genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  3  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727354--727378	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
730798--730832	6	5.8	6	93	0	61	85	0	14	0	0.59
737050--737075	13	2.0	13	100	0	52	23	0	0	76	0.78
737201--737295	31	3.1	30	70	8	75	46	13	2	37	1.55
738228--738271	19	2.3	19	80	0	52	70	0	2	27	0.99
741329--741913	104	5.8	92	80	12	361	39	26	5	29	1.78
741410--741972	104	5.4	104	87	1	761	39	26	5	28	1.79
741420--741962	209	2.6	208	87	1	782	39	26	5	29	1.79
743131--743163	15	2.1	16	88	11	50	15	6	9	69	1.34
750116--750144	14	2.0	15	93	6	51	3	6	6	82	0.93
767010--767078	4	17.8	4	77	5	52	21	4	26	47	1.69
767127--767229	42	2.5	42	77	3	118	26	5	21	46	1.73
768224--768278	7	7.9	7	73	15	51	20	1	34	43	1.62
768249--768292	21	2.2	20	84	8	54	20	2	31	45	1.64
768230--768305	34	2.2	35	83	2	91	22	3	34	39	1.73
769006--769145	64	2.2	62	84	2	172	39	17	7	35	1.78
768919--769366	137	3.2	137	81	6	463	39	18	7	34	1.80
769075--769366	73	4.0	73	79	3	316	39	20	7	32	1.81
772482--772521	18	2.2	18	86	13	55	40	0	2	57	1.12
777287--777353	18	3.7	18	80	4	64	7	46	0	46	1.31
777299--777351	15	3.5	15	82	7	54	9	43	0	47	1.36
786088--786154	14	4.7	14	85	3	89	38	4	17	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
792551--792993	100	4.4	100	81	1	510	37	23	13	25	1.92
792543--792993	200	2.3	199	85	1	596	37	23	13	26	1.91
793829--793880	25	2.1	25	96	0	95	40	7	9	42	1.66
801390--801480	43	2.1	43	89	0	137	42	8	12	36	1.73
802222--802307	43	2.0	43	93	0	145	31	29	8	31	1.86
802359--802480	33	3.0	45	65	28	126	39	17	14	28	1.89
802327--802480	77	2.0	77	98	0	299	38	18	14	27	1.90
807648--807693	22	2.0	24	87	8	69	50	4	2	43	1.34
812961--813000	21	1.9	21	85	10	55	70	0	0	30	0.88
819324--819358	17	2.1	17	88	0	52	60	0	2	37	1.12
823243--823273	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
824078--824133	19	2.9	18	70	19	51	37	0	1	60	1.07
825495--825524	6	5.0	6	95	0	51	86	0	13	0	0.57
827987--828069	24	3.5	23	74	14	80	77	14	3	4	1.08
828003--828041	14	2.9	14	88	3	62	92	0	7	0	0.39
828003--828041	1	39.0	1	84	0	51	92	0	7	0	0.39
828095--828136	12	3.5	12	100	0	84	9	42	0	47	1.36
828534--828590	29	2.0	29	82	6	71	22	10	7	59	1.54
828833--828862	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
844534--844558	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
845534--845744	72	3.0	71	81	4	282	25	15	22	36	1.94
845597--846039	188	2.3	195	83	6	528	25	15	22	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845786--845980	72	2.7	71	84	4	248	25	14	23	36	1.93
845426--845980	260	2.1	262	94	1	972	25	14	23	35	1.94
846058--846093	14	2.7	13	86	4	54	30	13	5	50	1.65
845998--846166	88	1.9	86	85	4	232	26	17	20	36	1.94
846183--846244	30	2.1	30	90	6	99	20	9	27	41	1.84
847066--847147	24	3.5	23	74	17	80	78	14	2	4	1.03
847082--847143	15	4.5	13	81	13	54	87	6	3	3	0.75
847082--847119	1	38.0	1	89	0	58	94	0	5	0	0.30
847173--847214	12	3.5	12	100	0	84	9	42	0	47	1.36
847613--847669	29	2.0	29	82	6	71	22	10	7	59	1.54
847912--847941	11	2.7	11	89	0	51	40	0	0	60	0.97
853304--853368	22	2.9	22	74	17	62	43	4	1	50	1.32
856324--856349	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
856528--856557	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
858916--858948	15	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
860532--860578	3	15.7	3	100	0	94	31	0	0	68	0.90
864315--864358	21	2.0	24	86	13	67	63	2	2	31	1.19
864554--864588	13	2.8	13	91	4	54	31	0	0	68	0.90
867103--867142	21	1.9	21	90	10	64	45	10	15	30	1.78
869996--870044	7	7.0	7	100	0	98	71	0	0	28	0.86
869997--870074	14	5.3	16	89	4	62	61	0	0	38	0.96
875458--875482	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
875570--875607	20	1.9	19	85	15	51	23	15	15	44	1.85
875901--876411	150	3.5	149	82	7	552	27	9	24	38	1.86
876161--876411	138	1.8	138	93	1	441	25	8	28	37	1.85
881135--881189	14	3.7	14	78	9	56	29	18	23	29	1.98
881268--881303	18	2.0	18	88	0	54	30	11	27	30	1.91
889749--889797	18	2.5	20	77	9	57	6	22	6	65	1.38
893301--893384	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
895240--895375	26	5.2	26	93	0	227	33	5	24	36	1.80
898339--898406	25	2.7	25	93	0	109	19	32	17	30	1.95
899011--899114	30	3.4	30	74	7	109	21	15	29	33	1.94
899074--899114	15	2.7	15	80	0	55	21	14	29	34	1.93
899072--899129	30	1.9	30	82	0	71	27	15	25	31	1.96
899686--899716	15	2.1	15	93	0	53	54	22	12	9	1.67
902269--902368	50	2.0	50	90	0	155	28	11	23	38	1.88
904797--904983	93	2.0	93	94	2	331	29	18	9	42	1.81
905014--905059	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
906202--906236	17	2.1	17	88	0	52	57	8	0	34	1.29
907311--907353	19	2.3	19	83	0	50	51	2	4	41	1.35
917362--917536	45	3.9	45	88	3	246	28	27	22	22	1.99
917529--917690	38	4.2	38	90	1	216	28	26	22	22	1.99
918723--918765	21	2.0	21	100	0	86	44	18	9	27	1.80
919432--919472	20	2.0	21	90	4	66	34	9	9	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922213--922266	20	2.7	20	82	5	65	24	11	16	48	1.79
922799--922865	2	33.5	2	96	0	125	49	49	1	0	1.10
936077--936106	15	2.0	15	100	0	60	46	13	20	20	1.83
940304--940525	111	2.0	111	100	0	444	23	32	18	25	1.97
960878--961042	78	2.1	77	88	1	240	23	5	24	46	1.73
972215--972247	15	2.3	14	94	5	57	36	0	0	63	0.95
973523--973590	29	2.3	29	87	10	93	27	5	10	55	1.56
979150--979188	20	2.0	20	89	0	60	35	5	12	46	1.65
980345--980370	11	2.4	11	100	0	52	57	0	0	42	0.98
984110--984501	196	2.0	196	93	1	671	28	5	19	46	1.72
984305--984697	217	1.8	219	93	2	684	29	5	20	44	1.73
989347--989379	1	33.0	1	100	0	66	0	0	0	100	0.00
991522--991547	11	2.4	11	100	0	52	0	0	7	92	0.39
995746--996269	165	3.2	166	81	7	464	29	16	14	39	1.88
1006102--1006171	36	1.9	37	91	2	115	37	1	4	57	1.27
1006107--1006170	20	3.4	20	72	16	64	37	1	4	56	1.30
1010921--1011033	56	2.0	56	100	0	226	43	12	17	26	1.85
1016794--1016831	19	2.1	18	85	14	51	34	0	7	57	1.28
1019951--1019975	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
1021197--1021275	29	2.8	27	69	25	65	24	21	8	45	1.80
1024681--1024808	59	2.2	59	85	1	166	39	12	10	37	1.78
1025967--1026035	30	2.5	27	76	15	68	42	2	1	53	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1028009--1028070	29	2.1	30	93	3	108	58	9	4	27	1.50
1031442--1031467	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
1031542--1031653	56	2.0	56	92	0	188	35	9	16	37	1.82
1035589--1035613	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
1038660--1038710	24	2.1	24	100	0	102	33	11	25	29	1.91
1038764--1038801	12	3.2	12	85	7	51	5	7	2	84	0.86
1049050--1049197	52	2.8	52	83	2	172	25	17	27	30	1.97
1049728--1050155	206	2.1	206	97	0	811	23	21	29	24	1.99
1051577--1051620	23	1.9	23	85	0	61	56	4	4	34	1.40
1051837--1051874	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425