genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68242496--68242537	10	4.0	10	88	11	66	57	0	0	42	0.99
68242480--68242537	24	2.5	22	81	15	71	56	0	0	43	0.99
68255532--68255576	24	2.0	22	83	16	56	20	26	20	33	1.97
68255702--68255777	37	2.1	37	94	0	134	19	21	17	42	1.90
68257461--68257612	40	3.8	40	82	1	144	23	26	24	25	2.00
68270473--68270557	39	2.2	40	89	2	127	23	30	24	21	1.99
68270473--68270639	40	4.2	40	78	5	142	24	27	22	25	2.00
68271879--68271914	18	2.0	18	88	0	54	0	11	5	83	0.80
68278515--68278682	40	4.2	40	79	4	151	24	27	23	25	2.00
68284538--68284583	22	2.0	23	88	12	69	23	26	19	30	1.98
68288604--68288723	46	2.6	44	83	7	143	26	19	30	24	1.98
68291462--68291497	16	2.2	16	95	0	63	11	16	19	52	1.73
68291469--68291505	16	2.3	16	95	0	65	5	21	21	51	1.68
68292065--68292092	11	2.5	11	100	0	56	46	0	46	7	1.30
68296956--68297085	40	3.3	39	82	4	163	23	27	24	23	2.00
68301731--68301850	46	2.6	44	87	7	161	25	20	30	23	1.98
68302408--68302447	21	2.0	21	90	5	64	12	35	27	25	1.92
68303882--68303940	22	2.6	22	89	2	91	28	23	18	28	1.98
68307111--68307331	49	4.7	49	76	13	219	29	28	17	24	1.97
68311674--68311869	10	20.8	9	67	21	73	33	3	4	59	1.31
68311682--68311781	28	3.5	28	77	11	87	34	3	4	59	1.32
68311674--68311735	19	3.3	19	72	17	58	33	1	3	61	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68311729--68311782	18	2.9	18	79	12	65	33	3	3	59	1.33
68311729--68311773	19	2.3	20	88	7	67	35	2	4	57	1.31
68311892--68311932	20	2.0	20	85	4	55	24	2	9	63	1.37
68312841--68312867	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
68317953--68318090	42	3.2	43	76	12	131	29	25	17	27	1.97
68324703--68324781	25	3.2	25	78	7	88	22	21	21	34	1.97
68324700--68324813	50	2.3	50	78	6	122	22	21	23	32	1.98
68328992--68329088	43	2.3	43	96	0	176	21	34	26	17	1.96
68329272--68329333	28	2.2	28	91	5	99	27	32	24	16	1.96
68330648--68330773	38	3.3	38	85	0	162	34	29	22	13	1.92
68330743--68330794	22	2.4	22	83	6	61	36	30	19	13	1.90
68335762--68335813	15	3.6	14	80	12	52	1	0	25	73	0.94
68336769--68336808	21	2.0	20	85	5	53	17	30	35	17	1.93
68338615--68338661	21	2.2	21	85	7	60	31	12	2	53	1.51
68339165--68339191	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76
68339191--68339217	6	4.5	6	100	0	54	18	0	0	81	0.69
68339727--68339784	24	2.4	24	88	5	82	55	0	31	13	1.39
68342905--68343043	42	3.2	43	80	9	149	30	25	16	26	1.97
68349074--68349109	10	3.6	10	84	0	54	36	19	25	19	1.95
68349072--68349119	20	2.4	20	78	0	69	31	16	29	22	1.96
68352263--68352819	49	11.4	49	94	0	954	31	7	30	30	1.86
68352351--68352531	27	7.3	26	60	20	66	32	6	29	31	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68354815--68355206	40	9.8	40	98	0	712	25	21	27	25	1.99
68359015--68359572	49	11.4	49	94	0	972	31	8	29	30	1.86
68365884--68366064	24	7.6	24	92	2	276	19	17	25	37	1.94
68368798--68369004	24	8.6	24	96	0	342	20	17	25	36	1.95
68376536--68376716	24	7.6	24	93	2	285	19	18	25	36	1.94
68380927--68380968	17	2.3	18	84	8	50	45	21	0	33	1.52
68388599--68388649	20	2.5	20	93	6	86	41	15	0	43	1.47
68394077--68394281	53	3.8	54	78	1	178	23	22	18	36	1.95
68394091--68394284	55	3.6	54	78	4	194	22	22	18	37	1.94
68394263--68394384	47	2.6	47	96	0	217	26	23	13	36	1.93
68394523--68394607	44	1.9	44	85	4	118	24	23	14	37	1.92
68398551--68398702	42	3.6	42	77	7	155	26	23	17	31	1.97
68402093--68402222	45	2.9	45	88	3	183	25	22	26	25	2.00
68408216--68408247	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
68410526--68410741	46	4.6	47	79	11	214	25	29	17	27	1.98
68410526--68410741	93	2.3	94	81	8	244	25	29	17	27	1.98
68412156--68412251	4	24.0	4	100	0	192	25	0	25	50	1.50
68417521--68417556	2	18.0	2	88	0	54	44	0	5	50	1.25
68427926--68427993	35	1.9	35	100	0	136	19	26	11	42	1.85
68428278--68428304	12	2.2	12	100	0	54	33	0	11	55	1.35
68437486--68437542	29	2.0	29	86	3	80	19	1	28	50	1.57
68437494--68437566	28	2.6	28	78	6	76	20	2	31	45	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68437774--68437860	21	4.0	23	75	13	94	16	22	25	35	1.94
68445877--68445906	11	2.8	11	95	5	53	36	0	0	63	0.95
68445947--68446003	29	1.9	30	85	3	80	29	7	14	49	1.69
68446153--68446230	29	2.6	29	80	13	86	38	11	11	38	1.78
68446378--68446448	20	3.5	19	76	14	61	26	1	1	70	1.04
68446377--68446427	9	6.0	8	80	17	50	25	0	1	72	0.95
68446393--68446472	20	4.1	19	72	20	58	28	3	1	66	1.17
68447269--68447293	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
68453258--68453289	3	10.7	3	100	0	64	34	0	0	65	0.93
68454836--68454873	15	2.4	16	82	4	51	36	2	5	55	1.37
68467234--68467295	15	4.0	15	79	8	61	51	17	16	14	1.76
68470262--68470519	46	5.5	46	74	12	179	22	30	18	27	1.97
68470881--68470938	30	1.9	30	89	0	89	27	20	17	34	1.95
68478043--68478169	46	2.8	44	79	10	139	22	27	21	29	1.99
68485235--68485383	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68485276--68485383	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68493354--68493502	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
68493395--68493502	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
68496868--68496927	27	2.2	27	96	0	111	46	20	26	6	1.75
68500292--68500563	50	5.6	49	74	7	223	25	27	19	27	1.99
68500292--68500581	96	3.0	96	82	2	330	25	27	20	26	1.99
68509472--68509522	23	2.2	23	96	0	93	25	11	11	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68509481--68509530	23	2.2	23	85	0	64	28	12	14	46	1.79
68528964--68529131	46	3.6	46	78	8	146	29	19	29	21	1.98
68529152--68529324	49	3.6	49	75	11	149	28	18	27	26	1.98
68530298--68530355	28	2.1	28	100	0	116	36	25	6	31	1.83
68541306--68541629	50	6.7	49	71	10	261	25	29	19	25	1.99
68541406--68541647	96	2.5	96	84	4	299	25	29	20	24	1.99
68541306--68541637	146	2.3	145	78	7	350	25	28	18	26	1.98
68544319--68544354	16	2.3	16	90	4	56	61	2	19	16	1.47
68546331--68546411	26	3.2	26	64	22	73	49	6	13	30	1.67
68546323--68546421	49	2.0	49	100	0	198	47	6	14	32	1.68
68551576--68551644	30	2.2	32	79	7	79	37	0	5	56	1.23
68568583--68568728	40	3.8	39	80	4	147	26	22	27	23	1.99
68568621--68568746	38	3.2	38	84	9	148	23	23	28	25	1.99
68576373--68576590	121	1.8	121	81	6	271	31	11	23	33	1.90
68576548--68576674	40	3.2	40	81	7	136	27	21	26	24	1.99
68583704--68583894	40	4.8	40	88	2	251	22	29	24	23	1.99
68595578--68595660	26	3.2	26	77	3	96	24	33	20	21	1.97
68595618--68595720	27	3.9	27	76	1	82	33	35	9	20	1.85
68600870--68600905	19	1.9	19	88	5	56	44	11	0	44	1.39
68607329--68607486	68	2.3	68	97	0	298	24	30	14	31	1.95
68609265--68609314	20	2.5	20	93	0	91	18	56	2	24	1.52
68611284--68611353	3	24.0	3	94	5	126	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68611283--68611373	6	15.2	6	85	7	51	27	1	0	71	0.93
68613207--68613336	40	3.2	40	75	4	129	25	23	26	23	2.00
68622894--68622994	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
68630084--68630290	40	5.2	40	85	2	231	24	27	22	25	2.00
68631916--68631959	21	2.1	21	100	0	88	18	43	20	18	1.89
68632325--68632684	44	8.1	45	81	4	372	46	22	0	30	1.58
68632342--68632684	62	5.5	62	85	4	377	46	22	0	30	1.57
68632325--68632681	53	6.7	54	81	6	379	46	22	0	30	1.58
68632507--68632548	21	2.0	21	86	9	59	50	28	0	21	1.49
68632325--68632684	9	40.3	9	79	4	372	46	22	0	30	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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