Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  382  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117454065--117454108
17
2.6
17
85
3
63
54
29
0
15
1.42
117454236--117454270
16
2.2
16
90
10
54
57
28
0
14
1.38
117454081--117454720
154
4.1
152
88
6
864
45
20
1
33
1.60
117454367--117454424
23
2.5
24
77
11
66
55
22
1
20
1.53
117454654--117454693
15
2.7
15
84
3
55
52
32
0
15
1.43
117454660--117454717
14
4.4
14
70
26
54
51
27
0
20
1.47
117454962--117455017
22
2.5
22
76
0
67
60
10
10
17
1.57
117455537--117455616
8
8.7
9
78
18
69
65
2
0
32
1.06
117455537--117455612
40
2.0
37
87
7
107
65
2
0
31
1.06
117458764--117458823
30
2.0
30
96
0
111
58
11
3
26
1.49
117463432--117463534
51
2.0
51
98
0
197
40
23
7
28
1.82
117465508--117465560
26
2.0
26
100
0
106
52
15
3
28
1.59
117465850--117466224
48
7.8
48
79
3
184
23
27
19
29
1.98
117465850--117466178
96
3.4
93
85
5
365
23
27
19
29
1.98
117465850--117466218
144
2.6
144
82
1
427
22
27
19
30
1.98
117465943--117466178
96
2.5
94
90
4
375
23
26
19
30
1.98
117467686--117467726
11
3.7
11
80
0
55
70
0
2
26
0.99
117469090--117469309
78
2.8
78
92
2
343
47
7
12
32
1.69
117469285--117469841
138
4.0
138
89
0
844
40
8
5
44
1.59
117471154--117471221
27
2.5
27
79
13
68
23
10
1
64
1.32
117487301--117487333
13
2.5
13
95
0
57
36
21
12
30
1.90
117487464--117487505
21
2.0
20
86
13
59
64
16
7
11
1.48
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117490569--117490628
21
2.9
21
79
0
75
35
3
18
43
1.67
117501849--117501877
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
117511635--117511897
126
2.1
125
88
2
384
27
17
13
41
1.87
117512972--117513059
10
9.1
10
73
22
73
27
1
3
68
1.13
117512976--117513032
21
2.9
20
76
19
66
29
1
1
66
1.12
117512975--117513060
19
4.4
21
73
20
71
26
1
3
68
1.13
117512976--117513077
38
2.6
38
80
11
109
27
0
2
68
1.10
117524272--117524344
3
24.3
3
100
0
146
32
0
0
67
0.91
117524343--117524386
3
14.7
3
100
0
88
0
0
31
68
0.90
117528020--117528048
2
14.5
2
100
0
58
48
0
0
51
1.00
117528313--117528344
2
16.0
2
100
0
64
50
0
0
50
1.00
117538204--117538352
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
117538245--117538352
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
117546321--117546469
80
1.9
80
81
2
183
22
30
24
22
1.99
117546362--117546469
40
2.7
38
85
8
128
21
29
25
23
1.99
117556891--117556983
12
7.8
12
80
0
96
25
39
20
13
1.90
117556907--117557016
24
4.6
24
81
0
121
26
40
20
12
1.89
117556901--117557016
48
2.4
48
82
2
144
25
41
19
12
1.88
117558117--117558155
3
13.0
3
100
0
78
66
33
0
0
0.92
117559456--117559500
11
3.8
11
78
16
54
51
0
4
44
1.21
117559456--117559506
25
2.0
25
92
0
84
49
0
7
43
1.32
117563338--117563390
26
2.1
25
89
3
79
24
20
22
32
1.98
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117563363--117563485
39
3.2
39
92
0
201
20
17
26
34
1.95
117563363--117563517
39
4.0
39
88
1
186
18
16
29
35
1.93
117566478--117566556
39
2.0
39
92
0
131
34
13
11
40
1.81
117570645--117570819
46
3.8
45
76
13
176
30
29
20
20
1.97
117570654--117570826
93
1.9
93
93
0
301
30
28
19
21
1.98
117588210--117588235
12
2.2
12
100
0
52
57
0
0
42
0.98
117591945--117592104
76
2.1
77
85
1
214
36
12
26
25
1.91
117599048--117599207
76
2.1
77
90
1
250
35
12
27
24
1.91
117601461--117601524
27
2.4
26
92
2
101
40
1
4
53
1.31
117616329--117616376
21
2.2
22
81
3
53
54
20
4
20
1.61
117617386--117617487
29
3.6
29
82
1
107
28
30
16
24
1.97
117618829--117618860
16
2.0
16
93
0
55
9
6
34
50
1.60
117620052--117620077
6
4.3
6
100
0
52
46
15
19
19
1.85
117634087--117634206
63
1.9
63
84
0
159
19
25
25
29
1.98
117634843--117634882
18
2.3
17
91
4
62
72
0
25
2
0.97
117644373--117644397
13
1.9
13
100
0
50
20
40
24
16
1.91
117657999--117658050
21
2.4
22
84
12
63
71
3
3
21
1.18
117658077--117658157
4
19.5
4
75
16
51
72
1
2
23
1.03
117658080--117658156
17
4.6
16
72
18
68
72
1
2
23
1.04
117658077--117658146
21
3.5
20
72
23
58
72
1
1
24
1.00
117658077--117658158
9
9.2
9
74
12
64
73
1
2
23
1.03
117663282--117663538
68
3.9
64
75
16
224
30
16
28
24
1.96
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117667756--117667927
67
2.6
66
81
7
170
31
16
29
22
1.96
117667780--117667963
67
2.8
64
78
8
203
28
16
30
23
1.96
117672917--117673000
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
117678646--117678729
26
3.2
26
96
0
150
36
25
4
33
1.77
117680024--117680103
15
5.4
15
75
7
74
10
18
12
58
1.61
117682487--117682705
46
4.7
47
76
16
199
23
19
28
28
1.98
117682487--117682710
93
2.4
93
93
0
376
23
19
28
29
1.98
117692729--117692769
21
2.0
21
90
0
64
19
29
21
29
1.98
117696448--117696474
6
4.5
6
100
0
54
48
14
18
18
1.82
117699472--117699593
64
1.9
62
82
12
151
36
2
4
56
1.34
117700628--117700684
21
2.6
22
83
8
71
0
42
0
57
0.98
117701139--117701232
3
31.0
3
91
6
154
32
0
0
67
0.91
117716938--117716968
2
15.5
2
100
0
62
51
0
0
48
1.00
117718638--117718680
22
2.0
22
81
9
52
58
0
2
39
1.11
117730683--117730707
13
1.9
13
100
0
50
32
0
0
68
0.90
117731031--117731074
12
3.7
12
84
0
52
43
0
2
54
1.12
117731575--117731600
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
117737688--117737721
1
34.0
1
87
0
50
94
0
5
0
0.32
117746701--117746725
1
25.0
1
100
0
50
100
0
0
0
0.00
117748653--117748682
4
7.5
4
100
0
60
76
0
0
23
0.78
117752236--117752298
23
2.6
24
73
16
67
49
4
1
44
1.33
117756176--117756240
12
5.5
12
73
8
53
4
20
3
72
1.16
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117756168--117756218
25
2.1
24
85
3
66
3
21
0
74
0.98
117758180--117758212
15
2.1
16
88
5
50
45
0
9
45
1.35
117758553--117758595
2
21.5
2
100
0
86
48
0
0
51
1.00
117758587--117758625
20
2.0
21
90
10
64
48
0
2
48
1.15
117759048--117759094
24
1.9
25
82
4
60
29
12
6
51
1.65
117759097--117759143
18
2.4
20
82
10
53
63
0
4
31
1.13
117761508--117761586
25
3.3
25
63
13
67
37
12
18
30
1.89
117761493--117761585
46
2.0
46
95
0
168
36
13
18
31
1.90
117763665--117763694
2
15.0
2
100
0
60
50
0
0
50
1.00
117764945--117764985
21
2.0
21
86
13
59
58
2
7
31
1.38
117766284--117766309
2
13.0
2
100
0
52
50
0
0
50
1.00
117767087--117767124
20
1.9
20
100
0
76
26
2
28
42
1.69
117772479--117772556
40
2.0
40
89
0
120
43
7
3
44
1.51
117773026--117773157
65
2.0
65
91
0
210
47
9
9
32
1.70
117773658--117773693
17
2.1
17
100
0
72
5
27
16
50
1.68
117774073--117774140
30
2.3
30
82
10
77
48
4
17
29
1.67
117778218--117778410
39
4.9
39
85
1
226
23
19
32
24
1.98
117779824--117780054
46
5.0
46
93
1
329
41
14
23
20
1.90
117782795--117782867
25
3.0
24
80
9
78
32
16
28
21
1.95
117782881--117782950
26
2.7
26
73
8
70
34
22
27
15
1.95
117789394--117789503
26
4.2
26
89
0
157
35
5
23
35
1.78
117793066--117793104
16
2.4
16
87
8
53
61
2
0
35
1.10
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
117796734--117796764
2
15.5
2
100
0
62
48
0
0
51
1.00
117805392--117805439
18
2.5
20
86
10
64
60
2
6
31
1.33
117806970--117807021
26
2.0
26
81
7
61
32
42
9
15
1.79
117817945--117818101
43
3.6
42
77
12
158
22
19
28
29
1.98
117819722--117819803
26
3.2
26
96
0
155
30
6
26
36
1.81
117827334--117827399
20
3.4
20
71
12
57
33
3
0
63
1.10
117827362--117827423
27
2.3
28
75
8
65
29
3
1
66
1.17
117830506--117830677
93
1.8
93
96
0
317
27
30
22
20
1.98
117830498--117830673
46
3.8
46
81
10
232
28
29
21
20
1.98
117838308--117838364
27
2.0
29
86
6
82
50
3
1
43
1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425