genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.231.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  231  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70376079--70376223	40	3.7	40	90	2	222	26	22	26	24	2.00
70377263--70377295	12	2.6	13	95	4	59	24	27	42	6	1.78
70382853--70382970	29	4.1	29	83	2	141	31	27	13	27	1.94
70384799--70384828	13	2.3	13	94	0	51	23	30	33	13	1.93
70390088--70390238	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
70390125--70390254	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
70398074--70398224	40	3.8	40	77	6	146	27	23	26	22	2.00
70398111--70398240	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
70412483--70412510	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
70412549--70412592	22	2.0	22	86	0	61	52	0	0	47	1.00
70412612--70412653	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
70412616--70412652	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
70417909--70417966	23	2.5	23	94	0	98	37	22	20	18	1.94
70420398--70420661	40	6.7	40	90	3	349	27	20	25	26	1.99
70420450--70420694	80	3.1	79	85	4	255	28	19	25	26	1.99
70428487--70428683	40	4.9	40	88	4	258	27	20	25	26	1.99
70428488--70428730	40	6.1	40	84	7	119	27	20	25	25	1.99
70428494--70428734	80	3.0	79	81	10	226	28	19	24	26	1.99
70428487--70428718	120	1.9	119	80	9	267	27	20	25	26	1.99
70431606--70431797	40	4.8	41	87	3	250	25	27	24	22	2.00
70433137--70433161	12	2.1	12	100	0	50	0	16	0	84	0.63
70440870--70440918	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70441737--70441903	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
70448874--70448922	17	2.8	18	74	22	50	24	18	22	34	1.96
70449741--70449907	40	4.2	40	78	6	160	26	22	26	23	2.00
70453468--70453597	40	3.3	39	78	8	145	24	27	23	24	2.00
70453484--70453634	40	3.8	40	80	6	164	22	27	23	27	1.99
70453484--70453634	80	1.9	79	85	6	207	22	27	23	27	1.99
70461054--70461116	31	2.0	31	96	0	117	39	23	6	30	1.80
70466016--70466077	27	2.3	28	80	8	74	38	22	8	30	1.83
70466027--70466078	27	1.9	27	88	0	77	38	19	7	34	1.80
70466075--70466145	27	2.7	26	72	8	72	26	16	23	32	1.96
70468814--70468899	43	2.0	43	86	4	120	27	30	17	24	1.97
70472521--70472785	80	3.3	80	85	6	351	27	26	20	25	1.99
70472502--70472785	40	7.1	40	86	5	314	26	26	20	26	1.99
70479378--70479560	39	4.7	39	91	0	294	22	28	21	27	1.99
70479338--70479560	78	2.8	78	87	1	302	22	28	22	26	1.99
70483942--70484162	40	5.6	39	86	6	243	27	26	20	25	1.99
70483942--70484132	79	2.4	80	86	8	264	27	26	20	25	1.99
70483942--70484162	119	1.9	120	83	10	292	27	26	20	25	1.99
70483942--70484165	79	2.8	78	83	9	249	27	26	21	25	1.99
70493308--70493332	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
70499817--70499958	43	3.2	42	72	18	135	30	25	16	28	1.96
70499784--70499957	90	1.9	90	90	0	276	31	26	14	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70499927--70500022	43	2.2	43	83	3	122	30	28	16	25	1.97
70503526--70503622	12	8.1	12	65	20	51	46	5	1	47	1.31
70505550--70505581	5	6.4	5	92	0	55	3	0	37	59	1.13
70508958--70509058	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
70508987--70509058	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
70517046--70517146	28	3.5	28	86	6	114	28	13	27	29	1.95
70517075--70517146	29	2.5	28	91	6	110	29	13	27	29	1.95
70519841--70519917	16	4.9	16	75	20	81	11	18	0	70	1.17
70524595--70524836	27	9.0	27	86	0	306	41	19	14	25	1.88
70528456--70528717	27	9.7	27	80	3	267	44	17	12	25	1.84
70528456--70528717	108	2.4	108	85	2	348	44	17	12	25	1.84
70532022--70532268	40	6.2	39	84	5	259	23	22	27	26	1.99
70532063--70532245	79	2.3	80	89	0	269	23	22	27	26	1.99
70532063--70532268	79	2.6	79	85	3	263	23	22	27	26	2.00
70534688--70534957	126	2.2	126	80	4	303	23	28	21	26	1.99
70536045--70536089	18	2.5	18	82	7	56	55	8	17	17	1.67
70537084--70537262	47	3.8	48	75	17	146	27	19	28	24	1.98
70538577--70538696	55	2.2	55	79	7	136	25	29	23	21	1.99
70539556--70539774	94	2.4	94	79	6	234	26	28	19	25	1.98
70543210--70543423	46	4.6	46	90	4	304	26	23	14	35	1.93
70544887--70545107	122	1.8	122	86	2	318	31	10	23	33	1.90
70545104--70545233	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70553073--70553202	40	3.2	40	84	4	174	22	24	29	23	1.99
70555102--70555162	31	2.0	31	93	0	104	32	19	8	39	1.81
70558727--70558895	46	3.7	46	91	0	275	26	23	16	34	1.95
70559468--70559530	31	2.0	31	100	0	126	38	19	3	39	1.67
70564097--70564215	55	2.2	54	82	8	143	26	28	22	21	1.99
70571843--70571918	24	3.2	24	86	3	100	26	17	23	32	1.96
70588272--70588444	45	3.9	46	84	8	200	25	28	22	23	1.99
70588437--70588541	38	2.8	38	89	0	156	31	27	21	19	1.97
70588828--70588944	45	2.7	42	79	6	144	28	28	17	26	1.97
70595424--70595666	40	6.1	40	87	1	310	27	27	22	22	1.99
70603246--70603468	40	5.6	40	89	0	320	27	28	21	22	1.99
70605341--70605485	40	3.6	40	82	3	159	22	26	23	27	1.99
70610084--70610118	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
70610769--70610985	49	4.5	49	91	3	361	30	29	6	33	1.84
70612245--70612281	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
70614307--70614443	29	4.8	28	71	7	114	24	29	20	24	1.99
70614301--70614449	57	2.6	57	90	3	228	26	28	20	23	1.99
70614496--70614701	43	4.9	43	94	1	346	33	31	21	13	1.92
70614684--70614857	40	4.2	42	72	10	142	26	28	21	23	1.99
70616034--70616061	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70616716--70616931	49	4.5	49	89	4	343	30	28	6	34	1.83
70618191--70618225	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70618584--70618611	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
70622259--70622467	48	4.6	47	73	18	138	26	30	17	26	1.97
70622292--70622448	85	1.8	85	87	0	233	26	30	17	25	1.97
70622374--70622474	48	2.1	48	86	0	139	26	31	18	22	1.97
70624784--70624953	43	4.0	43	77	6	166	34	24	14	27	1.94
70628675--70628804	26	5.2	26	81	2	144	31	21	18	28	1.97
70628675--70628804	52	2.6	50	85	6	167	31	21	18	28	1.97
70628853--70628939	20	4.3	20	86	2	122	33	18	10	37	1.85
70628853--70628939	40	2.2	40	89	4	140	33	18	10	37	1.85
70636817--70636951	26	5.4	24	89	3	137	30	21	18	29	1.97
70636840--70636951	26	4.4	26	90	2	174	30	22	18	28	1.97
70637000--70637076	20	3.8	20	87	0	118	33	18	10	37	1.85
70637000--70637076	40	1.9	40	94	0	136	33	18	10	37	1.85
70644421--70644497	40	1.9	40	97	0	145	14	20	29	35	1.92
70650647--70650754	39	2.8	40	87	5	134	22	25	30	21	1.98
70658587--70658697	40	2.8	41	86	9	142	23	26	28	21	1.99
70659178--70659278	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
70667084--70667184	28	3.5	28	86	6	114	29	26	13	29	1.94
70670276--70670345	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
70672345--70672421	33	2.3	33	82	6	93	25	20	23	29	1.99
70681266--70681418	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
70681235--70681417	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70689337--70689489	39	3.9	39	90	0	225	24	30	20	24	1.99
70689306--70689488	78	2.3	79	90	1	278	23	29	22	24	1.99
70691200--70691417	46	4.7	45	82	10	246	27	18	31	23	1.97
70704789--70704964	46	3.8	46	82	8	189	27	20	28	23	1.99
70704787--70704964	47	3.8	47	80	12	190	27	20	28	23	1.99
70712124--70712281	40	4.0	40	80	4	160	26	22	26	24	2.00
70712124--70712308	40	4.6	40	80	6	146	25	23	27	23	2.00
70712124--70712311	80	2.3	80	78	12	197	26	22	27	23	2.00
70717244--70717288	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
70719503--70719535	16	1.9	18	88	11	52	33	6	15	45	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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