genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  70  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19607107--19607545	48	9.1	48	94	2	745	35	6	26	31	1.82
19607692--19607799	37	2.9	37	91	2	164	25	18	30	25	1.98
19609706--19609746	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
19609869--19610003	39	3.4	38	73	8	101	28	28	20	23	1.99
19610242--19610280	18	2.1	19	90	4	62	48	10	0	41	1.37
19611585--19611621	5	7.4	5	100	0	74	59	0	0	40	0.97
19614537--19614578	21	2.0	21	90	4	66	66	7	0	26	1.17
19614789--19614830	20	2.2	19	83	12	50	76	2	2	19	1.01
19614971--19615031	28	2.4	24	75	19	61	32	1	0	65	1.02
19615580--19615615	18	2.0	18	89	10	56	50	0	2	47	1.15
19615578--19615618	18	2.4	17	81	18	50	48	0	2	48	1.14
19620503--19620548	23	2.0	23	87	8	67	21	10	6	60	1.52
19620088--19620932	437	1.9	437	99	0	1654	33	12	12	40	1.81
19628225--19628551	168	1.9	175	87	5	488	29	7	22	39	1.83
19629120--19629154	17	2.1	17	94	0	61	60	14	0	25	1.35
19630841--19630929	42	2.1	42	95	0	160	51	13	5	29	1.63
19630842--19630951	42	2.6	42	85	7	107	52	12	4	30	1.59
19630954--19630993	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19634781--19634869	42	2.1	42	95	0	160	51	11	5	31	1.60
19634782--19634891	42	2.6	42	85	7	107	51	10	5	31	1.59
19634894--19634933	19	2.2	18	95	4	71	42	15	2	40	1.60
19640524--19640567	19	2.4	18	88	7	70	45	11	2	40	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19645103--19645191	42	2.1	42	93	0	151	51	13	5	29	1.63
19645104--19645213	42	2.6	42	84	7	98	52	12	4	30	1.59
19649552--19649733	97	1.9	97	92	0	310	36	15	10	36	1.83
19650657--19650685	1	29.0	1	100	0	58	0	0	0	100	0.00
19653378--19653660	140	2.0	140	95	0	512	32	12	20	34	1.90
19656444--19656547	34	3.1	34	97	0	190	20	26	17	35	1.94
19658581--19658943	185	2.0	186	84	0	485	28	15	21	34	1.94
19660306--19660421	44	2.8	40	78	16	112	27	22	27	22	1.99
19660345--19660499	44	3.3	47	80	7	165	29	20	27	22	1.98
19663371--19663407	14	2.8	13	88	11	58	21	5	10	62	1.48
19669579--19669622	19	2.3	19	88	7	63	31	45	15	6	1.73
19683011--19683330	43	7.4	43	83	2	419	28	26	18	27	1.98
19683292--19683423	56	2.4	56	88	0	183	33	27	14	25	1.94
19689789--19689831	21	2.0	21	100	0	86	32	23	13	30	1.93
19693235--19693260	13	2.0	13	100	0	52	46	30	7	15	1.74
19698916--19698966	23	2.2	23	89	0	75	21	17	19	41	1.91
19705717--19705883	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19705717--19705883	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19706708--19706753	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
19713723--19713889	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19713723--19713889	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19714714--19714759	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19717798--19717964	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
19717798--19717964	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
19718790--19718835	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
19723997--19724064	34	2.0	34	97	0	127	42	17	19	20	1.89
19734514--19734547	8	4.2	8	88	0	50	82	2	2	11	0.89
19736438--19736498	29	2.1	29	90	0	95	26	31	16	26	1.96
19736446--19736509	29	2.2	29	94	0	110	26	26	17	29	1.97
19746998--19747151	42	3.6	42	82	5	186	31	16	23	28	1.96
19748507--19748542	13	2.8	13	95	0	63	2	30	38	27	1.71
19756693--19756793	29	3.5	28	86	6	132	29	16	24	28	1.97
19764677--19764716	18	2.2	18	90	4	62	35	12	25	27	1.92
19773952--19774026	38	2.2	30	69	30	78	26	20	29	24	1.99
19773946--19774107	39	4.2	39	92	2	254	23	20	31	24	1.98
19773946--19774137	39	4.9	39	89	1	251	23	21	31	23	1.98
19780173--19780334	39	4.2	39	92	1	254	23	20	31	24	1.98
19790328--19790370	18	2.4	18	88	3	61	20	32	32	13	1.92
19794550--19794600	23	2.2	23	86	6	68	49	21	3	25	1.67
19794558--19794603	23	2.0	23	100	0	92	43	21	8	26	1.81
19798476--19798660	40	4.7	40	91	1	255	25	27	23	23	2.00
19798476--19798657	79	2.3	80	86	0	249	25	27	23	24	2.00
19798476--19798699	40	5.6	39	81	7	195	25	27	23	23	2.00
19798476--19798700	79	2.8	78	82	6	231	25	27	23	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19809608--19809818	40	5.2	40	90	1	314	22	20	29	26	1.99
19809609--19809818	81	2.6	80	90	1	312	22	20	30	26	1.99
19817747--19817957	40	5.2	40	90	1	314	23	21	28	26	1.99
19817748--19817957	81	2.6	80	89	1	312	23	21	29	25	1.99
19825863--19826144	48	5.9	48	75	4	246	30	18	24	26	1.98
19825858--19826144	96	3.0	96	81	1	324	30	18	24	26	1.98
19827473--19827566	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
19827469--19827603	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
19827667--19827695	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
19835318--19835411	29	3.2	29	98	0	179	29	15	27	26	1.96
19835314--19835448	58	2.3	58	84	3	175	26	15	31	25	1.96
19844810--19844867	26	2.2	27	84	3	73	22	1	3	72	1.09
19847666--19847767	26	3.8	26	78	2	96	27	22	24	25	2.00
19847989--19848038	22	2.4	22	86	6	68	36	24	28	12	1.91
19848614--19848675	27	2.3	27	91	0	97	30	11	12	45	1.78
19849782--19849818	19	2.0	19	89	5	58	67	10	16	5	1.38
19851231--19851256	9	2.9	9	100	0	52	57	0	0	42	0.98
19852151--19852239	9	10.0	9	67	16	51	25	0	5	68	1.11
19852192--19852249	28	2.0	29	86	3	82	29	0	8	62	1.25
19854463--19854493	16	1.9	16	93	0	53	45	12	32	9	1.75
19859390--19859450	22	3.0	20	76	19	56	73	9	4	11	1.23
19860769--19860810	21	2.0	21	90	0	66	23	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19863005--19863031	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
19863056--19863089	17	2.0	17	88	11	52	26	8	0	64	1.22
19863099--19863139	9	4.6	9	87	9	57	36	0	0	63	0.95
19863099--19863139	17	2.3	19	91	8	68	36	0	0	63	0.95
19863471--19863511	18	2.3	18	95	0	73	31	9	0	58	1.31
19863548--19863596	22	2.3	21	85	3	62	26	2	2	69	1.10
19867326--19867491	39	4.2	39	76	6	147	28	19	22	28	1.98
19867333--19867481	79	1.9	79	87	2	219	28	20	24	26	1.99
19870672--19870774	29	3.6	28	88	5	136	28	27	16	28	1.97
19872497--19872570	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19872554--19872629	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
19872497--19872629	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
19880369--19880442	29	2.6	29	95	0	139	27	14	31	27	1.95
19880426--19880501	29	2.6	29	78	0	89	22	19	35	22	1.96
19880369--19880501	58	2.3	58	80	2	133	24	17	33	24	1.96
19885018--19885047	15	2.0	15	100	0	60	40	20	20	20	1.92
19893150--19893705	206	2.7	206	88	1	844	32	16	22	28	1.96
19895320--19895353	17	2.0	17	88	11	52	26	5	0	67	1.13
19895310--19895378	28	2.3	30	76	16	72	34	5	0	59	1.21
19895335--19895409	14	5.3	14	72	12	55	32	4	0	64	1.12
19895385--19895414	12	2.6	11	90	10	51	26	3	0	70	1.03
19895404--19895443	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19895813--19895850	19	2.1	19	90	9	62	31	0	0	68	0.90
19895818--19895868	22	2.3	22	86	0	66	29	1	0	68	1.00
19895893--19895953	21	2.8	22	79	16	65	29	4	0	65	1.13
19897947--19898010	14	4.6	14	72	18	62	0	32	1	65	1.02
19905888--19905943	22	2.6	20	76	15	58	35	1	1	60	1.17
19912160--19912226	26	2.5	26	76	9	64	41	1	2	53	1.25
19912856--19912923	29	2.3	29	82	5	84	41	38	0	20	1.53
19913375--19913470	41	2.4	40	83	10	108	37	19	20	21	1.94
19913376--19913578	39	5.2	38	72	16	114	34	20	19	26	1.96
19915315--19915388	23	3.2	23	69	13	62	29	21	2	45	1.65

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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