genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.101.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  101  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29197625--29197725	34	2.9	34	72	8	96	22	26	20	29	1.99
29197566--29197826	144	1.8	144	84	5	357	26	24	18	31	1.97
29197566--29197863	144	2.1	144	81	3	350	26	24	18	30	1.97
29199278--29199379	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
29203191--29203321	47	2.8	47	84	2	156	34	26	14	24	1.94
29209674--29209752	34	2.3	34	86	0	104	21	27	26	24	1.99
29209689--29209755	34	2.0	34	93	0	116	22	26	28	22	1.99
29216450--29216674	124	1.8	124	85	1	317	30	11	23	34	1.90
29216669--29216798	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
29216631--29216798	80	2.1	80	81	4	196	25	24	26	23	2.00
29219848--29219930	34	2.4	34	87	0	121	24	24	21	30	1.99
29227881--29228025	37	3.9	37	93	0	245	24	33	18	23	1.97
29228070--29228530	48	9.7	48	90	0	721	31	25	6	36	1.82
29228073--29228530	191	2.4	191	94	1	787	31	25	6	36	1.82
29228500--29228693	47	4.1	47	89	1	282	27	30	10	31	1.91
29228613--29228694	25	3.4	25	70	16	82	31	28	8	31	1.87
29241567--29241610	20	2.2	20	95	0	79	25	25	36	13	1.92
29241728--29241824	28	3.5	28	94	1	169	45	26	9	18	1.80
29243793--29243889	28	3.5	28	94	1	169	44	25	10	19	1.82
29249563--29249744	100	1.8	101	86	3	269	28	24	19	28	1.98
29249521--29249742	50	4.5	50	75	9	184	29	25	18	26	1.98
29251037--29251098	29	2.1	29	93	0	106	12	35	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29251558--29251619	29	2.1	29	90	0	97	12	33	12	40	1.82
29250577--29252005	521	2.7	520	97	0	2666	32	21	9	36	1.86
29256583--29256767	40	4.6	40	82	2	228	26	23	25	24	2.00
29268631--29268761	39	3.3	39	80	4	131	25	22	25	26	2.00
29278180--29278363	40	4.6	40	82	2	219	26	23	25	24	2.00
29278180--29278363	80	2.3	81	84	5	241	26	23	25	24	2.00
29286320--29286504	40	4.6	40	81	2	210	26	23	24	25	2.00
29289724--29289893	51	3.4	51	90	4	247	27	29	15	28	1.96
29295270--29295441	93	1.8	93	94	0	308	27	30	21	20	1.98
29295262--29295437	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
29300698--29300873	46	3.9	44	77	12	185	30	28	19	21	1.98
29313347--29313399	18	2.9	18	88	0	79	18	16	13	50	1.77
29318061--29318194	27	5.0	27	73	0	124	27	14	20	38	1.91
29318061--29318194	54	2.5	54	82	0	160	27	14	20	38	1.91
29318516--29318566	18	2.8	18	87	0	66	19	19	11	49	1.79
29334208--29334350	39	3.6	39	88	0	187	23	22	31	23	1.98
29336091--29336181	45	2.0	45	97	0	173	18	15	24	41	1.89
29338541--29338765	40	5.6	40	84	3	265	24	27	23	25	2.00
29338505--29338765	80	3.3	80	82	4	280	24	25	23	25	2.00
29345478--29345569	28	3.3	28	84	0	121	21	14	35	28	1.92
29345892--29346199	27	11.4	28	86	5	338	37	20	11	30	1.88
29346043--29346239	27	7.3	27	81	6	152	37	19	12	29	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29345885--29346226	81	4.2	80	83	5	379	37	20	11	30	1.89
29346761--29346820	27	2.2	27	81	0	75	21	18	26	33	1.96
29350566--29350679	42	2.7	41	79	6	113	32	25	18	23	1.97
29359683--29360749	368	2.9	368	98	0	2044	29	10	19	41	1.84
29362478--29362542	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
29362647--29362735	27	3.2	28	76	10	94	21	23	22	32	1.98
29362657--29362746	27	3.3	27	76	7	65	23	25	18	32	1.97
29363822--29363855	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
29370332--29370396	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
29370502--29370591	28	3.2	27	84	7	110	21	25	22	31	1.98
29370512--29370602	27	3.2	28	82	4	94	23	27	18	30	1.98
29373293--29373330	12	3.1	12	92	3	58	7	28	39	23	1.83
29373295--29373336	12	3.4	12	90	3	57	7	26	40	26	1.81
29378457--29378505	18	2.7	17	81	12	62	73	0	4	22	1.00
29389047--29389192	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
29389079--29389230	40	3.8	40	84	5	164	23	25	22	28	1.99
29396831--29396976	40	3.7	40	84	0	175	24	27	21	26	2.00
29401472--29401551	30	2.7	30	80	0	97	28	21	10	40	1.85
29401532--29401725	30	6.5	30	73	9	148	20	23	13	41	1.88
29401531--29401725	60	3.3	58	77	6	203	20	23	13	42	1.88
29409106--29409159	20	2.7	20	85	0	81	14	27	38	18	1.90
29410170--29410214	22	2.0	22	100	0	90	26	22	4	46	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29412331--29412452	43	2.9	42	77	7	129	29	24	14	31	1.95
29413894--29414014	43	2.9	42	81	8	156	28	24	15	31	1.96
29424110--29424221	42	2.7	42	87	0	134	21	19	22	36	1.95
29424143--29424263	42	2.9	42	87	1	163	19	18	23	39	1.92
29425840--29425878	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
29432700--29432981	47	6.0	47	94	0	483	32	9	29	28	1.89
29439211--29439271	30	2.0	30	87	0	86	37	8	24	29	1.84
29445301--29445414	40	2.8	40	86	2	149	26	18	21	34	1.96
29445299--29445437	40	3.4	40	82	4	136	25	16	23	33	1.96
29447547--29447888	39	8.6	40	87	4	403	24	21	28	26	1.99
29447600--29447888	118	2.4	118	89	2	456	24	20	28	26	1.99
29447547--29447888	79	4.3	79	85	6	428	24	21	28	26	1.99
29451090--29451305	39	5.5	40	86	7	275	22	23	28	25	1.99
29451093--29451305	79	2.7	79	87	6	274	23	22	28	25	1.99
29454114--29454289	46	3.8	46	74	10	160	31	27	19	22	1.98
29454165--29454308	46	3.1	47	73	11	136	32	27	18	22	1.97
29464973--29465046	28	2.5	31	85	12	102	29	25	13	31	1.94
29464973--29465046	31	2.5	29	87	10	98	29	25	13	31	1.94
29473530--29473652	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
29473531--29473689	58	2.7	58	90	1	212	27	15	31	25	1.96
29473530--29473689	87	1.8	87	86	2	232	26	15	31	26	1.96
29473530--29473718	87	2.2	87	83	3	229	26	16	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29481399--29481521	29	4.2	29	98	0	237	30	15	27	26	1.96
29481400--29481558	58	2.7	58	90	1	212	27	15	31	25	1.96
29481399--29481558	87	1.8	87	86	2	232	26	15	31	26	1.96
29481399--29481587	87	2.2	87	83	3	229	26	16	31	25	1.96
29481622--29481654	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
29485475--29485548	29	2.5	28	80	4	76	28	33	16	21	1.95
29492905--29493073	40	4.2	40	80	4	173	23	26	21	28	1.99
29505022--29505174	39	3.9	39	92	0	243	23	20	32	24	1.98
29505023--29505204	39	4.6	39	88	0	238	23	21	31	23	1.98
29506720--29506904	40	4.6	40	90	0	271	24	28	23	23	2.00
29513791--29513864	29	2.6	28	85	12	89	31	16	27	25	1.96
29515268--29515308	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
29518144--29518328	40	4.6	40	93	0	289	23	28	24	23	2.00
29518108--29518328	80	2.8	81	86	4	299	23	27	24	24	2.00
29519527--29519582	28	2.0	28	100	0	112	46	21	7	25	1.76
29530796--29530963	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
29530796--29530963	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
29535590--29535685	40	2.4	41	84	6	117	25	29	17	28	1.98
29540377--29540559	39	4.7	39	92	2	278	26	20	30	22	1.99
29548329--29548432	39	2.6	39	90	1	154	24	24	30	21	1.99
29550264--29550438	47	3.7	48	81	11	227	22	30	18	28	1.97
29550265--29550481	94	2.4	90	85	8	271	22	29	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29557592--29557730	39	3.5	39	93	1	224	23	22	31	23	1.98
29557593--29557775	78	2.3	79	85	3	235	22	22	31	23	1.99
29561733--29561762	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
29563152--29563316	46	3.6	45	75	9	140	25	27	18	29	1.98
29568962--29569138	40	4.4	40	93	2	286	23	28	23	23	1.99
29573138--29573456	49	6.6	49	73	8	226	24	28	20	26	1.99
29573138--29573460	97	3.3	97	82	7	374	24	28	20	26	1.99
29575926--29576026	27	3.7	27	80	10	116	37	19	23	18	1.94
29583618--29583785	80	2.1	80	86	6	234	25	22	27	25	2.00
29583618--29583785	40	4.2	39	85	6	205	25	22	27	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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