genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19924010--19924044	17	2.1	17	88	0	52	28	17	11	42	1.83
19928368--19928408	20	2.0	20	100	0	82	24	19	14	41	1.89
19937855--19938054	50	4.0	49	82	8	208	25	18	29	28	1.98
19948180--19948205	7	3.7	7	100	0	52	26	11	30	30	1.92
19962586--19962767	39	4.6	40	82	4	181	27	22	26	23	2.00
19964423--19964568	27	5.4	27	87	0	193	26	21	9	41	1.84
19964398--19964568	54	3.2	54	84	0	207	28	22	9	39	1.86
19964600--19964691	27	3.5	26	89	3	139	44	19	6	29	1.76
19964600--19964711	27	4.2	26	86	4	134	43	21	5	29	1.74
19964700--19964785	27	3.1	27	80	14	104	38	15	9	37	1.79
19965948--19966030	31	2.7	30	92	3	132	30	14	26	28	1.95
19974521--19974701	39	4.6	39	86	1	229	18	32	15	34	1.92
19974551--19974683	20	6.8	20	66	10	69	15	32	16	35	1.91
19974571--19974634	19	3.3	19	70	20	60	14	28	17	40	1.88
19974520--19974725	78	2.6	77	83	3	198	19	30	14	35	1.92
19974520--19974732	39	5.5	39	84	2	122	20	30	14	35	1.92
19984328--19984390	32	2.0	32	84	6	83	41	9	7	41	1.67
19984540--19984572	17	1.9	17	88	11	50	45	3	3	48	1.33
19984731--19984782	20	2.4	21	71	12	52	36	5	0	57	1.23
19994945--19994989	21	2.1	21	87	0	63	40	26	0	33	1.57
19996750--19996792	18	2.4	18	88	0	59	18	27	9	44	1.80
19998807--19998864	21	2.8	21	86	0	71	27	36	24	12	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20000501--20000737	48	4.9	47	84	6	280	32	25	19	21	1.97
20008920--20009027	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
20010652--20010789	27	5.1	26	81	6	159	19	23	22	34	1.96
20010652--20010783	54	2.5	54	91	2	214	20	23	21	34	1.96
20012690--20012745	28	2.0	28	85	0	76	32	7	0	60	1.24
20012786--20012860	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
20012836--20012865	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
20012855--20012894	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
20013270--20013310	18	2.2	18	86	8	55	24	2	0	73	0.96
20013335--20013392	10	5.7	10	78	11	64	29	5	0	65	1.14
20013336--20013395	15	3.9	15	76	12	59	30	5	0	65	1.14
20013336--20013392	5	11.2	5	74	10	53	29	5	0	64	1.15
20018664--20018836	83	2.1	83	98	0	337	30	19	27	22	1.98
20025350--20025902	203	2.7	204	91	2	894	30	17	23	28	1.97
20027434--20027489	28	2.0	28	82	0	67	30	8	1	58	1.39
20027515--20027548	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
20027530--20027604	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
20027580--20027609	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
20027599--20027638	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
20027955--20027995	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
20028107--20028167	21	2.8	22	81	16	74	31	3	0	65	1.09
20028107--20028164	5	11.2	5	75	14	55	31	3	0	65	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20033489--20033625	57	2.4	57	90	0	211	31	23	17	27	1.97
20040577--20040974	125	3.2	124	86	2	548	30	16	15	37	1.90
20041032--20041159	34	3.7	33	76	6	112	43	15	0	39	1.52
20042473--20042522	14	3.6	13	81	7	55	64	0	0	36	0.94
20043895--20044283	195	2.0	195	86	1	546	35	17	16	29	1.93
20046353--20046616	132	2.0	132	100	0	528	43	9	21	25	1.83
20050720--20050773	27	2.0	27	92	0	90	31	16	9	42	1.80
20056933--20056986	25	2.2	25	83	6	65	33	3	3	59	1.33
20056946--20056999	25	2.2	25	83	6	65	38	1	1	57	1.20
20063515--20063615	28	3.5	28	87	4	130	28	12	27	30	1.93
20069503--20069610	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
20069462--20069610	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
20077513--20077660	80	1.9	79	81	4	181	22	30	24	22	1.99
20077522--20077666	40	3.7	40	82	0	139	23	28	23	24	2.00
20084945--20085111	40	4.2	40	82	2	185	24	26	22	26	2.00
20087664--20087790	48	2.6	48	83	2	148	34	26	18	20	1.95
20094823--20094864	17	2.5	17	100	0	84	35	11	19	33	1.88
20099844--20099916	29	2.5	29	93	0	101	26	31	16	26	1.96
20114792--20114821	8	3.8	8	100	0	60	33	40	0	26	1.57
20118990--20119063	29	2.6	29	84	4	87	24	14	32	28	1.95
20121307--20121509	40	5.1	40	84	3	259	26	28	22	23	1.99
20129570--20129772	40	5.1	40	83	3	250	25	28	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20132825--20132888	31	2.1	31	87	0	92	26	23	14	35	1.93
20133093--20133245	24	6.4	24	93	6	258	28	22	20	29	1.98
20133100--20133244	47	3.1	47	96	3	265	28	21	20	28	1.98
20133303--20133341	20	2.0	20	100	0	78	35	20	7	35	1.81
20133378--20133425	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
20140908--20140971	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
20141164--20141327	23	7.0	24	87	12	234	28	21	19	29	1.98
20141385--20141441	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
20141381--20141443	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
20141480--20141527	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
20143463--20143487	13	1.9	13	100	0	50	16	24	40	20	1.91
20145143--20145169	13	2.1	13	100	0	54	14	29	33	22	1.94
20152074--20152244	46	3.7	46	75	14	181	22	20	26	30	1.98
20152071--20152241	93	1.8	93	91	2	281	22	20	27	29	1.98
20157531--20157703	46	3.7	46	78	13	210	21	21	27	28	1.99
20157528--20157698	93	1.8	93	96	0	315	21	21	28	28	1.99
20163040--20163163	46	2.7	46	91	1	196	21	21	26	29	1.99
20168531--20168698	46	3.7	46	76	14	184	23	20	26	29	1.99
20190933--20191096	71	2.3	71	97	0	310	19	28	17	34	1.94
20190933--20191130	71	2.8	70	90	3	231	21	28	16	33	1.95
20207696--20207728	11	2.9	12	86	13	52	0	18	0	81	0.68
20207696--20207729	6	5.7	6	89	10	52	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20207720--20207779	26	2.4	24	76	20	61	11	5	8	75	1.19
20210135--20210182	21	2.2	22	82	14	64	45	0	18	35	1.50
20210842--20210904	29	2.2	29	88	0	90	36	9	28	25	1.87
20215433--20215503	25	2.8	25	85	4	88	26	23	22	26	2.00
20215705--20215894	27	7.0	27	87	0	245	24	19	20	35	1.96
20215897--20216037	27	5.2	27	84	1	120	34	7	17	41	1.76
20216040--20216224	27	6.9	27	91	0	289	38	8	23	28	1.84
20216039--20216224	54	3.4	54	95	0	327	38	8	23	29	1.84
20216039--20216249	27	7.8	27	89	0	287	37	8	23	30	1.84
20224307--20224474	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
20237820--20237856	16	2.3	16	90	0	56	8	21	21	48	1.76
20238029--20238068	21	1.9	21	84	0	53	37	22	10	30	1.87
20244062--20244117	26	2.2	26	100	0	112	35	26	7	30	1.83
20250393--20250640	40	6.2	40	89	3	342	28	27	20	23	1.99
20257544--20257746	27	7.4	27	83	4	262	24	21	20	34	1.97
20260432--20260470	17	2.4	17	91	4	62	17	30	12	38	1.88
20261271--20261334	33	1.9	33	84	6	85	26	23	23	26	2.00
20261714--20261911	27	7.4	27	81	1	227	25	21	18	34	1.96
20261714--20261907	107	1.8	107	87	0	289	25	21	18	35	1.96
20273050--20273161	42	2.7	42	94	0	197	33	29	16	19	1.94
20287150--20287313	71	2.3	71	97	0	310	19	26	17	35	1.94
20287150--20287347	71	2.8	70	89	5	249	21	27	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20294692--20294853	71	2.3	71	97	2	310	19	28	17	34	1.95
20294692--20294887	71	2.8	70	89	5	249	20	28	17	33	1.96
20297144--20297176	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
20302535--20302626	8	9.9	9	72	25	68	18	5	0	76	0.98
20302534--20302594	16	3.9	15	81	14	79	16	4	0	78	0.91
20302540--20302607	6	11.2	6	77	14	68	16	5	0	77	0.95
20302531--20302627	6	18.8	5	73	20	60	17	5	0	77	0.95
20302534--20302601	31	2.3	28	87	9	100	16	4	0	79	0.89
20305512--20305544	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
20309589--20309772	40	4.6	40	91	2	282	25	27	22	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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