genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.276.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  276  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85162304--85162359	18	3.5	15	81	18	60	37	10	16	35	1.83
85162302--85162367	17	3.6	19	88	12	111	37	10	15	36	1.82
85162666--85162699	18	1.9	17	88	5	50	29	0	0	70	0.87
85164599--85164724	28	4.4	29	79	12	127	26	13	33	26	1.93
85164599--85164736	57	2.4	56	80	9	138	26	14	33	25	1.94
85174882--85175205	49	6.5	49	91	4	515	28	9	32	29	1.88
85174882--85175205	152	2.2	151	91	4	523	28	9	32	29	1.88
85174882--85175247	152	2.4	152	86	5	417	28	9	31	29	1.88
85175308--85175385	37	2.1	37	100	0	156	28	19	32	20	1.97
85177408--85177539	29	4.6	29	90	0	201	27	15	30	26	1.96
85177376--85177534	58	2.7	58	85	3	169	27	16	28	27	1.97
85181173--85181538	49	7.5	49	96	1	646	27	9	33	30	1.87
85181173--85181538	194	1.9	195	95	0	662	27	9	33	30	1.87
85181641--85181717	37	2.1	36	97	2	145	28	19	31	20	1.97
85184009--85184145	60	2.3	60	82	6	152	26	23	21	29	1.99
85187967--85188158	47	4.1	47	89	1	278	32	10	29	27	1.91
85188040--85188111	23	3.1	24	66	18	62	29	13	31	25	1.94
85187996--85188268	93	2.9	93	81	11	279	34	10	28	27	1.89
85188130--85188281	48	3.1	48	80	10	189	34	7	27	30	1.84
85188129--85188264	52	2.7	52	85	8	192	35	7	26	30	1.84
85188413--85188521	37	2.9	37	95	0	191	22	19	31	26	1.98
85190588--85190631	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85192335--85192408	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
85195820--85195867	19	2.5	19	83	9	62	68	2	10	18	1.28
85195820--85195867	20	2.5	20	86	6	64	68	2	10	18	1.28
85197599--85197679	23	3.5	23	87	0	126	40	18	20	19	1.91
85201841--85201891	25	2.0	25	100	0	102	39	3	15	41	1.66
85203840--85203957	40	2.9	38	80	9	128	33	19	27	20	1.97
85210712--85210749	17	2.2	17	100	0	76	47	10	21	21	1.80
85211097--85211282	26	7.2	26	75	7	90	27	13	24	33	1.94
85211111--85211282	78	2.2	78	81	4	186	28	12	24	34	1.92
85213167--85213219	24	2.2	24	89	0	79	62	11	13	13	1.55
85218852--85218965	39	2.9	39	92	0	192	24	31	24	19	1.98
85223104--85223146	17	2.6	17	81	3	52	41	20	4	32	1.73
85226128--85226284	27	5.8	27	81	11	171	33	21	24	20	1.97
85226146--85226284	54	2.6	54	91	2	226	33	23	23	19	1.97
85228494--85228563	27	2.6	27	93	2	113	30	28	14	27	1.95
85230965--85231072	26	4.2	26	92	0	180	37	24	6	32	1.81
85234216--85234290	31	2.5	31	80	8	84	34	10	12	42	1.77
85234231--85234303	31	2.4	30	79	4	83	35	9	10	43	1.73
85234597--85234658	25	2.5	24	74	10	61	56	0	4	38	1.21
85234624--85234668	18	2.4	18	85	3	54	62	0	2	35	1.08
85234753--85234813	9	6.4	9	78	10	68	62	1	1	34	1.15
85234754--85234818	20	3.3	19	75	12	69	63	3	1	32	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85235087--85235122	18	1.9	19	88	5	56	69	0	0	30	0.89
85235254--85235327	28	2.6	29	72	12	73	33	5	2	58	1.35
85235372--85235443	19	3.7	19	72	18	60	29	0	5	65	1.15
85235245--85235447	9	21.1	9	65	18	72	33	2	4	59	1.32
85235516--85235550	17	2.0	18	88	5	54	25	2	0	71	1.00
85239762--85239877	43	2.6	43	82	11	137	42	12	8	37	1.73
85243388--85243430	20	2.2	20	86	0	59	27	6	9	55	1.57
85247180--85247351	93	1.8	93	93	0	299	27	29	20	22	1.99
85247173--85247348	46	3.8	46	77	12	198	28	28	20	21	1.98
85262811--85262909	20	5.2	18	70	17	58	33	4	3	59	1.31
85262857--85262920	29	2.2	28	81	10	67	35	1	3	59	1.23
85262787--85262916	67	2.0	65	80	6	145	32	4	2	60	1.29
85262865--85262936	19	3.7	19	77	5	72	36	4	4	55	1.38
85263187--85263211	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
85263428--85263462	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
85272200--85272317	40	3.0	40	94	0	209	22	19	27	29	1.98
85280060--85280137	40	2.0	40	94	0	138	21	19	29	29	1.98
85287666--85287825	42	3.8	42	75	0	140	31	25	13	30	1.93
85290784--85290946	71	2.3	71	98	1	319	19	28	17	35	1.94
85290784--85290980	71	2.8	70	90	4	249	20	28	16	34	1.95
85308945--85309085	40	3.5	40	81	4	178	26	22	24	26	2.00
85314862--85314996	70	1.9	70	93	0	234	31	13	19	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85315773--85315943	43	4.0	43	80	4	186	28	18	29	23	1.98
85323303--85323327	12	2.1	12	100	0	50	24	40	28	8	1.83
85324806--85324830	13	1.9	13	100	0	50	0	48	28	24	1.52
85328590--85328631	21	2.0	21	86	4	59	14	38	23	23	1.92
85337929--85338054	50	2.7	48	86	9	172	28	17	28	25	1.97
85338977--85339143	83	2.0	83	91	0	271	30	17	28	23	1.97
85345528--85345695	46	3.6	46	82	9	164	29	19	27	23	1.98
85345565--85345695	46	2.8	46	84	4	165	29	18	29	22	1.97
85345528--85345741	46	4.6	46	76	11	150	29	19	27	23	1.98
85345569--85345788	47	4.7	48	75	14	160	27	18	29	24	1.98
85353004--85353040	6	6.2	6	100	0	74	16	0	0	83	0.64
85361345--85361381	15	2.4	16	90	4	58	21	0	0	78	0.75
85362599--85363172	288	2.0	288	87	0	826	30	22	11	35	1.89
85368305--85368345	21	1.9	22	85	5	57	41	14	0	43	1.45
85369558--85369587	15	1.9	16	93	6	53	20	20	6	53	1.67
85372928--85372988	30	2.0	30	87	0	86	31	24	3	40	1.71
85378020--85378053	18	1.9	18	88	5	52	58	17	11	11	1.62
85382719--85382833	29	4.0	29	78	7	101	26	30	13	29	1.94
85384297--85384329	16	2.1	16	94	0	57	15	6	30	48	1.69
85385921--85385991	3	23.7	3	100	0	142	66	0	0	33	0.92
85385990--85386056	3	22.3	3	100	0	134	34	0	32	32	1.58
85386649--85386696	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85399311--85399382	36	2.0	36	94	0	126	25	19	12	43	1.86
85400301--85400354	20	2.9	18	77	22	58	50	5	1	42	1.36
85409657--85409727	32	2.2	32	94	0	124	43	2	14	39	1.59
85419577--85419627	25	2.0	25	100	0	102	31	23	23	21	1.98
85419757--85419818	21	3.0	21	73	0	61	16	29	17	37	1.92
85419706--85419853	42	3.5	42	79	5	147	16	24	17	41	1.90
85433095--85433164	27	2.6	27	95	2	122	30	27	14	28	1.95
85440571--85440619	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
85445784--85445887	20	5.2	20	69	13	79	46	0	2	50	1.23
85446743--85446785	17	2.5	17	81	7	52	51	0	2	46	1.13
85449256--85449385	45	2.8	47	82	8	167	33	26	15	24	1.95
85454492--85454621	49	2.7	49	84	7	156	30	20	26	23	1.98
85454400--85454571	93	1.9	92	85	3	238	26	18	29	26	1.98
85459622--85459678	30	1.9	30	96	0	105	17	31	29	21	1.96
85464887--85465014	38	3.4	37	89	4	177	27	25	13	33	1.93
85465031--85465060	11	2.7	11	100	0	60	23	36	20	20	1.95
85469474--85469574	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85477397--85477497	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85485912--85486060	80	1.9	80	81	2	183	22	30	24	22	1.99
85485953--85486060	40	2.7	38	85	8	128	21	29	25	23	1.99
85504349--85504424	6	12.3	6	69	20	50	46	14	19	19	1.84
85504349--85504424	31	2.5	31	84	4	91	46	14	19	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85504542--85504633	27	3.5	25	82	8	85	38	20	20	20	1.94
85504566--85504648	27	3.1	27	76	11	82	37	24	20	18	1.94
85505139--85505173	18	1.9	18	100	0	70	31	34	17	17	1.93
85505213--85505300	27	3.3	27	78	15	92	21	19	22	36	1.95
85505365--85505623	27	9.6	27	86	5	217	29	8	20	40	1.83
85505331--85505623	54	5.5	53	80	4	257	30	8	20	40	1.83
85505366--85505623	81	3.2	80	83	1	302	29	8	20	41	1.83
85507571--85507646	6	12.3	6	69	20	50	46	14	19	19	1.84
85507571--85507646	31	2.5	31	84	4	91	46	14	19	19	1.84
85507764--85507871	27	4.0	26	82	5	99	37	21	21	20	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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