genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.403.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  403  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123057772--123057838	30	2.2	30	78	5	73	26	19	7	46	1.76
123059119--123059213	37	2.6	37	86	5	122	40	32	10	16	1.83
123061614--123061692	39	2.0	39	95	0	140	35	7	12	44	1.71
123061826--123061860	17	2.1	17	94	0	61	34	0	17	48	1.47
123062200--123062250	18	2.7	18	82	8	66	49	0	27	23	1.51
123062209--123062270	32	1.9	33	83	9	83	46	1	25	25	1.62
123072880--123072954	39	1.9	39	91	0	123	20	10	22	46	1.81
123075286--123075322	19	1.9	19	94	0	65	27	51	10	10	1.70
123076116--123076145	2	15.0	2	92	0	51	0	0	46	53	1.00
123079277--123079332	23	2.4	24	76	11	62	19	21	16	42	1.89
123079285--123079373	23	3.9	23	68	19	69	24	21	16	37	1.94
123081506--123081531	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
123081596--123081714	35	3.4	35	81	2	132	14	10	35	39	1.81
123097596--123097663	34	2.0	34	91	0	109	30	8	16	44	1.78
123102818--123102890	13	5.6	13	76	0	65	32	23	6	36	1.81
123102824--123102890	26	2.6	26	80	0	80	35	23	7	32	1.83
123105487--123105529	21	2.0	21	95	0	77	32	16	9	41	1.80
123108641--123108685	18	2.5	17	82	13	54	0	26	0	73	0.84
123116707--123117033	131	2.5	131	87	3	453	29	25	17	27	1.97
123132790--123133018	3	77.0	3	72	15	147	31	3	1	62	1.23
123134385--123134414	12	2.5	12	88	0	51	50	0	0	50	1.00
123139746--123139875	15	9.0	14	74	17	72	25	8	2	63	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123139746--123139875	29	4.5	28	71	23	83	25	8	2	63	1.34
123139787--123139906	44	2.8	44	80	13	108	26	9	0	63	1.30
123139822--123139867	15	2.9	15	93	6	74	26	8	0	65	1.21
123140014--123140062	25	2.0	25	83	0	62	32	4	4	59	1.35
123141913--123141953	20	2.1	20	90	4	66	48	0	26	24	1.51
123146379--123146404	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
123158835--123158868	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
123168988--123169036	25	1.9	26	83	4	64	53	0	2	44	1.12
123169068--123169117	25	1.9	25	84	8	64	54	0	4	42	1.19
123169089--123169157	30	2.4	27	80	17	70	56	0	1	42	1.08
123169117--123169171	20	2.5	21	81	16	67	58	0	0	41	0.98
123169093--123169169	27	3.0	27	80	10	81	57	0	1	41	1.07
123172532--123172593	31	2.0	31	83	0	79	40	3	11	45	1.56
123189989--123190028	11	3.6	11	79	0	53	60	0	7	32	1.25
123189981--123190053	22	3.3	22	73	3	67	64	2	9	23	1.37
123194023--123194059	17	2.1	18	85	14	51	43	0	0	56	0.99
123194068--123194101	16	2.1	16	100	0	68	55	0	0	44	0.99
123198539--123198565	11	2.5	11	100	0	54	55	0	0	44	0.99
123205183--123205248	31	2.1	31	83	5	80	40	12	15	31	1.83
123207977--123208014	19	2.1	19	90	5	60	23	10	10	55	1.65
123213636--123213750	56	2.1	56	100	0	230	36	13	17	32	1.89
123223108--123223215	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123230493--123230600	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
123233064--123233109	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
123237347--123237385	20	2.0	20	89	0	60	84	10	0	5	0.76
123237978--123238012	15	2.2	16	90	5	54	82	0	14	2	0.77
123237967--123238006	11	3.6	11	86	6	55	85	2	12	0	0.71
123239595--123240445	75	10.9	75	75	14	683	29	15	19	35	1.93
123239649--123239914	85	3.1	87	81	5	315	26	13	19	40	1.89
123239843--123240276	84	5.9	73	78	10	420	30	16	20	32	1.94
123240146--123240270	66	1.9	66	88	0	187	32	15	23	28	1.95
123239757--123240415	229	2.9	227	87	4	925	30	15	20	33	1.94
123240302--123240445	73	2.0	73	87	0	207	29	15	20	34	1.94
123240146--123240504	162	2.3	155	82	9	415	30	15	20	33	1.93
123240431--123240461	16	1.9	16	93	0	53	16	12	6	64	1.47
123241527--123241575	18	2.5	20	81	15	59	67	6	2	24	1.24
123241735--123241782	22	2.2	22	81	7	53	60	0	6	33	1.22
123243240--123243383	73	2.0	73	88	0	216	29	15	21	34	1.94
123243238--123243618	75	4.9	75	80	9	442	29	16	21	32	1.95
123243369--123243399	16	1.9	16	93	0	53	16	12	6	64	1.47
123243299--123243474	89	2.0	90	90	1	282	26	17	19	37	1.93
123243456--123244016	164	3.4	161	82	9	637	27	17	19	34	1.95
123243696--123244103	88	4.6	90	83	6	451	27	16	19	35	1.94
123243696--123244103	177	2.3	177	81	7	447	27	16	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123243975--123244188	88	2.4	87	82	5	227	28	15	20	35	1.93
123245065--123245089	10	2.5	10	100	0	50	64	0	20	16	1.30
123245211--123245251	2	20.5	2	89	0	64	48	4	0	46	1.23
123246586--123246631	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
123254186--123254212	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
123255390--123255426	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
123257476--123257530	25	2.2	25	83	0	65	38	3	5	52	1.42
123260040--123260128	3	28.7	3	81	10	99	61	2	6	29	1.33
123260065--123260156	42	2.2	42	92	0	157	56	4	11	27	1.54
123267781--123267885	52	2.0	52	100	0	210	49	17	15	18	1.80
123269665--123269716	17	3.1	17	94	0	86	51	1	7	38	1.42
123269920--123270215	91	3.1	97	85	10	430	31	9	8	49	1.66
123270982--123271051	35	2.0	35	97	0	131	41	22	12	22	1.88
123271609--123271901	91	3.1	96	86	7	436	49	8	10	31	1.67
123272104--123272155	17	3.1	17	91	0	86	38	9	1	50	1.46
123276987--123277020	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
123279977--123280317	41	8.4	40	86	4	425	34	22	23	19	1.96
123279977--123280317	123	2.8	122	87	3	479	34	22	23	19	1.96
123280474--123280567	14	6.7	14	69	18	52	25	1	27	45	1.60
123280605--123280733	7	18.1	7	69	13	59	20	0	41	37	1.58
123281353--123281417	3	21.7	3	100	0	130	67	0	0	32	0.91
123289589--123289616	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123290427--123290571	43	3.4	42	82	3	164	22	17	31	28	1.96
123292008--123292038	14	2.3	13	94	5	53	80	12	6	0	0.89
123302511--123302587	24	3.2	24	67	17	61	67	5	1	25	1.19
123306721--123306783	33	1.9	33	90	0	99	15	17	52	14	1.75
123316450--123316476	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
123318254--123318337	39	2.2	40	79	14	95	41	3	0	54	1.17
123331287--123331332	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
123339683--123339850	35	4.6	35	85	7	185	33	23	10	32	1.89
123339678--123339850	75	2.4	73	83	9	210	33	23	10	32	1.89
123345514--123345540	13	2.1	13	100	0	54	37	29	11	22	1.89
123347214--123347359	35	4.0	35	85	8	177	33	23	12	30	1.92
123349222--123349267	23	2.0	23	84	12	60	45	10	6	36	1.65
123349229--123349273	23	2.0	23	82	8	56	40	13	8	37	1.76
123360873--123360913	6	6.8	6	94	0	73	34	0	48	17	1.47
123366633--123366700	11	6.2	11	73	0	64	67	11	2	17	1.34
123366633--123366705	22	3.3	22	80	0	74	67	13	2	16	1.35
123368225--123368262	19	2.0	19	94	0	67	55	5	2	36	1.37
123368422--123368528	55	1.9	55	86	5	153	28	6	2	61	1.35
123368494--123368564	20	3.6	19	70	12	63	26	4	2	66	1.24
123368460--123368580	29	4.3	28	71	13	90	31	4	1	62	1.23
123368476--123368574	9	10.7	9	71	15	60	27	5	2	65	1.24
123371227--123371301	39	1.9	39	94	0	132	24	25	5	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123382059--123382110	21	2.3	23	75	15	56	57	0	5	36	1.23
123382075--123382116	22	2.0	22	85	4	59	61	0	4	33	1.17
123382072--123382149	32	2.4	32	81	10	79	65	0	2	32	1.06
123382107--123382148	22	2.0	22	90	4	68	69	0	0	30	0.89
123382097--123382168	32	2.2	33	83	13	89	68	0	0	31	0.90
123382103--123382149	10	4.6	10	80	12	51	70	0	0	29	0.88
123382754--123382816	29	2.2	30	77	13	69	36	4	0	58	1.19
123387327--123387382	27	2.0	28	89	3	87	33	14	3	48	1.61
123389097--123389145	20	2.5	20	86	0	62	46	12	10	30	1.74
123390091--123390118	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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