genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.275.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  275  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84792973--84793139	35	4.6	35	84	9	167	32	11	23	32	1.90
84793069--84793139	36	2.0	35	88	2	106	33	14	21	30	1.92
84794562--84794652	37	2.4	37	92	1	155	24	32	18	24	1.97
84794748--84795011	49	5.4	49	95	0	438	28	33	9	28	1.88
84794857--84794941	27	3.3	27	65	15	81	30	34	4	30	1.78
84803760--84803910	40	3.8	40	77	13	141	25	24	27	22	2.00
84807066--84807113	25	1.9	25	86	0	69	33	25	16	25	1.96
84807157--84807215	20	3.0	20	97	0	109	37	10	20	32	1.86
84807161--84807215	11	5.4	11	70	16	55	38	10	20	30	1.87
84807266--84807407	24	6.0	24	90	4	200	28	21	22	26	1.99
84807266--84807407	47	3.0	47	89	6	198	28	21	22	26	1.99
84807599--84807662	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
84815170--84815217	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
84815324--84815465	24	6.0	24	88	5	191	29	21	21	26	1.99
84815324--84815465	46	3.0	46	88	5	185	29	21	21	26	1.99
84815324--84815466	70	2.0	72	86	5	202	30	21	21	26	1.99
84815657--84815720	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
84818678--84818843	85	1.9	86	80	8	196	22	15	26	35	1.94
84824168--84824243	28	2.7	29	88	6	104	35	14	22	27	1.93
84827273--84827318	21	2.1	22	96	4	85	26	26	34	13	1.92
84829654--84829747	29	3.2	29	81	0	98	22	36	17	24	1.95
84829683--84829755	29	2.5	29	81	0	92	20	32	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84836312--84836352	21	2.0	21	85	0	55	63	7	2	26	1.33
84844397--84844609	42	5.0	41	72	8	165	26	14	25	33	1.94
84851416--84851445	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
84854726--84854777	25	2.1	25	100	0	104	15	3	32	48	1.63
84860718--84860888	39	4.3	39	87	5	211	26	29	19	24	1.99
84865495--84865607	27	4.2	27	82	2	129	40	23	17	17	1.91
84865495--84865664	54	3.2	53	82	3	171	40	20	17	21	1.91
84865508--84865663	27	5.8	27	77	10	104	40	19	17	22	1.91
84873331--84873390	29	2.1	29	96	0	111	41	18	6	33	1.76
84875850--84875947	28	3.5	29	88	5	123	31	26	14	27	1.95
84887109--84887311	44	4.7	44	74	10	161	25	17	26	31	1.97
84887126--84887286	86	1.9	86	94	0	286	27	16	24	32	1.96
84887146--84887301	42	3.7	43	75	10	167	26	17	24	31	1.97
84887124--84887311	86	2.2	86	84	7	274	25	17	26	31	1.97
84893813--84893882	27	2.5	28	95	2	124	28	14	27	30	1.95
84893813--84893894	27	3.0	27	85	8	78	29	15	24	30	1.96
84897423--84897452	15	2.1	15	93	6	53	30	6	26	36	1.82
84903520--84903703	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
84903560--84903748	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
84911636--84911819	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
84911676--84911864	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
84918795--84918834	2	20.0	2	94	0	71	47	2	0	50	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84921394--84921631	99	2.4	97	80	8	255	36	19	16	27	1.93
84921477--84921694	99	2.2	99	80	3	233	33	19	19	27	1.96
84925172--84925293	43	2.9	42	80	2	145	30	16	23	29	1.96
84929148--84929178	14	2.2	14	100	0	62	35	0	19	45	1.51
84929389--84929421	17	1.9	17	93	0	57	24	15	24	36	1.93
84929780--84929903	47	2.7	46	81	10	153	28	18	29	23	1.98
84929780--84929929	48	3.2	47	75	12	146	30	18	28	23	1.97
84929959--84930131	49	3.6	48	70	8	127	28	19	27	24	1.99
84941202--84941248	15	3.2	15	82	11	53	59	12	2	25	1.45
84953826--84953904	28	2.8	28	78	0	95	35	12	24	27	1.92
84954312--84954354	21	2.0	22	86	4	61	39	4	20	34	1.74
84957925--84957958	13	2.6	13	90	0	50	47	2	0	50	1.16
84969175--84969267	27	3.4	27	82	2	87	45	11	20	22	1.84
84969197--84969271	28	2.6	28	85	6	89	50	12	18	18	1.77
84972420--84972643	40	5.6	40	85	3	270	25	23	25	25	2.00
84972424--84972643	83	2.7	79	85	6	273	25	24	25	25	2.00
84975896--84975935	15	2.7	15	100	0	80	45	17	15	22	1.85
84977659--84977703	23	2.0	23	81	0	54	40	6	11	42	1.67
84992823--84992866	21	2.1	21	100	0	88	40	20	4	34	1.73
84994139--84994196	28	2.1	28	100	0	116	37	24	13	24	1.91
85001462--85001567	53	2.0	53	100	0	212	39	24	5	30	1.78
85002500--85002676	49	3.6	49	73	15	143	30	20	24	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85003364--85003432	30	2.3	30	94	0	120	23	20	36	20	1.95
85006430--85006476	15	3.1	15	100	0	94	42	12	25	19	1.86
85008115--85008164	25	2.0	25	100	0	100	24	28	16	32	1.96
85008693--85008738	23	2.0	23	95	0	83	39	2	13	45	1.55
85014458--85014633	46	3.8	46	72	10	151	30	26	20	22	1.98
85019557--85019606	23	2.2	23	89	3	75	40	2	10	48	1.48
85020910--85020946	12	3.1	12	92	7	58	32	0	16	51	1.45
85023314--85023379	22	3.0	22	95	4	125	45	4	9	40	1.56
85024417--85024468	27	1.9	27	100	0	104	21	11	23	44	1.84
85028263--85028447	40	4.6	39	85	4	217	28	22	25	23	2.00
85028262--85028468	80	2.6	80	83	4	247	26	22	26	25	2.00
85028261--85028468	40	5.2	39	83	5	211	26	22	25	25	2.00
85036245--85036450	80	2.6	80	83	5	238	26	21	26	25	2.00
85036244--85036450	40	5.2	39	83	4	209	27	21	26	25	2.00
85043319--85043419	28	3.5	28	86	6	114	29	13	26	29	1.94
85050230--85050397	40	4.2	40	80	3	196	25	22	27	25	2.00
85062996--85063170	42	4.2	42	78	4	156	34	26	12	27	1.92
85065175--85065342	40	4.2	40	82	3	178	25	26	22	26	2.00
85068191--85068249	20	2.9	18	76	18	55	42	8	1	47	1.44
85086260--85086285	6	4.3	6	100	0	52	34	0	0	65	0.93
85089216--85089345	44	2.9	44	82	1	107	21	19	27	31	1.97
85089247--85089382	44	3.1	44	86	1	191	21	19	27	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85093053--85093098	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
85093570--85093648	33	2.4	33	85	8	115	27	26	15	30	1.96
85093591--85093780	105	1.8	101	87	6	283	26	25	15	32	1.96
85096518--85096654	56	2.5	53	89	4	211	23	17	27	31	1.97
85099249--85099331	29	2.9	29	94	0	139	27	14	31	26	1.95
85102670--85102836	40	4.2	40	85	2	210	25	22	26	25	2.00
85102671--85102848	80	2.2	81	86	2	252	25	22	26	25	2.00
85109886--85110064	40	4.4	40	82	0	196	26	22	25	25	2.00
85109886--85110060	80	2.2	81	85	1	235	25	22	25	26	2.00
85109920--85110104	80	2.3	80	81	2	194	28	22	23	25	1.99
85113169--85113385	40	5.5	41	88	2	286	24	22	26	25	2.00
85114738--85114797	29	2.1	29	96	0	111	26	25	16	31	1.96
85117690--85117820	29	4.6	29	84	1	147	25	16	32	25	1.96
85117690--85117782	29	3.2	29	92	3	152	30	16	27	25	1.96
85124878--85124909	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
85125365--85125496	29	4.6	29	84	0	147	26	15	32	25	1.96
85133635--85133700	33	2.0	33	94	5	116	39	25	10	24	1.87
85138407--85138452	24	1.9	24	95	0	83	23	26	13	36	1.91
85139899--85139928	16	1.9	15	93	6	51	26	30	10	33	1.89
85147272--85147381	19	5.9	19	93	6	199	37	10	15	36	1.83
85147272--85147388	54	2.1	56	90	9	197	37	10	16	35	1.82
85147272--85147404	19	6.8	22	89	8	113	36	10	15	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85147672--85147706	18	2.0	17	88	5	52	31	0	0	68	0.90
85153958--85154055	28	3.5	27	86	6	117	30	26	15	27	1.96
85160984--85161286	78	3.8	78	84	4	362	32	18	24	25	1.97
85160984--85161278	156	1.9	157	84	7	402	32	18	24	25	1.97
85161368--85161739	78	4.8	78	88	2	525	32	18	23	25	1.97
85160984--85161828	447	1.9	446	86	5	1197	32	17	23	26	1.97
85161680--85161947	45	5.9	45	71	11	181	30	15	25	28	1.96
85161773--85161939	89	1.9	89	86	2	237	29	13	27	29	1.94
85161754--85161947	45	4.3	44	78	6	185	32	13	25	28	1.94
85162294--85162371	17	4.4	18	81	15	67	37	12	12	37	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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