genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  237  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72439758--72439875	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
72439726--72439889	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
72445686--72445746	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72458143--72458200	29	2.0	29	100	0	116	48	20	10	20	1.79
72466952--72467232	140	2.0	140	98	1	548	19	25	18	35	1.95
72468087--72468134	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72468182--72468235	11	5.4	11	70	20	55	37	11	20	31	1.88
72468177--72468235	19	3.0	20	95	5	111	35	10	20	33	1.86
72468285--72468380	24	4.0	23	90	8	140	31	21	21	25	1.98
72468285--72468380	47	2.0	48	90	6	151	31	21	21	25	1.98
72468570--72468632	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
72475479--72475526	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
72475569--72475629	20	3.0	20	92	0	104	34	11	21	32	1.89
72475678--72475796	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
72475678--72475796	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
72475986--72476049	31	2.1	31	90	0	101	35	15	25	23	1.94
72479823--72480032	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72487973--72488102	40	3.2	40	79	4	154	21	27	25	25	1.99
72490513--72490583	28	2.5	28	79	0	79	32	28	14	25	1.94
72490570--72490706	40	3.4	40	85	0	166	32	26	18	21	1.97
72494198--72494262	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
72494365--72494457	28	3.3	27	83	7	116	20	23	22	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72494365--72494469	55	1.9	55	84	5	140	20	24	20	33	1.97
72494921--72494959	19	2.1	19	85	0	51	15	5	7	71	1.26
72497572--72497682	27	4.1	26	89	4	141	19	23	22	34	1.97
72504233--72504347	43	2.7	43	82	6	144	26	16	25	31	1.96
72509697--72509729	15	2.2	15	100	0	66	18	6	39	36	1.75
72514637--72514743	44	2.5	43	77	8	112	25	16	26	31	1.97
72514637--72514793	43	3.6	42	75	10	122	27	16	24	31	1.96
72517584--72517725	40	3.5	40	83	1	124	27	23	26	21	1.99
72517623--72517735	40	2.8	39	86	5	145	23	23	28	23	2.00
72525565--72525715	40	3.8	40	80	6	164	26	23	27	23	2.00
72529154--72529206	20	2.8	20	81	13	67	77	1	15	5	1.04
72529981--72530063	29	2.9	29	98	0	157	28	14	30	26	1.95
72532040--72532317	47	5.8	45	73	17	195	26	18	29	24	1.98
72532041--72532242	102	2.0	102	91	0	323	26	18	29	25	1.98
72532142--72532264	44	2.7	47	81	3	153	28	18	27	25	1.98
72538087--72538200	27	4.2	26	89	4	147	19	23	21	35	1.95
72538098--72538221	54	2.3	56	78	9	141	22	25	18	33	1.96
72539387--72539517	47	2.8	47	79	6	149	33	29	16	19	1.94
72542217--72542346	40	3.2	40	82	4	165	23	28	24	23	2.00
72550148--72550277	40	3.2	40	86	4	183	24	29	23	22	1.99
72555791--72555835	23	2.0	23	86	8	65	53	6	4	35	1.47
72555880--72555949	19	3.7	19	75	17	65	62	4	0	32	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72555878--72555970	31	2.9	34	75	19	99	61	3	0	35	1.12
72555926--72555976	18	2.7	20	88	8	72	58	0	0	41	0.98
72555878--72555952	3	25.3	3	72	17	59	62	4	0	33	1.14
72557587--72557736	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
72557611--72557782	67	2.7	64	76	7	186	29	17	29	23	1.97
72562530--72562563	16	2.2	15	89	5	50	44	0	8	47	1.34
72568363--72568392	6	5.0	6	100	0	60	0	33	33	33	1.58
72573204--72573242	19	2.1	19	85	9	53	38	2	12	46	1.56
72575921--72575965	17	2.6	17	100	0	90	46	11	24	17	1.81
72583327--72583396	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
72583327--72583408	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
72589514--72589579	32	2.1	32	94	0	114	28	16	31	22	1.96
72593794--72594048	129	2.0	129	97	0	483	21	17	30	30	1.96
72596345--72596534	29	6.5	29	79	3	193	40	12	26	21	1.89
72596348--72596534	58	3.2	58	80	3	223	40	12	26	20	1.89
72596317--72596534	87	2.5	87	88	0	310	39	12	26	22	1.89
72602890--72603059	46	3.7	46	76	10	193	30	29	18	21	1.97
72602898--72603069	93	1.8	93	91	0	281	29	29	20	21	1.98
72606789--72606961	46	3.7	46	75	17	178	23	20	27	29	1.99
72606786--72606955	93	1.8	93	92	2	288	22	20	28	28	1.98
72608922--72608968	19	2.3	20	82	10	60	38	0	14	46	1.45
72610855--72610933	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72612034--72612071	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
72618651--72618729	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
72619830--72619867	19	2.1	18	85	9	51	13	18	2	65	1.37
72620540--72620571	16	2.0	16	93	0	55	46	0	18	34	1.49
72620905--72621232	179	1.8	179	84	1	451	38	7	18	34	1.80
72628538--72628575	20	1.9	20	88	0	58	34	2	10	52	1.50
72630198--72630266	28	2.5	28	90	2	113	43	26	10	20	1.83
72636934--72637091	78	2.0	78	100	0	316	27	25	20	27	1.99
72640958--72641204	40	6.3	40	84	9	298	26	26	19	27	1.99
72640964--72641204	77	3.1	79	87	7	325	25	26	20	27	1.99
72640994--72641203	117	1.8	116	90	5	343	26	26	19	28	1.99
72648305--72648514	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
72652417--72652681	40	6.6	39	82	7	227	26	26	20	27	1.99
72652445--72652669	80	2.8	80	88	2	328	26	25	19	28	1.99
72652445--72652682	40	5.9	40	85	4	295	26	25	20	27	1.99
72659284--72659564	143	2.0	143	97	0	535	33	11	24	30	1.91
72660042--72660095	24	2.3	23	78	15	56	48	5	1	44	1.37
72660517--72660579	30	2.1	30	96	0	117	47	3	4	44	1.40
72669504--72669767	49	5.5	48	76	10	213	25	27	20	27	1.99
72669504--72669854	92	3.7	94	80	8	317	24	27	20	27	1.99
72669735--72669854	46	2.6	46	80	9	147	21	28	21	28	1.99
72672372--72672453	29	2.8	29	98	0	155	25	30	14	29	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72676189--72676262	37	2.0	37	100	0	148	24	8	35	32	1.85
72685404--72685553	40	3.8	40	80	7	133	21	26	24	28	1.99
72685416--72685608	80	2.4	80	81	6	203	23	25	23	26	2.00
72695426--72695646	40	5.6	40	83	2	250	25	23	26	24	2.00
72703499--72703589	38	2.3	39	79	3	94	27	23	25	24	2.00
72703462--72703680	40	5.6	40	79	4	223	26	23	26	24	2.00
72719179--72719239	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
72729991--72730381	27	14.6	27	84	4	479	28	22	8	40	1.83
72731691--72731767	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
72731700--72731771	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
72731689--72731771	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
72731826--72732015	24	8.0	24	88	3	260	28	23	21	26	1.99
72731826--72731994	47	3.6	47	91	1	275	29	23	20	27	1.98
72731825--72732001	71	2.5	72	88	2	268	29	22	20	26	1.99
72732208--72732271	31	2.1	31	90	0	101	35	15	23	25	1.94
72735105--72735495	27	14.6	27	85	4	488	28	22	8	40	1.83
72737029--72737200	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
72737021--72737196	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72739581--72739669	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
72739581--72739660	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
72739592--72739669	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
72742616--72742787	93	1.8	93	96	0	317	27	30	22	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72742608--72742783	46	3.8	46	81	10	232	28	29	21	20	1.98
72745186--72745262	9	7.9	9	72	16	64	35	9	20	35	1.85
72745195--72745266	11	7.1	11	70	17	66	36	12	19	31	1.89
72745184--72745266	20	4.2	20	96	0	157	36	12	19	32	1.88
72745320--72745509	24	8.0	24	86	3	260	30	23	20	26	1.99
72745320--72745484	47	3.5	47	89	1	258	29	23	20	27	1.98
72745319--72745495	71	2.5	72	88	2	259	31	22	20	25	1.98
72745702--72745764	30	2.1	30	90	0	99	34	15	23	25	1.95
72748601--72748996	27	14.7	27	82	4	433	30	21	7	40	1.81
72748601--72748996	54	7.3	54	85	2	494	30	21	7	40	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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