genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  79  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22498524--22498656	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
22498554--22498656	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
22504878--22504913	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
22506227--22506359	59	2.2	60	90	1	205	35	14	24	25	1.93
22506257--22506359	29	3.5	29	96	2	188	36	14	24	24	1.93
22508415--22508498	43	2.0	43	90	0	132	36	26	11	25	1.90
22515370--22515409	5	8.0	5	86	8	55	20	0	5	75	0.99
22515370--22515400	14	2.2	14	94	0	53	19	0	3	77	0.90
22518334--22518385	20	2.6	20	96	0	95	32	32	21	13	1.92
22523603--22523734	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22523573--22523734	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
22523603--22523734	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22531581--22531712	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22531551--22531712	88	1.8	89	90	1	263	35	14	24	25	1.93
22531581--22531712	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22532857--22532910	25	2.1	26	96	3	101	27	9	33	29	1.88
22539524--22539687	59	2.8	58	91	2	247	35	14	24	25	1.93
22539524--22539687	88	1.9	89	90	1	267	35	14	24	25	1.93
22539524--22539687	29	5.6	29	91	2	247	35	14	24	25	1.93
22545932--22546153	39	5.5	41	85	9	284	25	27	22	23	2.00
22551531--22551559	14	2.1	14	100	0	58	51	13	6	27	1.66
22554350--22554390	20	2.0	20	95	0	73	31	21	29	17	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22556703--22556844	40	3.6	40	88	2	198	27	27	20	24	1.99
22559555--22559581	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
22565093--22565412	48	6.7	48	76	6	274	27	19	30	22	1.98
22565095--22565412	143	2.2	144	83	5	385	27	18	30	22	1.98
22566919--22566960	17	2.4	18	80	8	50	40	16	7	35	1.76
22573887--22574079	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
22573917--22574079	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
22580013--22580205	39	4.9	39	90	0	251	23	31	21	23	1.98
22580043--22580205	39	4.2	39	93	0	263	24	31	20	23	1.98
22588951--22589037	24	3.6	24	82	4	95	25	29	18	26	1.98
22590845--22590948	29	3.6	28	87	5	145	30	16	25	27	1.96
22590847--22590982	58	2.4	57	81	8	152	32	16	22	28	1.95
22599029--22599130	29	3.5	28	81	10	125	31	16	23	28	1.96
22599031--22599166	58	2.4	57	79	8	143	33	16	22	28	1.95
22605190--22605345	47	3.3	47	87	2	206	32	31	14	21	1.93
22624460--22624534	11	7.4	11	71	17	72	36	12	20	32	1.89
22624455--22624539	20	4.2	20	95	0	152	34	10	21	34	1.88
22624455--22624527	9	7.4	9	71	17	56	34	9	20	35	1.85
22624584--22624750	24	7.0	24	85	7	225	27	23	21	26	1.99
22624584--22624750	47	3.5	47	92	3	264	27	23	21	26	1.99
22639681--22639729	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
22640544--22640710	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22647676--22647724	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
22648540--22648706	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
22655511--22655551	18	2.3	18	91	0	64	24	41	0	34	1.55
22664914--22665016	29	3.6	28	86	5	143	30	16	25	28	1.97
22668804--22668927	53	2.4	53	95	1	223	53	9	20	16	1.71
22670774--22670957	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
22670814--22671002	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
22673371--22673571	40	5.0	40	85	4	237	23	22	27	26	2.00
22684833--22684902	28	2.5	28	90	4	106	27	12	27	32	1.93
22699568--22699698	40	3.3	40	85	0	172	24	27	21	26	1.99
22699585--22699735	40	3.8	40	85	4	180	23	25	22	28	1.99
22701771--22701902	59	2.3	58	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22701771--22701902	29	4.5	29	97	1	246	37	14	24	24	1.92
22711105--22711142	19	2.0	19	85	10	51	18	10	0	71	1.14
22715726--22715988	40	6.6	40	86	3	343	25	23	26	23	2.00
22715726--22715988	79	3.3	79	87	2	357	25	23	26	23	2.00
22715726--22716024	119	2.5	118	84	5	354	25	23	26	24	2.00
22715726--22716024	79	3.8	80	84	4	349	25	23	26	24	2.00
22723915--22724177	40	6.6	40	86	3	253	25	23	26	23	2.00
22723915--22724177	80	3.3	80	86	2	343	25	23	26	23	2.00
22723915--22724177	120	2.2	120	84	3	334	25	23	26	23	2.00
22728187--22728216	14	2.1	14	93	0	51	13	16	6	63	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22733097--22733173	40	1.9	40	86	0	109	28	20	16	33	1.95
22734068--22734105	20	1.9	20	88	0	58	39	13	10	36	1.79
22736658--22736751	42	2.2	42	84	3	118	40	12	15	30	1.85
22736900--22736944	22	2.0	22	100	0	90	46	8	22	22	1.79
22740660--22740722	33	2.0	31	81	12	74	6	38	0	55	1.25
22742067--22742118	21	2.4	22	87	9	72	17	7	26	48	1.74
22748095--22748227	40	3.3	40	76	6	133	33	22	23	20	1.97
22748055--22748227	81	2.1	81	86	2	231	34	22	20	21	1.97
22748055--22748188	41	3.3	40	72	8	110	38	23	17	20	1.93
22749063--22749094	15	2.1	15	94	0	55	65	0	6	28	1.16
22754401--22754444	19	2.4	19	96	3	81	31	0	0	68	0.90
22754311--22754542	118	2.0	117	92	2	385	36	5	3	54	1.39
22754697--22754860	9	18.1	9	71	19	101	45	14	3	37	1.61
22754705--22754817	16	7.1	16	77	11	106	44	15	3	36	1.64
22754705--22754855	80	1.9	80	92	0	257	45	15	3	36	1.63
22754757--22754816	25	2.4	25	78	13	70	46	18	1	33	1.59
22754990--22755059	9	8.0	9	79	9	65	47	17	0	35	1.48
22754981--22755055	34	2.2	34	83	4	89	48	16	1	34	1.54
22759922--22759959	19	2.1	19	85	9	53	42	7	0	50	1.31
22760832--22760897	31	2.1	31	91	0	105	18	9	19	53	1.71
22761910--22761944	16	2.2	16	90	5	54	88	2	8	0	0.61
22761940--22761977	17	2.3	17	81	4	51	60	31	0	7	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22762573--22762597	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
22762547--22762612	35	1.9	34	87	3	96	42	6	1	50	1.36
22762694--22762741	2	24.0	2	91	0	78	47	2	2	47	1.25
22764590--22764625	12	3.0	12	95	0	63	27	25	5	41	1.77
22769821--22770043	70	3.1	71	82	7	308	25	14	22	38	1.92
22769654--22770503	257	3.3	257	97	1	1549	25	14	22	36	1.93
22770078--22770341	71	3.7	69	83	6	332	25	14	22	37	1.92
22770220--22770466	122	2.0	124	90	3	392	24	13	22	39	1.90
22770341--22770781	72	6.1	71	69	10	297	25	16	21	36	1.94
22770571--22770782	74	2.9	72	84	2	253	27	17	23	31	1.97
22770772--22770806	14	2.5	14	90	0	52	17	20	5	57	1.60
22770786--22771478	72	8.8	76	72	16	321	29	18	19	32	1.95
22770640--22771282	165	3.9	165	90	2	931	27	18	20	32	1.96
22771139--22771646	72	6.5	73	74	13	390	29	16	19	34	1.94
22771138--22771856	88	9.0	76	72	14	411	28	16	19	35	1.93
22771628--22771689	30	2.1	30	90	6	99	19	9	29	41	1.83
22771278--22771857	255	2.3	249	85	6	748	27	16	18	36	1.93
22772504--22772540	17	2.2	17	90	4	58	89	2	8	0	0.58
22772507--22772540	12	2.9	11	91	8	50	88	2	8	0	0.62
22772531--22772575	18	2.5	18	82	7	56	64	26	2	6	1.30
22773110--22773197	24	3.6	24	70	11	70	32	5	5	55	1.47
22773187--22773211	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22773152--22773239	37	2.4	37	79	9	99	38	4	4	52	1.42
22773307--22773350	2	22.0	2	85	0	61	45	2	4	47	1.35
22773307--22773372	16	4.2	16	76	3	64	40	3	4	51	1.38
22773381--22773409	15	2.0	15	93	6	51	27	0	6	65	1.18
22774274--22774301	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
22775440--22775486	22	2.1	21	81	14	51	48	6	6	38	1.54
22775848--22775887	2	20.0	2	89	0	62	55	0	0	45	0.99
22775848--22775887	18	2.2	18	100	0	80	55	0	0	45	0.99
22776208--22776243	3	11.7	3	94	5	63	33	0	0	66	0.92
22784382--22784606	49	4.6	49	76	5	199	23	29	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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