genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.85.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  85  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24477870--24477908	15	2.6	15	92	8	62	48	28	5	17	1.68
24478071--24478118	22	2.2	22	88	0	69	39	33	0	27	1.57
24478080--24478127	15	3.4	14	77	8	53	33	37	0	29	1.58
24478077--24478135	29	2.1	28	87	9	84	33	38	0	27	1.57
24478778--24478881	40	2.6	39	76	13	104	26	19	20	33	1.96
24482934--24483066	40	3.3	40	87	2	142	27	27	22	21	1.99
24482972--24483119	40	3.7	40	87	5	192	25	27	23	22	2.00
24493297--24493811	257	2.0	257	99	0	1012	37	20	13	27	1.91
24497811--24497973	39	4.2	39	91	0	227	23	19	31	25	1.98
24505804--24505965	39	4.2	39	90	1	218	24	19	31	25	1.98
24505821--24505996	78	2.2	78	83	3	210	23	22	31	21	1.98
24505821--24505996	39	4.5	38	84	2	163	23	22	31	21	1.98
24508933--24508969	19	2.0	18	89	5	56	29	18	35	16	1.93
24509051--24509160	29	3.9	27	76	13	89	29	13	31	25	1.94
24509433--24509486	26	2.1	26	89	0	81	46	22	16	14	1.84
24513608--24513671	28	2.3	28	91	5	103	32	29	7	29	1.86
24513777--24513866	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
24513787--24513877	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
24513777--24513891	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
24514330--24514368	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
24518529--24519042	43	11.9	43	77	6	322	23	17	20	38	1.93
24518537--24518699	85	1.9	86	86	5	231	25	15	20	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24518535--24518785	128	1.9	130	83	3	328	25	15	19	38	1.92
24518713--24518859	44	3.4	43	79	1	141	23	17	22	37	1.94
24518529--24519025	87	5.8	86	71	7	278	24	17	20	38	1.93
24518529--24519112	43	13.6	43	75	5	293	23	17	20	38	1.93
24519652--24519694	13	3.0	15	73	13	54	23	30	23	23	1.99
24519644--24519689	15	3.2	15	75	12	60	23	23	23	28	2.00
24521462--24521610	27	5.6	27	82	7	128	40	19	14	24	1.89
24521486--24521621	53	2.5	52	82	8	148	40	16	13	29	1.87
24521462--24521621	54	3.0	53	80	8	155	40	18	14	26	1.89
24521489--24521621	27	5.0	26	82	7	133	40	16	13	29	1.87
24528013--24528057	20	2.2	20	100	0	90	33	20	20	26	1.97
24529959--24530011	16	3.4	16	70	15	56	18	16	11	52	1.73
24529951--24530012	31	2.0	31	100	0	124	16	16	12	54	1.71
24532203--24532385	93	2.0	93	94	0	321	36	24	11	27	1.90
24536754--24536839	31	2.8	31	87	1	138	26	26	15	31	1.95
24537050--24537126	24	3.1	24	83	9	93	24	19	22	33	1.97
24537173--24537217	20	2.2	20	100	0	90	35	20	8	35	1.84
24549606--24549708	29	3.6	27	78	5	89	28	32	16	23	1.96
24552966--24552996	8	3.9	8	95	0	53	58	25	16	0	1.38
24553470--24553536	26	2.6	26	92	2	109	25	31	22	20	1.98
24553761--24553843	31	2.7	30	90	7	132	28	14	26	30	1.95
24556163--24556373	27	7.8	27	86	0	269	31	20	6	41	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24556171--24556374	54	3.8	54	89	1	311	31	20	6	42	1.77
24556217--24556437	27	8.2	27	84	1	129	35	23	4	36	1.76
24556138--24556416	81	3.4	81	81	0	288	32	22	6	37	1.80
24556170--24556402	54	4.3	53	80	9	238	32	20	6	40	1.79
24556393--24556519	27	4.7	28	79	9	104	41	22	7	28	1.81
24556510--24556679	27	6.3	27	89	0	232	38	20	18	22	1.94
24556510--24556698	54	3.5	54	86	0	243	37	19	19	23	1.94
24556510--24556698	81	2.3	81	84	0	234	37	19	19	23	1.94
24556901--24556971	26	2.8	25	93	4	124	25	28	23	22	2.00
24557192--24557274	31	2.7	30	90	7	132	28	14	26	30	1.95
24568253--24568286	17	2.0	17	88	0	50	55	11	5	26	1.58
24573313--24573358	23	2.0	23	100	0	92	17	13	8	60	1.56
24576005--24576173	48	3.6	48	82	3	216	24	29	18	27	1.98
24580156--24580203	25	2.0	25	87	4	71	18	27	18	35	1.95
24581973--24582157	39	4.7	40	82	5	209	29	4	21	45	1.71
24584070--24584173	39	2.7	39	89	0	154	31	2	20	45	1.66
24584622--24584683	31	2.0	31	100	0	124	25	3	29	41	1.71
24596135--24596182	25	2.0	24	83	4	60	64	6	0	29	1.18
24596146--24596206	17	3.6	17	75	14	63	67	3	1	27	1.16
24596952--24597003	26	2.0	26	81	11	61	67	0	21	11	1.22
24601299--24601407	33	3.3	33	83	6	141	32	9	23	34	1.87
24604190--24604307	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24604158--24604321	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
24617670--24617721	24	2.2	23	83	13	61	38	1	0	59	1.08
24617681--24617734	22	2.3	22	84	12	63	50	0	0	50	1.00
24622504--24622682	40	4.5	40	90	3	265	24	22	29	23	1.99
24629832--24629864	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
24630597--24630800	40	5.1	40	81	5	225	23	20	29	26	1.99
24630593--24630800	80	2.6	80	83	0	281	23	20	28	26	1.99
24632768--24632868	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
24637115--24637169	26	2.1	26	86	0	74	25	25	20	29	1.99
24639276--24639525	50	5.0	50	81	3	261	26	17	26	30	1.97
24639281--24639470	101	1.9	101	88	0	290	26	19	24	28	1.99
24639384--24639467	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
24639237--24639557	150	2.1	152	84	1	403	25	16	27	30	1.97
24644621--24644765	42	3.4	42	76	7	125	31	21	14	32	1.93
24648524--24648648	63	2.0	63	98	0	241	27	17	19	36	1.94
24653505--24653654	42	3.5	42	83	8	171	29	22	16	32	1.96
24654968--24655002	18	1.9	18	88	11	54	34	11	8	45	1.71
24656400--24656441	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
24657433--24657458	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
24661410--24661463	20	2.5	21	76	11	56	46	14	7	31	1.73
24669827--24669889	31	2.0	31	100	0	126	26	6	9	57	1.55
24670569--24670614	24	1.9	24	86	0	65	56	13	6	23	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24674706--24674796	27	3.4	27	86	6	114	29	10	27	31	1.91
24674733--24674829	27	3.7	26	81	4	95	28	13	23	34	1.93
24679743--24679786	22	2.0	22	86	4	63	54	0	0	45	0.99
24693163--24693326	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
24693163--24693360	71	2.8	70	91	3	258	20	28	17	33	1.95
24695103--24695159	30	1.9	29	89	10	89	26	15	31	26	1.96
24695134--24695264	38	3.4	39	86	9	182	25	21	28	25	1.99
24695134--24695299	77	2.2	76	81	11	187	26	20	27	25	1.99
24703097--24703319	40	5.7	39	86	8	276	24	21	27	26	2.00
24710489--24710713	119	1.9	120	83	9	300	25	21	27	26	1.99
24710489--24710713	40	5.7	40	86	5	280	25	21	27	26	1.99
24710496--24710736	79	3.0	78	82	10	283	26	20	26	26	1.99
24716285--24716381	48	2.0	48	100	0	194	47	2	16	34	1.58
24716642--24716780	43	3.3	42	78	3	147	30	15	23	30	1.95
24723858--24723914	25	2.3	25	100	0	114	26	42	7	24	1.80
24726078--24726155	29	2.7	29	83	0	102	26	17	33	21	1.96
24728954--24728988	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
24734497--24734631	48	2.7	48	86	6	155	35	8	25	31	1.85
24734532--24734634	48	2.1	48	92	0	179	34	6	26	32	1.83
24734770--24734886	37	3.2	37	91	3	175	27	17	29	25	1.98
24736167--24736463	40	7.5	40	91	1	463	23	21	29	25	1.99
24736155--24736463	119	2.6	120	90	1	478	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24736167--24736463	159	1.9	159	89	1	461	23	21	29	25	1.99
24740453--24740590	48	2.8	48	87	6	188	34	7	26	31	1.85
24740726--24740843	37	3.2	37	91	2	175	27	18	29	24	1.98
24751500--24752626	577	2.0	576	96	0	2074	34	7	17	40	1.79
24759989--24760179	39	4.8	40	83	9	198	23	19	30	26	1.98
24759989--24760174	79	2.4	78	82	8	225	24	20	30	24	1.98
24759991--24760202	79	2.7	77	80	10	223	25	19	29	25	1.99
24762057--24762143	43	2.0	43	82	12	108	22	19	29	27	1.98
24765614--24765683	25	2.8	25	93	0	113	27	22	24	25	2.00
24765738--24765791	5	11.4	5	80	11	53	42	16	3	37	1.66

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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