genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.272.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  272  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83667441--83667489	25	2.0	23	81	14	55	18	22	22	36	1.95
83668669--83668825	73	2.2	73	84	0	197	22	28	24	24	1.99
83668685--83668848	73	2.2	73	79	2	177	21	25	26	26	2.00
83669001--83669039	20	2.0	20	100	0	78	41	7	15	35	1.76
83675030--83675159	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
83683081--83683210	40	3.2	40	82	4	165	23	24	28	23	2.00
83684753--83684871	46	2.6	46	94	0	211	24	31	10	34	1.88
83684845--83685270	47	9.1	47	92	0	656	25	28	11	34	1.91
83684935--83685010	22	3.3	22	67	22	66	23	28	13	34	1.92
83685123--83685197	22	3.3	22	66	23	64	25	29	13	32	1.93
83685098--83685222	23	5.2	25	61	30	67	28	28	11	32	1.91
83689736--83689907	46	3.7	46	76	16	183	23	19	27	29	1.98
83689728--83689900	93	1.9	93	91	0	283	23	20	27	27	1.99
83692877--83692945	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
83692868--83692955	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
83694628--83694737	39	2.8	39	90	1	157	25	20	30	23	1.99
83702042--83702185	39	3.6	39	83	0	162	24	23	29	22	1.99
83704722--83704746	9	2.8	9	100	0	50	52	0	12	36	1.39
83705409--83705584	46	3.8	46	77	8	196	22	21	27	28	1.99
83705405--83705576	93	1.8	93	92	2	292	22	21	28	27	1.99
83709355--83709381	11	2.5	11	100	0	54	62	22	7	7	1.46
83710342--83710380	11	3.5	11	86	6	60	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83710343--83710378	12	3.1	12	88	4	56	36	0	0	63	0.94
83710444--83710618	94	1.9	92	84	4	235	28	19	19	33	1.96
83711318--83711353	14	2.5	14	95	4	63	22	0	5	72	1.05
83721289--83721313	10	2.5	10	100	0	50	52	0	20	28	1.47
83726510--83726601	45	2.0	45	97	0	175	23	17	22	35	1.95
83731734--83731808	34	2.2	35	88	6	111	28	21	21	29	1.98
83735877--83736049	94	1.8	94	82	2	222	30	19	26	23	1.98
83736070--83736194	49	2.5	49	87	3	171	25	21	30	22	1.99
83737371--83737412	21	2.0	20	86	13	59	14	35	21	28	1.92
83740475--83740511	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
83744969--83745059	44	2.1	44	100	0	182	32	15	21	29	1.94
83748196--83748370	40	4.4	40	94	3	286	24	23	28	24	2.00
83748196--83748370	79	2.2	79	91	5	284	24	23	28	24	2.00
83752785--83752933	40	3.8	38	79	9	156	28	26	21	22	1.99
83752820--83753027	40	5.2	40	82	0	227	25	25	22	25	2.00
83752992--83753330	123	2.7	123	93	2	547	33	25	10	29	1.90
83760917--83761040	39	3.2	39	82	5	144	25	25	21	27	2.00
83764034--83764177	36	3.8	37	80	6	157	25	27	20	25	1.99
83764034--83764180	72	2.0	77	84	8	196	25	27	20	25	1.99
83764992--83765037	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
83772013--83772179	40	4.2	40	82	2	185	25	27	21	25	1.99
83772013--83772179	80	2.1	79	83	7	205	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83773000--83773045	17	2.5	19	74	22	53	34	23	17	23	1.96
83793327--83793351	9	2.8	9	100	0	50	56	0	0	44	0.99
83796042--83796210	40	4.2	40	83	2	187	24	27	22	26	2.00
83815813--83815842	14	2.1	15	93	6	53	63	13	10	13	1.52
83821104--83821141	18	2.1	19	90	9	62	28	5	26	39	1.78
83825188--83825215	14	2.0	14	100	0	56	28	14	21	35	1.92
83825710--83825866	77	2.0	77	90	0	242	27	12	22	38	1.89
83850737--83850903	39	4.3	39	91	0	271	22	27	19	30	1.98
83852715--83852900	40	4.7	40	86	5	234	25	20	26	27	1.99
83861379--83861422	15	2.9	15	89	0	70	56	13	13	15	1.67
83867000--83867026	8	3.4	8	100	0	54	51	11	0	37	1.37
83875838--83875941	42	2.4	43	90	3	174	32	27	16	23	1.96
83887194--83887323	39	3.4	38	88	7	201	23	18	33	23	1.97
83895243--83895436	39	4.9	39	89	5	293	22	18	32	26	1.97
83897292--83897498	40	5.2	40	77	8	136	24	27	23	24	2.00
83897311--83897496	40	4.7	39	77	9	153	24	27	23	23	2.00
83905345--83905529	40	4.6	40	75	11	137	26	28	22	22	1.99
83907420--83907627	40	5.2	40	84	0	218	25	22	25	25	2.00
83907421--83907627	80	2.6	80	83	4	247	25	22	26	25	2.00
83914368--83914564	39	5.0	39	86	0	241	25	19	31	23	1.98
83920906--83921057	39	3.9	39	88	0	214	24	18	32	24	1.97
83920906--83921089	78	2.3	79	85	1	235	24	19	32	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83930917--83931020	29	3.6	29	86	3	138	29	16	26	26	1.97
83938955--83939058	29	3.6	29	86	3	138	29	16	26	26	1.97
83952053--83952163	29	3.9	29	80	10	120	26	30	17	26	1.97
83952053--83952163	58	1.9	57	83	1	141	26	30	17	26	1.97
83952234--83952267	18	1.9	18	88	5	52	20	38	23	17	1.93
83953516--83953557	8	5.2	8	97	0	75	11	0	30	57	1.35
83961834--83961959	46	2.7	46	90	0	189	20	21	26	30	1.98
83963829--83963880	20	2.7	20	90	3	79	7	23	23	46	1.78
83977800--83977851	20	2.6	20	93	0	95	28	30	26	13	1.94
83983502--83983556	28	2.0	28	96	0	101	20	41	20	18	1.90
83987042--83987081	21	1.9	21	85	10	55	47	15	17	20	1.83
83993684--83993859	68	2.6	69	75	12	168	34	15	28	21	1.94
84015513--84015603	28	3.3	27	79	7	85	38	19	23	18	1.93
84016556--84016611	18	2.9	18	80	12	67	69	0	26	3	1.04
84018156--84018292	49	2.8	49	82	2	166	29	20	22	27	1.98
84020616--84020647	3	10.7	3	93	0	55	71	0	0	28	0.86
84033935--84034007	27	2.7	27	80	4	76	39	21	9	28	1.85
84034003--84034133	27	4.9	27	79	7	140	27	25	8	38	1.85
84034003--84034133	54	2.4	55	80	11	162	27	25	8	38	1.85
84034111--84034250	27	5.2	27	83	5	158	39	22	7	30	1.82
84034111--84034250	54	2.6	54	85	4	192	39	22	7	30	1.82
84034386--84034450	27	2.4	27	84	5	87	35	20	24	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84035611--84035658	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
84035697--84035753	9	5.9	9	73	15	51	33	8	22	35	1.85
84035695--84035765	20	3.5	20	90	0	106	33	11	22	32	1.90
84035811--84035957	24	6.2	24	86	3	199	30	23	21	25	1.99
84035811--84035957	47	3.1	47	88	1	213	30	23	21	25	1.99
84037081--84037230	49	2.9	51	82	8	171	36	17	25	21	1.95
84037419--84037449	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
84041086--84041116	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
84041309--84041563	55	4.8	54	79	7	247	22	25	16	35	1.94
84041354--84041556	108	1.9	110	86	4	295	24	25	17	33	1.96
84047609--84047753	49	2.8	49	80	8	148	37	18	23	20	1.94
84047946--84047976	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
84059056--84059187	29	4.6	29	92	0	210	25	31	15	27	1.95
84059027--84059187	58	2.8	58	86	0	178	25	32	15	26	1.95
84059027--84059187	87	1.9	87	83	0	214	25	32	15	26	1.95
84066840--84066942	29	3.6	29	89	0	152	25	32	15	27	1.96
84066811--84066942	58	2.3	58	81	0	156	25	33	15	25	1.95
84073522--84073681	43	3.7	43	81	8	200	23	19	26	30	1.98
84078220--84078263	23	2.0	22	86	8	63	40	9	0	50	1.34
84084911--84085061	40	3.8	39	78	8	162	24	27	23	25	2.00
84084915--84085061	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
84092910--84093038	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84092945--84093091	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
84092926--84093091	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00
84095300--84095470	93	1.8	93	92	2	290	29	27	21	21	1.99
84095295--84095467	46	3.7	46	75	14	185	30	26	21	21	1.99
84097868--84097923	15	3.7	15	86	9	87	60	10	16	12	1.58
84100848--84101016	46	3.7	46	71	19	156	29	27	20	22	1.99
84100853--84101020	90	1.8	91	88	6	259	29	27	20	22	1.98
84105887--84106015	40	3.3	39	82	7	111	23	26	25	24	2.00
84105922--84106068	78	1.9	80	85	5	210	24	27	23	24	2.00
84105903--84106068	40	4.2	37	77	9	125	24	27	24	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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