genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.286.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  286  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88607258--88607297	20	2.0	20	100	0	80	35	25	5	35	1.78
88607215--88607340	63	2.0	63	92	0	207	31	27	12	27	1.93
88607278--88607382	41	2.5	42	92	3	176	30	28	14	26	1.95
88617919--88618032	60	1.9	59	83	7	149	26	28	19	26	1.99
88617918--88618067	60	2.5	58	79	13	144	27	26	19	27	1.99
88618060--88618105	20	2.3	20	85	3	67	28	26	17	28	1.98
88627155--88627300	51	2.9	49	83	2	184	24	17	26	31	1.97
88627211--88627338	51	2.5	51	83	5	134	28	18	25	27	1.98
88630263--88630488	100	2.3	98	80	5	231	24	18	26	30	1.98
88630264--88630488	49	4.5	50	78	2	211	24	18	26	30	1.98
88632373--88632407	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
88633451--88633689	49	4.8	50	78	4	232	26	18	26	28	1.98
88633450--88633675	101	2.3	98	84	2	272	25	18	26	29	1.98
88636595--88636891	50	6.0	50	78	3	276	25	17	25	31	1.97
88643518--88643751	49	4.7	49	80	6	240	26	17	26	29	1.98
88643526--88643762	101	2.4	100	81	3	264	26	18	25	29	1.98
88648245--88648321	29	2.7	29	87	0	109	25	16	29	27	1.97
88667983--88668015	9	3.8	9	92	8	59	57	0	12	30	1.35
88674094--88674151	26	2.4	24	77	8	64	43	5	0	51	1.24
88674186--88674331	25	5.6	25	71	21	79	32	3	3	60	1.30
88678413--88678449	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
88678413--88678462	15	3.5	15	79	15	52	20	26	12	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88679858--88679897	13	3.1	13	89	7	55	45	15	17	22	1.85
88679868--88679897	6	4.8	6	92	8	51	46	16	16	20	1.84
88684233--88684400	40	4.2	40	77	3	151	23	26	23	27	2.00
88693457--88693502	23	2.0	23	100	0	92	26	13	13	47	1.78
88696570--88696790	40	5.6	40	81	4	243	28	26	20	24	1.99
88699627--88699718	34	2.8	33	79	11	89	29	21	27	21	1.99
88705172--88705238	27	2.4	28	90	2	100	28	13	28	29	1.94
88708527--88708750	40	5.6	40	84	3	261	24	22	26	26	2.00
88708531--88708750	83	2.7	80	85	5	266	23	23	27	25	2.00
88717402--88717568	49	3.4	49	95	3	307	32	7	28	32	1.84
88717563--88717701	48	2.9	48	90	1	206	35	7	28	29	1.84
88717741--88717831	37	2.4	37	92	1	146	24	17	31	26	1.97
88720599--88720822	40	5.6	40	82	3	261	23	23	27	25	2.00
88726763--88726827	27	2.4	27	86	0	85	20	16	20	43	1.89
88738901--88739124	40	5.6	40	84	3	263	25	22	25	26	2.00
88738900--88739094	81	2.4	80	88	0	273	24	22	26	26	2.00
88746358--88746382	13	1.9	13	100	0	50	16	36	40	8	1.77
88751868--88751894	13	2.1	13	100	0	54	22	22	33	22	1.97
88754465--88754534	27	2.6	27	93	2	113	30	25	15	28	1.96
88757547--88757597	25	2.0	25	100	0	102	33	27	7	31	1.85
88767365--88767406	20	2.1	20	95	0	75	16	16	30	35	1.92
88767319--88767452	66	2.0	66	100	0	268	20	20	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88775053--88775077	7	3.6	7	100	0	50	16	52	0	32	1.44
88780913--88781962	524	2.0	524	99	0	2073	33	11	21	33	1.88
88781931--88782126	56	3.5	56	85	4	259	30	14	20	34	1.92
88783403--88783511	27	4.0	27	81	1	101	41	20	12	25	1.88
88785299--88785473	46	3.8	46	74	15	162	33	29	17	20	1.95
88785307--88785478	93	1.8	93	88	2	265	32	29	17	20	1.95
88793836--88793908	36	2.0	36	100	0	146	42	8	21	27	1.81
88798475--88798692	40	5.5	40	87	2	298	24	23	27	24	2.00
88805586--88805803	40	5.5	40	87	2	271	25	23	26	24	2.00
88805582--88805803	80	2.8	80	87	3	306	26	22	26	24	2.00
88809583--88809746	43	3.9	43	82	1	197	21	26	21	29	1.99
88817982--88818091	40	2.8	40	85	0	148	26	23	26	23	2.00
88817982--88818130	40	3.7	39	80	7	131	26	22	26	24	2.00
88826110--88826218	39	2.8	40	85	2	148	25	23	26	23	2.00
88826110--88826257	39	3.8	38	80	11	124	26	22	27	24	2.00
88829221--88829325	40	2.6	40	84	0	138	27	23	25	22	2.00
88829261--88829365	37	2.7	39	83	4	124	25	22	27	23	2.00
88837233--88837342	40	2.8	40	84	0	139	25	23	27	23	2.00
88840593--88840746	41	3.8	40	89	2	236	26	27	22	24	1.99
88840593--88840741	81	1.8	81	91	2	246	26	28	22	23	1.99
88847817--88847970	41	3.8	40	89	2	236	26	27	22	24	1.99
88847817--88847965	81	1.8	81	91	2	246	26	28	22	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88861015--88861071	24	2.4	23	82	8	71	38	17	21	22	1.93
88862380--88862449	21	3.2	21	64	18	52	21	14	25	38	1.91
88864643--88864722	29	2.8	28	83	7	99	27	32	15	25	1.95
88864643--88864722	28	2.8	28	83	7	99	27	32	15	25	1.95
88871752--88872015	40	6.6	40	88	3	368	24	23	26	26	2.00
88871756--88872015	123	2.2	120	89	2	387	24	23	26	25	2.00
88877094--88877160	20	3.3	21	85	8	95	35	8	19	35	1.83
88877103--88877160	11	5.6	11	78	19	63	36	8	18	36	1.82
88877210--88877336	26	5.0	26	91	2	188	26	20	21	31	1.98
88878087--88878119	15	2.2	15	100	0	66	30	12	27	30	1.92
88879912--88880075	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
88879912--88880109	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
88887424--88887587	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
88887424--88887621	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	33	1.95
88894118--88894281	71	2.3	71	97	0	310	18	28	18	34	1.95
88894118--88894315	71	2.8	70	90	3	249	20	28	17	32	1.96
88901293--88901363	27	2.6	28	79	4	72	38	23	16	21	1.93
88901308--88901363	27	2.1	27	86	0	76	32	25	21	21	1.98
88901717--88901792	33	2.3	33	81	0	89	31	22	21	25	1.98
88902169--88902215	18	2.6	18	86	10	60	46	4	12	36	1.62
88907173--88907199	7	3.9	7	100	0	54	11	0	0	88	0.50
88911026--88911193	40	4.2	40	83	2	196	25	26	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88918834--88918896	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
88920062--88920126	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
88926730--88926792	25	2.5	24	80	7	72	74	1	17	6	1.10
88927959--88928023	29	2.2	29	94	0	112	30	16	27	24	1.97
88930038--88930201	40	4.1	39	80	4	141	25	26	21	26	2.00
88942601--88942818	40	5.5	40	90	2	316	25	28	22	22	1.99
88947706--88947751	5	9.0	5	78	21	51	60	0	2	36	1.09
88961034--88961146	23	4.9	23	71	14	90	35	18	23	23	1.96
88961044--88961146	44	2.3	45	80	11	113	36	19	21	22	1.95
88963166--88963236	19	3.9	17	69	18	54	64	0	1	33	1.02
88963502--88963559	20	3.1	18	80	11	55	60	1	5	32	1.29
88963502--88963676	19	8.7	19	69	21	67	61	2	4	31	1.29
88963543--88963750	50	4.3	47	72	21	137	60	1	4	33	1.28
88963597--88963659	17	4.0	16	71	23	53	65	4	1	28	1.22
88965334--88965884	205	2.7	206	91	1	874	28	21	18	31	1.97
88977928--88977962	3	11.3	3	87	6	52	62	0	0	37	0.95
88979375--88979588	109	2.0	108	88	2	322	20	22	17	39	1.92
88980003--88980256	72	3.5	71	79	7	251	30	21	16	31	1.95
88980283--88980703	72	5.9	71	87	4	614	29	22	17	30	1.96
88980280--88980703	143	3.0	143	96	0	758	29	22	17	30	1.96
88993359--88993410	24	2.1	25	92	7	88	55	3	13	26	1.55
88993456--88993490	3	11.3	3	87	6	52	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88996218--88996482	20	12.9	20	68	21	79	59	1	4	33	1.28
88996265--88996339	13	6.1	12	70	14	55	60	1	2	36	1.20
88996264--88996482	48	4.5	47	72	21	136	59	1	4	34	1.27
88996299--88996355	26	2.1	26	83	6	69	57	3	1	36	1.26
88996264--88996481	16	14.6	15	65	20	75	59	1	4	34	1.27
88997836--88997876	4	10.5	4	87	10	50	19	2	0	78	0.87
88999681--88999783	40	2.6	39	82	3	134	34	27	14	23	1.94
89000023--89000054	16	1.9	17	93	6	57	43	9	9	37	1.69
89001880--89001939	26	2.3	26	83	8	70	23	25	21	30	1.99
89001989--89002055	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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