genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.148.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  148  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44998626--44998695	21	3.2	21	62	18	52	40	24	12	22	1.89
44998638--44998707	21	3.2	21	65	15	52	38	22	12	25	1.90
45000811--45000881	37	1.9	37	85	0	97	25	29	19	25	1.99
45001027--45001212	100	1.9	96	90	6	293	30	25	6	36	1.83
45001027--45001213	48	3.8	48	90	5	286	31	25	6	36	1.83
45001183--45001517	47	7.1	47	90	0	508	26	28	11	32	1.92
45005340--45005811	40	11.8	40	90	0	674	26	27	20	25	1.99
45007081--45007156	37	2.0	38	84	2	100	28	25	18	27	1.98
45007297--45007481	48	3.8	48	91	4	300	30	25	7	36	1.83
45007297--45007480	98	1.9	98	92	4	311	30	26	7	36	1.83
45007451--45007832	47	8.1	47	91	0	602	26	29	11	32	1.92
45007685--45007760	22	3.3	22	67	22	66	25	28	13	32	1.93
45015967--45016032	31	2.1	32	85	2	89	40	15	13	30	1.85
45016856--45016904	23	2.1	23	85	7	64	40	4	4	51	1.40
45017173--45017208	17	2.2	17	95	5	65	30	0	5	63	1.17
45033484--45033544	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
45041092--45041267	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
45041089--45041260	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
45048650--45048825	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
45048647--45048818	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
45056253--45056363	27	4.2	26	83	5	123	18	23	20	37	1.94
45058636--45058822	40	4.7	40	81	4	180	28	23	25	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45058636--45058789	80	1.9	80	86	0	218	27	22	26	22	1.99
45058640--45058822	80	2.3	80	81	0	213	28	24	26	21	1.99
45060980--45061038	25	2.4	24	77	5	64	37	16	18	27	1.93
45070354--45070403	21	2.4	21	86	3	66	38	24	0	38	1.56
45071261--45071338	39	2.0	39	100	0	156	38	17	10	33	1.84
45072819--45072877	25	2.4	25	85	0	82	25	23	22	28	1.99
45074854--45074897	22	2.0	22	95	0	79	61	0	0	38	0.96
45074844--45074893	10	4.8	10	85	9	64	64	2	0	34	1.05
45079999--45080029	16	1.9	16	93	0	53	41	9	0	48	1.36
45089978--45090078	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
45090007--45090082	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
45093491--45093524	17	1.9	18	88	5	52	50	5	5	38	1.51
45095670--45095853	79	2.3	81	82	8	218	23	27	24	24	2.00
45095663--45095853	39	4.8	39	75	10	154	23	28	24	24	2.00
45102618--45102793	46	3.8	46	79	14	209	21	20	29	28	1.98
45102615--45102786	93	1.8	93	95	2	310	21	20	29	27	1.98
45106459--45106499	20	2.0	20	90	0	64	39	17	26	17	1.91
45113811--45113842	15	2.1	15	94	0	55	28	18	9	43	1.81
45114534--45114573	21	1.9	21	85	10	55	55	17	7	20	1.66
45129883--45129919	8	4.6	8	96	0	65	8	40	29	21	1.82
45136898--45136957	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
45136996--45137047	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45142469--45142554	45	1.9	45	82	0	109	36	15	23	25	1.94
45145562--45145586	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
45146170--45146229	28	2.1	29	87	3	86	45	1	23	30	1.63
45151615--45151775	29	5.6	29	82	2	182	24	16	32	25	1.96
45153780--45153853	29	2.5	29	77	22	75	28	10	17	43	1.83
45158512--45158669	30	5.5	30	85	9	195	33	13	25	27	1.94
45158541--45158669	57	2.3	57	89	8	192	34	13	24	26	1.93
45170365--45170424	28	2.1	29	84	3	77	41	3	25	30	1.71
45170365--45170429	29	2.3	28	83	2	76	43	3	24	29	1.69
45170918--45171073	43	3.7	43	71	9	97	26	17	24	31	1.97
45174394--45174522	46	2.8	46	95	0	222	20	21	27	29	1.98
45181602--45181634	13	2.5	13	95	0	57	39	30	21	9	1.84
45183565--45183589	13	1.9	13	100	0	50	0	40	24	36	1.55
45184196--45184238	21	2.0	21	95	0	77	41	25	13	18	1.88
45185213--45185243	15	2.1	15	100	0	62	35	0	6	58	1.24
45190147--45190234	40	2.2	40	85	4	115	25	28	23	22	1.99
45196650--45196896	40	6.2	40	91	1	374	26	29	21	23	1.99
45199583--45199611	15	1.9	15	100	0	58	34	0	6	58	1.25
45210231--45210309	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
45210181--45210539	49	7.3	49	89	7	514	28	29	8	32	1.88
45210344--45210438	31	3.2	31	70	27	105	28	29	10	31	1.90
45210181--45210539	107	3.6	98	88	8	523	28	29	8	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45210325--45210416	27	3.3	27	69	26	82	32	27	6	33	1.82
45210230--45210536	156	2.0	152	95	2	551	29	28	8	32	1.87
45214584--45214814	40	5.8	40	90	1	347	25	28	21	23	1.99
45216890--45217281	47	8.3	47	91	6	612	28	29	8	32	1.87
45216940--45217018	25	3.3	25	66	16	76	31	29	5	34	1.79
45216890--45217278	190	2.1	188	91	4	622	28	30	8	32	1.87
45227201--45227389	29	6.5	29	85	3	238	26	16	30	25	1.97
45236962--45237059	49	2.0	49	95	0	178	36	15	9	38	1.79
45238322--45238449	58	2.2	58	78	6	136	32	17	22	27	1.97
45243896--45244070	46	3.8	46	77	14	198	20	20	29	29	1.97
45243893--45244061	92	1.8	93	94	1	304	21	20	29	28	1.98
45251427--45251602	46	3.8	46	80	12	225	21	21	28	28	1.98
45251424--45251594	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
45254701--45255141	47	9.4	47	94	1	758	31	7	30	29	1.85
45254756--45254831	22	3.3	22	66	16	64	31	10	28	28	1.90
45256739--45256808	28	2.6	26	82	8	95	47	14	15	22	1.82
45258271--45258362	29	3.2	29	81	1	114	29	31	14	25	1.94
45258271--45258385	29	4.0	29	77	4	83	29	31	13	26	1.93
45263617--45263788	49	3.6	47	76	10	159	23	29	19	28	1.98
45263847--45263972	47	2.7	46	79	10	139	24	29	19	26	1.98
45265700--45265894	101	1.9	101	83	4	250	29	23	15	31	1.95
45271468--45271590	37	3.3	37	96	0	228	23	30	19	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45271635--45272144	48	10.6	48	98	0	975	31	27	8	33	1.86
45273653--45273677	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45274467--45274524	29	2.0	29	83	6	73	24	24	22	29	1.99
45274995--45275227	27	8.6	27	87	0	322	27	21	16	34	1.95
45274993--45275227	109	2.2	108	91	0	380	28	20	16	34	1.95
45275249--45275450	54	3.7	54	86	3	255	31	8	20	39	1.84
45275214--45275381	81	2.1	81	82	6	198	30	9	21	38	1.85
45275259--45275471	81	2.6	80	83	7	252	30	8	21	39	1.83
45275247--45275478	54	4.3	54	85	3	245	30	9	21	38	1.85
45275266--45275471	27	7.6	27	86	2	213	29	8	21	40	1.82
45282024--45282054	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
45282021--45282060	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
45282246--45282500	55	4.8	54	76	9	215	21	24	16	37	1.94
45289625--45289655	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
45289622--45289661	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
45289848--45290102	55	4.8	54	78	7	238	22	24	16	36	1.94
45294035--45294198	40	4.1	40	79	3	179	26	21	26	26	1.99
45307785--45307827	17	2.7	15	80	13	50	51	20	13	13	1.76
45310811--45310913	29	3.6	29	87	0	143	25	33	15	26	1.95
45312887--45312924	19	2.0	19	100	0	76	10	26	31	31	1.90
45312889--45312932	19	2.3	19	92	0	70	15	31	25	27	1.96
45317547--45317588	21	2.0	21	95	4	77	28	23	33	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45319442--45319564	45	2.7	45	86	7	178	32	27	14	25	1.95
45330443--45330556	43	2.7	43	83	5	133	35	27	12	25	1.91
45341115--45341197	27	3.1	26	87	6	96	31	25	14	28	1.95
45341129--45341198	27	2.6	27	95	2	122	30	27	12	30	1.93
45341129--45341227	28	3.5	28	88	4	128	30	27	13	29	1.94
45349189--45349400	50	4.1	49	81	5	217	35	6	30	27	1.82
45349270--45349430	51	3.2	48	77	11	153	36	6	29	27	1.81
45351485--45351569	44	1.9	44	100	0	170	31	20	4	43	1.72
45351485--45351554	24	3.1	24	61	23	60	32	20	4	42	1.71
45357491--45357567	39	2.0	39	92	0	127	44	12	11	31	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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