genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  65  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17972668--17972774	26	4.2	26	95	2	180	32	7	23	36	1.83
17972668--17972774	51	2.1	52	94	1	189	32	7	23	36	1.83
17973948--17973977	8	3.8	8	90	0	51	43	26	26	3	1.70
17974364--17974507	54	2.7	54	94	2	245	17	24	23	34	1.96
17974367--17974524	27	5.9	27	82	11	182	18	24	21	34	1.96
17974367--17974524	81	2.0	80	83	8	205	18	24	21	34	1.96
17986128--17986479	51	6.9	50	86	3	420	29	26	14	30	1.95
17986128--17986479	152	2.3	153	85	2	449	29	26	14	30	1.95
17986503--17986597	28	3.5	28	83	11	126	25	23	15	35	1.94
17986515--17986590	24	3.0	25	86	9	100	22	22	17	38	1.93
17987894--17987948	23	2.5	22	80	11	60	47	27	1	23	1.62
17993901--17994030	40	3.3	39	82	4	154	23	28	24	23	2.00
17997437--17997479	23	1.9	22	85	4	59	48	23	0	27	1.51
17998202--17998319	57	2.1	58	96	1	220	45	27	3	23	1.68
17999402--17999558	43	3.7	43	77	7	167	30	26	17	24	1.97
17999402--17999561	86	1.9	85	83	8	209	30	26	18	24	1.98
18001748--18001834	15	6.0	14	79	12	79	27	8	0	64	1.21
18001748--18001834	29	3.0	28	73	21	81	27	8	0	64	1.21
18001745--18001865	44	2.8	43	83	13	133	28	8	0	63	1.23
18001768--18001861	31	3.1	31	75	15	81	27	7	0	64	1.20
18001965--18002161	3	65.7	3	80	10	199	30	4	2	63	1.24
18002470--18002521	3	17.0	3	76	11	52	38	1	0	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18008645--18008840	44	4.4	44	71	5	162	28	21	24	25	1.99
18008603--18008840	88	2.7	87	72	7	194	27	21	25	25	1.99
18008597--18009273	132	5.1	132	90	1	1043	29	21	23	25	1.99
18009131--18009541	177	2.3	176	88	1	599	30	20	22	27	1.98
18009417--18009549	44	3.0	44	81	5	117	30	21	22	26	1.99
18009440--18009549	44	2.5	44	85	4	141	29	20	22	27	1.99
18010538--18010566	15	1.9	15	100	0	58	24	6	0	68	1.13
18010527--18010571	21	2.2	20	88	4	63	24	8	0	66	1.20
18010523--18010586	27	2.3	29	80	15	66	26	7	0	65	1.19
18010644--18010849	3	68.7	3	82	11	237	31	3	0	64	1.18
18011150--18011207	3	19.0	3	82	10	73	36	1	0	62	1.06
18012092--18012143	23	2.3	23	96	0	95	38	15	7	38	1.76
18014181--18014320	57	2.5	57	77	6	133	30	17	22	29	1.97
18017738--18017898	29	5.6	29	82	4	155	24	31	15	27	1.96
18029712--18029753	15	2.7	15	79	17	50	78	0	2	19	0.86
18030696--18030856	29	5.6	29	85	2	171	24	32	15	27	1.95
18033229--18033472	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
18040339--18040677	123	2.8	123	95	0	597	30	10	25	33	1.90
18040646--18040889	40	6.1	40	88	1	301	24	21	26	27	1.99
18046564--18046612	5	9.8	5	79	16	57	79	0	0	20	0.73
18046541--18046607	30	2.3	28	80	14	73	76	0	4	19	0.96
18046541--18046612	15	4.7	15	75	14	60	76	0	4	19	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18050986--18051025	19	2.1	19	100	0	80	22	5	32	40	1.76
18053326--18053582	39	6.5	39	91	3	392	18	22	28	29	1.97
18064975--18065146	43	4.0	43	72	13	156	24	16	26	32	1.96
18064990--18065146	85	1.8	86	84	9	214	24	16	27	31	1.96
18067981--18068156	46	3.8	46	80	4	210	20	20	30	28	1.98
18067977--18068148	93	1.8	93	92	0	290	20	20	30	27	1.98
18073584--18073623	21	1.9	21	85	10	55	25	5	2	67	1.23
18076702--18076866	43	3.9	43	76	11	160	33	23	17	25	1.96
18081262--18081428	40	4.2	40	79	2	167	24	28	22	25	1.99
18082621--18082739	58	2.1	57	84	7	152	26	15	16	41	1.89
18094444--18094626	39	4.6	39	87	0	240	24	22	30	22	1.99
18100378--18100421	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
18107270--18107315	20	2.3	20	88	0	74	45	4	4	45	1.43
18108872--18109038	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
18108872--18109038	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
18109863--18109908	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
18116881--18117047	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
18116881--18117047	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
18122716--18122888	43	4.0	44	75	15	155	25	18	24	31	1.97
18128438--18128510	35	2.1	35	97	0	137	35	5	17	41	1.73
18143037--18143139	28	3.5	30	84	6	120	30	13	26	30	1.94
18143066--18143139	31	2.5	28	87	10	96	31	13	25	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18149546--18149615	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
18149546--18149627	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
18157473--18157542	27	2.5	28	88	2	106	28	14	25	31	1.95
18157473--18157554	27	3.0	27	80	8	103	29	13	23	34	1.93
18160328--18160419	27	3.4	27	83	5	123	29	23	6	40	1.80
18160303--18160429	54	2.4	53	78	11	141	31	23	8	36	1.85
18160451--18160600	27	5.6	27	82	7	173	41	22	7	28	1.81
18160418--18160712	54	5.5	54	76	8	199	39	20	10	30	1.85
18160418--18160665	27	9.2	27	74	11	159	39	19	9	31	1.84
18160716--18160792	27	2.9	28	81	11	90	33	18	23	24	1.96
18161590--18161672	25	3.4	24	85	8	96	27	22	24	25	2.00
18161879--18161961	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
18168403--18168435	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
18167480--18171565	435	9.4	435	91	0	6581	38	15	15	31	1.88
18172445--18172501	22	2.6	22	80	0	60	33	22	24	19	1.97
18172879--18173034	54	2.9	53	77	9	172	34	12	16	37	1.85
18172876--18173034	27	5.9	27	76	14	132	35	11	16	36	1.85
18180021--18180059	20	2.0	20	84	0	51	35	2	12	48	1.55
18187104--18187270	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
18194296--18194462	40	4.2	40	79	6	169	25	21	27	25	1.99
18198719--18198791	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
18206637--18206700	29	2.2	29	88	0	92	28	32	14	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18206647--18206709	29	2.2	29	97	0	117	25	28	15	30	1.96
18208632--18208670	20	2.0	20	84	0	51	35	2	12	48	1.55
18211500--18211550	24	2.1	24	96	0	93	21	19	31	27	1.97
18213547--18213647	37	2.7	37	93	0	175	24	32	18	23	1.97
18213790--18213941	48	3.2	48	91	0	241	31	25	6	36	1.82
18213920--18213965	24	1.9	24	95	0	83	41	23	0	34	1.55
18213872--18214013	72	2.0	72	97	0	266	33	23	4	38	1.76
18213944--18214057	48	2.4	48	89	2	185	31	22	5	40	1.76
18213824--18214057	120	2.0	120	91	1	380	32	23	5	38	1.78
18216442--18216490	20	2.3	20	79	6	53	42	30	4	22	1.72
18217370--18217501	57	2.3	57	83	3	160	29	29	18	22	1.97
18217539--18217719	40	4.5	40	92	0	299	29	27	17	25	1.98
18220477--18220776	47	6.4	47	91	0	474	32	8	31	28	1.86
18221935--18222041	40	2.7	40	95	0	196	27	28	20	23	1.99
18223329--18223505	37	4.8	37	97	0	327	23	32	20	23	1.98
18223646--18223797	48	3.2	48	89	1	225	32	25	5	36	1.80
18223776--18223821	24	1.9	24	95	0	83	41	23	0	34	1.55
18223728--18223867	72	1.9	72	95	0	253	34	23	4	37	1.75
18223800--18223913	48	2.4	48	89	0	183	33	22	5	38	1.77
18223680--18223913	120	2.0	120	89	0	360	34	23	5	37	1.77
18225964--18226026	31	2.1	31	87	3	92	25	23	14	36	1.93
18226240--18226405	23	7.1	23	93	2	269	28	19	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18226240--18226406	47	3.6	47	90	4	275	28	19	22	29	1.98
18226238--18226406	70	2.4	70	93	0	293	28	20	21	29	1.98
18226452--18226517	20	3.3	20	89	2	98	31	22	12	33	1.91
18226557--18226603	24	2.0	24	91	0	76	25	14	25	34	1.94
18227837--18228227	27	14.6	27	85	5	445	40	8	22	28	1.83
18227838--18228227	81	4.9	81	85	4	513	40	8	22	28	1.83
18231056--18231119	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
18231313--18231567	24	11.0	24	87	9	361	28	21	20	28	1.98
18231334--18231566	47	5.1	47	86	9	347	29	21	20	28	1.98
18231613--18231682	20	3.5	20	92	1	115	32	21	11	34	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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