genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.166.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  166  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50310613--50310743	28	4.8	28	82	11	166	18	3	32	46	1.64
50310613--50310757	23	5.6	24	84	11	132	17	3	32	46	1.64
50310946--50311074	21	6.1	21	82	7	118	14	21	25	37	1.92
50310946--50311061	42	2.7	42	86	2	142	14	23	25	36	1.93
50311234--50311272	18	2.1	19	85	4	53	56	0	20	23	1.42
50312159--50312307	46	3.1	46	71	19	142	25	16	28	30	1.96
50317654--50317819	46	3.6	45	76	11	174	30	28	18	22	1.97
50317662--50317833	93	1.8	93	90	2	274	28	28	20	22	1.99
50322302--50322519	47	4.6	48	78	10	211	22	28	19	29	1.98
50322302--50322572	47	5.8	46	77	11	189	22	28	18	30	1.98
50322302--50322567	140	1.9	141	86	5	378	22	27	18	30	1.98
50323621--50323659	19	2.1	19	95	0	69	53	12	20	12	1.71
50323965--50324003	5	7.6	5	88	5	60	76	5	0	17	0.96
50323965--50324003	16	2.5	15	91	4	60	76	5	0	17	0.96
50328386--50328424	5	7.6	5	88	5	60	76	2	0	20	0.90
50328386--50328424	16	2.5	15	91	4	60	76	2	0	20	0.90
50333157--50333401	43	5.7	43	80	1	251	30	28	16	24	1.96
50333159--50333450	85	3.4	84	78	3	273	30	28	16	25	1.96
50334103--50334668	23	24.7	23	76	8	305	38	22	5	33	1.77
50334103--50334675	46	12.5	46	79	5	547	38	22	5	33	1.77
50334103--50334676	229	2.5	229	92	0	943	38	22	5	33	1.77
50334126--50334642	91	5.6	91	78	10	369	38	23	5	32	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50336652--50336872	40	5.6	40	84	4	279	25	27	23	23	2.00
50336652--50336872	80	2.8	80	88	2	313	25	27	23	23	2.00
50345097--50345317	40	5.6	40	87	4	306	25	28	23	22	1.99
50349288--50349477	7	26.9	7	74	14	88	44	37	0	17	1.53
50349255--50349477	14	15.7	14	70	11	80	42	37	0	18	1.57
50349936--50350048	40	2.9	40	85	6	151	25	21	21	31	1.98
50349992--50350113	64	1.9	64	88	3	183	27	21	19	31	1.97
50350056--50350203	40	3.7	40	87	1	208	26	22	18	33	1.97
50353573--50353598	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
50353732--50353843	55	2.0	55	96	0	206	32	14	13	40	1.84
50355365--50355461	28	3.5	28	85	4	135	22	8	24	44	1.80
50355378--50355461	28	3.0	29	87	7	136	22	9	22	45	1.81
50357206--50357307	28	3.5	29	81	6	109	28	27	14	29	1.95
50359169--50359230	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
50359213--50359327	53	2.2	53	91	1	185	31	7	20	40	1.80
50359184--50359335	80	1.9	81	86	6	220	30	9	19	40	1.83
50359213--50359335	27	4.6	27	83	4	160	30	7	20	41	1.79
50359319--50359389	27	2.6	27	75	4	72	29	7	26	36	1.83
50362602--50362698	28	3.5	28	88	4	144	21	8	24	45	1.79
50362615--50362698	28	3.0	29	91	7	145	21	9	22	46	1.80
50362957--50363018	27	2.3	27	91	0	97	27	16	16	40	1.89
50362974--50363124	54	2.8	54	86	2	160	29	9	19	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50362972--50363124	81	1.9	81	86	5	220	30	9	19	40	1.83
50363001--50363124	27	4.6	27	85	2	169	30	7	20	41	1.79
50363001--50363124	54	2.3	54	92	0	203	30	7	20	41	1.79
50368833--50368868	6	5.8	6	87	6	54	83	0	2	13	0.76
50371168--50371193	13	2.0	13	100	0	52	15	30	30	23	1.95
50383791--50383838	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50383881--50383921	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
50383971--50384113	24	6.0	24	91	4	209	28	22	22	26	1.99
50383971--50384113	47	3.0	47	90	5	207	28	22	22	26	1.99
50383971--50384114	71	2.0	72	89	4	220	29	22	22	26	1.99
50384305--50384367	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
50391822--50391869	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
50391912--50391952	20	2.0	20	100	0	82	34	9	19	36	1.85
50392002--50392120	24	5.0	24	88	5	170	28	21	22	26	1.99
50392002--50392120	47	2.5	48	89	5	170	28	21	22	26	1.99
50392312--50392374	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
50403138--50403194	30	1.9	30	85	0	78	43	8	21	26	1.81
50403615--50403790	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
50403612--50403783	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
50407862--50408034	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	19	1.97
50407855--50408030	46	3.8	46	79	10	205	28	30	21	19	1.97
50407906--50408049	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50418610--50418679	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50426396--50426465	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
50428275--50428343	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
50431845--50432027	40	4.6	39	77	7	145	22	24	29	23	1.99
50431850--50432032	79	2.3	80	80	5	185	20	24	30	24	1.99
50439947--50440130	40	4.6	40	78	4	147	22	24	29	23	1.99
50444169--50444269	28	3.5	28	86	4	121	28	14	27	28	1.96
50452226--50452326	28	3.5	28	86	4	121	28	14	27	28	1.96
50455273--50455401	40	3.2	40	78	14	149	24	27	24	24	2.00
50455289--50455440	40	3.8	40	81	5	164	23	26	23	26	2.00
50455273--50455440	80	2.1	80	83	6	207	23	26	23	26	2.00
50463540--50463640	28	3.5	28	83	4	112	28	12	28	29	1.93
50470344--50470412	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
50480043--50480067	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
50493259--50493516	40	6.5	40	87	4	346	25	28	23	22	2.00
50501379--50501636	40	6.5	40	84	4	310	25	26	22	24	2.00
50507205--50507248	8	5.5	8	100	0	88	50	13	0	36	1.42
50511541--50511748	55	3.8	54	79	6	224	23	25	16	35	1.95
50511541--50511741	108	1.8	110	88	4	309	23	24	16	34	1.96
50512214--50512258	22	2.0	22	100	0	90	35	26	8	28	1.87
50518887--50518933	24	2.0	24	91	0	76	36	2	38	23	1.67
50520213--50520324	27	4.1	27	84	7	129	14	23	23	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50521346--50521383	18	2.2	18	95	4	69	28	10	7	52	1.64
50532980--50533206	48	4.7	48	79	8	230	25	19	28	26	1.99
50532987--50533206	96	2.3	96	83	7	261	25	19	28	26	1.98
50537353--50537410	29	1.9	29	83	13	73	46	1	18	32	1.60
50540205--50540412	40	5.2	40	90	1	294	25	28	22	23	1.99
50547149--50547356	40	5.2	40	90	1	294	25	28	22	23	1.99
50554567--50554802	49	4.8	49	82	5	289	25	19	27	27	1.98
50554531--50554844	49	6.4	49	80	6	286	26	18	28	27	1.98
50554574--50554844	48	5.6	48	79	11	250	25	18	28	27	1.98
50559066--50559098	13	2.4	14	90	5	50	18	42	27	12	1.85
50563566--50563641	34	2.4	31	82	10	82	28	28	19	22	1.98
50563993--50564061	28	2.5	28	95	2	122	18	10	27	43	1.82
50566898--50567224	47	7.3	47	78	11	290	33	8	27	29	1.87
50566979--50567035	8	6.9	9	77	20	54	36	1	22	38	1.65
50566969--50567036	33	2.1	33	100	0	136	38	2	23	35	1.70
50566922--50567083	80	2.0	80	93	0	279	35	6	26	32	1.81
50567050--50567177	25	5.4	24	62	18	70	32	8	27	31	1.87
50567002--50567225	47	4.8	47	91	0	349	34	8	27	29	1.87
50579309--50579415	40	2.7	40	88	2	153	28	19	23	28	1.98
50579325--50579544	40	5.5	40	88	4	275	24	18	27	30	1.98
50579365--50579544	79	2.3	80	89	2	274	23	17	28	30	1.97
50586802--50586908	40	2.7	40	88	2	153	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50586818--50587078	40	6.5	40	88	2	337	24	18	27	29	1.98
50588558--50588592	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
50588847--50588904	22	2.6	22	81	7	64	41	17	5	36	1.72
50588883--50588973	19	4.9	19	90	8	152	36	14	10	38	1.81
50589092--50589132	21	2.0	20	85	4	55	9	2	12	75	1.13
50590393--50590469	40	1.9	40	86	5	111	32	24	16	25	1.96
50594343--50594471	46	2.7	49	83	8	167	19	19	27	34	1.96
50595810--50595996	38	4.8	38	84	6	189	28	24	22	23	1.99
50603260--50603445	38	4.8	37	82	7	194	30	24	22	23	1.99
50609610--50609746	40	3.5	40	90	4	199	24	29	23	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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