genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.308.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  308  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95752081--95752124	22	2.0	22	100	0	88	36	13	31	18	1.90
95755849--95755956	44	2.4	44	86	6	137	29	23	12	34	1.92
95765833--95765890	29	2.0	29	100	0	116	31	20	3	44	1.68
95767308--95767334	13	2.1	13	100	0	54	29	18	22	29	1.97
95774446--95774666	122	1.8	122	87	2	327	31	10	23	34	1.89
95774625--95774792	40	4.2	40	78	6	162	25	23	26	24	2.00
95790340--95790407	35	1.9	36	84	3	93	32	32	16	19	1.93
95805355--95805382	13	2.2	13	100	0	56	46	0	7	46	1.30
95805631--95805669	17	2.3	17	86	8	53	23	2	5	69	1.21
95805841--95805872	17	2.0	17	88	11	50	59	6	3	31	1.38
95810089--95810244	43	3.6	43	73	12	133	24	18	25	31	1.98
95811201--95811310	43	2.6	42	89	1	166	20	28	31	19	1.97
95825076--95825196	47	2.6	47	82	16	153	25	28	16	28	1.97
95827099--95827162	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
95827378--95827407	14	2.1	14	100	0	60	40	0	13	46	1.43
95828807--95828965	59	2.8	57	89	3	221	32	13	25	27	1.94
95828807--95828965	29	5.5	29	89	5	214	32	13	25	27	1.94
95830481--95830598	23	5.0	24	89	7	170	26	22	22	28	1.99
95830481--95830598	47	2.5	47	89	6	168	26	22	22	28	1.99
95830649--95830708	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
95830649--95830703	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
95838318--95838381	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95838573--95838739	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
95838572--95838739	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
95838790--95838849	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
95838790--95838844	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
95838892--95838939	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
95864361--95864400	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
95865603--95865824	46	4.8	45	77	13	202	22	28	20	27	1.99
95865650--95865820	94	1.8	92	85	7	238	22	28	21	28	1.99
95871667--95871847	89	2.0	89	96	0	335	27	24	13	34	1.93
95878668--95878750	25	3.3	25	79	3	87	38	30	10	20	1.87
95886034--95886152	54	2.2	54	98	1	231	35	16	5	42	1.70
95886140--95886180	18	2.4	18	88	8	59	46	21	4	26	1.72
95905176--95905227	27	1.9	27	92	0	86	32	5	28	32	1.81
95908378--95908420	23	1.9	22	90	4	68	37	0	9	53	1.33
95920933--95920957	13	1.9	13	100	0	50	56	12	16	16	1.68
95921419--95921447	12	2.3	13	94	5	51	20	0	0	79	0.74
95921946--95922009	23	2.7	23	80	7	67	32	0	1	65	1.02
95922324--95922377	21	2.6	21	80	16	60	75	0	22	1	0.89
95922319--95922380	23	2.6	24	78	12	67	75	0	22	1	0.88
95922529--95922662	60	2.2	61	86	4	191	32	0	11	55	1.36
95931192--95931238	22	2.2	22	78	17	55	51	4	10	34	1.56
95931213--95931265	27	2.0	26	81	3	61	60	3	7	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95931251--95931658	25	16.1	25	70	19	217	56	4	5	33	1.44
95931410--95931657	23	10.2	23	75	15	175	56	5	4	33	1.43
95931742--95931789	3	16.0	3	87	8	71	62	0	2	35	1.07
95931831--95931888	26	2.2	26	82	11	66	62	3	3	31	1.29
95931841--95931893	15	3.5	14	80	12	52	62	1	3	32	1.24
95933545--95933644	44	2.2	45	80	5	114	29	26	17	28	1.97
95933628--95933722	44	2.1	45	84	5	122	28	25	21	25	1.99
95933920--95933978	29	2.0	29	83	6	75	25	32	22	20	1.98
95933949--95934111	89	1.8	88	82	5	211	36	17	17	28	1.93
95934019--95934166	74	2.0	75	91	1	244	33	20	18	27	1.96
95934027--95934185	74	2.1	73	85	7	221	33	19	18	28	1.95
95934170--95934199	14	2.1	14	93	0	51	66	6	10	16	1.41
95934094--95934255	89	1.8	89	82	1	209	35	20	16	27	1.94
95934182--95934349	75	2.2	75	83	0	219	38	20	14	25	1.91
95933949--95934663	163	4.3	165	90	1	972	34	20	16	28	1.94
95934257--95934425	89	1.9	89	90	2	268	37	19	14	27	1.91
95934343--95934517	77	2.3	77	92	0	287	37	18	15	28	1.92
95934496--95934531	14	2.6	14	100	0	72	55	5	13	25	1.60
95934419--95934607	91	2.1	90	97	1	360	35	18	17	28	1.94
95934510--95934674	76	2.2	75	97	1	312	33	20	18	27	1.96
95946636--95946682	22	2.2	21	82	14	53	53	6	6	34	1.52
95946657--95946709	27	2.0	26	81	3	61	60	3	7	28	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95946732--95946809	31	2.6	31	78	17	92	57	3	6	32	1.42
95946893--95947097	23	8.5	23	75	13	157	57	5	5	32	1.44
95946882--95946963	25	3.3	24	73	15	60	53	6	6	34	1.50
95946695--95946831	25	5.1	25	72	15	87	55	4	6	33	1.46
95946873--95947060	23	7.6	25	73	19	112	56	4	5	32	1.43
95947190--95947228	18	2.2	18	85	0	51	64	0	2	33	1.08
95956038--95956132	25	3.8	25	79	8	95	20	28	21	30	1.98
95956037--95956132	50	1.9	50	82	4	122	20	28	20	30	1.98
95956073--95956155	25	3.3	25	82	12	91	21	28	22	26	1.99
95956032--95956143	50	2.2	50	79	7	120	21	28	19	30	1.98
95958663--95958832	46	3.7	46	78	10	184	27	17	28	26	1.97
95958703--95958872	48	3.6	48	84	3	227	29	17	28	24	1.97
95958663--95958872	94	2.2	94	86	3	289	29	16	28	26	1.97
95958933--95959070	49	2.9	48	81	7	147	28	20	26	24	1.99
95960512--95960551	20	2.1	19	86	9	55	20	32	25	22	1.98
95970069--95970341	27	10.3	26	84	8	327	44	20	16	18	1.86
95973565--95973892	27	12.2	27	85	1	408	42	21	16	19	1.89
95978574--95978728	42	3.7	41	82	6	195	28	25	17	29	1.97
95978574--95978738	84	2.0	84	84	2	215	29	24	16	29	1.96
95985629--95985991	47	7.7	46	73	14	210	25	30	19	25	1.98
95985637--95985992	46	7.6	46	75	11	246	25	30	18	25	1.98
95985629--95985991	94	3.9	94	77	12	349	25	30	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95985629--95985992	140	2.6	142	80	10	410	25	30	19	25	1.98
95994728--95994784	18	3.2	18	87	5	80	8	14	0	77	0.99
95994728--95994784	6	9.7	6	92	3	71	8	14	0	77	0.99
96000098--96000134	18	2.1	18	89	0	56	10	43	5	40	1.63
96008134--96008188	25	2.2	25	90	0	83	29	14	21	34	1.93
96010411--96010475	29	2.2	29	91	0	103	44	6	6	43	1.54
96012185--96012265	42	1.9	43	87	2	119	39	17	23	19	1.92
96019237--96019274	11	3.5	11	85	3	51	36	0	0	63	0.95
96021510--96021536	12	2.2	12	100	0	54	48	0	51	0	1.00
96023990--96024262	141	1.9	141	92	0	456	40	21	12	24	1.88
96033953--96034060	22	5.1	22	70	10	82	43	12	19	24	1.86
96033952--96034060	42	2.6	42	81	5	114	44	12	19	23	1.85
96034366--96034484	58	2.1	58	100	0	238	42	15	10	31	1.81
96034813--96034863	11	4.6	11	75	4	50	19	17	7	54	1.67
96035057--96035090	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
96042331--96042498	40	4.2	40	76	3	142	23	26	23	26	2.00
96049071--96049109	20	1.9	21	84	5	53	53	2	41	2	1.28
96051081--96051134	23	2.2	24	83	6	65	31	18	20	29	1.96
96052731--96052764	3	11.3	3	93	0	59	64	0	2	32	1.08
96058740--96058817	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
96066571--96066648	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
96070318--96070360	22	1.9	23	85	4	61	58	4	9	27	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96083420--96083574	79	2.0	79	92	0	256	35	18	14	30	1.91
96083564--96083596	17	1.9	17	100	0	66	48	18	12	21	1.80
96085673--96085716	23	1.9	23	90	9	72	61	0	6	31	1.22
96086290--96086334	10	4.6	10	75	25	51	8	11	6	73	1.25
96091043--96091214	49	3.6	47	78	13	181	26	19	29	25	1.98
96098198--96098326	49	2.6	50	85	6	165	28	18	27	25	1.98
96100041--96100075	18	1.9	18	88	0	52	28	25	8	37	1.85
96104441--96104477	16	2.3	16	100	0	74	40	13	10	35	1.80
96111642--96112412	125	6.1	126	84	3	919	29	16	16	37	1.90
96113121--96113167	23	2.0	23	87	0	67	46	19	10	23	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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