genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.116.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  116  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34519672--34519774	29	3.6	29	89	0	152	23	33	16	27	1.96
34519643--34519773	58	2.3	57	80	5	138	23	35	16	24	1.94
34522776--34522941	24	7.0	24	91	4	248	28	22	22	26	1.99
34522776--34522941	47	3.5	46	90	7	244	28	22	22	26	1.99
34522776--34522942	71	2.3	71	90	3	255	28	22	22	26	1.99
34523133--34523196	31	2.1	31	96	0	119	39	15	21	23	1.92
34524999--34525256	40	6.5	40	89	4	337	21	22	29	25	1.99
34524999--34525256	120	2.2	120	88	3	378	21	22	29	25	1.99
34532560--34532717	43	3.7	42	82	9	169	31	25	18	24	1.97
34534887--34534944	30	1.9	31	86	10	84	51	6	3	37	1.46
34543365--34543408	22	2.0	22	100	0	88	50	13	18	18	1.79
34546383--34546441	12	4.9	12	77	18	61	50	3	0	45	1.18
34551250--34551284	16	2.2	16	100	0	70	22	0	31	45	1.53
34552220--34552250	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
34553182--34553244	22	2.7	22	80	9	56	23	4	4	66	1.30
34556568--34556640	29	2.5	29	100	0	146	28	15	28	27	1.96
34556731--34556757	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
34562862--34562956	25	3.8	25	94	0	163	26	23	26	24	2.00
34563162--34563355	27	7.2	27	85	1	255	27	21	17	34	1.95
34563216--34563384	80	2.1	81	80	7	184	28	18	17	34	1.94
34563340--34563519	82	2.2	81	80	6	186	30	8	22	38	1.84
34563390--34563687	27	11.0	28	79	8	296	29	9	21	38	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34563387--34563708	81	4.0	81	82	3	353	30	9	21	39	1.84
34568050--34568281	40	5.8	40	89	1	322	26	19	27	26	1.99
34572120--34572518	47	8.4	47	91	3	591	32	8	30	28	1.87
34576446--34576631	27	6.9	27	86	2	239	29	24	7	38	1.83
34576445--34576631	81	2.3	81	91	1	295	29	24	7	39	1.82
34576630--34576705	27	2.8	28	84	4	84	44	21	5	28	1.73
34576683--34576768	27	3.1	27	75	17	86	39	17	8	34	1.79
34576820--34576886	27	2.5	27	79	11	68	37	17	22	22	1.94
34577696--34577765	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
34577695--34577778	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
34577979--34578062	31	2.7	31	92	1	134	29	16	25	28	1.97
34578817--34578933	46	2.5	46	87	5	157	22	29	20	27	1.98
34582362--34582529	40	4.2	40	83	5	189	26	27	22	23	1.99
34582362--34582529	80	2.1	80	85	4	223	26	27	22	23	1.99
34588791--34588903	38	2.9	38	84	2	127	23	23	26	26	2.00
34588907--34589238	43	7.5	43	89	7	511	9	25	33	31	1.88
34589103--34589207	54	1.9	54	98	0	201	7	26	34	31	1.85
34589060--34589238	97	1.8	97	96	2	333	8	25	34	32	1.86
34589163--34589257	43	2.2	43	84	0	127	12	23	33	30	1.92
34590963--34591025	3	21.0	3	100	0	126	33	0	0	66	0.92
34592340--34592386	20	2.3	20	89	10	69	14	10	0	74	1.07
34592311--34592377	6	10.8	6	90	3	71	16	4	5	73	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34594648--34594808	42	3.8	42	86	5	191	28	27	21	22	1.99
34595815--34595839	11	2.3	11	100	0	50	40	36	8	16	1.77
34600229--34600351	46	2.6	46	80	5	140	28	18	27	25	1.98
34607431--34607619	27	7.0	26	83	4	155	40	20	9	29	1.84
34607429--34607614	54	3.4	54	79	3	205	41	20	9	29	1.83
34607431--34607641	54	3.9	54	78	4	183	40	20	9	29	1.84
34607745--34607789	20	2.2	20	84	7	56	22	4	31	42	1.73
34607879--34608002	41	3.0	41	91	0	203	18	17	32	31	1.94
34609967--34610187	93	2.4	93	80	6	241	26	17	31	25	1.97
34609967--34610180	46	4.6	48	77	12	178	26	16	31	25	1.96
34622908--34622967	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
34624813--34624996	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
34632936--34633119	40	4.6	40	82	4	174	28	22	26	23	1.99
34635095--34635146	27	2.0	27	84	3	70	30	15	25	28	1.96
34635130--34635321	27	7.1	27	81	1	206	26	20	18	34	1.96
34638167--34638231	28	2.3	28	81	5	78	21	13	33	30	1.92
34639468--34639501	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
34641088--34641130	22	2.0	22	81	9	52	39	4	23	32	1.75
34645557--34645612	11	5.5	11	71	16	57	35	12	19	32	1.89
34645546--34645612	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
34645661--34645783	47	2.6	47	88	5	185	29	20	20	30	1.97
34645661--34645790	23	5.4	24	87	4	183	29	20	21	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34645998--34646064	31	2.2	31	91	0	107	38	14	23	22	1.92
34650305--34650396	43	2.1	43	89	0	139	28	16	26	29	1.97
34650556--34650605	21	2.4	21	83	6	66	4	50	14	32	1.61
34651014--34651042	14	2.1	14	93	6	51	55	6	0	37	1.27
34656149--34656264	9	13.1	9	70	8	69	33	2	19	43	1.65
34656166--34656256	36	2.6	36	85	3	123	32	3	18	45	1.66
34656200--34656290	43	2.1	43	93	0	155	34	2	17	46	1.61
34656700--34656736	3	12.0	3	88	5	56	70	29	0	0	0.88
34659800--34659999	83	2.4	83	82	4	215	28	25	14	32	1.95
34660256--34660376	7	17.0	7	70	17	63	42	34	2	20	1.66
34660251--34660294	14	3.1	14	83	3	52	40	31	6	20	1.79
34660830--34660874	22	2.1	21	88	8	65	22	0	24	53	1.46
34660892--34661022	8	17.7	7	69	21	56	20	2	36	40	1.65
34661179--34661212	6	6.0	6	96	3	54	82	0	0	17	0.67
34663266--34663301	17	2.1	17	100	0	72	30	5	27	36	1.80
34664310--34664420	27	4.1	27	85	5	145	36	21	25	17	1.95
34665808--34665913	24	4.4	23	83	7	122	18	37	6	36	1.77
34671348--34671507	29	5.5	30	88	8	213	26	25	14	33	1.94
34671348--34671507	59	2.8	57	88	4	214	26	25	14	33	1.94
34675406--34675516	27	4.1	27	86	5	145	36	21	25	17	1.95
34676902--34677007	24	4.4	23	84	7	122	20	38	3	36	1.71
34676909--34677006	48	2.0	49	90	2	153	22	39	3	34	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34678425--34678488	32	2.0	32	90	0	101	34	28	17	20	1.95
34682289--34682329	16	2.6	16	84	3	57	24	2	9	63	1.37
34684034--34684136	37	2.8	37	89	0	152	24	32	20	23	1.98
34684277--34684509	48	4.9	48	96	0	412	31	28	5	34	1.80
34687392--34687483	27	3.4	27	78	11	107	35	21	25	17	1.95
34688872--34688977	24	4.4	23	83	7	113	20	37	3	37	1.71
34694235--34694385	41	3.8	40	84	4	178	26	22	27	23	1.99
34694235--34694385	80	1.9	81	83	4	198	26	22	27	23	1.99
34702448--34702597	40	3.8	39	81	6	158	25	22	28	24	1.99
34702448--34702625	80	2.2	79	80	7	191	26	23	26	23	2.00
34702498--34702665	40	4.2	39	77	9	126	27	23	25	23	2.00
34705152--34705322	43	4.0	42	79	7	184	23	16	28	30	1.97
34707964--34708147	27	6.8	27	92	0	296	32	22	7	38	1.81
34708142--34708302	27	6.0	27	83	1	189	37	19	18	24	1.94
34709037--34709096	27	2.3	26	85	2	75	21	23	20	35	1.96
34711645--34711799	43	3.6	43	76	9	140	34	24	15	25	1.94
34711651--34711799	42	3.5	43	77	9	144	34	23	16	26	1.95
34712722--34712778	30	1.9	29	85	3	78	42	1	36	19	1.62
34712889--34712950	29	2.1	31	90	6	101	45	0	33	20	1.52
34712996--34713028	9	3.7	9	84	15	50	33	12	12	42	1.79
34719740--34719805	23	2.9	23	88	0	96	22	21	18	37	1.94
34719938--34720009	33	2.1	34	84	2	92	26	20	25	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34722877--34722993	42	2.7	43	80	6	130	35	24	16	23	1.95
34722856--34722979	43	2.9	43	81	2	133	36	25	15	23	1.94
34725370--34725537	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
34725370--34725537	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
34733383--34733550	40	4.2	40	80	12	175	23	22	27	26	1.99
34733383--34733550	80	2.1	79	86	4	230	23	22	27	26	1.99
34735251--34735298	24	2.0	24	87	0	69	39	18	10	31	1.85
34748601--34748800	27	7.4	27	84	0	256	36	19	20	24	1.95
34750815--34750976	71	2.3	72	86	3	238	36	19	26	17	1.94
34758352--34758509	71	2.2	73	91	4	252	34	16	29	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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