genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.353.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  353  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109130692--109130789	35	2.7	37	87	12	150	37	10	15	36	1.81
109131072--109131108	18	2.1	17	90	5	56	24	0	8	67	1.17
109142571--109143159	220	2.7	219	91	0	953	33	19	20	26	1.96
109143103--109143314	78	2.7	77	87	5	311	31	18	24	25	1.98
109143331--109143530	45	4.5	45	89	1	285	32	16	28	23	1.95
109143329--109143530	89	2.3	90	86	3	300	32	15	28	22	1.95
109143258--109143530	134	2.0	135	83	6	349	30	16	27	24	1.97
109143882--109143979	35	2.7	37	87	12	150	37	10	16	35	1.82
109143882--109143972	19	4.9	19	92	8	161	37	10	15	36	1.83
109143882--109143995	19	5.8	22	87	10	96	36	9	15	37	1.81
109144263--109144297	18	2.0	17	88	5	52	25	0	5	68	1.11
109150290--109150369	39	2.1	39	92	4	135	33	21	16	28	1.95
109156190--109156224	17	2.1	17	100	0	70	42	22	11	22	1.85
109156449--109156482	16	2.1	16	94	0	59	41	0	2	55	1.15
109157132--109157199	26	2.6	25	74	4	64	63	0	1	35	1.04
109157342--109157397	9	6.3	9	75	19	55	28	0	1	69	0.98
109157380--109157442	25	2.6	25	82	9	78	26	6	3	63	1.34
109158850--109158874	12	2.1	12	100	0	50	60	8	0	32	1.26
109163920--109163960	9	4.6	9	90	0	64	46	14	12	26	1.80
109163914--109163960	18	2.6	18	96	0	85	44	12	10	31	1.77
109164126--109164167	20	2.1	21	82	8	52	21	14	0	64	1.29
109177220--109177269	22	2.3	22	85	0	64	40	14	24	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109178258--109178309	5	10.8	5	76	15	56	55	1	0	42	1.10
109187796--109187827	6	5.3	6	92	0	55	0	65	18	15	1.27
109194436--109194495	27	2.3	27	91	2	95	31	26	20	21	1.98
109198446--109198470	13	1.9	13	100	0	50	48	8	0	44	1.32
109206108--109206165	24	2.5	24	88	2	82	27	18	17	36	1.94
109210660--109210722	32	1.9	33	93	3	110	14	36	28	20	1.92
109213473--109213531	30	1.9	31	96	3	111	32	0	25	42	1.55
109214272--109214315	23	1.9	23	95	0	79	20	18	13	47	1.82
109218283--109218326	22	1.9	24	81	9	56	45	4	9	40	1.56
109229476--109229531	29	2.0	29	82	3	69	44	16	10	28	1.80
109231494--109231550	29	2.0	29	89	0	87	26	31	15	26	1.96
109231502--109231566	29	2.2	29	91	0	103	27	29	15	27	1.96
109238692--109238748	29	2.0	29	89	0	87	26	31	15	26	1.96
109238700--109238764	29	2.2	29	91	0	103	27	29	15	27	1.96
109242922--109243090	46	3.7	46	80	9	209	29	29	20	20	1.98
109242930--109243102	92	1.9	93	92	1	294	28	29	20	21	1.98
109242927--109243115	46	4.1	45	73	13	125	29	28	20	21	1.98
109244553--109244610	30	1.9	30	82	0	71	24	1	29	44	1.63
109248709--109248849	39	3.6	39	84	1	185	43	20	5	29	1.75
109251855--109251955	26	3.9	26	89	2	159	34	24	6	33	1.82
109254886--109254990	26	4.0	26	97	0	201	30	6	26	36	1.82
109271295--109271360	19	3.2	21	87	6	64	36	19	9	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109271312--109271390	19	4.2	19	90	9	126	35	16	10	37	1.82
109271334--109271390	17	3.5	15	88	11	53	35	15	10	38	1.82
109271312--109271390	36	2.1	39	90	9	128	35	16	10	37	1.82
109273697--109273746	19	2.6	19	100	0	100	32	16	30	22	1.95
109273844--109273908	28	2.3	28	97	0	121	33	27	7	30	1.85
109274014--109274103	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
109274014--109274128	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
109281547--109281602	19	2.9	19	97	2	103	28	17	32	21	1.96
109281700--109281761	28	2.2	28	94	0	106	33	25	8	32	1.85
109281870--109281959	28	3.2	27	85	7	119	20	24	23	32	1.98
109281870--109281984	55	2.1	56	83	8	146	19	24	21	34	1.96
109282739--109282805	34	2.0	34	100	0	134	13	29	17	38	1.88
109282944--109283555	206	3.0	206	92	0	1003	29	22	17	30	1.97
109283525--109283699	44	4.0	44	70	8	140	28	23	16	32	1.96
109294628--109294678	14	3.9	13	76	19	61	13	3	0	82	0.81
109294628--109294683	25	2.2	25	90	6	87	14	3	0	82	0.81
109294630--109294729	11	9.3	11	74	11	84	16	5	1	78	0.99
109294628--109294729	5	19.2	5	75	18	75	16	4	0	77	1.00
109294630--109294729	6	16.5	6	74	13	71	16	5	1	78	0.99
109294630--109294729	17	6.2	16	72	16	64	16	5	1	78	0.99
109300687--109300864	45	4.0	45	81	3	157	32	24	17	25	1.97
109302982--109303078	40	2.4	42	78	5	108	30	24	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109311682--109311725	23	1.9	23	100	0	88	31	15	15	36	1.90
109313062--109313090	6	4.8	6	100	0	58	82	0	17	0	0.66
109314413--109314490	29	2.7	29	76	4	68	33	29	14	23	1.93
109314436--109314480	14	3.1	14	90	3	72	28	26	15	28	1.96
109314582--109314735	22	6.9	22	68	12	89	32	19	12	35	1.90
109314581--109314707	45	2.8	45	85	0	164	33	20	12	33	1.90
109315592--109315678	39	2.2	39	82	8	97	20	1	5	72	1.12
109315608--109315673	10	6.8	9	75	14	60	21	0	3	75	0.93
109316804--109316858	27	2.0	27	100	0	110	18	18	21	41	1.90
109318860--109318896	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
109321496--109321536	6	6.5	6	83	10	55	78	4	0	17	0.93
109321499--109321538	20	2.0	20	90	0	62	75	7	0	17	1.03
109321556--109321623	18	3.8	18	90	0	100	26	5	19	48	1.71
109321556--109321623	27	2.5	27	85	0	91	26	5	19	48	1.71
109321556--109321614	9	6.6	9	86	0	82	25	6	20	47	1.74
109323050--109323094	20	2.2	20	92	0	72	42	6	20	31	1.77
109326275--109326328	24	2.3	23	75	12	56	51	25	3	18	1.62
109328854--109328917	31	2.1	31	96	0	119	23	21	15	39	1.92
109329109--109329275	24	7.0	24	91	3	248	26	22	22	28	1.99
109329128--109329275	71	2.1	72	92	1	244	27	21	21	29	1.99
109329326--109329385	20	3.0	20	95	0	111	33	20	10	36	1.86
109329326--109329380	11	5.4	11	70	16	55	30	20	10	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109329428--109329475	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
109333114--109333261	40	3.7	40	86	5	185	24	22	24	29	1.99
109340705--109340794	45	2.0	45	93	0	153	38	24	8	27	1.85
109344439--109344556	6	19.3	6	80	13	134	48	15	17	18	1.82
109344676--109344735	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
109345023--109345166	27	5.3	27	80	3	155	25	19	17	37	1.93
109345024--109345164	54	2.6	54	80	0	183	26	19	17	36	1.94
109345150--109345435	27	10.6	27	80	7	158	31	9	21	38	1.85
109345186--109345435	81	3.1	79	83	8	281	31	9	20	38	1.84
109345230--109345435	54	3.8	52	85	5	225	31	8	20	39	1.83
109345257--109345435	27	6.6	27	88	0	268	31	8	20	39	1.82
109347108--109347154	15	3.3	15	70	11	53	34	36	12	17	1.87
109368884--109368937	23	2.4	23	81	3	56	20	14	18	46	1.84
109368896--109368945	23	2.2	23	92	0	82	20	12	16	52	1.75
109370056--109370089	16	2.1	16	88	0	50	70	2	8	17	1.25
109370437--109370461	13	1.9	13	100	0	50	56	0	8	36	1.29
109375165--109375209	17	2.7	16	82	6	54	40	4	4	51	1.42
109375277--109375339	17	3.9	17	84	12	80	44	3	0	52	1.17
109375295--109375348	7	7.3	7	88	12	81	44	1	0	53	1.11
109375266--109375366	40	2.5	41	79	14	97	42	2	1	52	1.28
109377343--109377450	26	4.2	26	93	0	189	32	7	24	36	1.83
109379069--109379173	27	3.9	27	85	9	117	18	23	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109379902--109379945	19	2.3	19	96	0	79	6	43	9	40	1.63
109381172--109381206	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
109385831--109385864	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
109392574--109392614	2	21.0	2	90	5	66	0	51	0	48	1.00
109393915--109393960	15	3.0	16	87	9	69	45	0	0	54	0.99
109395268--109395302	11	3.4	11	88	11	56	48	0	14	37	1.44
109396452--109396529	30	2.6	30	87	0	120	28	14	25	32	1.94
109401664--109401792	27	4.8	27	83	9	156	37	17	11	32	1.86
109401664--109401792	54	2.4	54	84	6	172	37	17	11	32	1.86
109414300--109414425	27	4.8	26	75	9	103	38	20	10	30	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425