genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.366.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  366  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112758337--112758379	22	2.0	22	86	9	61	32	9	2	55	1.44
112769889--112770020	67	1.9	67	89	3	201	46	6	14	32	1.71
112776979--112777269	4	67.2	4	69	20	119	24	2	19	53	1.57
112777013--112777269	9	28.9	9	72	18	127	24	2	19	52	1.59
112776980--112777105	57	2.2	57	83	6	150	24	1	19	54	1.52
112776983--112777269	44	6.9	42	72	21	168	24	2	19	53	1.57
112776983--112777169	86	2.2	86	82	13	224	24	2	18	55	1.53
112777613--112777673	25	2.3	27	86	10	83	29	0	0	70	0.88
112781014--112781048	16	2.1	18	89	10	56	62	0	5	31	1.18
112781268--112781380	33	3.5	31	78	7	109	24	12	47	15	1.79
112783679--112783797	60	2.0	60	91	0	193	52	11	0	35	1.38
112783962--112784022	25	2.6	24	76	7	63	0	32	0	67	0.91
112783959--112784020	11	5.2	12	77	14	58	0	29	0	70	0.87
112790012--112790170	27	5.9	27	80	10	182	35	22	23	18	1.95
112790012--112790170	54	3.0	54	88	2	232	35	22	23	18	1.95
112791780--112791861	26	3.2	26	96	0	146	36	24	7	31	1.83
112792442--112792471	15	2.0	15	93	0	51	50	0	10	40	1.36
112802237--112802294	30	1.9	30	82	6	73	17	22	34	25	1.96
112806108--112806133	13	2.0	13	100	0	52	46	30	0	23	1.53
112807030--112807068	20	2.0	19	95	5	69	46	5	7	41	1.55
112807191--112807230	18	2.2	18	95	0	71	25	17	7	50	1.72
112816179--112816214	18	2.0	18	88	0	54	33	2	11	52	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112816289--112816342	29	2.0	26	85	10	72	31	0	3	64	1.11
112817288--112817362	27	2.8	27	79	0	96	25	30	22	21	1.99
112818493--112818687	97	2.0	97	100	0	390	38	12	18	30	1.88
112822108--112822133	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
112829655--112829722	3	22.7	3	96	0	127	30	0	1	67	0.99
112829847--112829877	16	1.9	16	93	0	53	74	0	9	16	1.07
112831895--112831943	20	2.5	20	83	6	55	20	36	28	14	1.92
112836571--112836597	13	2.1	13	100	0	54	14	33	37	14	1.88
112841101--112841265	62	2.6	62	84	8	183	34	8	12	44	1.72
112841735--112841788	6	9.0	6	83	0	63	5	33	40	20	1.76
112841735--112841788	18	3.0	18	88	0	81	5	33	40	20	1.76
112843606--112843780	46	3.8	46	81	10	223	20	21	29	28	1.98
112843602--112843772	93	1.8	92	94	1	306	20	21	30	27	1.98
112845202--112845238	14	2.6	14	91	0	56	37	5	21	35	1.77
112847178--112847215	18	2.1	18	85	9	51	36	31	0	31	1.58
112847240--112847278	19	2.1	18	85	4	51	2	35	2	58	1.25
112850166--112850337	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
112850159--112850334	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
112852211--112852247	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
112853980--112854028	25	2.0	25	84	4	64	63	8	0	28	1.23
112853992--112854056	25	2.9	23	80	15	66	66	7	0	26	1.19
112854018--112854056	19	2.0	20	90	5	62	71	7	0	20	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112854296--112854327	15	2.1	16	94	5	57	6	43	50	0	1.27
112856329--112856369	5	8.2	5	89	10	66	78	0	21	0	0.76
112858778--112858807	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
112865243--112865387	25	5.9	25	68	18	92	19	24	20	35	1.96
112865243--112865384	74	1.9	73	82	4	178	19	24	21	34	1.96
112865317--112865392	24	3.1	25	75	16	70	18	23	23	34	1.96
112865242--112865399	73	2.1	75	80	6	180	18	24	20	35	1.96
112865269--112865460	25	7.8	25	69	12	103	20	25	19	34	1.96
112865366--112865493	50	2.5	50	78	7	141	21	22	21	34	1.97
112867820--112867881	27	2.3	27	85	0	79	33	33	6	25	1.82
112872342--112872426	29	2.8	30	91	5	136	20	42	1	36	1.60
112876083--112876115	2	16.5	2	93	0	57	51	45	3	0	1.16
112879855--112879939	27	3.3	27	74	15	97	32	8	18	40	1.81
112879837--112879939	51	2.0	51	94	0	179	31	9	18	40	1.83
112879837--112879913	24	3.1	24	72	17	66	29	9	18	42	1.81
112882085--112882110	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
112891895--112891959	29	2.4	25	78	14	67	29	6	0	64	1.17
112892800--112892846	20	2.3	21	82	7	62	46	10	0	42	1.38
112899740--112899837	35	2.6	38	78	14	114	31	21	11	35	1.89
112902724--112903466	371	2.0	371	98	0	1450	24	21	15	37	1.93
112905732--112905853	47	2.6	47	84	3	140	27	25	17	29	1.97
112905880--112906039	31	5.2	31	89	0	230	25	27	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112905880--112906039	62	2.6	62	90	0	257	25	27	21	25	1.99
112907231--112907397	35	4.6	35	85	7	201	33	24	10	31	1.90
112907226--112907397	75	2.4	73	84	8	226	33	23	11	31	1.90
112915098--112915200	45	2.2	46	83	8	129	47	2	6	42	1.45
112929948--112929978	12	2.5	12	94	5	53	83	0	9	6	0.79
112933607--112933638	16	1.9	17	93	6	57	50	0	0	50	1.00
112933916--112933949	3	11.3	3	93	0	59	35	0	0	64	0.94
112937944--112938017	30	2.4	32	81	6	89	44	0	1	54	1.08
112940560--112940590	15	2.1	15	100	0	62	19	19	6	54	1.65
112945280--112945337	26	2.3	25	78	16	66	24	13	10	51	1.72
112945270--112945467	97	2.0	98	81	4	231	22	19	11	45	1.82
112946696--112946774	40	2.0	38	85	4	104	35	25	18	20	1.95
112951292--112951335	18	2.6	17	86	13	65	68	0	0	31	0.90
112952816--112952854	9	4.3	9	80	0	51	28	2	0	69	1.02
112956221--112956246	7	3.7	7	100	0	52	42	11	30	15	1.82
112962408--112962464	26	2.2	25	82	17	64	45	1	3	49	1.29
112962452--112962538	37	2.3	36	77	14	88	26	2	3	67	1.18
112963051--112963097	22	2.1	22	88	0	76	61	6	0	31	1.21
112964412--112964440	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
112972647--112972733	39	2.2	39	97	0	165	40	27	9	22	1.85
112974674--112974776	29	3.7	29	79	13	101	31	2	2	63	1.24
112981066--112981129	24	2.6	26	78	7	71	59	3	0	37	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112984775--112984914	72	1.9	72	100	0	280	60	10	20	10	1.57
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113000689--113000722	6	5.5	6	89	3	50	73	0	14	11	1.10
113000684--113000722	18	2.1	19	90	4	62	74	2	12	10	1.17
113005843--113005891	20	2.5	20	96	0	89	42	16	0	40	1.48
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113008530--113008558	12	2.5	12	94	5	51	58	6	20	13	1.58
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113042816--113042869	26	2.1	26	96	0	99	35	9	12	42	1.75
113045288--113045341	26	2.1	26	96	0	99	35	12	12	38	1.82
113045777--113045815	6	6.5	6	93	0	69	17	15	66	0	1.25
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113066264--113066307	21	2.1	21	82	0	52	34	25	2	38	1.68
113066461--113066547	18	4.8	18	68	22	58	32	1	3	63	1.19
113066464--113066572	52	2.1	53	94	1	193	33	1	2	61	1.21
113066505--113066587	24	3.3	24	73	17	62	32	1	2	63	1.15
113068336--113068387	21	2.5	21	78	12	70	38	46	13	1	1.54
113071567--113072063	126	4.0	126	83	2	603	28	16	15	38	1.90
113072121--113072200	28	2.9	27	83	5	97	37	20	2	40	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113072214--113072298	34	2.5	34	79	5	100	47	22	0	30	1.52
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113073583--113073641	12	4.8	11	83	12	55	74	8	1	15	1.13
113074959--113075014	22	2.6	21	72	8	58	17	3	33	44	1.66
113075066--113075100	6	5.8	6	100	0	70	0	0	31	68	0.90
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113085661--113085712	25	2.2	25	86	6	72	55	9	1	32	1.43
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113090221--113090260	20	2.0	20	95	0	71	12	30	20	37	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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