genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.44.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11648192--11648232	2	19.5	2	85	9	55	46	7	0	46	1.30
11662588--11662654	20	3.2	20	72	4	53	46	17	25	10	1.80
11665107--11665154	23	2.1	22	85	11	62	41	8	6	43	1.60
11665360--11665394	17	2.1	17	94	0	61	34	17	11	37	1.85
11668035--11668087	18	3.0	17	77	5	52	37	3	0	58	1.16
11677364--11677418	19	2.8	21	78	10	62	56	0	0	43	0.99
11677364--11677419	20	2.9	19	81	2	67	55	0	0	44	0.99
11683212--11683398	26	7.2	26	96	0	304	36	24	5	33	1.78
11689072--11689258	26	7.2	26	93	3	306	37	24	4	33	1.76
11690733--11690790	21	2.8	21	84	7	73	17	6	32	43	1.75
11693216--11693293	39	2.0	39	94	0	138	24	10	15	50	1.75
11693221--11693284	20	3.2	20	65	20	53	21	9	15	53	1.70
11694784--11694898	58	2.0	59	96	1	214	35	6	14	42	1.73
11695229--11695763	209	2.6	210	90	5	817	34	7	4	54	1.48
11695229--11695763	106	5.2	106	90	4	821	34	7	4	54	1.48
11695907--11696112	18	11.0	18	69	10	101	45	15	4	35	1.66
11695907--11696149	9	26.3	9	66	19	74	45	15	3	34	1.64
11695869--11696128	74	3.5	74	86	5	351	46	14	3	35	1.63
11697864--11697889	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
11701614--11701653	21	1.9	21	89	0	62	30	20	47	2	1.63
11702053--11702173	42	2.9	42	85	6	172	26	24	19	29	1.98
11702783--11702826	7	6.1	7	81	5	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11704457--11705030	45	13.0	45	68	15	232	27	26	14	31	1.95
11704457--11704951	90	5.6	90	84	4	607	27	26	14	31	1.95
11716955--11717005	7	7.1	7	78	10	50	68	0	0	31	0.90
11716955--11717005	15	3.5	15	81	5	61	68	0	0	31	0.90
11717014--11717099	12	7.0	12	76	18	61	63	0	2	33	1.07
11717016--11717099	13	6.6	13	73	15	61	64	0	2	33	1.07
11717014--11717097	23	3.5	23	74	11	71	64	0	2	33	1.07
11717014--11717093	25	3.0	25	77	17	63	65	0	2	32	1.06
11717058--11717097	14	2.8	14	85	14	55	67	0	2	30	1.04
11717128--11717181	29	1.9	29	85	7	76	68	0	1	29	1.00
11717134--11717203	31	2.2	32	85	10	90	61	0	5	32	1.20
11718430--11718468	6	6.5	6	93	0	69	0	0	12	87	0.55
11718430--11718473	12	3.7	11	88	8	52	2	0	11	86	0.66
11721634--11721684	15	3.5	15	81	5	52	62	0	5	31	1.19
11724967--11725006	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
11733919--11734308	128	3.1	126	81	8	407	38	19	16	26	1.92
11736413--11737509	178	6.2	177	85	2	1387	29	20	19	30	1.97
11736817--11736908	45	2.0	46	83	6	116	28	18	18	34	1.95
11736405--11737508	357	3.1	356	88	1	1520	29	20	19	30	1.97
11737344--11737440	45	2.2	44	83	7	115	26	22	19	30	1.98
11737622--11737748	64	2.0	64	87	6	186	36	14	18	31	1.90
11742254--11742361	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11749651--11749758	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
11754097--11754200	27	3.9	28	70	26	82	25	23	22	29	1.99
11754230--11754269	21	1.9	21	85	10	55	27	27	17	27	1.98
11762659--11763022	128	2.8	126	84	5	412	39	20	15	24	1.92
11771584--11771638	28	2.0	28	96	0	101	56	12	7	23	1.61
11773198--11773232	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
11773284--11773333	21	2.3	22	83	13	68	46	2	2	50	1.24
11785922--11786020	49	2.0	49	98	0	189	39	18	3	39	1.66
11787435--11787470	16	2.2	16	100	0	72	33	11	5	50	1.61
11790439--11790470	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
11790670--11790913	50	4.9	50	78	6	251	28	25	18	28	1.98
11796917--11796970	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
11798998--11799050	27	2.0	27	88	3	81	56	3	18	20	1.57
11801711--11801804	26	3.8	25	80	7	86	34	23	24	18	1.96
11801757--11801812	26	2.2	25	93	3	94	41	21	21	16	1.90
11802444--11802482	18	2.1	18	85	4	51	38	17	2	41	1.64
11805536--11805599	32	2.0	32	93	0	110	54	12	9	23	1.66
11808788--11808951	71	2.3	71	98	0	319	18	28	17	34	1.94
11808788--11808985	71	2.8	70	90	3	213	20	28	16	33	1.95
11813272--11813336	32	2.0	32	93	0	112	32	20	21	26	1.97
11815347--11815437	19	4.9	19	89	8	152	36	10	15	37	1.83
11815339--11815437	36	2.7	35	83	13	130	36	12	14	37	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11815347--11815437	35	2.5	37	91	8	150	36	10	15	37	1.83
11815700--11815734	18	2.0	18	88	5	54	31	0	0	68	0.90
11825874--11826104	78	3.0	78	88	2	347	32	17	24	25	1.97
11826128--11826317	45	4.2	45	86	4	240	32	13	28	25	1.93
11826121--11826317	89	2.2	90	85	3	272	32	13	28	25	1.94
11826670--11826741	19	3.9	19	83	10	105	38	9	13	37	1.78
11826678--11826729	17	3.0	17	83	5	77	40	11	11	36	1.78
11826720--11826764	23	2.0	23	91	4	74	37	4	17	40	1.70
11826730--11826774	23	2.0	23	86	4	65	33	4	15	46	1.66
11829616--11829746	40	3.3	40	78	2	147	25	23	27	23	2.00
11843361--11843726	49	7.7	47	74	10	248	27	18	28	24	1.98
11843406--11843673	142	1.9	140	86	4	387	27	19	29	23	1.98
11850405--11850720	49	6.7	49	73	10	208	28	19	27	24	1.99
11857431--11857590	48	3.4	46	76	10	153	28	20	26	25	1.99
11857434--11857749	49	6.7	49	71	10	181	27	19	27	24	1.99
11857479--11857746	142	1.9	140	83	4	342	27	19	27	25	1.99
11860630--11860896	48	5.7	47	76	11	210	27	17	29	25	1.98
11860624--11860946	92	3.4	93	80	8	275	26	17	29	25	1.98
11863618--11863799	39	4.6	39	84	3	222	23	31	20	24	1.98
11885589--11885704	53	2.2	53	87	6	162	18	24	36	20	1.95
11909636--11909709	25	3.0	25	82	7	96	27	21	27	24	1.99
11909637--11909724	25	3.5	23	73	17	70	28	21	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11910527--11910564	16	2.5	15	91	4	58	0	10	0	89	0.49
11910527--11910563	11	3.4	11	96	0	65	0	10	0	89	0.49
11915444--11915517	38	1.9	38	94	0	130	36	9	16	37	1.81
11916271--11916312	14	2.9	15	79	10	52	26	0	33	40	1.56
11916577--11916688	32	3.5	32	83	9	156	43	10	9	35	1.73
11922029--11922053	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
11923094--11923128	18	1.9	18	94	0	61	34	0	28	37	1.58
11928004--11928038	17	2.1	17	94	0	61	42	20	22	14	1.88
11927988--11928431	225	2.0	225	97	0	836	34	18	16	29	1.93
11928681--11928757	13	5.9	13	84	6	111	31	7	24	36	1.84
11928901--11928944	24	1.9	22	86	9	61	38	2	0	59	1.10
11928918--11928980	19	3.3	19	83	12	76	41	0	0	58	0.98
11928908--11928965	10	6.6	9	76	21	52	39	1	0	58	1.08
11929363--11929388	12	2.2	12	100	0	52	30	42	0	26	1.56
11930800--11931033	72	3.3	72	90	2	357	55	14	5	24	1.60
11931466--11931531	18	3.7	18	97	0	123	39	12	13	34	1.82
11932460--11932529	21	3.3	21	73	11	61	45	7	11	35	1.68
11937823--11937930	26	4.2	26	92	0	171	33	6	23	37	1.80
11944257--11944331	10	7.4	10	72	23	59	21	2	0	76	0.92
11944252--11944315	7	9.9	7	77	17	59	20	3	0	76	0.92
11944258--11944329	35	2.1	35	84	10	94	20	2	0	76	0.91
11944251--11944326	39	1.9	39	89	5	118	19	2	0	77	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11944251--11944325	24	3.3	23	69	27	54	20	2	0	77	0.89
11944408--11944510	42	2.5	42	87	3	138	30	32	11	26	1.92
11945205--11945435	118	2.0	118	92	0	390	22	17	31	28	1.97
11945561--11945607	1	47.0	1	82	0	58	91	0	6	2	0.49
11945539--11945578	21	1.9	21	84	0	53	77	0	0	22	0.77
11945561--11945610	14	3.8	13	84	12	66	90	0	6	4	0.57
11951904--11952060	25	6.2	26	91	2	257	33	6	24	35	1.81
11951904--11952060	51	3.1	51	97	1	289	33	6	24	35	1.81
11955838--11955888	20	2.6	20	84	3	68	54	0	1	43	1.11
11959218--11959338	37	3.2	37	79	5	118	50	11	20	17	1.77

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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