genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.250.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  250  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76738723--76739396	274	2.5	273	98	0	1280	36	13	13	36	1.85
76739606--76739660	14	3.8	15	75	22	55	45	1	0	52	1.11
76739764--76739953	9	20.6	9	72	12	91	46	13	1	38	1.52
76739791--76739955	71	2.4	70	83	4	208	47	12	1	39	1.49
76739737--76739944	96	2.1	96	79	6	215	47	12	1	38	1.52
76745071--76745273	39	5.2	40	92	4	308	23	22	28	26	1.99
76745071--76745273	79	2.6	79	90	5	306	23	22	28	26	1.99
76753334--76753538	40	5.2	40	90	2	290	23	22	28	25	1.99
76760262--76760504	40	6.1	40	90	1	337	25	28	23	22	1.99
76761208--76761233	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76763704--76763728	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
76764429--76764734	44	6.7	43	72	10	163	30	18	29	21	1.97
76766602--76766752	40	3.8	39	80	6	153	27	23	27	22	1.99
76766639--76766768	40	3.3	39	80	4	161	24	23	27	24	2.00
76775228--76775540	44	6.7	46	73	12	203	29	19	29	22	1.98
76775272--76775486	47	4.6	46	71	14	138	30	20	27	21	1.98
76779192--76779321	40	3.2	40	80	4	156	23	23	28	24	2.00
76785745--76785929	40	4.7	40	82	9	218	26	27	21	24	1.99
76785747--76785928	79	2.3	81	82	9	205	25	27	21	24	2.00
76796803--76796837	16	2.1	17	94	5	63	57	5	28	8	1.52
76798336--76798600	46	5.7	47	77	10	199	26	17	30	25	1.97
76798339--76798508	93	1.8	92	86	6	245	25	19	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76802380--76802442	24	2.6	24	100	0	126	34	26	17	20	1.95
76805365--76805390	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
76805963--76806020	29	2.0	29	100	0	116	37	24	3	34	1.72
76806167--76806241	27	3.0	25	76	19	84	34	22	25	17	1.96
76809867--76809946	7	11.4	7	71	10	56	15	1	32	51	1.51
76809867--76809946	35	2.3	35	84	0	106	15	1	32	51	1.51
76809871--76809911	21	2.0	21	90	0	64	12	0	36	51	1.40
76809871--76809946	28	2.7	28	79	0	80	14	1	32	51	1.51
76834717--76835003	50	5.7	50	81	3	281	31	25	17	25	1.97
76834717--76834952	50	4.7	50	82	4	289	28	25	19	26	1.98
76838563--76838701	48	2.9	48	78	6	156	29	17	25	27	1.98
76838694--76838753	32	1.9	31	90	6	95	35	16	23	25	1.95
76845509--76845573	15	4.4	15	75	22	66	10	13	12	63	1.53
76847216--76847320	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
76847254--76847376	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
76847275--76847376	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
76855193--76855297	29	3.6	29	77	2	86	25	33	17	23	1.96
76855231--76855353	58	2.1	59	87	3	178	25	30	15	28	1.96
76855252--76855353	29	3.5	29	95	0	186	26	29	14	29	1.95
76865026--76865227	39	5.2	39	89	7	279	25	27	22	24	2.00
76873840--76873901	30	2.0	31	84	9	83	50	0	17	32	1.47
76877419--76877462	20	2.2	20	100	0	88	43	15	18	22	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76877872--76877911	21	1.9	21	100	0	80	37	20	5	37	1.74
76878159--76878224	29	2.3	29	89	0	96	22	15	22	39	1.91
76882638--76882680	19	2.3	19	88	4	61	46	13	9	30	1.75
76885012--76885254	42	5.7	42	69	4	130	40	19	17	23	1.91
76886143--76886199	29	2.0	29	92	0	96	43	26	3	26	1.70
76887848--76888062	46	4.6	46	76	13	167	24	28	19	27	1.98
76887848--76888062	94	2.3	90	81	10	222	24	28	19	27	1.98
76892159--76892206	18	2.6	19	80	12	55	66	6	2	25	1.26
76892377--76892414	20	1.9	20	84	10	51	63	2	2	31	1.22
76893924--76893950	13	2.1	13	100	0	54	48	0	14	37	1.45
76908473--76908512	18	2.4	16	91	8	62	70	2	5	22	1.19
76915061--76915092	6	5.3	6	100	0	64	18	31	34	15	1.93
76917429--76917615	95	2.0	94	92	1	311	39	9	18	32	1.83
76918471--76918529	28	2.1	28	81	3	66	30	15	28	25	1.96
76919350--76919390	9	4.6	9	88	11	66	46	9	9	34	1.70
76919350--76919408	27	2.2	27	87	0	82	45	15	8	30	1.75
76919350--76919408	9	6.6	9	82	0	64	45	15	8	30	1.75
76919426--76919479	6	8.5	6	86	10	72	16	1	3	77	1.00
76919628--76919664	18	2.1	18	89	0	56	27	13	16	43	1.85
76925005--76925271	46	5.7	46	73	14	172	28	18	28	24	1.98
76931321--76931441	46	2.7	44	83	8	145	25	28	19	26	1.98
76937970--76938061	25	3.7	25	71	11	71	29	19	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76939986--76940037	26	2.0	26	84	0	68	57	3	9	28	1.48
76940328--76940416	11	7.5	11	72	16	63	61	1	3	33	1.20
76940288--76940415	45	2.8	45	80	13	120	58	2	4	34	1.32
76940288--76940415	25	5.5	24	71	16	83	58	2	4	34	1.32
76940357--76940415	22	2.6	22	84	10	75	62	1	1	33	1.15
76940477--76940522	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
76944264--76944406	39	3.6	39	86	0	178	22	31	23	23	1.98
76946225--76946376	28	5.4	28	73	9	119	30	17	21	30	1.96
76946225--76946385	56	2.8	56	81	5	171	29	18	20	32	1.96
76946148--76946390	54	4.4	55	77	5	186	29	18	19	32	1.96
76946119--76946486	28	13.3	28	66	13	113	29	19	19	32	1.96
76948161--76948671	205	2.5	204	86	3	679	29	21	18	30	1.97
76966198--76966249	26	2.0	26	84	0	68	57	3	9	28	1.48
76966498--76966622	45	2.8	44	80	16	116	57	2	4	35	1.33
76966535--76966627	9	10.7	9	68	18	54	60	1	3	35	1.20
76966686--76966731	23	2.0	23	83	8	58	56	4	2	36	1.31
76970016--76970171	82	1.9	82	85	5	217	28	17	17	36	1.93
76970069--76970182	54	2.1	54	78	3	122	29	21	16	32	1.95
76970098--76970223	54	2.3	54	83	0	153	28	17	16	37	1.92
76970186--76970326	28	5.0	28	70	13	99	29	17	21	31	1.96
76970187--76970359	56	3.1	55	80	6	177	28	18	20	32	1.96
76970256--76970353	28	3.5	29	76	17	98	29	23	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76976894--76976920	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
76979273--76979306	6	5.7	6	100	0	68	17	0	0	82	0.67
76981372--76981424	27	2.0	27	82	10	65	45	5	11	37	1.64
76983506--76983530	13	1.9	13	100	0	50	44	8	0	48	1.32
76987022--76987073	20	2.6	20	90	0	77	32	28	25	13	1.93
76987901--76987940	18	2.2	19	86	13	57	32	5	32	30	1.79
76988978--76989046	26	2.7	26	83	0	84	23	20	23	33	1.97
76989006--76989212	28	7.4	28	71	10	122	27	15	19	37	1.92
76989169--76989227	29	2.0	29	83	6	75	32	16	18	32	1.94
76989160--76989251	29	3.2	29	78	3	71	33	13	18	34	1.89
76989927--76989965	14	2.8	14	84	0	51	41	5	17	35	1.72
76990432--76990483	15	3.2	15	73	19	50	44	0	1	53	1.11
76990561--76990602	22	1.9	22	90	0	66	45	0	0	54	0.99
76994625--76994700	34	2.2	34	79	4	82	26	15	18	39	1.91
76996860--76996896	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
76998080--76998108	15	2.0	15	93	6	51	62	6	0	31	1.22
76999469--76999532	26	2.5	26	97	0	119	43	7	23	25	1.80
77001710--77001753	14	3.1	13	84	15	52	65	0	6	27	1.17
77002767--77003029	131	2.0	131	99	0	517	21	23	29	25	1.99
77008237--77008279	23	1.9	22	90	4	68	23	18	32	25	1.97
77008229--77008294	23	2.9	23	77	6	64	28	16	28	25	1.97
77008354--77008413	24	2.5	24	88	2	84	30	18	5	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77009624--77009666	22	2.0	23	90	9	72	60	0	0	39	0.97
77010010--77010045	18	2.0	18	88	0	54	52	0	2	44	1.15
77010792--77010867	33	2.3	33	93	4	127	34	10	14	40	1.80
77016668--77016752	28	3.0	28	74	17	86	32	16	28	22	1.95
77016656--77016765	56	2.0	56	85	0	148	31	16	29	22	1.96
77016845--77016933	32	2.8	32	91	0	133	33	10	26	29	1.89
77028076--77028120	8	5.4	8	82	10	54	35	2	0	62	1.08
77028085--77028126	16	2.8	16	80	20	54	35	4	0	59	1.19
77033489--77033542	21	2.6	21	85	5	65	22	33	22	22	1.97
77035668--77035706	5	8.0	5	83	16	55	41	0	0	58	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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