genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.386.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425   

This is table  386  of  425  ( 50925 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118643466--118643505	21	2.0	20	90	5	62	45	22	0	32	1.53
118645975--118646013	17	2.3	16	83	12	51	41	2	0	56	1.13
118652893--118652938	2	23.0	2	91	8	76	47	0	2	50	1.13
118653036--118653074	20	2.0	20	84	0	51	28	5	0	66	1.12
118652996--118653355	173	2.1	172	92	0	594	36	11	7	44	1.69
118653664--118653705	2	21.0	2	90	9	68	50	2	0	47	1.14
118653896--118653922	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
118661685--118661712	6	4.7	6	100	0	56	0	14	0	85	0.59
118675154--118675178	13	1.9	13	100	0	50	48	4	0	48	1.20
118677807--118677869	6	10.3	6	86	3	81	14	3	3	79	0.98
118680047--118680089	17	2.5	17	88	0	68	44	0	11	44	1.40
118682025--118682064	8	4.6	8	85	14	53	40	0	0	60	0.97
118683461--118683595	26	5.2	26	97	0	227	34	5	24	36	1.78
118685077--118685129	26	2.0	26	85	7	72	35	22	15	26	1.93
118691255--118691311	15	3.9	15	88	2	89	35	0	12	52	1.39
118691683--118691750	23	3.0	23	72	8	77	19	17	23	39	1.92
118695396--118695590	39	4.9	39	89	0	264	23	21	32	23	1.98
118702574--118702736	39	4.2	39	90	0	254	22	19	33	24	1.97
118702591--118702772	39	4.6	40	86	0	154	21	21	32	23	1.98
118705874--118705913	8	4.6	8	85	14	53	40	0	0	60	0.97
118715544--118715574	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
118716578--118716628	25	2.0	25	100	0	102	43	19	9	27	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118723292--118723338	16	2.9	16	81	6	60	23	2	0	74	0.93
118723276--118723335	9	6.7	9	72	14	52	21	5	0	73	1.02
118723276--118723373	45	2.2	44	82	12	112	20	7	0	72	1.08
118723298--118723367	8	8.1	8	72	13	50	20	4	0	75	0.96
118723414--118723472	3	19.7	3	96	0	109	33	0	0	66	0.92
118724476--118724506	12	2.6	12	100	0	62	87	0	6	6	0.68
118727721--118727879	43	3.7	42	83	7	187	30	25	18	25	1.98
118729116--118729161	12	4.0	12	88	5	60	4	21	0	73	1.00
118738121--118738266	53	2.7	53	89	4	204	29	27	15	27	1.96
118742352--118742399	24	2.0	25	87	4	71	25	4	0	70	1.04
118744393--118744550	61	2.6	61	89	2	237	27	31	18	22	1.97
118756298--118756337	18	2.3	18	86	4	55	62	7	2	27	1.35
118772300--118772407	26	4.2	26	90	0	162	33	5	23	37	1.78
118779365--118779470	25	4.2	26	90	3	171	33	5	24	36	1.79
118779365--118779470	51	2.1	51	96	0	194	33	5	24	36	1.79
118795233--118795296	31	2.1	31	100	0	128	40	12	12	34	1.81
118801448--118801482	18	1.9	18	94	0	61	65	2	0	31	1.07
118808317--118808376	30	2.0	30	93	0	102	58	13	3	25	1.50
118813341--118813401	22	3.0	20	75	13	54	42	0	0	57	0.98
118813513--118813554	13	2.9	14	80	13	50	52	0	0	47	1.00
118813517--118813553	15	2.3	17	86	13	60	56	0	0	43	0.99
118815496--118815672	24	7.2	24	85	2	210	15	23	24	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118817986--118818030	22	2.1	21	83	4	54	46	4	6	42	1.50
118818347--118818565	114	1.9	113	92	0	366	27	15	25	31	1.96
118823296--118823566	87	3.1	87	67	12	246	28	23	18	29	1.97
118823073--118823790	176	4.1	176	88	2	951	27	23	17	31	1.97
118823207--118823652	89	5.1	89	63	15	226	26	23	17	31	1.97
118848857--118848904	24	2.0	24	95	0	87	12	31	4	52	1.58
118849754--118849792	18	2.2	18	85	0	51	23	5	12	58	1.54
118855084--118855392	46	6.7	46	92	1	460	41	12	24	21	1.88
118855688--118855720	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
118857488--118857553	13	5.1	13	76	7	71	33	6	22	37	1.79
118863356--118863423	18	3.8	18	74	14	68	39	16	4	39	1.68
118866147--118866203	25	2.3	24	80	11	62	38	24	19	17	1.93
118866197--118866251	24	2.3	24	93	0	74	47	20	18	14	1.83
118867624--118867783	51	3.2	50	90	1	239	29	23	15	31	1.95
118872302--118872343	14	2.9	14	82	3	57	61	0	4	33	1.17
118873123--118873150	1	28.0	1	100	0	56	0	0	0	100	0.00
118878434--118878514	40	2.0	40	97	0	153	30	27	11	30	1.91
118883598--118883665	33	2.1	33	97	0	127	47	22	5	25	1.73
118888413--118888439	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
118888539--118888576	8	4.9	8	83	6	51	36	0	7	55	1.29
118888645--118888692	3	16.0	3	87	8	71	31	0	2	66	1.03
118889012--118889069	24	2.5	22	75	10	62	39	0	6	53	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118889167--118889224	25	2.3	26	80	16	70	36	13	3	46	1.61
118889218--118889264	2	24.0	2	86	4	69	48	4	0	46	1.21
118893945--118894048	43	2.4	43	81	10	133	27	18	4	49	1.68
118893962--118894064	43	2.5	40	80	13	113	27	16	2	53	1.57
118897469--118897526	29	2.0	29	100	0	116	34	10	20	34	1.87
118906618--118906678	6	10.2	6	80	0	50	26	31	39	3	1.72
118906621--118906678	18	3.2	18	87	0	80	25	29	41	3	1.72
118906618--118906678	12	5.1	12	81	0	77	26	31	39	3	1.72
118906977--118907035	28	2.2	26	82	11	66	25	6	6	61	1.46
118908477--118908514	14	2.7	14	91	0	67	36	5	10	47	1.61
118908626--118908677	21	2.6	18	77	19	50	1	30	0	67	1.02
118908787--118908844	27	2.1	27	84	6	73	17	22	37	22	1.93
118909550--118909581	3	11.0	3	93	6	57	68	0	0	31	0.90
118910069--118910113	19	2.3	21	75	21	53	53	0	0	46	1.00
118910063--118910110	25	1.9	25	83	8	62	52	0	0	47	1.00
118910405--118910437	17	2.1	16	88	11	50	30	0	0	69	0.88
118910483--118910541	21	2.8	22	85	7	70	23	0	6	69	1.12
118910512--118910571	26	2.4	24	83	8	75	28	0	3	68	1.05
118918476--118918514	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
118918407--118918539	42	3.1	42	66	23	112	43	42	0	14	1.45
118918407--118918573	88	1.9	87	91	2	264	43	40	0	15	1.51
118920001--118920064	24	2.6	24	80	14	69	34	4	4	56	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118922712--118922746	14	2.5	14	95	0	61	34	20	5	40	1.76
118922861--118922915	24	2.3	24	90	6	85	34	9	9	47	1.67
118924029--118924055	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
118926582--118926624	23	2.0	23	86	9	63	51	6	13	27	1.67
118926653--118926682	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
118927336--118927401	28	2.3	29	89	7	100	3	9	7	80	1.00
118927328--118927399	27	2.7	26	85	10	92	4	8	6	80	1.01
118927328--118927401	29	2.7	27	87	6	96	4	8	6	81	0.99
118928227--118928878	77	8.3	73	75	14	475	34	19	17	28	1.94
118928185--118929023	235	3.5	231	75	16	749	32	20	17	29	1.95
118928268--118929023	161	4.7	160	84	6	856	33	20	17	28	1.96
118928157--118928878	396	1.8	391	82	9	931	34	18	16	29	1.94
118928882--118929025	76	1.9	76	88	4	218	26	23	20	29	1.99
118929079--118929112	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
118929109--118929422	116	2.6	117	89	4	452	37	21	14	25	1.92
118929494--118929725	72	3.2	72	82	6	279	34	21	18	24	1.96
118929549--118930148	313	1.9	315	96	1	1116	36	22	15	26	1.94
118929851--118930040	72	2.6	72	83	4	238	36	23	14	25	1.93
118934466--118934517	20	2.5	21	87	6	79	53	7	0	38	1.30
118935037--118935081	11	4.1	11	88	5	56	42	0	57	0	0.98
118935345--118935378	13	2.4	15	90	9	54	20	5	14	58	1.57
118935344--118935379	14	2.5	15	86	4	56	19	5	13	61	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118935342--118935417	33	2.4	30	81	14	91	13	6	18	61	1.52
118935342--118935417	32	2.4	31	81	16	93	13	6	18	61	1.52
118935822--118935890	35	2.0	35	97	0	129	20	13	50	15	1.77
118941092--118941127	12	3.0	12	95	0	63	41	5	25	27	1.77
118945273--118945315	23	2.0	21	86	9	59	53	6	11	27	1.63
118945344--118945373	11	2.7	11	89	0	51	60	0	0	40	0.97
118946026--118946106	30	2.6	30	86	3	117	3	7	7	81	0.97
118946028--118946112	29	2.7	30	76	21	86	3	7	7	82	0.94
118953082--118953309	113	2.0	113	100	0	456	32	19	14	33	1.92
118960840--118960921	24	3.5	24	73	18	75	64	4	2	28	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   403   404   405   406   407   408   409   410   411   412   413   414   415   416   
          417   418   419   420   421   422   423   424   425