genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.191.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  191  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57959357--57959466	31	3.4	31	81	7	103	46	12	19	21	1.83
57959345--57959466	37	3.5	37	75	13	121	47	12	18	21	1.81
57959874--57960229	27	13.2	27	87	0	460	40	7	21	30	1.81
57960179--57960322	27	5.4	27	76	8	96	31	9	20	38	1.83
57960224--57960353	54	2.4	54	77	6	138	30	9	21	39	1.85
57960223--57960374	27	5.7	26	77	7	110	28	8	23	40	1.84
57961933--57961964	16	2.0	16	100	0	64	25	18	18	37	1.94
57963686--57963895	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57971822--57972031	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
57973823--57973965	6	23.3	6	72	14	105	47	12	18	20	1.81
57973832--57973943	43	2.6	43	89	0	161	46	12	20	20	1.83
57973832--57973965	37	3.5	37	76	11	133	47	11	19	20	1.81
57974471--57974691	27	8.2	27	85	0	244	38	9	22	30	1.85
57974509--57974718	81	2.6	81	78	4	201	37	10	21	31	1.86
57974671--57974837	54	3.1	52	75	12	142	27	8	20	43	1.81
57974683--57974837	27	5.8	27	76	9	122	27	9	21	41	1.83
57975779--57975970	27	7.1	27	81	1	206	38	20	10	30	1.87
57975779--57975943	54	3.1	53	89	3	249	38	20	9	31	1.84
57975925--57976039	27	4.3	27	85	0	149	34	17	20	27	1.95
57980249--57980386	40	3.5	40	91	4	201	23	28	23	23	1.99
57993487--57993518	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
57996861--57996912	27	1.9	27	84	7	70	32	11	15	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57996869--57996997	53	2.4	54	80	3	145	34	10	15	39	1.82
57996905--57996996	27	3.5	26	83	4	112	36	9	14	39	1.79
57998174--57998202	12	2.3	13	94	5	51	79	0	17	3	0.87
58006360--58006550	40	4.8	40	86	0	238	25	23	27	23	2.00
58006360--58006592	80	2.9	80	84	0	268	26	23	26	23	2.00
58006411--58006593	40	4.6	40	84	2	197	27	24	26	21	2.00
58006360--58006578	120	1.8	121	83	3	289	26	23	26	23	2.00
58014443--58014576	40	3.3	40	87	4	137	25	24	25	24	2.00
58017621--58017707	30	2.8	30	75	16	79	64	0	33	2	1.06
58017637--58017686	24	2.1	24	81	7	57	64	0	34	2	1.05
58017658--58017723	34	1.9	34	82	11	82	63	0	34	1	1.04
58027825--58027959	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
58027771--58027960	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
58035929--58036063	29	4.7	29	86	3	155	23	31	15	29	1.95
58035875--58036064	58	3.3	58	77	4	179	24	33	16	26	1.96
58040491--58040535	15	3.0	15	78	12	56	57	17	15	8	1.63
58056085--58056228	41	3.5	40	84	6	164	26	25	26	22	2.00
58058350--58058419	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
58064653--58064698	21	2.2	21	84	7	58	71	2	15	10	1.23
58064927--58064951	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
58065790--58065859	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
58072165--58072189	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58073059--58073128	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
58077082--58077227	41	3.6	41	84	8	192	26	25	26	22	2.00
58083970--58084005	17	2.1	17	100	0	72	47	25	11	16	1.79
58086176--58086554	38	9.0	38	71	19	236	29	15	24	31	1.95
58086213--58086509	47	6.7	47	76	13	315	29	14	23	31	1.94
58086256--58086547	85	3.4	85	93	1	514	29	15	24	31	1.95
58088643--58088773	40	3.3	41	80	8	162	25	27	22	24	2.00
58088643--58088810	40	4.2	40	78	6	151	23	26	23	26	2.00
58092666--58092808	41	3.5	41	82	1	198	20	23	27	28	1.99
58107395--58107570	40	4.4	40	88	6	234	26	29	22	22	1.99
58109634--58109734	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
58117917--58118038	46	2.7	46	85	3	156	29	26	16	27	1.97
58118063--58118211	31	4.8	31	85	3	201	26	26	18	27	1.98
58123125--58123160	18	2.0	18	94	0	63	25	11	36	27	1.90
58122911--58123142	49	4.7	49	97	0	437	29	8	33	28	1.87
58123293--58123377	37	2.3	37	95	0	152	24	20	34	21	1.97
58126466--58126950	47	10.3	47	93	0	772	32	9	30	27	1.88
58128802--58128972	39	4.4	39	95	0	288	23	28	19	28	1.98
58136868--58136976	38	2.9	38	95	2	193	23	29	18	28	1.98
58143576--58143612	18	2.1	18	94	0	65	35	5	16	43	1.71
58153527--58153656	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
58161504--58161633	40	3.2	40	84	4	174	23	29	24	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58167139--58167187	25	2.0	25	87	0	71	36	22	14	26	1.92
58167317--58167387	25	2.8	25	91	2	106	26	25	22	25	2.00
58167327--58167400	25	2.9	26	81	15	84	27	24	21	27	1.99
58170112--58170282	43	4.0	43	78	4	141	27	14	24	33	1.94
58172778--58172905	40	3.2	40	76	5	134	25	25	21	26	2.00
58192028--58192116	30	3.0	30	77	8	92	57	14	16	11	1.65
58192028--58192107	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
58192039--58192116	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
58208297--58208356	30	2.0	30	90	0	93	26	1	13	58	1.45
58222568--58222758	40	4.8	39	80	6	170	25	26	23	24	2.00
58222608--58222758	40	3.8	39	85	6	171	23	26	24	25	2.00
58224789--58224954	40	4.2	39	77	9	142	22	25	24	27	2.00
58233880--58234013	39	3.4	39	85	5	155	25	23	24	26	2.00
58241046--58241085	19	2.0	20	85	4	55	15	30	42	12	1.83
58241267--58241704	27	16.3	27	80	6	449	39	21	7	31	1.82
58241267--58241633	54	6.8	54	88	0	511	40	21	7	30	1.81
58241267--58241687	54	7.8	54	86	1	506	39	21	7	30	1.82
58241612--58241744	54	2.5	53	79	4	122	35	20	10	33	1.87
58241729--58241835	27	4.0	27	82	7	130	35	17	20	26	1.95
58241724--58241840	54	2.2	53	83	4	155	37	17	18	25	1.93
58242084--58242135	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
58242354--58242463	6	17.8	6	73	15	91	18	16	13	51	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58242357--58242420	25	2.6	25	89	0	101	17	18	14	50	1.79
58242354--58242463	31	3.5	31	78	9	125	18	16	13	51	1.76
58254690--58254781	43	2.1	43	85	0	121	26	32	15	26	1.95
58255666--58255691	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
58256479--58256508	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
58260931--58261040	43	2.6	43	83	0	139	23	28	20	27	1.99
58262748--58262777	15	2.1	15	93	6	53	36	26	6	30	1.82
58266480--58266526	24	1.9	25	86	4	69	25	4	21	48	1.68
58267119--58267243	45	2.8	45	84	7	146	25	14	25	34	1.94
58270991--58271172	40	4.6	40	84	5	219	26	26	20	25	1.99
58278862--58279028	40	4.2	40	79	6	169	26	22	26	24	2.00
58283218--58283437	122	1.8	122	84	4	300	30	11	23	34	1.90
58283395--58283538	40	3.6	40	79	5	150	27	24	27	20	1.99
58283432--58283561	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
58290762--58290984	123	1.8	123	85	1	313	31	10	23	34	1.89
58290979--58291108	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
58298693--58298877	40	4.6	40	82	0	217	24	27	23	24	2.00
58298693--58298877	80	2.3	81	84	2	239	24	27	23	24	2.00
58311237--58311614	50	7.6	50	71	10	197	27	17	24	30	1.97
58311237--58311469	100	2.3	101	79	6	242	27	17	23	31	1.97
58311293--58311617	150	2.2	144	83	4	391	27	17	24	29	1.98
58314579--58314606	9	3.1	9	100	0	56	35	0	42	21	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58321160--58321372	56	3.8	56	88	2	318	29	15	23	32	1.95
58322513--58322540	13	2.2	13	100	0	56	28	0	14	57	1.38
58325267--58325402	29	4.7	29	86	3	157	24	30	15	29	1.95
58325242--58325401	58	2.8	58	81	0	176	23	33	15	27	1.95
58328362--58328431	27	2.5	28	88	2	106	31	25	14	28	1.95
58336132--58336262	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
58336132--58336262	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
58343300--58343430	30	4.5	30	86	8	171	32	13	25	28	1.94
58343300--58343430	58	2.2	58	86	4	174	32	13	25	28	1.94
58346643--58346735	40	2.3	40	94	0	168	29	15	25	30	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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