genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.243.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  243  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74532147--74532206	29	2.1	29	90	0	93	38	16	11	33	1.85
74536848--74536879	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
74538211--74538448	50	4.9	50	75	9	249	23	28	19	29	1.98
74538262--74538430	93	1.8	93	84	2	232	22	27	20	28	1.99
74544688--74544882	50	3.9	50	83	5	243	22	27	20	30	1.98
74544687--74544882	101	2.0	100	87	3	286	22	27	19	30	1.98
74550952--74551123	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
74550945--74551120	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
74556321--74556450	40	3.2	40	77	13	142	24	26	24	23	2.00
74556337--74556487	40	3.8	40	80	6	155	22	27	23	26	2.00
74556337--74556487	80	1.9	79	83	6	198	22	27	23	26	2.00
74561767--74561938	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
74561760--74561935	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
74563927--74563987	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
74565068--74565106	19	2.1	19	85	0	51	38	7	20	33	1.81
74566075--74566116	21	2.0	22	85	4	59	16	30	28	23	1.96
74567719--74567762	13	3.4	13	80	0	52	47	0	22	29	1.51
74567729--74567831	13	7.9	13	77	0	89	38	4	20	35	1.74
74568117--74568168	22	2.5	22	84	6	63	28	9	21	40	1.84
74572827--74572914	40	2.2	40	85	4	124	22	27	25	25	2.00
74580737--74580904	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
74595461--74595658	71	2.8	70	92	3	294	33	17	28	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74595527--74595644	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
74595495--74595658	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
74612505--74612566	31	2.0	31	100	0	124	41	9	12	35	1.76
74618242--74618301	30	2.0	30	83	6	77	31	23	6	38	1.81
74620061--74620085	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
74622648--74622963	48	6.6	46	76	11	273	25	31	16	27	1.96
74622689--74622963	95	2.9	95	82	8	301	25	31	16	26	1.97
74622693--74622963	143	1.9	143	81	7	334	25	31	16	26	1.97
74624520--74624547	12	2.3	12	100	0	56	46	0	7	46	1.30
74627213--74627313	42	2.4	43	88	1	150	37	24	18	18	1.94
74627607--74627651	21	2.1	21	91	0	72	0	55	20	24	1.43
74633162--74633289	9	13.6	9	74	12	105	32	0	19	47	1.55
74633195--74633272	39	2.0	39	94	0	138	32	0	20	47	1.51
74633162--74633289	57	2.2	57	85	0	175	32	0	19	47	1.55
74633469--74633921	241	1.9	241	98	0	870	32	14	17	34	1.91
74638599--74638814	81	2.7	80	76	10	188	25	19	14	40	1.90
74639184--74639279	14	6.7	14	70	19	56	43	29	5	21	1.74
74639243--74639289	21	2.2	21	84	0	58	42	36	0	21	1.53
74639633--74639968	41	8.3	41	88	1	489	19	25	26	28	1.99
74639633--74639968	121	2.8	123	88	3	500	19	25	26	28	1.99
74639633--74639952	162	2.0	164	89	1	491	20	25	26	28	1.99
74640063--74640088	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74646856--74646898	21	2.1	21	91	4	70	23	25	39	11	1.88
74648299--74648422	46	2.7	46	83	5	133	27	26	18	27	1.98
74661200--74661422	40	5.6	40	87	3	274	22	23	28	25	1.99
74661242--74661422	79	2.3	80	89	0	265	23	23	27	25	2.00
74661242--74661445	79	2.6	80	84	3	234	24	23	26	25	2.00
74665963--74666012	25	2.0	25	88	0	73	16	18	28	38	1.91
74669496--74669589	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
74669492--74669626	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
74682135--74682163	15	1.9	15	100	0	58	37	27	13	20	1.91
74684615--74684813	29	6.6	29	83	12	211	27	30	14	28	1.95
74684589--74684813	58	3.7	58	80	11	182	27	30	14	28	1.95
74684687--74684763	38	2.0	38	97	0	145	28	25	10	35	1.89
74684658--74684792	67	2.0	67	100	0	270	28	27	11	32	1.92
74695539--74695564	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
74696577--74696616	21	1.9	21	89	0	62	32	17	30	20	1.95
74696920--74697005	43	2.0	43	100	0	172	27	11	16	44	1.82
74697588--74697617	14	2.1	14	100	0	60	43	23	13	20	1.86
74698250--74698277	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
74702131--74702176	24	1.9	24	86	8	67	17	15	0	67	1.24
74714688--74714791	55	1.9	55	85	0	145	29	21	21	27	1.98
74719596--74719814	121	1.8	121	81	5	273	31	11	23	33	1.90
74719772--74719922	40	3.8	40	80	6	164	27	23	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74719772--74719922	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
74727774--74727924	40	3.8	40	80	6	164	27	23	27	22	1.99
74727774--74727924	80	1.9	79	85	6	207	27	23	27	22	1.99
74737129--74737298	40	4.2	40	85	3	225	21	28	24	25	1.99
74745218--74745467	40	6.2	40	91	1	385	22	28	24	25	1.99
74748899--74749019	43	2.8	43	87	0	170	26	16	24	32	1.96
74752022--74752077	26	2.2	26	96	0	103	32	7	25	35	1.83
74760521--74760573	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
74769936--74770144	40	5.2	40	89	3	280	25	22	25	26	2.00
74778560--74778697	45	3.2	44	81	5	165	30	27	18	23	1.97
74778792--74778825	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
74779268--74779298	15	2.1	15	93	0	53	54	25	0	19	1.44
74779812--74779840	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
74785456--74785582	47	2.7	47	82	2	157	33	28	14	24	1.94
74787875--74787919	19	2.5	17	79	13	54	17	2	6	73	1.15
74788334--74788466	48	2.8	48	80	8	146	30	21	24	24	1.99
74788550--74788682	48	2.9	47	76	6	141	26	21	27	24	1.99
74788515--74788682	90	1.9	90	84	2	230	27	20	26	24	1.99
74788532--74788682	42	3.5	42	72	12	124	26	22	27	23	1.99
74800533--74800577	20	2.2	20	84	7	56	48	0	15	35	1.45
74801461--74801584	61	2.0	61	98	0	239	31	11	21	35	1.89
74808837--74808877	19	2.2	19	86	0	55	24	2	7	65	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74811749--74811902	42	3.6	42	81	6	150	30	24	14	30	1.95
74812306--74812345	21	2.0	21	90	5	64	25	27	35	12	1.92
74813508--74813676	46	3.6	46	77	12	159	24	28	17	28	1.98
74813786--74813843	26	2.3	27	80	17	70	43	15	6	34	1.74
74821631--74821788	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
74821631--74821818	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
74829696--74829853	40	4.0	40	79	4	151	26	24	26	22	2.00
74829696--74829883	80	2.3	80	79	12	206	26	23	27	22	2.00
74833369--74833424	21	2.7	21	82	0	76	21	30	28	19	1.98
74835402--74835428	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
74841385--74841435	2	25.5	2	91	0	84	49	1	0	49	1.12
74842058--74842250	40	4.8	40	90	1	291	25	22	27	24	2.00
74857404--74857577	47	3.7	47	74	13	135	25	29	18	26	1.98
74873627--74873943	46	6.7	48	75	14	202	27	20	29	23	1.99
74876511--74876544	15	2.3	15	100	0	68	29	26	0	44	1.55
74878421--74878787	48	7.6	48	75	8	320	27	17	28	25	1.98
74878408--74878787	96	4.0	96	87	2	505	27	17	28	26	1.98
74881643--74881797	67	2.2	68	78	14	158	34	16	27	21	1.94
74890879--74891042	87	1.9	86	86	3	231	26	18	21	32	1.97
74891517--74891549	11	2.9	11	95	4	57	39	6	27	27	1.80
74891850--74892037	93	2.0	93	87	0	268	29	24	9	36	1.86
74892310--74892386	13	5.9	13	77	6	84	31	6	25	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74892310--74892386	39	2.0	39	84	5	102	31	6	25	36	1.82
74909917--74909951	18	2.0	18	88	5	54	28	17	20	34	1.95
74911016--74911129	28	4.0	28	80	6	131	28	28	14	28	1.96
74911007--74911116	57	1.9	57	86	0	157	27	30	15	27	1.96
74915358--74915457	29	3.5	29	83	4	114	30	29	16	25	1.96
74915349--74915457	58	1.9	57	86	1	155	30	29	14	25	1.95
74915691--74915721	8	3.9	8	91	0	53	9	22	25	41	1.84
74916794--74916832	16	2.4	17	86	4	53	7	5	35	51	1.53
74917467--74917687	48	4.8	44	75	8	165	23	29	18	27	1.98
74917467--74917781	48	6.8	45	70	14	146	23	29	18	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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