genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  89  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25662578--25662625	25	2.0	24	84	12	62	33	2	4	60	1.27
25666360--25666406	24	2.0	24	83	8	60	31	2	8	57	1.41
25669329--25669459	63	2.1	63	98	1	255	32	4	20	42	1.72
25669717--25669837	43	2.9	42	77	4	136	28	15	26	28	1.96
25670022--25670096	34	2.1	35	95	4	134	37	9	13	40	1.77
25673763--25673921	29	5.5	28	80	6	140	24	16	35	23	1.95
25681187--25681345	29	5.5	28	80	6	140	24	16	35	23	1.95
25687860--25687921	30	2.1	30	100	0	124	30	12	24	32	1.93
25690784--25690823	21	1.9	21	84	0	53	30	2	22	45	1.66
25693438--25693560	44	2.9	43	80	12	153	22	20	28	28	1.99
25695688--25695727	21	1.9	21	84	0	53	30	2	22	45	1.66
25697191--25697290	42	2.4	42	81	8	114	35	17	22	26	1.95
25698885--25698966	30	2.7	30	83	3	103	19	20	32	26	1.97
25699592--25699699	42	2.6	41	84	7	146	29	16	25	28	1.97
25701819--25701892	29	2.5	28	84	4	85	29	33	14	21	1.94
25702337--25702362	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
25709982--25710031	23	2.1	24	82	10	59	50	20	4	26	1.66
25713037--25713067	13	2.4	13	94	0	53	29	25	32	12	1.93
25721170--25721301	29	4.6	29	84	1	140	25	17	32	25	1.97
25728904--25729034	29	4.6	29	83	2	131	25	17	32	24	1.97
25728904--25728975	28	2.5	28	95	2	126	27	15	30	26	1.96
25733927--25734100	49	3.6	49	76	6	149	24	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25735821--25735856	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
25737200--25737331	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
25737200--25737331	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
25737170--25737331	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
25743563--25743598	18	1.9	19	88	5	56	63	0	25	11	1.27
25744944--25745075	29	4.5	29	97	1	237	37	14	23	24	1.92
25744944--25745075	59	2.3	58	95	1	237	37	14	23	24	1.92
25744914--25745075	88	1.8	89	90	1	263	36	14	24	25	1.93
25746712--25746863	67	2.2	68	81	10	186	32	16	29	21	1.95
25756878--25756902	13	1.9	13	100	0	50	32	24	20	24	1.98
25758591--25758730	51	2.8	49	78	5	156	29	24	20	26	1.99
25761998--25762031	17	2.1	16	88	5	50	76	14	0	8	1.01
25775631--25775748	41	3.1	41	60	28	98	32	17	28	21	1.96
25775599--25775762	71	2.3	71	100	0	328	35	17	28	18	1.94
25779679--25779738	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
25781688--25781747	29	2.0	30	83	3	77	40	5	23	31	1.76
25782923--25783117	95	2.1	94	98	1	381	37	6	24	31	1.80
25800188--25800373	81	2.3	81	97	0	345	30	9	17	42	1.81
25802848--25803029	37	4.9	37	95	0	310	25	30	19	25	1.98
25803175--25803408	47	5.0	46	82	10	137	25	30	10	33	1.90
25803239--25803627	47	8.1	47	90	4	535	26	30	12	30	1.92
25803239--25803605	198	1.9	194	93	2	626	26	30	12	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25811656--25811726	27	2.6	27	93	4	115	28	26	14	30	1.95
25819589--25819660	29	2.5	28	91	6	110	27	26	15	30	1.96
25822433--25822515	20	4.1	20	79	4	94	44	18	24	13	1.85
25822433--25822515	42	2.0	40	83	4	103	44	18	24	13	1.85
25830560--25830692	69	1.9	70	90	1	214	32	14	17	36	1.90
25831822--25832015	48	4.0	48	92	0	307	34	7	28	29	1.85
25832156--25832264	37	2.9	37	93	0	182	22	20	31	25	1.98
25841602--25841704	29	3.6	28	85	5	134	29	17	27	26	1.98
25850631--25850781	43	3.5	43	78	8	157	26	20	25	27	1.99
25850630--25850797	43	3.9	42	78	9	153	25	20	25	28	1.99
25850630--25850788	85	1.9	85	84	5	214	25	20	25	27	1.99
25855976--25856005	16	1.9	15	93	6	51	53	23	20	3	1.60
25856255--25856319	28	2.3	28	94	0	112	33	27	7	30	1.85
25856425--25856514	28	3.2	27	81	7	101	20	24	23	32	1.98
25856437--25856514	27	2.8	28	80	5	95	21	25	20	32	1.98
25864089--25864153	28	2.3	28	92	5	105	33	29	7	29	1.85
25864259--25864348	28	3.2	27	79	7	101	18	24	24	32	1.97
25864269--25864359	27	3.2	28	78	4	76	20	26	20	31	1.98
25872633--25872679	21	2.2	21	96	0	85	14	21	34	29	1.93
25883671--25883721	25	2.0	25	100	0	102	33	7	23	35	1.84
25892707--25892746	19	2.1	19	100	0	80	20	0	17	62	1.33
25894798--25894866	32	2.2	32	100	0	138	39	8	14	37	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25894899--25895044	43	3.4	42	76	8	118	25	20	25	28	1.99
25894899--25895057	85	1.9	85	80	5	187	25	20	25	27	1.99
25909352--25909389	19	2.0	19	100	0	76	26	31	5	36	1.79
25911001--25911032	16	2.0	16	93	0	55	56	21	0	21	1.43
25911390--25911446	25	2.3	25	84	0	78	24	19	26	29	1.98
25927514--25927681	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
25935528--25935695	40	4.2	40	79	3	160	23	26	23	27	2.00
25935544--25935693	80	1.9	80	83	8	198	22	26	24	27	1.99
25950720--25950981	39	6.7	39	86	2	332	30	28	21	19	1.98
25958782--25958962	39	4.6	39	92	0	281	29	29	20	19	1.98
25967547--25967714	40	4.2	40	82	1	185	24	26	22	26	2.00
25974250--25974391	35	4.0	35	82	1	167	19	14	27	39	1.90
25974572--25974596	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25977398--25977615	40	5.5	40	86	3	264	23	23	27	24	2.00
25987490--25987523	18	1.9	18	88	5	52	17	2	0	79	0.86
25996528--25996580	22	2.4	20	77	20	52	1	33	1	62	1.17
25997603--25997680	40	2.0	40	89	0	120	17	15	34	32	1.92
26012479--26012517	19	2.1	19	100	0	78	33	5	5	56	1.43
26018874--26018956	42	2.0	43	83	11	109	25	15	25	33	1.95
26020078--26020325	40	6.2	40	83	2	257	25	21	27	25	2.00
26020083--26020309	120	1.9	119	83	3	294	25	22	27	24	2.00
26027231--26027475	40	6.1	40	85	1	267	24	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26029248--26029306	28	2.1	28	96	0	109	30	0	20	49	1.49
26033204--26033243	14	3.0	14	76	23	50	70	5	5	20	1.26
26036754--26036826	27	2.6	28	93	2	121	30	13	24	31	1.94
26040873--26040920	20	2.4	20	89	0	78	12	29	35	22	1.91
26044304--26044431	65	2.0	65	96	0	238	42	17	14	25	1.87
26048417--26048544	65	2.0	65	96	0	238	43	17	14	24	1.86
26048547--26048603	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
26048852--26048877	11	2.4	11	100	0	52	15	0	0	84	0.62
26054905--26055086	40	4.6	40	90	2	287	23	22	26	28	1.99
26062098--26062146	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
26068893--26068986	40	2.3	41	89	7	140	30	17	27	24	1.97
26071161--26071273	27	4.1	27	81	10	124	35	22	24	17	1.95
26071161--26071273	55	2.1	54	85	5	147	35	22	24	17	1.95
26075958--26076026	34	2.0	35	83	11	88	56	1	36	5	1.32
26078525--26078631	39	2.7	39	94	2	180	24	20	30	24	1.98
26085772--26085884	27	4.1	27	81	10	124	35	22	24	17	1.95
26085772--26085884	55	2.1	54	85	5	147	35	22	24	17	1.95
26087116--26087184	34	2.0	35	83	11	88	56	1	36	5	1.32
26089430--26089478	25	2.0	25	83	0	62	36	6	14	42	1.70
26099463--26099512	26	1.9	26	84	15	68	30	22	0	48	1.51
26099843--26099965	42	3.0	42	93	1	212	32	23	26	17	1.96
26099843--26100010	21	7.9	21	84	4	176	33	22	24	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26101399--26101437	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
26101450--26101477	12	2.3	12	100	0	56	60	0	0	39	0.97
26105318--26105428	42	2.6	42	80	2	116	29	17	23	29	1.97
26109638--26109692	21	2.6	21	82	0	74	20	29	32	18	1.96
26111902--26112115	54	4.0	54	76	3	189	21	23	16	37	1.93
26111961--26112117	55	2.9	56	81	4	180	22	24	17	35	1.95
26112311--26112397	44	2.0	44	81	4	104	24	25	14	35	1.94
26113311--26113355	20	2.2	20	96	0	81	53	11	22	13	1.71
26119611--26119713	29	3.6	29	78	2	109	23	15	32	29	1.95
26121795--26122002	53	3.9	54	80	4	213	21	25	17	36	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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