genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  223  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67566209--67566429	79	2.8	78	82	8	250	24	20	27	26	1.99
67566213--67566403	40	4.8	40	84	7	221	23	21	28	26	1.99
67574402--67574606	40	5.2	39	84	7	238	24	21	27	26	1.99
67574408--67574620	78	2.7	77	82	9	225	25	20	27	26	1.99
67584867--67584989	57	2.1	59	86	5	171	46	5	18	29	1.72
67588934--67589749	421	1.9	421	92	0	1355	30	25	16	28	1.97
67601716--67601852	55	2.5	55	78	2	150	13	23	33	29	1.92
67606415--67607087	47	14.1	47	80	7	469	35	9	27	27	1.88
67606462--67606533	24	3.0	25	64	25	64	33	9	27	29	1.89
67606444--67606515	22	3.1	22	66	24	58	33	12	29	25	1.92
67606579--67607145	48	11.8	48	79	10	532	35	8	26	28	1.86
67606479--67607145	240	2.8	240	96	2	1187	35	9	26	28	1.87
67606969--67607044	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
67607292--67607400	37	3.0	36	93	4	182	22	20	31	25	1.98
67610067--67610104	14	2.9	13	81	11	51	57	10	13	18	1.63
67617621--67617681	32	1.9	32	96	0	113	18	19	27	34	1.95
67617573--67617727	79	2.0	79	92	0	256	23	17	28	30	1.97
67619674--67619738	31	2.1	31	100	0	130	35	0	26	38	1.57
67620748--67620812	15	4.4	15	77	9	71	9	13	13	63	1.53
67620746--67620812	30	2.3	29	82	7	82	8	13	16	61	1.56
67622434--67622576	40	3.6	40	93	2	227	27	26	20	25	1.99
67630513--67630661	40	3.7	39	90	1	181	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67630501--67630661	80	2.0	80	84	2	207	27	26	20	24	1.99
67637553--67637703	40	3.8	40	77	13	134	27	23	26	22	2.00
67637590--67637719	40	3.2	40	77	4	138	24	23	27	23	2.00
67644048--67644222	46	3.9	46	87	8	247	30	10	30	28	1.91
67644048--67644229	91	2.0	88	88	7	269	30	10	30	28	1.91
67646025--67646053	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
67646055--67646144	46	2.0	46	86	0	126	28	30	6	34	1.83
67646118--67646333	47	4.6	47	95	0	369	26	31	12	30	1.92
67646118--67646359	94	2.5	94	89	2	376	27	30	11	30	1.92
67653180--67653226	10	4.6	10	80	12	51	53	27	2	17	1.55
67653942--67654093	43	3.6	41	75	13	114	32	28	16	22	1.95
67658910--67659117	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
67658910--67659115	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
67666896--67667103	40	5.2	39	84	1	209	25	25	22	26	2.00
67666896--67667101	80	2.6	81	84	3	247	24	26	22	26	2.00
67671533--67671691	43	3.7	44	76	9	139	30	27	18	23	1.98
67674876--67674939	31	2.1	31	100	0	128	51	6	15	26	1.67
67678529--67678591	32	2.0	32	96	0	117	26	17	12	42	1.85
67683557--67683594	5	7.4	5	88	11	51	18	0	0	81	0.69
67683553--67683603	6	9.0	6	85	8	54	17	0	1	80	0.81
67683553--67683603	17	3.1	17	86	8	61	17	0	1	80	0.81
67685371--67685578	40	5.2	40	81	2	193	25	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67685377--67685578	80	2.5	80	83	3	228	25	23	26	24	2.00
67688908--67688934	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
67689148--67689207	29	2.1	29	100	0	120	10	6	16	66	1.41
67695393--67695606	40	5.4	40	89	2	290	25	28	23	22	2.00
67699857--67699888	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
67706379--67706585	53	3.8	54	78	1	209	18	25	18	37	1.93
67714077--67714118	11	3.9	11	75	6	50	14	2	4	78	1.01
67717110--67717144	16	2.2	16	95	5	63	11	17	0	71	1.14
67720685--67720806	37	3.3	37	92	0	208	22	32	18	26	1.97
67720702--67720800	18	5.2	21	59	22	56	21	32	18	28	1.96
67720908--67721121	49	4.4	49	95	1	358	29	32	9	28	1.88
67720908--67721121	97	2.2	98	93	0	367	29	32	9	28	1.88
67724273--67724335	24	2.6	24	97	0	117	20	15	26	36	1.93
67729514--67729624	56	2.0	57	85	5	154	26	31	15	27	1.96
67729511--67729622	28	4.0	28	85	2	136	26	31	15	26	1.96
67729854--67729889	16	2.2	16	90	0	54	13	16	19	50	1.79
67731047--67731102	28	2.0	28	96	0	103	39	28	5	26	1.78
67732172--67732225	26	2.1	25	83	10	65	22	11	1	64	1.35
67736437--67736641	55	3.8	54	82	6	236	22	25	17	34	1.95
67739426--67739477	22	2.5	20	85	11	77	23	1	0	75	0.91
67739511--67739562	18	3.1	17	81	16	63	30	0	0	69	0.89
67739550--67739577	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67739513--67739568	24	2.4	24	82	8	71	28	0	0	71	0.86
67739588--67739628	20	2.0	20	85	4	55	12	12	0	75	1.05
67739647--67739698	18	2.9	18	83	13	56	28	0	7	63	1.22
67739668--67739772	3	35.7	3	79	17	89	24	1	2	70	1.11
67741584--67741644	30	2.0	30	90	6	97	22	36	27	13	1.92
67753246--67753431	40	4.7	40	86	4	216	26	26	20	25	1.99
67760928--67761075	39	3.8	39	90	0	215	30	22	18	28	1.98
67766115--67766300	40	4.7	40	88	5	218	25	21	26	26	1.99
67770982--67771217	40	5.9	40	89	0	355	24	28	22	24	1.99
67770955--67771217	120	2.2	120	86	2	368	23	28	22	25	2.00
67772890--67773037	39	3.8	39	90	0	215	30	22	18	28	1.98
67778079--67778264	40	4.7	40	86	6	211	25	21	26	26	2.00
67780297--67780555	79	3.3	80	90	3	402	26	23	28	22	1.99
67780301--67780529	40	5.8	40	92	2	381	24	23	29	22	1.99
67780301--67780542	119	2.0	119	89	3	371	25	23	28	22	1.99
67782286--67782311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
67793712--67793781	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
67800901--67800970	27	2.5	28	86	2	97	27	14	25	32	1.94
67803331--67803601	48	5.6	48	79	6	264	29	18	26	26	1.98
67803331--67803601	96	2.8	94	83	6	319	29	18	26	26	1.98
67811044--67811181	48	2.8	49	83	4	172	26	20	27	25	1.99
67815419--67815845	50	8.8	50	76	11	361	24	27	20	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67815419--67815847	146	3.0	144	78	10	376	24	27	20	27	1.99
67815469--67815835	96	3.9	94	81	7	361	24	27	20	27	1.99
67817146--67817352	53	3.8	53	75	7	184	21	23	17	38	1.93
67819802--67819835	17	1.9	18	94	5	61	67	2	0	29	1.05
67821763--67821789	8	3.4	8	100	0	54	22	25	0	51	1.48
67824701--67825129	50	8.8	50	73	8	321	25	27	19	27	1.99
67824741--67825119	96	3.9	96	82	1	411	25	27	19	27	1.99
67824741--67825119	192	2.0	192	85	2	510	25	27	19	27	1.99
67829665--67829928	49	5.2	49	86	10	345	29	7	31	31	1.85
67829767--67829862	31	3.2	31	62	24	78	28	8	34	29	1.86
67829750--67829917	59	3.0	59	83	16	266	28	7	33	30	1.84
67829703--67829917	108	2.0	106	97	1	403	29	7	32	30	1.85
67833685--67833709	8	3.1	8	100	0	50	36	12	12	40	1.79
67835181--67835295	24	4.8	24	93	0	194	19	18	27	34	1.95
67835181--67835317	72	1.9	72	86	5	197	21	18	26	33	1.96
67835181--67835295	48	2.4	48	100	0	230	19	18	27	34	1.95
67844204--67844238	18	2.0	18	94	5	63	17	25	45	11	1.81
67855745--67855798	20	2.7	20	82	0	72	50	9	5	35	1.58
67860838--67861071	81	2.9	82	82	9	257	25	19	23	31	1.98
67860838--67861071	43	5.8	43	80	10	221	25	19	23	31	1.98
67868663--67868813	42	3.7	40	82	8	182	25	22	23	28	1.99
67869813--67870081	48	5.6	48	79	7	253	26	28	17	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67873875--67873970	48	2.0	47	95	2	174	22	18	17	40	1.91
67879482--67879668	40	4.7	40	85	3	234	25	24	26	24	2.00
67886316--67886501	40	4.7	40	78	12	170	24	23	26	25	2.00
67886316--67886501	79	2.3	80	84	8	229	24	23	26	25	2.00
67887912--67888159	48	5.2	48	78	7	159	25	27	17	29	1.98
67887901--67888159	96	2.7	96	80	8	278	24	27	17	29	1.97
67894425--67894609	40	4.7	40	77	6	171	23	26	24	25	2.00
67894458--67894609	79	1.9	80	84	6	202	23	27	23	25	2.00
67902748--67902850	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97
67910673--67910775	29	3.6	28	80	5	109	27	26	16	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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