	83	2	92	46	28	8	16	1.76
55217798--55217902	34	3.1	34	83	2	131	25	20	23	30	1.98
55220522--55220710	27	7.0	27	87	2	272	39	20	14	24	1.91
55220522--55220734	54	3.9	54	85	1	257	39	18	15	26	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55224010--55224177	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
55232028--55232155	40	3.2	40	86	2	168	24	25	21	28	1.99
55242344--55242526	40	4.6	39	75	7	138	26	23	27	22	1.99
55242383--55242571	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
55245063--55245231	93	1.8	93	96	0	311	28	29	21	20	1.98
55245056--55245231	46	3.8	46	79	12	216	29	29	21	19	1.98
55247330--55247585	93	2.8	92	84	3	343	22	19	27	30	1.98
55247334--55247592	46	5.6	46	71	17	167	22	18	28	30	1.97
55248659--55248684	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
55254093--55254260	82	2.0	82	98	0	327	28	25	3	42	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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