Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  221  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67020069--67020448
190
2.0
190
100
0
760
28
18
16
36
1.92
67026666--67026718
22
2.4
22
83
0
70
20
0
30
49
1.50
67026671--67026705
15
2.4
14
86
9
52
22
0
31
45
1.53
67026618--67026797
7
25.3
7
73
9
69
21
1
32
45
1.59
67026671--67026824
71
2.2
71
80
4
168
19
0
37
42
1.56
67026688--67026827
7
19.7
7
71
12
63
19
0
37
42
1.56
67027700--67027739
20
2.0
20
95
0
71
27
45
0
27
1.54
67030529--67030598
31
2.3
31
92
0
113
57
21
7
14
1.61
67030529--67030614
31
2.7
31
85
3
82
60
19
5
13
1.54
67034655--67034689
18
1.9
18
88
11
54
22
28
8
40
1.84
67036484--67036662
9
19.9
9
68
16
68
33
1
18
46
1.59
67036501--67036576
36
2.1
36
90
0
116
34
2
18
44
1.64
67036534--67036617
43
2.0
43
92
0
141
34
0
19
46
1.50
67036604--67036630
13
2.1
13
100
0
54
37
0
11
51
1.37
67037111--67037157
10
5.0
9
80
15
51
51
0
8
40
1.33
67037117--67037171
26
2.1
27
83
10
69
56
0
9
34
1.31
67040043--67040161
58
2.1
58
85
4
163
35
2
38
23
1.69
67040249--67040879
114
5.6
114
83
7
625
39
23
13
24
1.90
67040677--67040880
104
2.0
104
94
0
354
42
21
10
25
1.85
67041087--67041311
109
2.1
109
99
0
441
44
8
0
46
1.40
67041393--67041497
7
14.7
7
72
15
54
41
37
0
20
1.53
67041445--67041497
22
2.4
23
82
17
69
47
33
0
18
1.49
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67041516--67041560
14
3.2
14
87
0
63
48
28
0
22
1.50
67041855--67041901
7
6.7
7
85
0
67
46
48
0
4
1.21
67041849--67041901
14
3.7
14
85
7
63
43
49
0
7
1.31
67041855--67041913
14
4.2
14
82
4
57
49
42
0
8
1.33
67041916--67041984
7
9.9
7
75
6
50
47
30
2
18
1.63
67041915--67041989
21
3.6
21
77
0
69
46
29
2
21
1.65
67042038--67042145
38
2.8
38
84
8
146
26
22
20
30
1.98
67042234--67042364
40
3.2
41
77
12
128
20
19
19
39
1.92
67043974--67044020
19
2.5
19
76
10
51
21
2
4
72
1.12
67049267--67049657
40
9.8
39
81
5
419
23
21
26
28
1.99
67049267--67049678
119
3.5
119
91
0
635
22
21
27
28
1.99
67049265--67049678
79
5.2
80
80
6
439
22
21
27
28
1.99
67049645--67049758
39
2.9
39
81
3
122
20
17
25
36
1.94
67052587--67052638
2
26.0
2
88
0
68
50
7
0
42
1.31
67052595--67052637
16
2.7
16
96
0
77
51
6
0
41
1.29
67052589--67052638
18
2.8
18
93
0
82
50
8
0
42
1.32
67054107--67054270
43
3.8
42
71
9
107
32
25
18
23
1.97
67059124--67059199
22
3.3
23
80
14
102
36
19
23
19
1.95
67059124--67059199
24
3.3
22
83
10
100
36
19
23
19
1.95
67059124--67059224
46
2.1
48
87
8
145
36
19
21
21
1.95
67059951--67059985
17
2.0
18
88
5
54
60
14
5
20
1.54
67071206--67071320
29
3.9
29
86
3
151
27
14
29
27
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67075881--67076078
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
67075947--67076064
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
67075915--67076078
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
67082981--67083178
71
2.8
70
92
3
294
33
17
28
20
1.95
67083047--67083164
41
3.1
41
60
28
98
32
17
28
21
1.96
67083015--67083178
71
2.3
71
100
0
328
35
17
28
18
1.94
67085588--67085659
37
1.9
37
97
0
135
26
30
19
23
1.98
67085810--67085906
50
1.9
50
87
4
142
28
24
8
38
1.84
67085864--67086150
47
6.1
47
91
1
407
26
29
11
33
1.91
67088935--67089213
41
7.0
41
74
14
242
35
20
19
25
1.96
67088995--67089214
74
2.8
78
83
10
281
32
21
20
25
1.97
67089070--67089250
82
2.2
81
89
2
265
34
20
18
25
1.96
67089072--67089250
41
4.4
41
81
6
186
35
20
18
25
1.95
67089370--67089399
11
2.7
11
94
0
51
20
10
0
70
1.16
67092314--67092425
27
4.1
27
82
7
129
38
22
23
16
1.93
67092314--67092425
54
2.1
54
85
6
147
38
22
23
16
1.93
67092553--67092615
32
2.0
32
100
0
126
30
19
19
31
1.96
67093874--67093944
24
3.0
24
89
0
115
26
38
0
35
1.57
67094631--67095343
356
2.0
357
95
0
1286
32
11
18
37
1.87
67095955--67095986
16
2.0
16
100
0
64
50
12
6
31
1.65
67096447--67096496
25
2.0
25
81
14
59
20
42
10
28
1.84
67097777--67097991
9
24.1
9
74
12
176
46
16
1
35
1.58
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67097769--67097844
25
3.0
25
90
3
107
46
15
0
38
1.47
67097777--67097993
18
12.6
18
75
17
194
46
16
1
35
1.57
67097788--67097958
46
3.7
46
87
3
231
47
15
1
35
1.56
67103023--67103051
14
2.1
14
93
6
51
34
0
10
55
1.34
67103473--67103524
21
2.5
21
80
0
59
32
19
46
1
1.61
67103777--67103816
22
1.9
20
85
10
53
15
10
17
57
1.64
67103749--67103822
31
2.3
33
81
9
82
14
6
18
59
1.57
67105230--67105330
31
2.9
35
81
17
129
22
22
14
39
1.91
67105253--67105347
31
3.1
31
96
0
172
23
21
15
40
1.91
67105539--67105681
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
67105539--67105680
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
67105538--67105681
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
67105732--67105791
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
67105834--67105881
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
67107121--67107466
27
12.8
27
88
3
401
40
8
22
28
1.82
67107390--67107694
27
11.3
27
85
2
242
32
8
20
37
1.84
67107544--67107711
27
6.3
26
87
2
174
31
7
19
42
1.78
67110467--67110584
31
3.5
35
89
9
135
22
23
16
37
1.94
67110490--67110584
31
3.1
31
98
0
181
23
22
15
38
1.92
67110776--67110918
24
6.0
24
91
4
209
26
22
22
28
1.99
67110776--67110917
47
3.0
48
90
5
207
26
22
22
28
1.99
67110775--67110918
71
2.0
72
89
4
220
26
22
22
29
1.99
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67110969--67111028
20
3.0
20
90
0
102
33
20
11
35
1.88
67111071--67111118
25
1.9
25
86
0
69
25
16
25
33
1.96
67112357--67112702
27
12.8
27
88
3
401
40
8
22
28
1.82
67112626--67112930
27
11.3
27
85
2
233
32
8
20
37
1.84
67112780--67112947
27
6.3
26
88
2
183
32
7
18
42
1.77
67118694--67118802
24
4.6
23
85
7
137
33
23
17
24
1.96
67118694--67118802
48
2.3
48
91
3
175
33
23
17
24
1.96
67131826--67131875
16
3.0
17
74
11
50
28
0
26
46
1.53
67135090--67135134
21
2.1
21
83
4
54
24
17
24
33
1.96
67141412--67141520
37
2.9
37
94
0
182
26
30
20
22
1.98
67141670--67142247
48
11.8
49
93
2
927
32
25
5
36
1.80
67141670--67142247
148
3.9
148
95
1
1040
32
25
5
36
1.80
67155537--67155575
20
2.0
19
85
5
51
25
28
17
28
1.98
67158351--67158381
14
2.2
14
100
0
62
12
25
35
25
1.92
67163165--67163204
21
2.0
20
85
5
53
30
2
20
47
1.63
67169370--67169467
28
3.5
28
84
4
108
29
16
24
29
1.96
67182199--67182344
72
2.0
72
98
0
283
30
13
15
39
1.87
67191826--67191882
27
2.1
27
100
0
114
38
3
3
54
1.35
67191872--67191917
21
2.2
21
84
7
58
54
4
4
36
1.40
67192565--67192639
2
37.5
2
100
0
150
49
0
0
50
1.00
67194690--67194858
26
6.8
26
68
16
90
39
21
19
19
1.93
67200641--67200681
18
2.2
18
86
4
55
21
2
4
70
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
67206054--67206080
10
2.7
10
100
0
54
25
11
18
44
1.83
67216386--67216519
46
2.9
46
77
8
157
28
28
20
23
1.99
67220295--67220330
18
2.0
18
100
0
72
33
16
0
50
1.46
67221934--67222021
46
1.9
46
95
0
158
28
30
20
20
1.98
67221858--67222089
122
1.9
122
99
0
455
28
31
18
21
1.97
67225332--67225385
28
1.9
28
100
0
108
33
9
25
31
1.88
67230123--67230168
23
1.9
25
86
8
69
43
10
2
43
1.51
67231047--67231084
17
2.1
19
85
9
53
42
2
2
52
1.29
67233010--67233284
135
2.0
135
99
0
541
25
12
27
35
1.91
67236687--67236729
8
5.4
8
80
0
50
60
0
4
34
1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425