genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.248.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  248  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76033210--76033268	10	5.9	10	76	7	66	67	1	11	18	1.30
76033210--76033267	30	1.9	30	85	0	80	67	1	12	18	1.31
76036704--76036736	16	2.0	17	94	5	59	36	18	3	42	1.66
76036853--76037046	55	3.6	54	81	4	239	23	23	16	36	1.94
76037025--76037146	47	2.6	47	94	0	208	24	24	13	36	1.92
76037169--76037374	45	4.5	46	76	10	197	22	24	18	34	1.96
76037169--76037374	92	2.2	92	93	1	351	22	24	18	34	1.96
76041416--76041875	48	9.5	48	78	3	449	29	18	26	25	1.98
76041416--76041838	96	4.4	96	91	1	652	29	18	26	25	1.98
76041416--76041895	192	2.5	192	87	1	665	28	18	26	25	1.98
76047236--76047295	21	2.8	21	76	14	59	21	3	13	61	1.46
76051705--76051839	54	2.4	54	82	8	155	34	22	15	27	1.95
76060236--76060289	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
76060535--76060763	50	4.7	49	83	3	284	25	19	27	27	1.99
76060537--76060763	101	2.3	95	86	4	292	25	19	26	28	1.99
76066174--76066227	27	2.0	27	85	0	72	38	7	14	38	1.75
76067846--76067953	44	2.4	44	84	3	135	30	22	13	33	1.93
76075221--76075327	44	2.4	44	87	3	142	28	23	14	33	1.93
76076535--76076654	49	2.4	50	84	1	152	27	16	26	29	1.97
76076535--76076668	49	2.7	51	80	5	150	28	16	26	28	1.97
76078332--76078375	21	2.0	21	83	12	54	11	13	15	59	1.62
76082025--76082175	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76082062--76082191	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
76090043--76090193	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
76090080--76090209	40	3.2	40	82	2	163	23	23	27	25	2.00
76092033--76092076	20	2.2	20	87	0	61	36	29	2	31	1.70
76092162--76092271	43	2.6	42	80	8	125	29	22	16	31	1.96
76103517--76103580	27	2.4	27	84	7	85	29	14	17	39	1.88
76106399--76106502	42	2.5	41	82	10	122	26	25	23	24	2.00
76106362--76106502	41	3.4	40	77	13	126	27	26	22	22	1.99
76111673--76111882	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76124173--76124370	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
76124239--76124356	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
76124207--76124370	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
76132192--76132369	39	4.6	39	89	2	259	24	21	25	28	1.99
76145908--76145940	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76148846--76148912	5	13.8	5	73	20	54	76	1	4	17	1.04
76154260--76154292	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
76158129--76158256	29	4.4	29	89	2	193	32	10	32	25	1.89
76158129--76158256	59	2.2	59	88	1	195	32	10	32	25	1.89
76158249--76158408	33	4.9	33	86	1	171	32	12	21	33	1.91
76158249--76158407	32	4.9	32	86	3	167	32	11	22	33	1.90
76158249--76158428	97	1.9	97	81	4	220	33	13	21	30	1.93
76192604--76192672	31	2.2	31	97	2	129	37	11	26	24	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76197685--76197808	62	2.0	62	98	0	239	25	12	24	37	1.90
76201386--76201420	16	2.2	16	89	0	52	25	0	25	48	1.51
76202479--76202516	3	12.7	3	88	0	58	39	0	60	0	0.97
76203149--76203220	36	2.0	36	94	0	126	38	11	8	41	1.71
76206060--76206269	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76208191--76208230	21	1.9	21	89	0	62	65	5	10	20	1.42
76209233--76209375	77	1.9	77	83	0	187	31	15	20	32	1.93
76211405--76211614	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76213537--76213576	21	1.9	21	89	0	62	65	5	10	20	1.42
76214579--76214721	77	1.9	77	83	0	187	31	15	20	32	1.93
76216750--76216959	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76224881--76225090	40	5.2	40	87	2	305	25	24	28	21	1.99
76227760--76227850	45	2.0	45	93	0	155	19	29	25	25	1.99
76229222--76229408	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
76229245--76229408	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76229245--76229442	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
76236767--76236953	71	2.7	68	93	5	281	18	28	18	34	1.95
76236790--76236953	71	2.3	71	100	0	328	18	28	17	35	1.94
76236790--76236987	71	2.8	70	92	3	276	20	28	17	33	1.95
76239365--76239503	39	3.6	39	94	0	233	30	26	20	22	1.98
76251604--76251637	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
76257667--76257757	45	2.0	45	89	0	137	39	25	10	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76259126--76259214	44	2.0	44	95	0	160	23	28	3	44	1.69
76262411--76262457	17	2.8	17	86	0	58	19	44	21	14	1.86
76282682--76282911	40	5.7	40	85	2	309	23	27	24	23	2.00
76282652--76282911	80	3.3	80	84	4	321	23	26	24	25	2.00
76290213--76290247	16	2.2	16	100	0	70	37	22	8	31	1.85
76290892--76291115	40	5.6	40	85	5	283	23	27	24	24	2.00
76290865--76291115	80	3.2	79	84	4	310	24	27	23	24	2.00
76296823--76296938	43	2.7	43	84	7	130	24	17	26	31	1.97
76298715--76298769	18	3.2	18	66	23	55	38	12	23	25	1.90
76298717--76298779	33	1.9	33	100	0	126	34	14	23	26	1.93
76306749--76306823	38	2.0	38	97	0	141	30	10	22	36	1.88
76308628--76308738	55	2.0	55	96	0	204	38	18	15	27	1.90
76313449--76313544	49	2.0	48	89	2	147	27	26	3	43	1.69
76317519--76317605	43	2.0	42	86	2	120	24	22	3	49	1.65
76318226--76318266	19	2.2	18	86	4	55	34	17	0	48	1.47
76326910--76326938	12	2.4	12	100	0	58	6	27	41	24	1.80
76335970--76336051	43	1.9	43	85	5	112	23	20	1	54	1.51
76337137--76337161	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
76340355--76340399	22	2.0	22	83	8	56	37	8	17	35	1.81
76346978--76347081	39	2.6	39	81	3	109	30	23	25	20	1.98
76347019--76347126	37	2.8	38	85	10	141	25	25	27	21	1.99
76354949--76355050	40	2.5	40	83	0	123	30	23	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76354987--76355156	40	4.2	40	84	1	216	24	22	27	25	2.00
76371857--76372122	46	5.6	49	78	14	199	26	30	17	25	1.97
76371902--76372219	46	6.8	48	73	14	222	24	31	17	26	1.97
76376364--76376646	50	5.6	50	81	3	273	26	16	25	32	1.96
76376364--76376596	101	2.3	101	86	0	313	24	17	26	31	1.97
76376364--76376685	151	2.1	153	84	1	414	26	16	25	31	1.96
76383969--76384006	14	2.7	14	100	0	76	21	13	34	31	1.91
76384019--76384416	50	7.9	50	78	3	406	25	17	25	31	1.97
76384024--76384413	101	3.9	99	77	4	381	25	17	25	31	1.97
76384019--76384413	151	2.6	150	88	1	585	25	17	25	31	1.97
76390355--76390535	99	1.8	97	86	6	258	24	29	19	26	1.98
76390353--76390572	50	4.7	45	75	15	146	25	28	18	27	1.98
76390352--76390617	46	5.6	50	76	12	192	24	28	19	27	1.98
76390443--76390667	46	4.8	46	75	11	147	22	29	19	28	1.98
76393122--76393249	40	3.2	40	88	4	186	33	21	18	25	1.97
76393122--76393253	42	3.2	42	88	4	196	34	21	18	26	1.96
76400744--76400892	40	3.7	39	86	7	176	30	23	22	23	1.99
76400768--76400893	40	3.2	40	90	4	209	31	23	20	24	1.98
76408051--76408151	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
76408080--76408155	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
76421112--76421368	53	4.8	53	81	1	264	30	22	11	36	1.89
76421107--76421368	106	2.5	106	79	1	292	29	21	11	37	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76424177--76424219	23	2.0	20	86	13	59	37	16	0	46	1.47
76424394--76424611	43	5.1	44	76	8	207	32	26	17	23	1.97
76426027--76426154	29	4.6	28	80	9	131	36	23	15	24	1.94
76426027--76426177	55	2.7	57	84	2	189	36	21	15	25	1.94
76429636--76430083	27	16.6	27	77	9	382	39	18	9	32	1.83
76429657--76430096	137	3.3	134	82	6	415	38	18	10	32	1.84
76430048--76430126	27	3.0	26	86	3	95	39	18	15	26	1.91
76431937--76432018	28	2.9	28	85	3	112	30	32	14	21	1.94
76435706--76435938	48	4.9	48	72	14	196	29	18	24	28	1.98
76439874--76440033	29	5.5	30	88	8	213	33	14	25	26	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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