genome.fa.s8.2.7.7.80.10.50.1000.259.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Chr08 129432109 
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129432109

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  259  of  425  ( 50925 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79610475--79610707	40	5.8	39	83	8	211	27	24	26	22	2.00
79610475--79610693	120	1.8	121	84	4	300	26	24	26	22	2.00
79618581--79618769	40	4.8	40	86	3	229	25	22	27	23	2.00
79618581--79618769	79	2.4	79	83	3	236	25	22	27	23	2.00
79618581--79618802	40	5.6	39	82	10	193	27	23	26	22	2.00
79624111--79624169	30	1.9	31	86	3	84	45	3	22	28	1.68
79626235--79626508	46	6.0	46	91	0	370	41	13	23	21	1.89
79631204--79631249	17	2.6	17	86	13	58	60	0	36	2	1.09
79631204--79631251	8	5.5	8	79	16	51	60	0	37	2	1.09
79634382--79634442	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
79636619--79636848	49	4.6	49	81	2	271	26	17	25	30	1.98
79647489--79647556	29	2.3	29	94	0	118	20	20	36	22	1.95
79654795--79654881	40	2.2	40	81	8	97	31	25	11	32	1.91
79656198--79656329	50	2.6	51	84	4	169	29	26	19	24	1.98
79664491--79664674	40	4.6	39	75	6	138	26	23	27	22	2.00
79664531--79664719	80	2.4	81	77	4	186	23	24	29	22	1.99
79682973--79683157	40	4.7	40	81	7	200	22	22	29	25	1.99
79683093--79683176	40	2.1	40	86	0	114	21	22	30	25	1.98
79691011--79691194	40	4.6	39	78	9	176	22	23	29	25	1.99
79692631--79692893	34	7.8	34	73	5	203	28	13	17	41	1.87
79692645--79692893	68	3.7	68	77	6	229	28	13	16	40	1.87
79692634--79692832	102	2.0	102	84	2	265	28	13	17	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79692646--79692868	102	2.2	102	82	2	252	28	14	17	39	1.88
79692936--79693249	48	6.7	48	77	7	218	27	20	17	34	1.95
79693042--79693279	44	5.2	44	79	4	215	28	20	15	35	1.93
79700985--79701031	23	2.0	23	100	0	94	53	17	0	29	1.44
79703721--79703851	40	3.2	40	82	7	149	25	24	23	26	2.00
79704594--79704743	78	1.9	80	91	2	250	26	28	20	25	1.99
79704594--79704743	40	3.8	40	93	3	250	26	28	20	25	1.99
79706571--79706643	37	2.0	37	97	0	137	24	31	20	23	1.98
79706726--79706997	49	5.6	49	95	1	483	28	26	11	33	1.90
79716751--79716797	18	2.6	20	75	21	50	12	21	40	25	1.89
79720297--79720464	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
79728307--79728474	40	4.2	40	77	3	151	22	26	23	27	2.00
79732488--79732575	31	2.8	31	91	1	140	30	26	15	27	1.96
79732787--79732856	25	2.8	25	91	4	106	24	24	27	24	2.00
79733652--79733704	27	2.0	27	82	7	65	30	22	16	30	1.96
79733780--79733968	27	7.0	26	73	14	105	31	9	18	40	1.83
79733843--79733992	27	5.6	27	81	5	146	28	8	20	42	1.82
79734024--79734302	27	10.3	27	86	1	362	38	8	25	28	1.84
79734024--79734302	81	3.4	81	93	1	443	38	8	25	28	1.84
79736200--79736230	16	1.9	16	93	0	53	80	0	3	16	0.83
79736196--79736231	11	3.3	11	88	0	54	80	0	2	16	0.83
79745340--79745407	17	4.1	17	69	17	52	58	2	8	29	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79746969--79747146	52	3.3	52	73	13	187	29	16	25	27	1.97
79747021--79747195	59	3.1	59	72	14	213	31	16	22	29	1.96
79746882--79747199	111	2.9	111	94	0	548	30	17	22	29	1.97
79747467--79747502	14	2.6	14	90	0	54	52	5	16	25	1.65
79747702--79747911	74	2.8	74	94	0	348	37	17	14	31	1.89
79747747--79748052	160	1.9	160	83	7	397	35	20	15	28	1.93
79747905--79748124	73	3.0	72	89	4	323	31	24	16	27	1.96
79747921--79748295	75	4.9	75	76	13	320	32	23	17	27	1.96
79747509--79748295	234	3.3	230	78	12	760	34	20	16	28	1.94
79762627--79762845	48	4.6	48	82	2	237	24	20	29	26	1.99
79773606--79773645	21	1.9	21	84	0	53	42	7	15	35	1.75
79788400--79788495	23	4.2	22	75	7	84	38	20	21	18	1.93
79797769--79797824	23	2.5	23	97	2	105	28	8	10	51	1.66
79802201--79802241	19	2.1	20	95	4	75	48	19	2	29	1.61
79804656--79804856	46	4.3	45	78	10	181	23	29	19	26	1.98
79804656--79804862	94	2.2	92	82	8	240	23	29	19	27	1.98
79812282--79812500	47	4.7	46	78	10	205	21	30	20	27	1.98
79812282--79812500	46	4.7	46	78	7	201	21	30	20	27	1.98
79815745--79816051	48	6.5	46	67	13	137	28	18	28	24	1.98
79815746--79815957	94	2.3	94	79	6	232	31	18	26	23	1.98
79821298--79821516	79	2.7	79	82	8	257	26	27	21	24	1.99
79821312--79821516	40	5.1	41	83	8	237	25	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79827093--79827225	49	2.7	49	80	9	137	30	24	25	20	1.99
79831371--79831710	47	7.2	47	90	0	536	28	30	7	33	1.86
79831371--79831710	94	3.6	94	95	0	590	28	30	7	33	1.86
79846277--79846353	38	2.0	38	100	0	154	33	7	15	42	1.76
79850038--79850712	49	14.0	49	91	3	1091	33	8	28	29	1.87
79850042--79850712	96	7.0	96	94	0	1189	33	8	28	28	1.87
79850041--79850712	145	4.6	144	91	2	1073	33	8	28	28	1.87
79850704--79850855	48	3.2	48	95	0	268	32	5	29	32	1.80
79850895--79850985	37	2.4	37	94	1	155	21	18	32	26	1.97
79852426--79852542	31	3.8	31	93	1	191	29	26	16	27	1.97
79852564--79852655	42	2.2	42	92	0	148	32	20	15	31	1.94
79852790--79852870	24	3.4	24	89	6	112	24	23	23	28	2.00
79853677--79853741	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
79853795--79853879	27	3.1	26	76	18	84	35	9	15	40	1.79
79853858--79854040	27	6.8	27	80	5	183	28	9	20	40	1.84
79854039--79854236	27	7.3	27	87	2	263	39	8	24	27	1.84
79854039--79854236	81	2.4	81	90	1	308	39	8	24	27	1.84
79854082--79854256	81	2.2	81	90	0	269	38	9	22	29	1.85
79856482--79856573	31	3.0	31	95	0	166	30	26	15	28	1.96
79856559--79856585	12	2.2	12	100	0	54	48	18	0	33	1.49
79856528--79856616	43	2.1	43	97	0	169	35	23	10	30	1.88
79856571--79856631	31	2.0	31	93	3	106	31	26	13	29	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79856659--79856746	42	2.1	42	97	0	167	34	18	14	32	1.91
79856893--79856962	25	2.8	25	86	4	97	25	24	25	24	2.00
79857889--79857940	27	1.9	27	92	0	86	36	11	11	40	1.78
79857953--79858101	27	5.5	27	83	3	174	29	7	20	42	1.79
79857977--79858135	54	2.9	54	77	5	162	30	11	20	37	1.88
79857977--79858142	27	6.1	27	76	10	124	29	12	21	36	1.90
79858134--79858331	27	7.3	27	85	2	245	39	7	23	29	1.81
79858134--79858331	81	2.4	81	88	1	281	39	7	23	29	1.81
79860109--79860148	21	1.9	21	84	0	53	40	10	17	32	1.83
79862137--79862311	50	3.7	47	78	13	162	22	30	17	28	1.97
79862137--79862312	92	1.9	95	84	7	243	22	30	18	28	1.97
79865340--79865407	28	2.4	28	87	0	91	26	26	14	32	1.95
79872053--79872081	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
79881588--79881797	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79889723--79889932	40	5.2	40	88	2	305	21	28	24	25	1.99
79893283--79893456	38	4.6	38	75	13	139	23	29	24	22	1.99
79900975--79901078	40	2.7	38	85	8	131	21	30	25	23	1.99
79902801--79902979	40	4.6	38	81	13	172	23	22	28	25	1.99
79902916--79902998	40	2.1	39	86	2	112	21	22	30	25	1.99
79907145--79907442	143	2.1	143	99	0	587	21	10	29	38	1.86
79908084--79908216	29	4.6	29	88	0	167	30	15	30	24	1.95
79911532--79911744	47	4.6	45	77	12	182	29	17	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79911574--79911796	91	2.4	95	79	11	237	28	18	30	22	1.98
79913632--79913875	40	6.2	40	90	4	365	25	22	26	25	2.00
79913632--79913875	79	3.1	79	91	4	372	25	22	26	25	2.00
79919422--79919607	40	4.7	40	88	5	218	24	20	26	27	1.99
79919456--79919630	80	2.2	80	81	9	198	27	19	25	28	1.99
79925179--79925537	47	7.7	45	70	12	201	28	20	28	22	1.98
79925085--79925537	187	2.4	187	90	1	714	29	18	28	23	1.98
79925185--79925490	91	3.3	91	76	9	348	28	19	29	22	1.98
79930841--79930888	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
79936308--79936477	46	3.6	48	75	15	117	27	18	30	23	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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