genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.161.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  161  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49024062--49024254	23	8.2	24	90	3	295	26	21	23	28	1.99
49024062--49024255	47	4.1	47	90	2	309	26	21	23	28	1.99
49024312--49024368	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
49024300--49024370	20	3.5	20	94	0	124	32	21	11	35	1.89
49024305--49024359	11	5.4	11	70	16	55	30	20	12	36	1.90
49027737--49027794	30	1.9	30	86	6	82	20	31	29	18	1.97
49028931--49029005	31	2.4	31	97	0	141	28	26	17	28	1.98
49029223--49029317	25	3.8	25	84	4	129	26	23	24	26	2.00
49029223--49029317	50	1.9	50	89	4	147	26	23	24	26	2.00
49030123--49030200	27	2.9	27	79	11	88	20	19	21	38	1.94
49030248--49030573	27	12.1	27	80	6	171	33	8	21	36	1.84
49030248--49030451	54	3.8	55	78	12	201	29	7	19	43	1.78
49030416--49030589	81	2.2	81	87	1	251	37	9	22	30	1.86
49030416--49030589	27	6.5	27	86	0	215	37	9	22	30	1.86
49030801--49030846	18	2.6	18	82	3	58	15	36	26	21	1.93
49037718--49038027	49	6.4	49	94	2	518	28	9	32	29	1.88
49037718--49038027	96	3.2	97	95	1	532	28	9	32	29	1.88
49038129--49038250	37	3.3	37	97	0	226	25	19	33	21	1.97
49040345--49040450	29	3.7	29	97	0	194	25	16	33	24	1.95
49043707--49044066	49	7.4	49	96	1	625	28	8	33	30	1.86
49044168--49044289	37	3.3	37	96	0	217	26	19	32	21	1.97
49047431--49047531	50	2.0	50	98	0	193	33	17	3	44	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49047981--49048063	43	1.9	43	92	0	139	27	31	19	21	1.97
49048029--49048147	43	2.8	42	79	6	141	32	26	16	23	1.96
49051199--49051384	48	3.9	48	73	5	153	31	20	21	26	1.98
49056591--49056712	43	2.9	41	78	11	138	29	24	15	30	1.96
49062108--49062278	90	1.9	89	97	1	324	25	28	15	30	1.96
49063813--49063915	29	3.6	29	92	2	154	26	32	15	26	1.96
49078338--49078423	42	2.0	42	100	0	172	34	16	13	34	1.88
49083110--49083179	27	2.6	27	90	2	113	31	25	14	28	1.95
49095083--49095309	49	4.6	49	81	7	278	29	27	18	24	1.98
49095533--49095590	29	2.0	29	100	0	116	37	10	10	41	1.73
49100381--49100548	40	4.2	40	80	1	167	23	27	23	25	2.00
49100397--49100546	80	1.9	80	83	5	196	22	27	24	26	2.00
49102852--49103000	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
49102893--49103000	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
49110873--49111084	40	5.3	40	82	2	212	24	26	22	26	2.00
49110873--49111084	80	2.7	80	82	2	248	24	26	22	26	2.00
49114680--49114865	40	4.7	40	80	5	171	29	23	25	22	1.99
49114680--49114832	79	1.9	80	85	1	209	28	22	26	22	1.99
49119787--49119874	40	2.2	40	85	4	115	25	28	23	22	1.99
49127819--49127897	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
49128537--49128574	2	19.0	2	88	0	58	44	2	2	50	1.30
49129927--49130147	40	5.6	40	88	2	304	22	27	23	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49132883--49133028	37	3.9	37	95	0	238	26	30	18	23	1.98
49133169--49133941	48	16.0	48	90	6	1154	32	26	6	35	1.81
49133178--49133941	98	7.9	98	89	6	1193	32	26	6	35	1.81
49133169--49133941	146	5.3	146	89	6	1207	32	26	6	35	1.81
49133714--49133893	85	2.1	86	93	2	308	31	25	6	36	1.82
49133762--49133843	37	2.2	37	97	0	155	31	26	7	34	1.84
49133796--49133941	50	3.0	50	92	2	251	32	25	6	36	1.81
49133663--49133941	135	2.1	133	95	1	495	31	25	6	36	1.82
49141038--49141244	53	3.8	53	79	3	225	37	18	24	19	1.94
49148568--49148666	52	1.9	52	85	0	135	36	20	25	18	1.95
49156669--49156710	21	1.9	23	85	9	61	26	0	28	45	1.54
49161246--49161280	17	2.1	17	100	0	70	20	17	22	40	1.92
49163762--49163928	24	7.0	24	93	3	257	26	22	22	28	1.99
49163761--49163928	71	2.3	71	90	4	257	26	22	22	29	1.99
49163978--49164025	20	2.4	20	92	0	78	29	18	16	35	1.93
49165589--49165689	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
49165618--49165693	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
49173441--49173541	28	3.5	30	82	6	118	29	14	26	28	1.95
49173470--49173545	29	2.7	28	76	13	75	30	14	26	28	1.95
49175015--49175062	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
49176300--49176747	27	16.6	27	85	5	521	40	8	22	28	1.83
49176301--49176747	81	5.5	81	86	3	580	40	8	22	28	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49178149--49178266	41	2.8	42	80	12	125	26	17	22	33	1.96
49178149--49178266	43	2.8	42	81	10	123	26	17	22	33	1.96
49179008--49179049	11	4.1	10	80	14	50	19	0	28	52	1.46
49185142--49185298	43	3.7	44	77	15	177	24	19	24	31	1.98
49191302--49191333	8	4.0	8	91	0	55	50	21	25	3	1.64
49191979--49192112	59	2.2	58	80	10	137	29	18	25	26	1.98
49193462--49193541	39	2.1	39	100	0	160	26	20	22	31	1.98
49194360--49194447	30	2.9	30	75	0	95	28	14	27	29	1.95
49196184--49196234	21	2.4	22	90	6	79	41	1	5	50	1.37
49203290--49203324	17	1.9	19	88	11	56	54	5	14	25	1.62
49204331--49204451	42	2.8	42	79	13	131	32	14	23	28	1.95
49209071--49209194	47	2.6	47	96	0	230	23	20	27	29	1.99
49214281--49214444	80	2.0	80	97	0	310	41	10	15	32	1.81
49217199--49217332	48	2.8	47	88	5	187	27	26	17	28	1.98
49222795--49222942	40	3.7	40	84	5	167	26	27	22	24	2.00
49224804--49225091	47	6.1	47	90	0	423	33	11	29	25	1.91
49224833--49224904	22	3.1	22	64	24	58	33	13	29	23	1.93
49225062--49225245	98	1.9	96	93	4	316	35	7	26	30	1.83
49225061--49225245	48	3.8	48	90	5	309	35	7	26	30	1.83
49225056--49225266	48	4.3	50	83	12	283	33	7	27	31	1.84
49225391--49225498	37	2.9	37	91	0	171	24	18	30	26	1.98
49226919--49226971	20	2.7	20	87	0	79	24	39	22	13	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49229030--49229105	40	1.9	40	86	0	107	32	14	22	30	1.94
49229029--49229124	40	2.4	40	80	3	104	32	15	25	27	1.96
49237656--49237853	68	2.9	66	78	12	177	32	17	27	22	1.96
49246593--49246749	51	3.1	50	91	1	251	31	15	23	29	1.95
49254393--49254549	51	3.1	50	91	1	251	31	15	23	29	1.95
49260012--49260036	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
49260308--49260340	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
49260914--49260983	27	2.5	28	90	2	115	25	12	28	32	1.93
49267879--49267903	7	3.6	7	100	0	50	12	0	28	60	1.32
49268175--49268203	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
49268777--49268846	27	2.5	28	88	2	106	25	14	28	31	1.95
49276217--49276336	50	2.4	48	84	5	150	28	23	22	25	1.99
49276217--49276311	25	3.8	25	92	0	154	27	24	22	26	2.00
49276533--49276647	31	3.7	31	89	1	160	33	16	25	25	1.96
49284273--49284375	36	2.9	34	76	12	91	13	4	21	60	1.52
49288279--49288325	24	2.0	24	86	0	67	38	2	36	23	1.67
49289740--49289851	27	4.2	26	84	7	134	15	23	24	37	1.93
49289740--49289851	54	2.1	54	86	3	154	15	23	24	37	1.93
49290903--49290936	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
49296104--49296150	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
49297564--49297676	27	4.2	26	81	7	127	15	23	22	38	1.92
49297564--49297676	54	2.1	54	85	6	149	15	23	22	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49302455--49302630	46	3.8	45	73	11	142	23	18	28	28	1.98
49302451--49302622	93	1.8	93	87	2	256	23	19	29	27	1.98
49304338--49304493	42	3.6	42	72	8	125	29	25	19	25	1.98
49304319--49304475	86	1.8	85	80	4	190	28	27	19	24	1.99
49316162--49316268	53	2.0	53	100	0	214	30	13	24	31	1.93
49318696--49318806	47	2.4	47	89	3	161	27	27	9	36	1.87
49318810--49318945	46	3.0	46	97	0	254	31	27	7	33	1.84
49321608--49321743	39	3.5	39	77	7	105	22	26	24	26	2.00
49322406--49322706	40	7.6	40	91	0	460	24	27	21	25	2.00
49322406--49322706	159	1.9	159	90	0	476	24	27	21	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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