genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.43.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  43  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11344844--11345021	43	4.1	43	95	0	302	32	32	21	14	1.93
11345004--11345215	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
11347194--11347271	25	3.2	25	66	23	76	32	30	3	33	1.76
11347143--11347459	47	6.7	47	87	5	440	29	31	7	32	1.85
11347143--11347459	96	3.3	94	87	6	458	29	31	7	32	1.85
11351393--11351708	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	31	1.85
11351393--11351708	96	3.3	95	87	8	439	29	31	7	31	1.85
11353344--11353521	43	4.1	43	95	0	311	32	32	21	13	1.92
11353504--11353715	40	5.2	42	82	4	211	25	27	22	24	2.00
11355641--11355956	47	6.7	47	86	7	433	29	31	7	31	1.85
11355641--11355956	96	3.3	95	87	8	439	29	31	7	31	1.85
11359240--11359265	13	2.0	13	100	0	52	15	7	30	46	1.74
11363702--11363737	18	2.1	18	89	5	56	47	2	5	44	1.41
11365831--11366027	89	2.2	90	81	7	222	36	19	8	36	1.81
11365997--11366258	20	13.5	20	68	14	129	42	11	9	37	1.73
11365992--11366180	80	2.4	80	81	7	197	43	11	8	36	1.71
11366334--11366506	20	8.9	18	71	19	109	41	10	10	36	1.75
11366311--11366503	95	2.0	95	98	0	377	39	11	10	37	1.77
11366519--11366571	20	2.6	21	76	8	56	41	20	9	28	1.83
11366713--11366840	20	6.5	20	71	10	102	42	10	10	35	1.75
11366745--11366853	40	2.7	39	78	10	105	44	11	9	35	1.72
11367011--11367104	41	2.3	42	83	5	113	32	13	11	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11367049--11367104	20	2.7	22	75	13	73	37	10	10	41	1.75
11367062--11367118	20	3.0	20	85	7	75	36	10	12	40	1.77
11367078--11367148	20	3.5	20	78	3	72	42	8	11	38	1.71
11370458--11370635	46	3.8	46	77	4	178	28	28	20	23	1.99
11370465--11370637	93	1.9	93	88	0	265	27	28	20	23	1.99
11375372--11375427	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
11375882--11375912	5	6.2	5	100	0	62	80	0	0	19	0.71
11376480--11376508	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
11379040--11379115	11	7.3	10	72	21	50	55	0	6	38	1.26
11379720--11379773	22	2.3	24	78	15	60	35	3	7	53	1.47
11384615--11384883	48	5.6	48	77	5	213	26	17	28	27	1.97
11384600--11384883	96	3.0	95	87	2	381	26	16	28	28	1.97
11391727--11391947	48	4.6	48	81	7	261	27	17	28	27	1.97
11391715--11391947	96	2.4	96	87	2	326	27	16	28	28	1.97
11395737--11395779	8	5.1	8	80	8	50	79	0	2	18	0.85
11395736--11395779	18	2.4	18	85	14	56	79	0	2	18	0.83
11396855--11396915	13	4.8	13	78	9	63	37	8	19	34	1.82
11405588--11405626	20	1.9	20	84	5	51	33	0	2	64	1.08
11406471--11406567	31	3.1	31	73	5	97	23	2	12	61	1.41
11406889--11406928	21	2.0	20	85	5	53	52	12	5	30	1.60
11410905--11411033	35	3.7	34	78	6	116	38	25	13	22	1.90
11418119--11418282	35	4.7	35	82	4	181	39	29	12	18	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11419961--11419994	9	3.4	10	88	12	52	79	0	17	2	0.86
11437552--11437584	6	5.5	6	100	0	66	33	0	51	15	1.43
11449390--11449452	31	2.0	31	82	11	76	31	20	22	25	1.98
11449356--11449644	111	2.6	111	77	4	271	30	17	24	27	1.98
11450691--11450730	21	1.9	21	84	0	53	15	0	17	67	1.23
11450816--11450868	27	2.0	27	96	0	97	39	1	18	39	1.62
11454980--11455030	7	7.3	7	100	0	102	29	43	0	27	1.55
11454980--11455038	21	2.9	21	94	2	102	30	40	0	28	1.57
11457882--11457996	33	3.5	33	74	0	95	23	13	38	24	1.91
11467987--11468022	18	2.0	18	88	0	54	69	0	5	25	1.10
11481267--11481416	75	2.0	75	88	2	221	44	10	15	30	1.79
11481393--11481811	140	3.0	140	90	2	659	39	8	6	46	1.59
11482454--11482561	26	4.2	26	92	3	166	34	5	25	35	1.79
11482454--11482561	51	2.1	51	91	0	171	34	5	25	35	1.79
11488256--11488356	26	3.9	26	94	1	177	32	4	25	36	1.78
11491473--11491792	158	2.0	158	100	0	640	32	18	10	38	1.85
11493110--11493183	37	2.0	37	94	0	130	33	9	10	45	1.71
11498014--11498067	22	2.5	22	82	11	58	55	1	5	37	1.34
11502510--11502567	25	2.3	25	75	0	62	43	20	15	20	1.88
11502640--11502686	23	2.0	23	88	8	69	29	21	29	19	1.97
11513810--11513898	45	2.0	45	97	0	169	33	14	13	38	1.85
11514277--11514336	25	2.4	26	80	8	70	35	21	25	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11514362--11514447	26	3.4	25	76	6	84	37	19	23	19	1.94
11516757--11516792	15	2.4	15	90	0	54	47	0	0	52	1.00
11519464--11519489	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
11519697--11519744	15	3.1	15	76	5	51	56	8	6	29	1.53
11527559--11527591	7	4.7	7	100	0	66	27	45	15	12	1.81
11529985--11530064	36	2.2	37	78	13	85	57	5	5	32	1.42
11530814--11530844	15	2.1	15	93	0	53	35	3	25	35	1.72
11532015--11532610	177	3.4	177	88	2	867	26	22	20	31	1.98
11532580--11532690	44	2.5	44	84	5	127	27	24	22	25	2.00
11532015--11532690	354	1.9	353	83	3	885	26	22	20	31	1.98
11532965--11533092	64	2.0	64	90	0	202	36	13	19	30	1.90
11545510--11545540	15	2.1	15	93	0	53	77	3	6	12	1.08
11545510--11545556	15	2.8	16	84	12	51	72	2	6	19	1.17
11549734--11549822	38	2.4	38	83	5	103	57	7	5	29	1.50
11552238--11552270	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
11552468--11552498	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
11553197--11553244	24	2.0	24	100	0	96	25	25	12	37	1.91
11562290--11562370	35	2.3	35	78	0	90	22	30	19	27	1.98
11563979--11564022	2	22.0	2	100	0	88	50	50	0	0	1.00
11573148--11573250	53	1.9	53	96	0	188	44	9	23	22	1.82
11580240--11580265	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11583334--11583392	30	1.9	32	93	6	104	27	5	15	52	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11583410--11583462	19	2.7	20	83	13	74	64	1	1	32	1.15
11583410--11583487	25	3.7	21	79	18	81	64	3	1	30	1.20
11583439--11583493	25	2.2	25	100	0	110	67	7	0	25	1.16
11583492--11583545	8	6.1	8	78	18	54	68	1	0	29	1.00
11583491--11583545	9	6.1	9	74	16	51	69	1	0	29	0.99
11583437--11583511	25	2.9	26	84	7	100	70	5	0	24	1.07
11583585--11583629	18	2.2	20	81	18	58	60	0	4	35	1.17
11588551--11588591	6	7.0	6	88	5	66	17	2	0	80	0.82
11591550--11591597	24	2.0	24	84	8	62	50	0	6	43	1.27
11596181--11596233	19	2.7	19	77	16	54	13	16	15	54	1.71
11598583--11598656	33	2.2	33	87	0	103	20	8	28	43	1.80
11603137--11603185	25	1.9	26	87	4	73	51	4	0	44	1.20
11604911--11604963	21	2.5	22	81	9	65	32	28	5	33	1.81
11609809--11609901	25	3.7	26	69	13	68	26	13	27	31	1.94
11613597--11613742	44	3.4	42	78	8	143	23	17	26	32	1.96
11613597--11613762	43	3.9	42	72	14	142	22	16	27	32	1.96
11618384--11618480	40	2.4	41	81	6	110	25	13	26	34	1.93
11619871--11619925	21	2.6	20	85	5	74	12	38	20	29	1.89
11621064--11621099	6	5.8	6	93	6	63	47	16	19	16	1.83
11621064--11621099	13	2.9	12	92	8	63	47	16	19	16	1.83
11621064--11621100	19	1.9	19	100	0	74	45	16	21	16	1.84
11621497--11621544	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11625396--11625428	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
11626492--11626556	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
11626662--11626751	27	3.2	28	87	7	130	20	24	23	32	1.98
11626662--11626776	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
11627834--11627867	10	3.3	10	84	8	50	29	8	8	52	1.62
11633237--11633269	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
11634336--11634400	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
11634506--11634595	27	3.2	28	87	7	130	20	24	23	32	1.98
11634506--11634620	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
11645822--11645851	12	2.5	12	100	0	60	36	6	6	50	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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