genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.111.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  111  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32732303--32732652	43	8.2	43	96	0	603	11	24	33	30	1.90
32732809--32732967	29	5.5	28	71	10	124	22	20	28	28	1.98
32732838--32732992	29	5.4	28	70	9	89	21	18	31	27	1.97
32732806--32732974	58	2.9	58	95	0	295	22	19	29	28	1.98
32738002--32738039	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
32744314--32744382	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
32745986--32746023	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
32749701--32749752	26	2.0	26	96	0	95	28	11	25	34	1.91
32752570--32752648	28	2.8	28	86	0	113	30	22	8	37	1.85
32752577--32752672	28	3.4	28	73	13	72	28	25	12	34	1.92
32756389--32756523	40	3.4	40	85	2	155	24	16	22	36	1.94
32756512--32756583	28	2.6	28	84	0	90	29	11	29	30	1.91
32758979--32759128	67	2.2	66	81	8	169	32	17	29	21	1.96
32759003--32759186	67	2.8	64	78	8	203	29	17	30	22	1.97
32763430--32763610	62	2.9	63	78	8	190	29	17	30	23	1.97
32767498--32767679	67	2.8	62	75	16	174	29	17	30	23	1.97
32771145--32771197	18	2.8	18	75	18	54	33	7	1	56	1.38
32776425--32776508	44	1.9	44	82	4	107	38	11	25	25	1.90
32776663--32776821	47	3.2	47	69	17	142	35	13	23	28	1.92
32776614--32776876	101	2.7	98	86	4	291	36	14	22	25	1.93
32776647--32777092	108	4.3	101	87	4	409	35	16	24	23	1.95
32776800--32777102	55	5.6	55	83	5	377	35	17	25	21	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32776808--32777102	108	2.7	108	93	0	500	34	17	25	21	1.96
32777128--32777242	58	2.0	58	98	0	221	45	16	23	14	1.85
32781357--32781564	67	3.2	64	78	10	215	30	16	30	22	1.96
32787267--32787505	48	5.0	48	83	1	228	28	28	15	26	1.96
32787283--32787505	96	2.3	96	83	1	268	27	29	16	26	1.97
32791703--32791924	29	7.7	29	94	0	372	32	14	21	30	1.94
32799351--32799514	29	5.7	29	94	0	274	32	15	22	29	1.95
32805947--32806140	96	2.0	96	87	0	280	29	31	14	24	1.95
32805914--32806140	48	4.7	48	84	1	249	28	30	15	25	1.96
32808474--32808600	40	3.2	40	84	5	150	22	29	25	22	1.99
32808474--32808641	40	4.2	40	79	6	142	23	26	23	26	2.00
32818914--32818991	38	2.1	38	100	0	156	42	12	7	37	1.72
32822617--32822746	29	4.6	29	78	12	119	26	25	16	31	1.96
32822676--32822744	29	2.5	28	93	6	122	24	26	15	33	1.95
32840944--32841038	27	3.4	27	67	16	75	29	32	15	22	1.95
32840888--32841076	58	3.3	58	86	4	260	28	30	18	23	1.98
32840972--32841073	29	3.5	29	71	10	100	30	26	19	23	1.98
32841239--32841561	42	7.9	43	87	9	471	31	33	24	10	1.89
32841317--32841379	16	3.5	16	70	25	54	31	30	28	9	1.89
32841239--32841559	81	3.9	83	86	10	432	31	33	24	10	1.89
32843564--32843670	40	2.7	40	82	0	124	28	22	25	23	1.99
32843606--32843731	40	3.2	40	82	8	150	23	25	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32852637--32852862	40	5.7	40	92	1	330	27	26	22	23	2.00
32854910--32855246	40	8.5	40	91	2	520	24	22	27	25	2.00
32862736--32862773	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
32869065--32869102	14	2.9	13	81	11	51	18	13	10	57	1.63
32874652--32874735	35	2.3	36	85	4	107	46	17	7	28	1.75
32880489--32880681	29	6.7	29	93	0	305	33	15	21	30	1.94
32883623--32883675	17	3.4	17	70	20	60	16	26	28	28	1.97
32884460--32884503	15	2.8	17	74	19	51	22	22	0	54	1.45
32885161--32885200	18	2.2	18	86	0	53	32	17	2	47	1.61
32885732--32885767	17	2.1	17	100	0	72	52	5	0	41	1.24
32898289--32898450	29	5.6	29	93	0	270	32	15	22	29	1.95
32906408--32906571	29	5.7	29	91	0	256	33	14	21	29	1.94
32911063--32911185	43	2.9	43	88	1	176	21	30	21	26	1.98
32911111--32911226	43	2.7	46	85	7	136	25	29	22	23	1.99
32911063--32911226	86	1.9	85	80	8	190	23	29	21	25	1.99
32914292--32914398	47	2.3	46	80	13	114	28	17	28	24	1.97
32916624--32916759	46	3.0	43	76	14	123	30	27	19	22	1.98
32917168--32917227	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
32924831--32924965	29	4.7	29	91	0	207	31	16	22	29	1.95
32932878--32933039	29	5.6	29	88	1	209	30	16	25	28	1.96
32934831--32935001	93	1.8	93	91	0	279	27	28	22	21	1.99
32934830--32934998	46	3.7	46	76	10	173	27	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32935422--32935478	30	1.9	30	88	0	87	29	24	8	36	1.86
32935717--32936978	631	2.0	631	98	0	2418	35	18	12	32	1.89
32939255--32939281	13	2.1	13	100	0	54	51	0	25	22	1.48
32943035--32943090	29	1.9	29	85	0	76	30	12	26	30	1.93
32952370--32952545	95	1.9	95	84	7	241	28	19	28	22	1.98
32952373--32952689	49	6.6	48	72	12	206	29	18	27	24	1.98
32952461--32952689	98	2.4	96	82	4	246	29	17	27	25	1.98
32957487--32957615	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
32957522--32957668	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
32957503--32957668	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
32965562--32965690	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
32965597--32965743	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
32965578--32965743	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
32979278--32980469	48	24.8	47	92	1	1801	35	6	26	31	1.81
32979268--32980469	96	12.5	96	94	0	1983	35	6	26	31	1.81
32979268--32980469	144	8.3	144	94	0	1983	35	6	26	31	1.81
32980503--32980599	37	2.6	37	98	0	185	24	16	32	25	1.96
32985800--32986175	94	4.0	94	95	0	662	30	11	18	39	1.86
32993518--32993748	40	5.8	40	90	0	329	27	29	21	22	1.99
32994539--32994613	18	4.2	18	87	0	114	26	21	17	34	1.95
32997137--32997436	41	7.3	41	86	2	329	32	22	23	21	1.98
32997177--32997437	123	2.1	122	87	4	382	31	22	24	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32998464--32998502	19	2.1	19	90	4	62	46	2	2	48	1.29
33001836--33001864	15	1.9	15	100	0	58	24	6	20	48	1.74
33002619--33002686	24	2.8	24	89	8	111	27	20	7	44	1.78
33003007--33003127	9	13.6	9	79	1	118	47	14	1	35	1.55
33003007--33003127	18	6.8	18	83	1	145	47	14	1	35	1.55
33003003--33003127	27	4.6	27	84	2	135	48	14	1	36	1.54
33008777--33008827	21	2.4	21	80	0	66	29	19	49	1	1.60
33009082--33009148	31	2.2	31	83	0	80	17	4	17	59	1.53
33009223--33009429	43	4.8	43	93	0	351	23	31	18	26	1.97
33012223--33012250	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
33016707--33016815	37	2.9	37	94	0	191	27	30	19	22	1.98
33016860--33017245	48	8.0	48	89	0	583	31	27	5	35	1.80
33016860--33017245	144	2.7	144	92	0	655	31	27	5	35	1.80
33021054--33021080	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
33022749--33022784	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
33023080--33023140	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
33024989--33025213	40	5.7	40	84	6	262	25	21	27	25	1.99
33024989--33025220	119	1.9	119	82	6	290	25	21	27	25	1.99
33024989--33025246	119	2.2	119	81	6	274	26	20	27	25	1.99
33029229--33029253	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
33038763--33038839	37	2.1	37	100	0	154	27	15	11	45	1.81
33057371--33057487	45	2.6	45	88	0	171	23	16	27	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33065484--33065586	29	3.6	27	80	5	98	28	31	16	24	1.96
33073531--33073633	29	3.6	27	80	5	98	28	31	16	24	1.96
33079243--33079412	43	4.0	42	75	6	153	31	25	16	25	1.96
33086379--33086582	40	5.1	40	82	4	196	25	22	26	26	2.00
33086413--33086582	80	2.1	80	85	2	225	24	21	27	26	1.99
33094352--33094554	79	2.5	80	84	4	241	24	22	26	26	2.00
33094352--33094554	40	5.1	40	83	3	221	24	22	26	26	2.00
33101348--33101378	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
33101345--33101384	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
33101617--33101789	53	3.2	53	81	7	206	23	25	16	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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